src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  22 import jalview.ws.params.OptionI;
  23 import jalview.ws.params.ParameterI;
  24 import jalview.ws.params.ValueConstrainI;
  25 import jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType;
  26
  27 import java.awt.BorderLayout;
  28 import java.awt.Component;
  29 import java.awt.Dimension;
  30 import java.awt.Font;
  31 import java.awt.GridLayout;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.KeyEvent;
  36 import java.awt.event.KeyListener;
  37 import java.awt.event.MouseEvent;
  38 import java.awt.event.MouseListener;
  39 import java.net.URL;
  40 import java.util.ArrayList;
  41 import java.util.Hashtable;
  42 import java.util.List;
  43 import java.util.Map;
  44
  45 import javax.swing.JButton;
  46 import javax.swing.JCheckBox;
  47 import javax.swing.JComboBox;
  48 import javax.swing.JComponent;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JMenuItem;
  51 import javax.swing.JPanel;
  52 import javax.swing.JPopupMenu;
  53 import javax.swing.JScrollPane;
  54 import javax.swing.JSlider;
  55 import javax.swing.JTextArea;
  56 import javax.swing.JTextField;
  57 import javax.swing.border.TitledBorder;
  58 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  59 import javax.swing.event.ChangeListener;
  60
  61 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  62
  63 /**
  64  * GUI generator/manager for options and parameters. Originally abstracted from
  65  * the WsJobParameters dialog box.
  66  *
  67  * @author jprocter
  68  *
  69  */
  70 public class OptsAndParamsPage
  71 {
  72   /**
  73    * compact or verbose style parameters
  74    */
  75   boolean compact = false;
  76
  77   public class OptionBox extends JPanel implements MouseListener,
  78           ActionListener
  79   {
  80     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
  81
  82     final URL finfo;
  83
  84     boolean hasLink = false;
  85
  86     boolean initEnabled = false;
  87
  88     String initVal = null;
  89
  90     OptionI option;
  91
  92     JLabel optlabel = new JLabel();
  93
  94     JComboBox val = new JComboBox();
  95
  96     public OptionBox(OptionI opt)
  97     {
  98       option = opt;
  99       setLayout(new BorderLayout());
 100       enabled.setSelected(opt.isRequired()); // TODO: lock required options
 101       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 102       enabled.setText("");
 103       enabled.setText(opt.getName());
 104       enabled.addActionListener(this);
 105       finfo = option.getFurtherDetails();
 106       String desc = opt.getDescription();
 107       if (finfo != null)
 108       {
 109         hasLink = true;
 110
 111         enabled.setToolTipText("<html>"
 112                 + JvSwingUtils
 113                         .wrapTooltip(((desc == null || desc.trim().length()==0) ? "see further details by right-clicking"
 114                                 : desc)
 115                                 + "<br><img src=\"" + linkImageURL + "\"/>")
 116                 + "</html>");
 117         enabled.addMouseListener(this);
 118       }
 119       else
 120       {
 121         if (desc != null && desc.trim().length()>0)
 122         {
 123           enabled.setToolTipText("<html>"
 124                   + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription())
 125                   + "</html>");
 126         }
 127       }
 128       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 129       for (Object str : opt.getPossibleValues())
 130       {
 131         val.addItem((String) str);
 132       }
 133       val.setSelectedItem((String) opt.getValue());
 134       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 135       {
 136         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 137         val.addActionListener(this);
 138         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 139       }
 140       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 141       // and to update list of parameters if an option is enabled
 142       // that takes a value. JBPNote: is this TODO still valid ?
