src/jalview/gui/IdPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class IdPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  36     MouseMotionListener\r
  37 {\r
  38     protected IdCanvas idCanvas;\r
  39     protected AlignViewport av;\r
  40     protected AlignmentPanel alignPanel;\r
  41     ScrollThread scrollThread = null;\r
  42     int offy;\r
  43     int width;\r
  44     int lastid = -1;\r
  45     boolean mouseDragging = false;\r
  46 \r
  47     /**\r
  48      * Creates a new IdPanel object.\r
  49      *\r
  50      * @param av DOCUMENT ME!\r
  51      * @param parent DOCUMENT ME!\r
  52      */\r
  53     public IdPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel parent)\r
  54     {\r
  55         this.av = av;\r
  56         alignPanel = parent;\r
  57         idCanvas = new IdCanvas(av);\r
  58         setLayout(new BorderLayout());\r
  59         add(idCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  60         addMouseListener(this);\r
  61         addMouseMotionListener(this);\r
  62     }\r
  63 \r
  64     /**\r
  65      * DOCUMENT ME!\r
  66      *\r
  67      * @param e DOCUMENT ME!\r
  68      */\r
  69     public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
  70     {\r
  71     }\r
  72 \r
  73     int getWrappedY(int y)\r
  74     {\r
  75       int hgap = av.charHeight;\r
  76       if (av.scaleAboveWrapped)\r
  77         hgap += av.charHeight;\r
  78 \r
  79       return y - hgap;\r
  80     }\r
  81 \r
  82 \r
  83     /**\r
  84      * DOCUMENT ME!\r
  85      *\r
  86      * @param e DOCUMENT ME!\r
  87      */\r
  88     public void mouseDragged(MouseEvent e)\r
  89     {\r
  90         mouseDragging = true;\r
  91 \r
  92         int y = e.getY();\r
  93 \r
  94         if (av.getWrapAlignment())\r
  95         {\r
  96             y = getWrappedY(y);\r
  97         }\r
  98 \r
  99         int seq = av.getIndex(y);\r
 100 \r
 101         if (seq < 0)\r
 102         {\r
 103             return;\r
 104         }\r
 105 \r
 106         if (seq < lastid)\r
 107         {\r
 108             selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 109         }\r
 110         else if (seq > lastid)\r
 111         {\r
 112             selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 113         }\r
 114 \r
 115         lastid = seq;\r
 116         alignPanel.repaint();\r
 117     }\r
 118 \r
 119 \r
 120     /**\r
 121      * DOCUMENT ME!\r
 122      *\r
 123      * @param e DOCUMENT ME!\r
 124      */\r
 125     public void mouseClicked(MouseEvent e)\r
 126     {\r
 127         if (e.getClickCount() < 2)\r
 128         return;\r
 129 \r
 130       java.util.Vector links = Preferences.sequenceURLLinks;\r
 131       if (links == null || links.size() < 1)\r
 132         return;\r
 133 \r
 134       int y = e.getY();\r
 135 \r
 136       if (av.getWrapAlignment())\r
 137       {\r
 138          y = getWrappedY(y);\r
 139       }\r
 140 \r
 141       //DEFAULT LINK IS FIRST IN THE LINK LIST\r
 142       int seq = av.getIndex(y);\r
 143       String id = av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getName();\r
 144 \r
 145       String url = links.elementAt(0).toString();\r
 146       url = url.substring(url.indexOf("|")+1);\r
 147 \r
 148       int index = url.indexOf("$SEQUENCE_ID$");\r
 149       url = url.substring(0, index)+ id + url.substring(index+13);\r
 150 \r
 151       try\r
 152       {\r
 153         jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);\r
 154       }\r
 155       catch (Exception ex)\r
 156       {\r
 157        JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 158            "Unixers: Couldn't find default web browser."\r
 159           +"\nAdd the full path to your browser in Preferences.",\r
 160           "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE );\r
 161         ex.printStackTrace();\r
 162       }\r
 163     }\r
 164 \r
 165     /**\r
 166      * DOCUMENT ME!\r
 167      *\r
 168      * @param e DOCUMENT ME!\r
 169      */\r
 170     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 171     {\r
 172         if (scrollThread != null)\r
 173         {\r
 174             scrollThread.running = false;\r
 175         }\r
 176     }\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * DOCUMENT ME!\r
 180      *\r
 181      * @param e DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 184     {\r
 185         if (av.getWrapAlignment())\r
 186         {\r
 187             return;\r
 188         }\r
 189 \r
 190         if (mouseDragging && (e.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))\r
 191         {\r
 192             scrollThread = new ScrollThread(true);\r
 193         }\r
 194 \r
 195         if (mouseDragging && (e.getY() >= getHeight()) &&\r
 196                 (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 197         {\r
 198             scrollThread = new ScrollThread(false);\r
 199         }\r
 200     }\r
 201 \r
 202     /**\r
 203      * DOCUMENT ME!\r
 204      *\r
 205      * @param e DOCUMENT ME!\r
 206      */\r
 207     public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 208     {\r
 209         if (e.getClickCount() == 2)\r
 210         {\r
 211             return;\r
 212         }\r
 213 \r
 214         int y = e.getY();\r
 215 \r
 216         if (av.getWrapAlignment())\r
 217         {\r
 218             y = getWrappedY(y);\r
 219         }\r
 220 \r
 221         int seq = av.getIndex(y);\r
 222 \r
 223         if (seq == -1)\r
 224         {\r
 225             return;\r
 226         }\r
 227 \r
 228         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
 229         {\r
 230             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(alignPanel,\r
