src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Development Version 2.4.1)
   3  * Copyright (C) 2009 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.awt.*;
  22 import java.awt.event.*;
  23 import java.util.Vector;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.datamodel.*;
  28 import jalview.util.UrlLink;
  29
  30 /**
  31  * DOCUMENT ME!
  32  *
  33  * @author $author$
  34  * @version $Revision$
  35  */
  36 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,
  37         MouseMotionListener, MouseWheelListener
  38 {
  39   protected IdCanvas idCanvas;
  40
  41   protected AlignViewport av;
  42
  43   protected AlignmentPanel alignPanel;
  44
  45   ScrollThread scrollThread = null;
  46   String linkImageURL;
  47
  48   int offy;
  49
  50   // int width;
  51   int lastid = -1;
  52
  53   boolean mouseDragging = false;
  54
  55   /**
  56    * Creates a new IdPanel object.
  57    *
  58    * @param av
  59    *                DOCUMENT ME!
  60    * @param parent
  61    *                DOCUMENT ME!
  62    */
  63   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)
  64   {
  65     this.av = av;
  66     alignPanel = parent;
  67     idCanvas = new IdCanvas(av);
  68     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif").toString();
  69     setLayout(new BorderLayout());
  70     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);
  71     addMouseListener(this);
  72     addMouseMotionListener(this);
  73     addMouseWheelListener(this);
  74     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
  75   }
  76
  77   /**
  78    * DOCUMENT ME!
  79    *
  80    * @param e
  81    *                DOCUMENT ME!
  82    */
  83   public void mouseMoved(MouseEvent e)
  84   {
  85     SeqPanel sp = alignPanel.seqPanel;
  86     int seq = Math.max(0, sp.findSeq(e));
  87     String tmp;
  88     if (seq > -1 && seq < av.alignment.getHeight())
  89     {
  90       SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(seq);
  91       StringBuffer tip = new StringBuffer();
  92       tip.append("<i>");
  93
  94       int maxWidth = 0;
  95       if (sequence.getDescription() != null)
  96       {
  97         tmp = sequence.getDescription();
  98         tip.append("<br>" + tmp);
  99         maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());
 100       }
 101
 102       DBRefEntry[] dbrefs = sequence.getDatasetSequence().getDBRef();
 103       if (av.isShowDbRefs() && dbrefs != null)
 104       {
 105         for (int i = 0; i < dbrefs.length; i++)
 106         {
 107           tip.append("<br>");
 108           tmp = dbrefs[i].getSource() + " " + dbrefs[i].getAccessionId();
 109           tip.append(tmp);
 110           maxWidth = Math.max(maxWidth, tmp.length());
 111         }
 112       }
 113
 114       // ADD NON POSITIONAL SEQUENCE INFO
 115       SequenceFeature[] features = sequence.getDatasetSequence()
 116               .getSequenceFeatures();
 117       SequenceFeature[] tfeat = new SequenceFeature[1];
 118       if (av.isShowNpFeats() && features != null)
 119       {
 120         for (int i = 0; i < features.length; i++)
 121         {
 122           if (features[i].begin == 0 && features[i].end == 0)
 123           {
 124             int sz = -tip.length();
 125             tfeat[0] = features[i];
 126             sp.appendFeatures(tip, linkImageURL, 0, tfeat,sp.seqCanvas.fr.minmax);
 127             sz+=tip.length();
 128             maxWidth = Math.max(maxWidth, sz);
 129           }
 130         }
 131       }
 132
 133       if (maxWidth > 60)
 134       {
 135         tip.insert(0, "<table width=350 border=0><tr><td><i>");
 136         tip.append("</i></td></tr></table>");
 137       }
 138
 139       tip.append("</html>");
 140
 141       setToolTipText("<html>" + sequence.getDisplayId(true)
 142               + tip.toString());
 143     }
 144   }
 145
 146   /**
 147    * DOCUMENT ME!
 148    *
 149    * @param e
 150    *                DOCUMENT ME!