 143       setInitialValue();
 144     }
 145
 146     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 147     {
 148       if (e.getSource() != enabled)
 149       {
 150         enabled.setSelected(true);
 151       }
 152       checkIfModified();
 153     }
 154
 155     private void checkIfModified()
 156     {
 157       boolean notmod = (initEnabled == enabled.isSelected());
 158       if (enabled.isSelected())
 159       {
 160         if (initVal != null)
 161         {
 162           notmod &= initVal.equals(val.getSelectedItem());
 163         }
 164         else
 165         {
 166           // compare against default service setting
 167           notmod &= option.getValue() == null
 168                   || option.getValue().equals(val.getSelectedItem());
 169         }
 170       }
 171       else
 172       {
 173         notmod &= (initVal != null) ? initVal.equals(val.getSelectedItem())
 174                 : val.getSelectedItem() != initVal;
 175       }
 176       poparent.argSetModified(this, !notmod);
 177     }
 178
 179     public OptionI getOptionIfEnabled()
 180     {
 181       if (!enabled.isSelected())
 182       {
 183         return null;
 184       }
 185       OptionI opt = option.copy();
 186       if (opt.getPossibleValues() != null
 187               && opt.getPossibleValues().size() == 1)
 188       {
 189         // Hack to make sure the default value for an enabled option with only
 190         // one value is actually returned
 191         opt.setValue(opt.getPossibleValues().get(0));
 192       }
 193       if (val.getSelectedItem() != null)
 194       {
 195         opt.setValue((String) val.getSelectedItem());
 196       }
 197       else
 198       {
 199         if (option.getValue() != null)
 200         {
 201           opt.setValue(option.getValue());
 202         }
 203       }
 204       return opt;
 205     }
 206
 207     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 208     {
 209       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 210       {
 211         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 212       }
 213     }
 214
 215     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 216     {
 217       // TODO Auto-generated method stub
 218
 219     }
 220
 221     public void mouseExited(MouseEvent e)
 222     {
 223       // TODO Auto-generated method stub
 224
 225     }
 226
 227     public void mousePressed(MouseEvent e)
 228     {
 229       // TODO Auto-generated method stub
 230
 231     }
 232
 233     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 234     {
 235       // TODO Auto-generated method stub
 236
 237     }
 238
 239
 240     public void resetToDefault(boolean setDefaultParams)
 241     {
 242       enabled.setSelected(false);
 243       if (option.isRequired() || (setDefaultParams && option.getValue()!=null))
 244       {
 245         // Apply default value
 246         selectOption(option, option.getValue());
 247       }
 248     }
 249
 250     public void setInitialValue()
 251     {
 252       initEnabled = enabled.isSelected();
 253       if (option.getPossibleValues() != null
 254               && option.getPossibleValues().size() > 1)
 255       {
 256         initVal = (String) val.getSelectedItem();
 257       }
 258       else
 259       {
 260         initVal = (initEnabled) ? (String) val.getSelectedItem() : null;
 261       }
 262     }
 263
 264   }
 265
 266   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 267           ActionListener, MouseListener
 268   {
 269     boolean adjusting = false;
 270
 271     boolean choice = false;
 272
 273     JComboBox choicebox;
 274
 275     JPanel controlPanel = new JPanel();
 276
 277     boolean descisvisible = false;
 278
 279     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 280
 281     final URL finfo;
 282
 283     boolean integ = false;
 284
 285     Object lastVal;
 286
 287     ParameterI parameter;
 288
 289     final OptsParametersContainerI pmdialogbox;
 290
 291     JPanel settingPanel = new JPanel();
 292
 293     JButton showDesc = new JButton();
 294
 295     JSlider slider = null;
 296
 297     JTextArea string = new JTextArea();
 298
 299     ValueConstrainI validator = null;
 300
 301     JTextField valueField = null;
 302
 303     public ParamBox(final OptsParametersContainerI pmlayout, ParameterI parm)
 304     {
 305       pmdialogbox = pmlayout;
 306       finfo = parm.getFurtherDetails();
 307       validator = parm.getValidValue();
 308       parameter = parm;
 309       if (validator != null)
 310       {
 311         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 312       }
 313       else
 314       {
 315         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 316         {
 317           choice = true;
 318         }
 319       }
 320
 321       if (!compact)
 322       {
 323         makeExpanderParam(parm);
 324       }
 325       else
 326       {
 327         makeCompactParam(parm);
 328
 329       }
 330     }
 331
 332     private void makeCompactParam(ParameterI parm)
 333     {
 334       setLayout(new MigLayout("", "[][grow]"));
 335
 336       String ttipText = null;
 337
 338       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 339
 340       if (parm.getDescription() != null
 341               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 342       {
 343         // Only create description boxes if there actually is a description.
 344         ttipText = ("<html>"
 345                 + JvSwingUtils
 346                         .wrapTooltip(parm.getDescription()
 347                                 + (finfo != null ? "<br><img src=\""
 348                                         + linkImageURL
 349                                         + "\"/> Right click for further information."
