src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  36     MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     protected IdCanvas idCanvas;\r
  39     protected AlignViewport av;\r
  40     protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  41     ScrollThread scrollThread = null;\r
  42     int offy;\r
  43     int width;\r
  44     int lastid = -1;\r
  45     boolean mouseDragging = false;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdPanel object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      * @param parent DOCUMENT ME!\r
  52      */\r
  53     public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  54     {\r
  55         this.av = av;\r
  56         alignPanel = parent;\r
  57         idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  58         setLayout(new BorderLayout());\r
  59         add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  60         addMouseListener(this);\r
  61         addMouseMotionListener(this);\r
  62         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  63     }\r
  64 \r
  65     /**\r
  66      * DOCUMENT ME!\r
  67      *\r
  68      * @param e DOCUMENT ME!\r
  69      */\r
  70     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  71     {\r
  72       int y = e.getY();\r
  73 \r
  74       if (av.getWrapAlignment())\r
  75       {\r
  76         y = getWrappedY(y);\r
  77       }\r
  78 \r
  79       final int seq = av.getIndex(y);\r
  80       if(seq!=-1)\r
  81       {\r
  82         SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(seq);\r
  83         StringBuffer tip = new StringBuffer("<html>");\r
  84         tip.append(sequence.getDisplayId(true));\r
  85         if (av.alignment.getSequenceAt(seq).getDescription() != null)\r
  86         {\r
  87           tip.append("<table width=250 border=0><tr><td><i>");\r
  88           tip.append(av.alignment.getSequenceAt(seq).getDescription());\r
  89 \r
  90           //ADD NON POSITIONAL SEQUENCE INFO\r
  91           SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
  92           if(features!=null)\r
  93           {\r
  94             for(int i=0; i<features.length; i++)\r
  95             {\r
  96               if(features[i].begin == 0 && features[i].end ==0)\r
  97               {\r
  98                 tip.append("<br>"+features[i].featureGroup\r
  99                           +" "+ features[i].getType()+" "+features[i].description);\r
 100               }\r
 101             }\r
 102           }\r
 103 \r
 104           tip.append("</i></td></tr></table>");\r
 105         }\r
 106         tip.append("</html>");\r
 107         setToolTipText(tip.toString());\r
 108       }\r
 109 \r
 110       if(av.hasHiddenRows)\r
 111       {\r
 112         if(av.adjustForHiddenSeqs(seq) -\r
 113            av.adjustForHiddenSeqs(seq-1)>1)\r
 114         {\r
 115           JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
 116           JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
 117           item.addActionListener(new ActionListener()\r
 118           {\r
 119             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 120             {\r
 121               av.showSequence(seq);\r
 122               alignPanel.repaint();\r
 123               if(alignPanel.overviewPanel!=null)\r
 124                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 125             }\r
 126           });\r
 127           pop.add(item);\r
 128           pop.show(this, e.getX(), e.getY());\r
 129         }\r
 130       }\r
 131     }\r
 132 \r
 133 \r
 134     int getWrappedY(int y)\r
 135     {\r
 136       int hgap = av.charHeight;\r
 137       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 138         hgap += av.charHeight;\r
 139 \r
 140       return y - hgap;\r
 141     }\r
 142 \r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param e DOCUMENT ME!\r
 148      */\r
 149     public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
 150     {\r
 151         mouseDragging = true;\r
 152 \r
 153         int y = e.getY();\r
 154 \r
 155         if (av.getWrapAlignment())\r
 156         {\r
 157             y = getWrappedY(y);\r
 158         }\r
 159 \r
 160         int seq = av.getIndex(y);\r
 161 \r
 162         if (seq < 0)\r
 163         {\r
 164             return;\r
 165         }\r
 166 \r
 167         if (seq < lastid)\r
 168         {\r
 169             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 170         }\r
 171         else if (seq > lastid)\r
 172         {\r
 173             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 174         }\r
 175 \r
 176         lastid = seq;\r
 177         alignPanel.repaint();\r
 178     }\r
 179 \r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * DOCUMENT ME!\r
 183      *\r
 184      * @param e DOCUMENT ME!\r
 185      */\r
 186     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 187     {\r
 188       if (e.getClickCount() < 2)\r
 189         return;\r
 190 \r
 191       java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;\r
 192       if (links == null || links.size() < 1)\r
 193         return;\r
 194 \r
 195       int y = e.getY();\r
 196 \r
 197       if (av.getWrapAlignment())\r
 198       {\r
 199          y = getWrappedY(y);\r
 200       }\r
 201 \r
 202       //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 203       int seq = av.getIndex(y);\r
 204       if(seq==-1)\r
 205         return;\r
 206 \r
 207       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 208       if (id.indexOf("|") > -1)\r
 209         id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1);\r
 210 \r
 211 \r
 212       String url = links.elementAt(0).toString();\r
 213       url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 214 \r
 215       int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 216       url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 217 \r
 218       try\r
 219       {\r
 220         jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
 221       }\r
 222       catch (Exception ex)\r
 223       {\r
 224        JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 225            "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
 226           +"\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
 227           "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );\r
 228         ex.printStackTrace();\r
 229       }\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      * DOCUMENT ME!\r
 234      *\r
 235      * @param e DOCUMENT ME!\r
 236      */\r
 237     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 238     {\r
 239         if (scrollThread != null)\r
 240         {\r
 241             scrollThread.running = false;\r
 242         }\r
 243     }\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * DOCUMENT ME!\r
 247      *\r
 248      * @param e DOCUMENT ME!\r
 249      */\r
 250     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 251     {\r
 252         if (av.getWrapAlignment())\r
 253         {\r
 254             return;\r
 255         }\r
 256 \r
 257         if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
