src/jalview/gui/JalviewChimeraBindingModel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import javax.swing.JComponent;
  24 import javax.swing.SwingUtilities;
  25
  26 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  27 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  28 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  29 import jalview.datamodel.SequenceI;
  30 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  31 import jalview.io.DataSourceType;
  32 import jalview.structure.AtomSpec;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34
  35 public class JalviewChimeraBindingModel extends JalviewChimeraBinding
  36 {
  37   public JalviewChimeraBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  38           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  39           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  40   {
  41     super(ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  42     setViewer(chimeraViewFrame);
  43   }
  44
  45   @Override
  46   public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  47           AlignmentViewPanel alignment)
  48   {
  49     return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public void refreshGUI()
  54   {
  55     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  56     {
  57       @Override
  58       public void run()
  59       {
  60         JalviewStructureDisplayI theViewer = getViewer();
  61         theViewer.updateTitleAndMenus();
  62         ((JComponent) theViewer).revalidate();
  63       }
  64     });
  65   }
  66 }