src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  30 {
  31   private ChimeraViewFrame cvf;
  32
  33   private FeatureRenderer fr = null;
  34
  35   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  36           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  37           SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol)
  38   {
  39     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  40     cvf = chimeraViewFrame;
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
  45   {
  46     AlignmentPanel ap = (alignment == null) ? cvf.getAlignmentPanel()
  47             : (AlignmentPanel) alignment;
  48     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
  49     {
  50       if (fr == null)
  51       {
  52         fr = (jalview.gui.FeatureRenderer) ap.cloneFeatureRenderer();
  53       }
  54       else
  55       {
  56         ap.updateFeatureRenderer(fr);
  57       }
  58     }
  59
  60     return fr;
  61   }
  62
  63   @Override
  64   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  65           AlignmentViewPanel alignment)
  66   {
  67     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public void refreshGUI()
  72   {
  73     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  74     {
  75       public void run()
  76       {
  77         cvf.updateTitleAndMenus();
  78         cvf.revalidate();
  79       }
  80     });
  81   }
  82
  83   public void updateColours(Object source)
  84   {
  85     AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
  86     // ignore events from panels not used to colour this view
  87     if (!cvf.isUsedforcolourby(ap))
  88     {
  89       return;
  90     }
  91     if (!isLoadingFromArchive())
  92     {
  93       colourBySequence(ap.av.isShowSequenceFeatures(), ap);
  94     }
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public void releaseReferences(Object svl)
  99   {
 100   }
 101
 102   @Override
 103   protected void releaseUIResources()
 104   {
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public void refreshPdbEntries()
 109   {
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Send an asynchronous command to Chimera, in a new thread, optionally with
 114    * an 'in progress' message in a progress bar somewhere
 115    */
 116   protected void sendAsynchronousCommand(final String command,
 117           final String progressMsg)
 118   {
 119     Thread thread = new Thread(new Runnable()
 120     {
 121
 122       @Override
 123       public void run()
 124       {
 125         long stm = cvf.startProgressBar(progressMsg);
 126         try
 127         {
 128           sendChimeraCommand(command, false);
 129         } finally
 130         {
 131           cvf.stopProgressBar(null, stm);
 132         }
 133       }
 134     });
 135     thread.start();
 136
 137   }
 138 }