 258         {\r
 259             scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 260         }\r
 261 \r
 262         if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
 263                 (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 264         {\r
 265             scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 266         }\r
 267     }\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * DOCUMENT ME!\r
 271      *\r
 272      * @param e DOCUMENT ME!\r
 273      */\r
 274     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 275     {\r
 276         if (e.getClickCount() == 2)\r
 277         {\r
 278             return;\r
 279         }\r
 280 \r
 281         int y = e.getY();\r
 282 \r
 283         if (av.getWrapAlignment())\r
 284         {\r
 285             y = getWrappedY(y);\r
 286         }\r
 287 \r
 288         int seq = av.getIndex(y);\r
 289 \r
 290         if (seq == -1)\r
 291         {\r
 292             return;\r
 293         }\r
 294 \r
 295         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 296         {\r
 297             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 298                     (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq),\r
 299                     Preferences.sequenceURLLinks);\r
 300             pop.show(this, e.getX(), y);\r
 301 \r
 302             return;\r
 303         }\r
 304 \r
 305       /*  if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 306                 (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
 307         {\r
 308           System.out.println("no modifiers");\r
 309             SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 310             SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
 311                         seq));\r
 312             selection.setStartRes(0);\r
 313             selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 314 \r
 315             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 316             {\r
 317                 selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 318             }\r
 319 \r
 320             av.setSelectionGroup(selection);\r
 321 \r
 322             return;\r
 323         }*/\r
 324 \r
 325         if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 326                 ((!e.isControlDown() && !e.isShiftDown()) && av.getSelectionGroup() != null))\r
 327         {\r
 328           av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 329           av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 330           av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 331         }\r
 332 \r
 333 \r
 334 \r
 335         if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
 336         {\r
 337             selectSeqs(lastid, seq);\r
 338         }\r
 339         else\r
 340         {\r
 341             selectSeq(seq);\r
 342         }\r
 343 \r
 344         alignPanel.repaint();\r
 345     }\r
 346 \r
 347     /**\r
 348      * DOCUMENT ME!\r
 349      *\r
 350      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 351      */\r
 352     void selectSeq(int seq)\r
 353     {\r
 354         lastid = seq;\r
 355 \r
 356         SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 357         av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
 358     }\r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * DOCUMENT ME!\r
 362      *\r
 363      * @param start DOCUMENT ME!\r
 364      * @param end DOCUMENT ME!\r
 365      */\r
 366     void selectSeqs(int start, int end)\r
 367     {\r
 368       if(av.getSelectionGroup()==null)\r
 369             return;\r
 370 \r
 371         lastid = start;\r
 372 \r
 373         if (end < start)\r
 374         {\r
 375             int tmp = start;\r
 376             start = end;\r
 377             end = tmp;\r
 378             lastid = end;\r
 379         }\r
 380 \r
 381         for (int i = start; i <= end; i++)\r
 382         {\r
 383           av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),\r
 384                 true);\r
 385         }\r
 386     }\r
 387 \r
 388     /**\r
 389      * DOCUMENT ME!\r
 390      *\r
 391      * @param e DOCUMENT ME!\r
 392      */\r
 393     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 394     {\r
 395         if (scrollThread != null)\r
 396         {\r
 397             scrollThread.running = false;\r
 398         }\r
 399 \r
 400         mouseDragging = false;\r
 401         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 402     }\r
 403 \r
 404     /**\r
 405      * DOCUMENT ME!\r
 406      *\r
 407      * @param found DOCUMENT ME!\r
 408      */\r
 409     public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 410     {\r
 411         idCanvas.setHighlighted(found);\r
 412 \r
 413         if (found == null)\r
 414         {\r
 415             return;\r
 416         }\r
 417 \r
 418         int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.get(0));\r
 419 \r
 420         // do we need to scroll the panel?\r
 421         if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
 422         {\r
 423             alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 424         }\r
 425     }\r
 426 \r
 427     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 428     class ScrollThread extends Thread\r
 429     {\r
 430         boolean running = false;\r
 431         boolean up = true;\r
 432 \r
 433         public ScrollThread(boolean up)\r
 434         {\r
 435             this.up = up;\r
 436             start();\r
 437         }\r
 438 \r
 439         public void stopScrolling()\r
 440         {\r
 441             running = false;\r
 442         }\r
 443 \r
 444         public void run()\r
 445         {\r
 446             running = true;\r
 447 \r
 448             while (running)\r
 449             {\r
 450                 if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 451                 {\r
 452                     // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 453                     int seq = av.getStartSeq();\r
 454 \r
 455                     if (!up)\r
 456                     {\r
 457                         seq = av.getEndSeq();\r
 458                     }\r
 459 \r
 460                     if (seq < lastid)\r
 461                     {\r
 462                         selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 463                     }\r
 464                     else if (seq > lastid)\r
 465                     {\r
 466                         selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 467                     }\r
 468 \r
 469                     lastid = seq;\r
 470                 }\r
 471                 else\r
 472                 {\r
 473                     running = false;\r
 474                 }\r
 475 \r
 476                 alignPanel.repaint();\r
 477 \r
 478                 try\r
 479                 {\r
 480                     Thread.sleep(100);\r
 481                 }\r
 482                 catch (Exception ex)\r
 483                 {\r
 484                 }\r
 485             }\r
 486         }\r
 487     }\r
 488 }\r