src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class IdPanel\r
  28     extends JPanel implements MouseListener,\r
  29     MouseMotionListener\r
  30 {\r
  31   protected IdCanvas idCanvas;\r
  32   protected AlignViewport av;\r
  33   protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  34   ScrollThread scrollThread = null;\r
  35   int offy;\r
  36   int width;\r
  37   int lastid = -1;\r
  38   boolean mouseDragging = false;\r
  39 \r
  40   public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  41   {\r
  42     this.av = av;\r
  43     alignPanel = parent;\r
  44     idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  45     setLayout(new BorderLayout());\r
  46     add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  47     addMouseListener(this);\r
  48     addMouseMotionListener(this);\r
  49   }\r
  50 \r
  51   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  52   {\r
  53   }\r
  54 \r
  55   public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  56   {\r
  57     mouseDragging = true;\r
  58 \r
  59     int y = e.getY();\r
  60 \r
  61     if (av.getWrapAlignment())\r
  62     {\r
  63       y -= (2 * av.charHeight);\r
  64     }\r
  65 \r
  66     int seq = av.getIndex(y);\r
  67 \r
  68     if (seq < 0)\r
  69     {\r
  70       return;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     if (seq < lastid)\r
  74     {\r
  75       selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
  76     }\r
  77     else if (seq > lastid)\r
  78     {\r
  79       selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
  80     }\r
  81 \r
  82     lastid = seq;\r
  83     alignPanel.repaint();\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
  87   {\r
  88     if (e.getClickCount() == 2)\r
  89     {\r
  90       int y = e.getY();\r
  91 \r
  92       if (av.getWrapAlignment())\r
  93       {\r
  94         y -= (2 * av.charHeight);\r
  95       }\r
  96 \r
  97       int seq = av.getIndex(y);\r
  98       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
  99 \r
 100       try\r
 101       {\r
 102         jalview.util.BrowserLauncher.openURL(\r
 103             "http://srs.ebi.ac.uk/srs7bin/cgi-bin/wgetz?-e+[swall-id:" +\r
 104             id + "]+-vn+2");\r
 105       }\r
 106       catch (Exception ex)\r
 107       {\r
 108         // TODO: JBPNote : state dependent error message for real browserLaunch problems rather than unix misconfiguration.\r
 109         System.err.println(ex.getMessage() +\r
 110                            "\nUnixers: Try adding this jalview.browser property line \n" +\r
 111                            "in your jalview.properties file (/usr/local/bin/firefox is an exanmple browser path):\n" +\r
 112                            "jalview.browser=/usr/local/bin/firefox\n");\r
 113 \r
 114         //ex.printStackTrace();\r
 115       }\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 120   {\r
 121     if (scrollThread != null)\r
 122     {\r
 123       scrollThread.running = false;\r
 124     }\r
 125   }\r
 126 \r
 127   public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 128   {\r
 129     if (av.getWrapAlignment())\r
 130     {\r
 131       return;\r
 132     }\r
 133 \r
 134     if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
 135     {\r
 136       scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 137     }\r
 138 \r
 139     if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
 140         (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 141     {\r
 142       scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 143     }\r
 144   }\r
 145 \r
 146   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 147   {\r
 148     if (e.getClickCount() == 2)\r
 149     {\r
 150       return;\r
 151     }\r
 152 \r
 153     int y = e.getY();\r
 154 \r
 155     if (av.getWrapAlignment())\r
 156     {\r
 157       y -= (2 * av.charHeight);\r
 158     }\r
 159 \r
 160     int seq = av.getIndex(y);\r
 161 \r
 162     if (seq == -1)\r
 163     {\r
 164       return;\r
 165     }\r
 166 \r
 167     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 168     {\r
 169       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 170           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 171       pop.show(this, e.getX(), y);\r
 172 \r
 173       return;\r
 174     }\r
 175 \r
 176     if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 177         (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
 178     {\r
 179       SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 180       SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
 181           seq));\r
 182       selection.setStartRes(0);\r
 183       selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 184 \r
 185       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 186       {\r
 187         selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 188       }\r
 189 \r
 190       av.setSelectionGroup(selection);\r
 191 \r
 192       return;\r
 193     }\r
 194 \r
 195     if ( (av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 196         (!e.isControlDown() && (av.getSelectionGroup() != null)))\r
 197     {\r
 198       av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 199     }\r
 200 \r
 201     av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 202     av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 203 \r
 204     if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
 205     {\r
 206       selectSeqs(lastid, seq);\r
 207     }\r
 208     else\r
 209     {\r
 210       selectSeq(seq);\r
 211     }\r
 212 \r
 213     alignPanel.repaint();\r
 214   }\r
 215 \r
 216   void selectSeq(int seq)\r
 217   {\r
 218     lastid = seq;\r
 219 \r
 220     SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 221     av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
 222   }\r
 223 \r
 224   void selectSeqs(int start, int end)\r
 225   {\r
 226     lastid = start;\r
 227 \r
 228     if (end < start)\r
 229     {\r
 230       int tmp = start;\r
 231       start = end;\r
 232       end = tmp;\r
 233       lastid = end;\r
 234     }\r
 235 \r
 236     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 237     {\r
 238       av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), true);\r
 239     }\r
 240   }\r
 241 \r
 242   public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 243   {\r
 244     if (scrollThread != null)\r
 245     {\r
 246       scrollThread.running = false;\r
 247     }\r
 248 \r
 249     mouseDragging = false;\r
 250     PaintRefresher.Refresh(this);\r
 251   }\r
 252 \r
 253   public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 254   {\r
 255     idCanvas.setHighlighted(found);\r
 256 \r
 257     if (found == null)\r
 258     {\r
 259       return;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     int index = av.alignment.findIndex( (SequenceI) found.get(0));\r
 263 \r
 264     // do we need to scroll the panel?\r
 265     if ( (av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
 266     {\r
 267       alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 268     }\r
 269   }\r
 270 \r
 271   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 272   class ScrollThread\r
 273       extends Thread\r
 274   {\r
 275     boolean running = false;\r
 276     boolean up = true;\r
 277 \r
 278     public ScrollThread(boolean up)\r
 279     {\r
 280       this.up = up;\r
 281       start();\r
 282     }\r
 283 \r
 284     public void stopScrolling()\r
 285     {\r
 286       running = false;\r
 287     }\r
 288 \r
 289     public void run()\r
 290     {\r
 291       running = true;\r
 292 \r
 293       while (running)\r
 294       {\r
 295         if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 296         {\r
 297           // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 298           int seq = av.getStartSeq();\r
 299 \r
 300           if (!up)\r
 301           {\r
 302             seq = av.getEndSeq();\r
 303           }\r
 304 \r
 305           if (seq < lastid)\r
 306           {\r
 307             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 308           }\r
 309           else if (seq > lastid)\r
 310           {\r
 311             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 312           }\r
 313 \r
 314           lastid = seq;\r
 315         }\r
 316         else\r
 317         {\r
 318           running = false;\r
 319         }\r
 320 \r
 321         alignPanel.repaint();\r
 322 \r
 323         try\r
 324         {\r
 325           Thread.sleep(100);\r
 326         }\r
 327         catch (Exception ex)\r
 328         {\r
 329         }\r
 330       }\r
 331     }\r
 332   }\r
 333 }\r