 151    */
 152   public void mouseDragged(MouseEvent e)
 153   {
 154     mouseDragging = true;
 155
 156     int seq = Math.max(0, alignPanel.seqPanel.findSeq(e));
 157
 158     if (seq < lastid)
 159     {
 160       selectSeqs(lastid - 1, seq);
 161     }
 162     else if (seq > lastid)
 163     {
 164       selectSeqs(lastid + 1, seq);
 165     }
 166
 167     lastid = seq;
 168     alignPanel.paintAlignment(true);
 169   }
 170
 171   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
 172   {
 173     e.consume();
 174     if (e.getWheelRotation() > 0)
 175     {
 176       alignPanel.scrollUp(false);
 177     }
 178     else
 179     {
 180       alignPanel.scrollUp(true);
 181     }
 182   }
 183
 184   /**
 185    * DOCUMENT ME!
 186    *
 187    * @param e
 188    *                DOCUMENT ME!
 189    */
 190   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 191   {
 192     if (e.getClickCount() < 2)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;
 198     if (links == null || links.size() < 1)
 199     {
 200       return;
 201     }
 202
 203     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 204     String url = null;
 205     int i = 0;
 206     String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();
 207     while (url == null && i < links.size())
 208     {
 209       // DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST
 210       // BUT IF ITS A REGEX AND DOES NOT MATCH THE NEXT ONE WILL BE TRIED
 211       url = links.elementAt(i++).toString();
 212       jalview.util.UrlLink urlLink = null;
 213       try
 214       {
 215         urlLink = new UrlLink(url);
 216       } catch (Exception foo)
 217       {
 218         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for URLLink '" + url + "'",
 219                 foo);
 220         url = null;
 221         continue;
 222       }
 223       ;
 224       if (!urlLink.isValid())
 225       {
 226         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 227         url = null;
 228         continue;
 229       }
 230
 231       String urls[] = urlLink.makeUrls(id, true);
 232       if (urls == null || urls[0] == null || urls[0].length() < 4)
 233       {
 234         url = null;
 235         continue;
 236       }
 237       // just take first URL made from regex
 238       url = urls[1];
 239     }
 240     try
 241     {
 242       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 243     } catch (Exception ex)
 244     {
 245       JOptionPane
 246               .showInternalMessageDialog(
 247                       Desktop.desktop,
 248                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
 249                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
 250                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 251       ex.printStackTrace();
 252     }
 253
 254   }
 255
 256   /**
 257    * DOCUMENT ME!
 258    *
 259    * @param e
 260    *                DOCUMENT ME!
 261    */
 262   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 263   {
 264     if (scrollThread != null)
 265     {
 266       scrollThread.running = false;
 267     }
 268   }
 269
 270   /**
 271    * DOCUMENT ME!
 272    *
 273    * @param e
 274    *                DOCUMENT ME!
 275    */
 276   public void mouseExited(MouseEvent e)
 277   {
 278     if (av.getWrapAlignment())
 279     {
 280       return;
 281     }
 282
 283     if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
 284     {
 285       scrollThread = new ScrollThread(true);
 286     }
 287
 288     if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight())
 289             && (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))
 290     {
 291       scrollThread = new ScrollThread(false);
 292     }
 293   }
 294
 295   /**
 296    * DOCUMENT ME!
 297    *
 298    * @param e
 299    *                DOCUMENT ME!
 300    */
 301   public void mousePressed(MouseEvent e)
 302   {
 303     if (e.getClickCount() == 2)
 304     {
 305       return;
 306     }
 307
 308     int seq = alignPanel.seqPanel.findSeq(e);
 309
 310     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 311     {
 312       Sequence sq = (Sequence) av
 313       .getAlignment().getSequenceAt(seq);
 314       // build a new links menu based on the current links + any non-positional features
 315       Vector nlinks = new Vector(Preferences.sequenceURLLinks);
 316       SequenceFeature sf[] = sq.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();
 317       for (int sl=0;sf!=null && sl<sf.length;sl++)
 318       {
 319         if (sf[sl].begin==sf[sl].end && sf[sl].begin==0)
 320         {
 321           if (sf[sl].links!=null && sf[sl].links.size()>0)
 322           {
 323             for (int l=0, lSize=sf[sl].links.size(); l<lSize; l++)
 324             {
 325               nlinks.addElement(sf[sl].links.elementAt(l));
 326             }
 327           }
 328         }
 329       }
 330
 331       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,
 332               sq,
 333               nlinks, new Vector(Preferences.groupURLLinks));
 334       pop.show(this, e.getX(), e.getY());
 335
 336       return;
 337     }
 338
 339     if ((av.getSelectionGroup() == null)
 340             || ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av
 341                     .getSelectionGroup() != null))
 342     {
 343       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());
 344       av.getSelectionGroup().setStartRes(0);
 345       av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);
 346     }
 347
 348     if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))
 349     {
 350       selectSeqs(lastid, seq);
 351     }
 352     else
 353     {
 354       selectSeq(seq);
 355     }
 356     alignPanel.paintAlignment(true);
 357   }
 358
 359   /**
 360    * DOCUMENT ME!