 231                     (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq));\r
 232             pop.show(this, e.getX(), y);\r
 233 \r
 234             return;\r
 235         }\r
 236 \r
 237         if (!e.isControlDown() && !e.isShiftDown() &&\r
 238                 (av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(seq)) != null))\r
 239         {\r
 240             SequenceGroup selection = new SequenceGroup();\r
 241             SequenceGroup sg = av.alignment.findGroup(av.alignment.getSequenceAt(\r
 242                         seq));\r
 243             selection.setStartRes(0);\r
 244             selection.setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 245 \r
 246             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 247             {\r
 248                 selection.addSequence(sg.getSequenceAt(i), true);\r
 249             }\r
 250 \r
 251             av.setSelectionGroup(selection);\r
 252 \r
 253             return;\r
 254         }\r
 255 \r
 256         if ((av.getSelectionGroup() == null) ||\r
 257                 (!e.isControlDown() && (av.getSelectionGroup() != null)))\r
 258         {\r
 259             av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 260         }\r
 261 \r
 262         av.getSelectionGroup().setStartRes(0);\r
 263         av.getSelectionGroup().setEndRes(av.alignment.getWidth() - 1);\r
 264 \r
 265         if (e.isShiftDown() && (lastid != -1))\r
 266         {\r
 267             selectSeqs(lastid, seq);\r
 268         }\r
 269         else\r
 270         {\r
 271             selectSeq(seq);\r
 272         }\r
 273 \r
 274         alignPanel.repaint();\r
 275     }\r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * DOCUMENT ME!\r
 279      *\r
 280      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 281      */\r
 282     void selectSeq(int seq)\r
 283     {\r
 284         lastid = seq;\r
 285 \r
 286         SequenceI pickedSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 287         av.getSelectionGroup().addOrRemove(pickedSeq, true);\r
 288     }\r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * DOCUMENT ME!\r
 292      *\r
 293      * @param start DOCUMENT ME!\r
 294      * @param end DOCUMENT ME!\r
 295      */\r
 296     void selectSeqs(int start, int end)\r
 297     {\r
 298         lastid = start;\r
 299 \r
 300         if (end < start)\r
 301         {\r
 302             int tmp = start;\r
 303             start = end;\r
 304             end = tmp;\r
 305             lastid = end;\r
 306         }\r
 307 \r
 308         for (int i = start; i <= end; i++)\r
 309         {\r
 310             av.getSelectionGroup().addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i),\r
 311                 true);\r
 312         }\r
 313     }\r
 314 \r
 315     /**\r
 316      * DOCUMENT ME!\r
 317      *\r
 318      * @param e DOCUMENT ME!\r
 319      */\r
 320     public void mouseReleased(MouseEvent e)\r
 321     {\r
 322         if (scrollThread != null)\r
 323         {\r
 324             scrollThread.running = false;\r
 325         }\r
 326 \r
 327         mouseDragging = false;\r
 328         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 329     }\r
 330 \r
 331     /**\r
 332      * DOCUMENT ME!\r
 333      *\r
 334      * @param found DOCUMENT ME!\r
 335      */\r
 336     public void highlightSearchResults(java.util.Vector found)\r
 337     {\r
 338         idCanvas.setHighlighted(found);\r
 339 \r
 340         if (found == null)\r
 341         {\r
 342             return;\r
 343         }\r
 344 \r
 345         int index = av.alignment.findIndex((SequenceI) found.get(0));\r
 346 \r
 347         // do we need to scroll the panel?\r
 348         if ((av.getStartSeq() > index) || (av.getEndSeq() < index))\r
 349         {\r
 350             alignPanel.setScrollValues(av.getStartRes(), index);\r
 351         }\r
 352     }\r
 353 \r
 354     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 355     class ScrollThread extends Thread\r
 356     {\r
 357         boolean running = false;\r
 358         boolean up = true;\r
 359 \r
 360         public ScrollThread(boolean up)\r
 361         {\r
 362             this.up = up;\r
 363             start();\r
 364         }\r
 365 \r
 366         public void stopScrolling()\r
 367         {\r
 368             running = false;\r
 369         }\r
 370 \r
 371         public void run()\r
 372         {\r
 373             running = true;\r
 374 \r
 375             while (running)\r
 376             {\r
 377                 if (alignPanel.scrollUp(up))\r
 378                 {\r
 379                     // scroll was ok, so add new sequence to selection\r
 380                     int seq = av.getStartSeq();\r
 381 \r
 382                     if (!up)\r
 383                     {\r
 384                         seq = av.getEndSeq();\r
 385                     }\r
 386 \r
 387                     if (seq < lastid)\r
 388                     {\r
 389                         selectSeqs(lastid - 1, seq);\r
 390                     }\r
 391                     else if (seq > lastid)\r
 392                     {\r
 393                         selectSeqs(lastid + 1, seq);\r
 394                     }\r
 395 \r
 396                     lastid = seq;\r
 397                 }\r
 398                 else\r
 399                 {\r
 400                     running = false;\r
 401                 }\r
 402 \r
 403                 alignPanel.repaint();\r
 404 \r
 405                 try\r
 406                 {\r
 407                     Thread.sleep(100);\r
 408                 }\r
 409                 catch (Exception ex)\r
 410                 {\r
 411                 }\r
 412             }\r
 413         }\r
 414     }\r
 415 }\r