src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  30 {
  31   private ChimeraViewFrame cvf;
  32
  33   private FeatureRenderer fr = null;
  34
  35
  36   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  37           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  38           SequenceI[][] sequenceIs, String protocol)
  39   {
  40     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  41     cvf = chimeraViewFrame;
  42   }
  43
  44   @Override
  45   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  46   {
  47     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  48             : (AlignmentPanel) alignment;
  49     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  50     {
  51       if (fr == null)
  52       {
  53         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  54       }
  55       else
  56       {
  57         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  58       }
  59     }
  60
  61     return fr;
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  66           AlignmentViewPanel alignment)
  67   {
  68     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public void refreshGUI()
  73   {
  74     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  75     {
  76       @Override
  77       public void run()
  78       {
  79         cvf.updateTitleAndMenus();
  80         cvf.revalidate();
  81       }
  82     });
  83   }
  84
  85   @Override
  86   public void updateColours(Object source)
  87   {
  88     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  89     // ignore events from panels not used to colour this view
  90     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  91     {
  92       return;
  93     }
  94     if (!isLoadingFromArchive())
  95     {
  96       colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
  97     }
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public void releaseReferences(Object svl)
 102   {
 103   }
 104
 105   @Override
 106   protected void releaseUIResources()
 107   {
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public void refreshPdbEntries()
 112   {
 113   }
 114
 115   /**
 116    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 117    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 118    */
 119   @Override
 120   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 121           final String progressMsg)
 122   {
 123     Thread thread = new Thread(new Runnable()
 124     {
 125
 126       @Override
 127       public void run()
 128       {
 129         long stm = cvf.startProgressBar(progressMsg);
 130         try
 131         {
 132           sendChimeraCommand(command, false);
 133         } finally
 134         {
 135           cvf.stopProgressBar(null, stm);
 136         }
 137       }
 138     });
 139     thread.start();
 140
 141   }
 142
 143
 144 }