 350                                         : "")) + "</html>");
 351       }
 352
 353       JvSwingUtils.mgAddtoLayout(this, ttipText,
 354               new JLabel(parm.getName()), controlPanel, "");
 355       updateControls(parm);
 356       validate();
 357     }
 358
 359     private void makeExpanderParam(ParameterI parm)
 360     {
 361       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 362       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 363       setLayout(null);
 364       showDesc.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 6));
 365       showDesc.setText("+");
 366       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 367       string.setBackground(getBackground());
 368
 369       string.setEditable(false);
 370       descPanel.getViewport().setView(string);
 371
 372       descPanel.setVisible(false);
 373
 374       JPanel firstrow = new JPanel();
 375       firstrow.setLayout(null);
 376       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 377       controlPanel.setBounds(new Rectangle(39, 10, PARAM_WIDTH - 70,
 378               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 50));
 379       firstrow.add(controlPanel);
 380       firstrow.setBounds(new Rectangle(10, 20, PARAM_WIDTH - 30,
 381               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 30));
 382
 383       final ParamBox me = this;
 384
 385       if (parm.getDescription() != null
 386               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 387       {
 388         // Only create description boxes if there actually is a description.
 389         if (finfo != null)
 390         {
 391           showDesc.setToolTipText("<html>"
 392                   + JvSwingUtils
 393                           .wrapTooltip("Click to show brief description<br><img src=\""
 394                                   + linkImageURL
 395                                   + "\"/> Right click for further information.")
 396                   + "</html>");
 397           showDesc.addMouseListener(this);
 398         }
 399         else
 400         {
 401           showDesc.setToolTipText("<html>"
 402                   + JvSwingUtils
 403                           .wrapTooltip("Click to show brief description.")
 404                   + "</html>");
 405         }
 406         showDesc.addActionListener(new ActionListener()
 407         {
 408
 409           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 410           {
 411             descisvisible = !descisvisible;
 412             descPanel.setVisible(descisvisible);
 413             descPanel.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 414             me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH,
 415                     (descisvisible) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 416             me.validate();
 417             pmdialogbox.refreshParamLayout();
 418           }
 419         });
 420         string.setWrapStyleWord(true);
 421         string.setLineWrap(true);
 422         string.setColumns(32);
 423         string.setText(parm.getDescription());
 424         showDesc.setBounds(new Rectangle(10, 10, 16, 16));
 425         firstrow.add(showDesc);
 426       }
 427       add(firstrow);
 428       validator = parm.getValidValue();
 429       parameter = parm;
 430       if (validator != null)
 431       {
 432         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 433       }
 434       else
 435       {
 436         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 437         {
 438           choice = true;
 439         }
 440       }
 441       updateControls(parm);
 442       descPanel.setBounds(new Rectangle(10, PARAM_CLOSEDHEIGHT,
 443               PARAM_WIDTH - 20, PARAM_HEIGHT - PARAM_CLOSEDHEIGHT - 5));
 444       add(descPanel);
 445       validate();
 446     }
 447
 448     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 449     {
 450       if (adjusting)
 451       {
 452         return;
 453       }
 454       if (!choice)
 455       {
 456         updateSliderFromValueField();
 457       }
 458       checkIfModified();
 459     }
 460
 461     private void checkIfModified()
 462     {
 463       Object cstate = updateSliderFromValueField();
 464       boolean notmod = false;
 465       if (cstate.getClass() == lastVal.getClass())
 466       {
 467         if (cstate instanceof int[])
 468         {
 469           notmod = (((int[]) cstate)[0] == ((int[]) lastVal)[0]);
 470         }
 471         else if (cstate instanceof float[])
 472         {
 473           notmod = (((float[]) cstate)[0] == ((float[]) lastVal)[0]);
 474         }
 475         else if (cstate instanceof String[])
 476         {
 477           notmod = (((String[]) cstate)[0].equals(((String[]) lastVal)[0]));
 478         }
 479       }
 480       pmdialogbox.argSetModified(this, !notmod);
 481     }
 482
 483     @Override
 484     public int getBaseline(int width, int height)
 485     {
 486       return 0;
 487     }
 488
 489     // from
 490     // http://stackoverflow.com/questions/2743177/top-alignment-for-flowlayout
 491     // helpful hint of using the Java 1.6 alignBaseLine property of FlowLayout
 492     @Override
 493     public Component.BaselineResizeBehavior getBaselineResizeBehavior()
 494     {
 495       return Component.BaselineResizeBehavior.CONSTANT_ASCENT;
 496     }
 497
 498     public int getBoxHeight()
 499     {
 500       return (descisvisible ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 501     }
 502
 503     public ParameterI getParameter()
 504     {
 505       ParameterI prm = parameter.copy();
 506       if (choice)
 507       {
 508         prm.setValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 509       }
 510       else
 511       {
 512         prm.setValue(valueField.getText());
 513       }
 514       return prm;
 515     }
 516
 517     public void init()
 518     {
 519       // reset the widget's initial value.
