src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 \r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 \r
   8 import javax.swing.*;\r
   9 \r
  10 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener, MouseMotionListener {\r
  11 \r
  12   protected IdCanvas       idCanvas;\r
  13   protected AlignViewport  av;\r
  14   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  15 \r
  16   protected int            offy;\r
  17   public    int            width;\r
  18   public    int            lastid;\r
  19 \r
  20   SequenceGroup selectedSequenceGroup;\r
  21 \r
  22   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  23   {\r
  24     this.av         = av;\r
  25     alignPanel = parent;\r
  26     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  27     setLayout(new BorderLayout());\r
  28     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  29     addMouseListener(this);\r
  30     addMouseMotionListener(this);\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public void mouseMoved(MouseEvent e) {}\r
  34 \r
  35   public void selectSeqs(int start, int end) {\r
  36      if (end < start)\r
  37      {\r
  38        int tmp = start;\r
  39        start = end;\r
  40        end   = tmp;\r
  41      }\r
  42 \r
  43      for (int i = start; i <= end; i++)\r
  44      {\r
  45        SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  46        if (av.getSelection().contains(pickedSeq))\r
  47        {\r
  48          av.getSelection().removeElement(pickedSeq);\r
  49          selectedSequenceGroup.deleteSequence(pickedSeq);\r
  50        }\r
  51        else\r
  52        {\r
  53          av.getSelection().addElement(pickedSeq);\r
  54          if(selectedSequenceGroup==null)\r
  55          {\r
  56            selectedSequenceGroup = new SequenceGroup();\r
  57            av.setRubberbandGroup( selectedSequenceGroup );\r
  58           // av.alignment.addGroup( selectedSequenceGroup );\r
  59            selectedSequenceGroup.setStartRes(0);\r
  60            selectedSequenceGroup.setEndRes( pickedSeq.getSequence().length());\r
  61          }\r
  62 \r
  63          selectedSequenceGroup.addSequence( pickedSeq );\r
  64        }\r
  65 \r
  66      }\r
  67 \r
  68      alignPanel.seqPanel.seqCanvas.paintFlag=true;\r
  69      alignPanel.repaint();\r
  70      repaint();\r
  71 \r
  72    }\r
  73 \r
  74   public void mouseDragged(MouseEvent e) {\r
  75     int y = e.getY();\r
  76     if(av.getWrapAlignment())\r
  77       y-=2*av.charHeight;\r
  78     int seq = av.getIndex(y);\r
  79 \r
  80     if (seq < lastid)\r
  81       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  82     else if (seq > lastid)\r
  83       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  84 \r
  85     lastid = seq;\r
  86 \r
  87     return;\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  91   {\r
  92     if (e.getClickCount() == 2)\r
  93     {\r
  94        int y = e.getY();\r
  95        if(av.getWrapAlignment())\r
  96          y-=2*av.charHeight;\r
  97 \r
  98        int seq = av.getIndex(y);\r
  99        String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 100 \r
 101        try{\r
 102          jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
 103              "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" + id +\r
 104              "]+-vn+2");\r
 105        }catch(Exception ex){ex.printStackTrace();}\r
 106     }\r
 107 \r
 108   }\r
 109   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 110   public void mouseExited (MouseEvent e) { }\r
 111 \r
 112   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 113     if (e.getClickCount() == 2)\r
 114       return;\r
 115 \r
 116     int y = e.getY();\r
 117     if(av.getWrapAlignment())\r
 118       y-=2*av.charHeight;\r
 119 \r
 120     int seq = av.getIndex(y);\r
 121 \r
 122     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 123     {\r
 124       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 125           av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 126       pop.show(this, e.getX(), y);\r
 127       return;\r
 128     }\r
 129 \r
 130 \r
 131 \r
 132     if(av.getRubberbandGroup()!=null && (av.getRubberbandGroup().getSize() == av.getSelection().size()))\r
 133           selectedSequenceGroup = av.getRubberbandGroup();\r
 134 \r
 135     if (selectedSequenceGroup == null)\r
 136     {\r
 137       selectedSequenceGroup = new SequenceGroup();\r
 138       av.setRubberbandGroup(selectedSequenceGroup);\r
 139     }\r
 140 \r
 141     selectedSequenceGroup.setStartRes(0);\r
 142     selectedSequenceGroup.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() - 1);\r
 143 \r
 144     if (seq != -1)\r
 145       selectSeqs(seq, seq);\r
 146 \r
 147     lastid = seq;\r
 148 \r
 149 \r
 150     return;\r
 151   }\r
 152 \r
 153   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 154   {\r
 155     lastid = -1;\r
 156     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 157     selectedSequenceGroup = null;\r
 158   }\r
 159 }\r