src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 \r
  29 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  30 \r
  31   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport  av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35 \r
  36   int            offy;\r
  37   int            width;\r
  38   int lastid = -1;\r
  39   boolean mouseDragging = false;\r
  40 \r
  41   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  42   {\r
  43     this.av         = av;\r
  44     alignPanel = parent;\r
  45     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  46     setLayout(new BorderLayout());\r
  47     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  48     addMouseListener(this);\r
  49     addMouseMotionListener(this);\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  53 \r
  54 \r
  55   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  56     mouseDragging = true;\r
  57 \r
  58     int y = e.getY();\r
  59     if(av.getWrapAlignment())\r
  60       y-=2*av.charHeight;\r
  61     int seq = av.getIndex(y);\r
  62 \r
  63     if(seq<0)\r
  64       return;\r
  65 \r
  66     if (seq < lastid)\r
  67       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  68     else if (seq > lastid)\r
  69       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  70 \r
  71     lastid = seq;\r
  72     alignPanel.repaint();\r
  73   }\r
  74 \r
  75   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  76   {\r
  77     if (e.getClickCount() == 2)\r
  78     {\r
  79        int y = e.getY();\r
  80        if(av.getWrapAlignment())\r
  81          y-=2*av.charHeight;\r
  82 \r
  83        int seq = av.getIndex(y);\r
  84        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  85 \r
  86        try{\r
  87          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
  88              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
  89              "]+-vn+2");\r
  90        }catch(Exception ex){\r
  91          // TODO: JBPNote : state dependent error message for real browserLaunch problems rather than unix misconfiguration.\r
  92          System.err.println(\r
  93              ex.getMessage()+"\nUnixers: Try adding this jalview.browser property line \n"\r
  94              +"in your jalview.properties file (/usr/local/bin/firefox is an exanmple browser path):\n"\r
  95              +"jalview.browser=/usr/local/bin/firefox\n");\r
  96          //ex.printStackTrace();\r
  97        }\r
  98     }\r
  99 \r
 100   }\r
 101   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 102   {\r
 103     if(scrollThread!=null)\r
 104       scrollThread.running = false;\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void mouseExited (MouseEvent e)\r
 108   {\r
 109     if(av.getWrapAlignment())\r
 110       return;\r
 111 \r
 112     if(mouseDragging && e.getY()<0 && av.getStartSeq()>0)\r
 113     {\r
 114       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 115     }\r
 116 \r
 117     if(mouseDragging && e.getY()>=getHeight() && av.alignment.getHeight()>av.getEndSeq())\r
 118     {\r
 119       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 120     }\r
 121   }\r
 122 \r
 123 \r
 124   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 125     if (e.getClickCount() == 2)\r
 126       return;\r
 127 \r
 128     int y = e.getY();\r
 129     if(av.getWrapAlignment())\r
 130       y-=2*av.charHeight;\r
 131 \r
 132     int seq = av.getIndex(y);\r
 133     if (seq == -1)\r
 134       return;\r
 135 \r
 136     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 137     {\r
 138       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 139           (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 140       pop.show(this, e.getX(), y);\r
 141       return;\r
 142     }\r
 143 \r
 144     if(!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() && av.alignment.findGroup( av.alignment.getSequenceAt(seq))!=null)\r
 145     {\r
 146 \r
 147       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 148       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq));\r
 149       selection.setStartRes(0);\r
 150       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 151       for (int i =0; i< sg.getSize(); i++)\r
 152         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i));\r
 153 \r
 154       av.setSelectionGroup(selection);\r
 155       return;\r
 156     }\r
 157 \r
 158     if(av.getSelectionGroup()==null || ( !e.isControlDown() && av.getSelectionGroup()!=null))\r
 159       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 160 \r
 161     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 162     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
 163 \r
 164     if(e.isShiftDown() && lastid!=-1)\r
 165       selectSeqs(lastid, seq);\r
 166     else\r
 167       selectSeq(seq);\r
 168 \r
 169     alignPanel.repaint();\r
 170   }\r
 171 \r
 172   void selectSeq(int seq)\r
 173   {\r
 174     lastid = seq;\r
 175     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 176     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq);\r
 177   }\r
 178 \r
 179   void selectSeqs(int start, int end) {\r
 180 \r
 181     lastid = start;\r
 182     if (end < start)\r
 183      {\r
 184        int tmp = start;\r
 185        start = end;\r
 186        end   = tmp;\r
 187        lastid = end;\r
 188      }\r
 189 \r
 190      for (int i = start; i <= end; i++)\r
 191         av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 192 \r
 193    }\r
 194 \r
 195 \r
 196   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 197   {\r
 198     if(scrollThread!=null)\r
 199       scrollThread.running = false;\r
 200 \r
 201     mouseDragging = false;\r
 202     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 203   }\r
 204 \r
 205   public void highlightSearchResults( java.util.Vector found )\r
 206   {\r
 207     idCanvas.setHighlighted( found );\r
 208 \r
 209     if(found == null)\r
 210       return;\r
 211 \r
 212     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI)found.get(0));\r
 213 \r
 214     // do we need to scroll the panel?\r
 215     if(av.getStartSeq()>index || av.getEndSeq()<index)\r
 216         alignPanel.setScrollValues( av.getStartRes(), index);\r
 217   }\r
 218 \r
 219   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 220   class ScrollThread\r
 221       extends Thread\r
 222   {\r
 223     boolean running = false;\r
 224     boolean up = true;\r
 225     public ScrollThread(boolean up)\r
 226     {\r
 227       this.up = up;\r
 228       start();\r
 229     }\r
 230 \r
 231     public void stopScrolling()\r
 232     {\r
 233       running = false;\r
 234     }\r
 235 \r
 236     public void run()\r
 237     {\r
 238       running = true;\r
 239       while (running)\r
 240       {\r
 241         if(alignPanel.scrollUp(up))\r
 242         {\r
 243           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 244           int seq = av.getStartSeq();\r
 245           if(!up)\r
 246             seq = av.getEndSeq();\r
 247 \r
 248           if (seq < lastid)\r
 249             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 250           else if (seq > lastid)\r
 251             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 252 \r
 253           lastid = seq;\r
 254         }\r
 255         else\r
 256           running = false;\r
 257 \r
 258         alignPanel.repaint();\r
 259         try\r
 260         {\r
 261           Thread.sleep(100);\r
 262         }\r
 263         catch (Exception ex)\r
 264         {}\r
 265       }\r
 266     }\r
 267 }\r
 268 \r
 269 }\r