 520       lastVal = null;
 521     }
 522
 523     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 524     {
 525       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 526       {
 527         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 528       }
 529     }
 530
 531     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 532     {
 533       // TODO Auto-generated method stub
 534
 535     }
 536
 537     public void mouseExited(MouseEvent e)
 538     {
 539       // TODO Auto-generated method stub
 540
 541     }
 542
 543     public void mousePressed(MouseEvent e)
 544     {
 545       // TODO Auto-generated method stub
 546
 547     }
 548
 549     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 550     {
 551       // TODO Auto-generated method stub
 552
 553     }
 554
 555     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 556     {
 557       if (!adjusting)
 558       {
 559         valueField.setText(""
 560                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 561                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 562         checkIfModified();
 563       }
 564
 565     }
 566
 567     public void updateControls(ParameterI parm)
 568     {
 569       adjusting = true;
 570       boolean init = (choicebox == null && valueField == null);
 571       if (init)
 572       {
 573         if (choice)
 574         {
 575           choicebox = new JComboBox();
 576           choicebox.addActionListener(this);
 577           controlPanel.add(choicebox, BorderLayout.CENTER);
 578         }
 579         else
 580         {
 581           slider = new JSlider();
 582           slider.addChangeListener(this);
 583           valueField = new JTextField();
 584           valueField.addActionListener(this);
 585           valueField.addKeyListener(new KeyListener()
 586           {
 587
 588             @Override
 589             public void keyTyped(KeyEvent e)
 590             {
 591             }
 592
 593             @Override
 594             public void keyReleased(KeyEvent e)
 595             {
 596               if (valueField.getText().trim().length() > 0)
 597               {
 598                 actionPerformed(null);
 599               }
 600             }
 601
 602             @Override
 603             public void keyPressed(KeyEvent e)
 604             {
 605             }
 606           });
 607           valueField.setPreferredSize(new Dimension(60, 25));
 608           controlPanel.add(slider, BorderLayout.WEST);
 609           controlPanel.add(valueField, BorderLayout.EAST);
 610
 611         }
 612       }
 613
 614       if (parm != null)
 615       {
 616         if (choice)
 617         {
 618           if (init)
 619           {
 620             List vals = parm.getPossibleValues();
 621             for (Object val : vals)
 622             {
 623               choicebox.addItem(val);
 624             }
 625           }
 626
 627           if (parm.getValue() != null)
 628           {
 629             choicebox.setSelectedItem(parm.getValue());
 630           }
 631         }
 632         else
 633         {
 634           valueField.setText(parm.getValue());
 635         }
 636       }
 637       lastVal = updateSliderFromValueField();
 638       adjusting = false;
 639     }
 640
 641     public Object updateSliderFromValueField()
 642     {
 643       int iVal;
 644       float fVal;
 645       if (validator != null)
 646       {
 647         if (integ)
 648         {
 649           iVal = 0;
 650           try
 651           {
 652             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 653             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 654             if (validator.getMin() != null
 655                     && validator.getMin().intValue() > iVal)
 656             {
 657               iVal = validator.getMin().intValue();
 658               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 659               // this parameter
 660             }
 661             if (validator.getMax() != null
 662                     && validator.getMax().intValue() < iVal)
 663             {
 664               iVal = validator.getMax().intValue();
 665               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 666               // this parameter
 667             }
 668           } catch (Exception e)
 669           {
 670           }
 671           ;
 672           // update value field to reflect any bound checking we performed.
