src/jalview/gui/JalviewChimeraXBindingModel.java

   1 package jalview.gui;
   2
   3 import java.util.List;
   4
   5 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.ChimeraModel;
   6 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
   7 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager.ModelType;
   8 import jalview.datamodel.PDBEntry;
   9 import jalview.datamodel.SequenceI;
  10 import jalview.ext.rbvi.chimera.ChimeraXCommands;
  11 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  12 import jalview.io.DataSourceType;
  13 import jalview.structure.StructureCommand;
  14 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  15
  16 public class JalviewChimeraXBindingModel extends JalviewChimeraBindingModel
  17 {
  18
  19   public JalviewChimeraXBindingModel(ChimeraViewFrame chimeraViewFrame,
  20           StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  21           SequenceI[][] sequenceIs, DataSourceType protocol)
  22   {
  23     super(chimeraViewFrame, ssm, pdbentry, sequenceIs, protocol);
  24     setStructureCommands(new ChimeraXCommands());
  25   }
  26
  27   @Override
  28   protected List<String> getChimeraPaths()
  29   {
  30     return StructureManager.getChimeraPaths(true);
  31   }
  32
  33   @Override
  34   protected void addChimeraModel(PDBEntry pe,
  35           List<ChimeraModel> modelsToMap)
  36   {
  37     /*
  38      * ChimeraX hack: force chimera model name to pdbId here
  39      */
  40     int modelNumber = chimeraMaps.size() + 1;
  41     String command = "setattr #" + modelNumber + " models name "
  42             + pe.getId();
  43     executeCommand(new StructureCommand(command), false);
  44     modelsToMap.add(new ChimeraModel(pe.getId(), ModelType.PDB_MODEL,
  45             modelNumber, 0));
  46   }
  47
  48   /**
  49    * {@inheritDoc}
  50    *
  51    * @return
  52    */
  53   @Override
  54   protected String getCommandFileExtension()
  55   {
  56     return ".cxc";
  57   }
  58
  59   /**
  60    * Returns the file extension to use for a saved viewer session file (.cxs)
  61    *
  62    * @return
  63    * @see https://www.cgl.ucsf.edu/chimerax/docs/user/commands/save.html#sesformat
  64    */
  65   @Override
  66   public String getSessionFileExtension()
  67   {
  68     return ".cxs";
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public String getHelpURL()
  73   {
  74     return "http://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/user/index.html";
  75   }
  76
  77   @Override
  78   protected ViewerType getViewerType()
  79   {
  80     return ViewerType.CHIMERAX;
  81   }
  82
  83   @Override
  84   protected String getModelId(int pdbfnum, String file)
  85   {
  86     return String.valueOf(pdbfnum + 1);
  87   }
  88
  89 }