 361    *
 362    * @param seq
 363    *                DOCUMENT ME!
 364    */
 365   void selectSeq(int seq)
 366   {
 367     lastid = seq;
 368
 369     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 370     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);
 371   }
 372
 373   /**
 374    * DOCUMENT ME!
 375    *
 376    * @param start
 377    *                DOCUMENT ME!
 378    * @param end
 379    *                DOCUMENT ME!
 380    */
 381   void selectSeqs(int start, int end)
 382   {
 383     if (av.getSelectionGroup() == null)
 384     {
 385       return;
 386     }
 387
 388     if (end >= av.getAlignment().getHeight())
 389     {
 390       end = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 391     }
 392
 393     lastid = start;
 394
 395     if (end < start)
 396     {
 397       int tmp = start;
 398       start = end;
 399       end = tmp;
 400       lastid = end;
 401     }
 402
 403     for (int i = start; i <= end; i++)
 404     {
 405       av.getSelectionGroup().addSequence(
 406               av.getAlignment().getSequenceAt(i), true);
 407     }
 408   }
 409   /**
 410    * DOCUMENT ME!
 411    *
 412    * @param e
 413    *                DOCUMENT ME!
 414    */
 415   public void mouseReleased(MouseEvent e)
 416   {
 417     if (scrollThread != null)
 418     {
 419       scrollThread.running = false;
 420     }
 421 //    if (mouseDragging)
 422     {
 423       // always send selection message when mouse is released
 424       av.sendSelection();
 425
 426     }
 427
 428     mouseDragging = false;
 429     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
 430   }
 431
 432   /**
 433    * DOCUMENT ME!
 434    *
 435    * @param found
 436    *                DOCUMENT ME!
 437    */
 438   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)
 439   {
 440     idCanvas.setHighlighted(found);
 441
 442     if (found == null)
 443     {
 444       return;
 445     }
 446
 447     int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.get(0));
 448
 449     // do we need to scroll the panel?
 450     if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))
 451     {
 452       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);
 453     }
 454   }
 455
 456   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
 457   class ScrollThread extends Thread
 458   {
 459     boolean running = false;
 460
 461     boolean up = true;
 462
 463     public ScrollThread(boolean up)
 464     {
 465       this.up = up;
 466       start();
 467     }
 468
 469     public void stopScrolling()
 470     {
 471       running = false;
 472     }
 473
 474     public void run()
 475     {
 476       running = true;
 477
 478       while (running)
 479       {
 480         if (alignPanel.scrollUp(up))
 481         {
 482           // scroll was ok, so add new sequence to selection
 483           int seq = av.getStartSeq();
 484
 485           if (!up)
 486           {
 487             seq = av.getEndSeq();
 488           }
 489
 490           if (seq < lastid)
 491           {
 492             selectSeqs(lastid - 1, seq);
 493           }
 494           else if (seq > lastid)
 495           {
 496             selectSeqs(lastid + 1, seq);
 497           }
 498
 499           lastid = seq;
 500         }
 501         else
 502         {
 503           running = false;
 504         }
 505
 506         alignPanel.paintAlignment(false);
 507
 508         try
 509         {
 510           Thread.sleep(100);
 511         } catch (Exception ex)
 512         {
 513         }
 514       }
 515     }
 516   }
 517 }