 673           valueField.setText("" + iVal);
 674           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 675           {
 676             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 677                     validator.getMin().intValue(),
 678                     validator.getMax().intValue(), true);
 679           }
 680           else
 681           {
 682             slider.setVisible(false);
 683           }
 684           return new int[]
 685           { iVal };
 686         }
 687         else
 688         {
 689           fVal = 0f;
 690           try
 691           {
 692             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 693             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 694             if (validator.getMin() != null
 695                     && validator.getMin().floatValue() > fVal)
 696             {
 697               fVal = validator.getMin().floatValue();
 698               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 699               // this parameter
 700               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 701               valueField.setText("" + fVal);
 702             }
 703             if (validator.getMax() != null
 704                     && validator.getMax().floatValue() < fVal)
 705             {
 706               fVal = validator.getMax().floatValue();
 707               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 708               // this parameter
 709               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 710               valueField.setText("" + fVal);
 711             }
 712           } catch (Exception e)
 713           {
 714           }
 715           ;
 716           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 717           {
 718             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 719                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 720                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 721           }
 722           else
 723           {
 724             slider.setVisible(false);
 725           }
 726           return new float[]
 727           { fVal };
 728         }
 729       }
 730       else
 731       {
 732         if (!choice)
 733         {
 734           slider.setVisible(false);
 735           return new String[]
 736           { valueField.getText().trim() };
 737         }
 738         else
 739         {
 740           return new String[]
 741           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 742         }
 743       }
 744
 745     }
 746   }
 747
 748   public static final int PARAM_WIDTH = 340;
 749
 750   public static final int PARAM_HEIGHT = 150;
 751
 752   public static final int PARAM_CLOSEDHEIGHT = 80;
 753
 754   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer)
 755   {
 756     this(paramContainer, false);
 757   }
 758
 759   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer,
 760           boolean compact)
 761   {
 762     poparent = paramContainer;
 763     this.compact = compact;
 764   }
 765
 766   public static void showUrlPopUp(JComponent invoker, final String finfo,
 767           int x, int y)
 768   {
 769
 770     JPopupMenu mnu = new JPopupMenu();
 771     JMenuItem mitem = new JMenuItem("View " + finfo);
 772     mitem.addActionListener(new ActionListener()
 773     {
 774
 775       @Override
 776       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 777       {
 778         Desktop.showUrl(finfo);
 779
 780       }
 781     });
 782     mnu.add(mitem);
 783     mnu.show(invoker, x, y);
 784   }
 785
 786   URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 787
 788   Map<String, OptionBox> optSet = new java.util.LinkedHashMap<String, OptionBox>();
 789
 790   Map<String, ParamBox> paramSet = new java.util.LinkedHashMap<String, ParamBox>();
 791
 792   public Map<String, OptionBox> getOptSet()
 793   {
 794     return optSet;
 795   }
 796
 797   public void setOptSet(Map<String, OptionBox> optSet)
 798   {
 799     this.optSet = optSet;
 800   }
 801
 802   public Map<String, ParamBox> getParamSet()
 803   {
 804     return paramSet;
 805   }
 806
 807   public void setParamSet(Map<String, ParamBox> paramSet)
 808   {
 809     this.paramSet = paramSet;
 810   }
 811
 812   OptsParametersContainerI poparent;
 813
 814   OptionBox addOption(OptionI opt)
 815   {
 816     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 817     if (cb == null)
 818     {
 819       cb = new OptionBox(opt);
 820       optSet.put(opt.getName(), cb);
 821       // jobOptions.add(cb, FlowLayout.LEFT);
 822     }
 823     return cb;
 824   }
 825
 826   ParamBox addParameter(ParameterI arg)
 827   {
 828     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 829     if (pb == null)
 830     {
 831       pb = new ParamBox(poparent, arg);
 832       paramSet.put(arg.getName(), pb);
 833       // paramList.add(pb);
 834     }
 835     pb.init();
 836     // take the defaults from the parameter
 837     pb.updateControls(arg);
 838     return pb;
 839   }
 840
 841   void selectOption(OptionI option, String string)
 842   {
 843     OptionBox cb = optSet.get(option.getName());
 844     if (cb == null)
 845     {
 846       cb = addOption(option);
 847     }
 848     cb.enabled.setSelected(string != null); // initial state for an option.
 849     if (string != null)
 850     {
 851       if (option.getPossibleValues().contains(string))
 852       {
 853         cb.val.setSelectedItem(string);
 854       }
 855       else
 856       {
 857         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + option);
 858       }
 859
 860     }
 861     if (option.isRequired() && !cb.enabled.isSelected())
 862     {
 863       // TODO: indicate paramset is not valid.. option needs to be selected!
 864     }
 865     cb.setInitialValue();
 866   }
 867
 868   void setParameter(ParameterI arg)
 869   {
 870     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 871     if (pb == null)
 872     {
 873       addParameter(arg);
 874     }
 875     else
 876     {
 877       pb.updateControls(arg);
 878     }
 879
 880   }
 881
 882   /**
 883    * recover options and parameters from GUI
 884    *
 885    * @return
 886    */
 887   public List<ArgumentI> getCurrentSettings()
 888   {
 889     List<ArgumentI> argSet = new ArrayList<ArgumentI>();
 890     for (OptionBox opts : getOptSet().values())
 891     {
 892       OptionI opt = opts.getOptionIfEnabled();
 893       if (opt != null)
 894       {
 895         argSet.add(opt);
 896       }
 897     }
 898     for (ParamBox parambox : getParamSet().values())
 899     {
 900       ParameterI parm = parambox.getParameter();
 901       if (parm != null)
 902       {
 903         argSet.add(parm);
 904       }
 905     }
 906
 907     return argSet;
 908   }
 909
 910 }