src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

   1 /*******************************************************************************
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  *******************************************************************************/
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  21 import jalview.ws.params.OptionI;
  22 import jalview.ws.params.ParameterI;
  23 import jalview.ws.params.ValueConstrainI;
  24 import jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType;
  25
  26 import java.awt.BorderLayout;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Rectangle;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.KeyListener;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JCheckBox;
  46 import javax.swing.JComboBox;
  47 import javax.swing.JComponent;
  48 import javax.swing.JLabel;
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JPopupMenu;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53 import javax.swing.JSlider;
  54 import javax.swing.JTextArea;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.border.TitledBorder;
  57 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  58 import javax.swing.event.ChangeListener;
  59
  60 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  61
  62 /**
  63  * GUI generator/manager for options and parameters. Originally abstracted from
  64  * the WsJobParameters dialog box.
  65  *
  66  * @author jprocter
  67  *
  68  */
  69 public class OptsAndParamsPage
  70 {
  71   /**
  72    * compact or verbose style parameters
  73    */
  74   boolean compact = false;
  75
  76   public class OptionBox extends JPanel implements MouseListener,
  77           ActionListener
  78   {
  79     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
  80
  81     final URL finfo;
  82
  83     boolean hasLink = false;
  84
  85     boolean initEnabled = false;
  86
  87     String initVal = null;
  88
  89     OptionI option;
  90
  91     JLabel optlabel = new JLabel();
  92
  93     JComboBox val = new JComboBox();
  94
  95     public OptionBox(OptionI opt)
  96     {
  97       option = opt;
  98       setLayout(new BorderLayout());
  99       enabled.setSelected(opt.isRequired()); // TODO: lock required options
 100       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 101       enabled.setText("");
 102       enabled.setText(opt.getName());
 103       enabled.addActionListener(this);
 104       finfo = option.getFurtherDetails();
 105       String desc = opt.getDescription();
 106       if (finfo != null)
 107       {
 108         hasLink = true;
 109
 110         enabled.setToolTipText("<html>"
 111                 + JvSwingUtils
 112                         .wrapTooltip(((desc == null) ? "see further details by right-clicking"
 113                                 : desc)
 114                                 + "<br><img src=\"" + linkImageURL + "\"/>")
 115                 + "</html>");
 116         enabled.addMouseListener(this);
 117       }
 118       else
 119       {
 120         if (desc != null)
 121         {
 122           enabled.setToolTipText("<html>"
 123                   + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription())
 124                   + "</html>");
 125         }
 126       }
 127       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 128       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 129       {
 130         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 131         for (Object str : opt.getPossibleValues())
 132         {
 133           val.addItem((String) str);
 134         }
 135         val.setSelectedItem((String) opt.getValue());
 136         val.addActionListener(this);
 137         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 138       }
 139       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 140       // and to update list of parameters if an option is enabled
 141       // that takes a value. JBPNote: is this TODO still valid ?
 142       setInitialValue();
 143     }
 144
 145     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146     {
 147       if (e.getSource() != enabled)
 148       {
 149         enabled.setSelected(true);
 150       }
 151       checkIfModified();
 152     }
 153
 154     private void checkIfModified()
 155     {
 156       boolean notmod = (initEnabled == enabled.isSelected());
 157       if (enabled.isSelected())
 158       {
 159         if (initVal != null)
 160         {
 161           notmod &= initVal.equals(val.getSelectedItem());
 162         }
 163         else
 164         {
 165           // compare against default service setting
 166           notmod &= option.getValue() == null
 167                   || option.getValue().equals(val.getSelectedItem());
 168         }
 169       }
 170       else
 171       {
 172         notmod &= initVal == null;
 173       }
 174       poparent.argSetModified(this, !notmod);
 175     }
 176
 177     public OptionI getOptionIfEnabled()
 178     {
 179       if (!enabled.isSelected())
 180       {
 181         return null;
 182       }
 183       OptionI opt = option.copy();
 184
 185       if (val.getSelectedItem() != null)
 186       {
 187         opt.setValue((String) val.getSelectedItem());
 188       }
 189       return opt;
 190     }
 191
 192     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 193     {
 194       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 195       {
 196         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 197       }
 198     }
 199
 200     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 201     {
 202       // TODO Auto-generated method stub
 203
 204     }
 205
 206     public void mouseExited(MouseEvent e)
 207     {
 208       // TODO Auto-generated method stub
 209
 210     }
 211
 212     public void mousePressed(MouseEvent e)
 213     {
 214       // TODO Auto-generated method stub
 215
 216     }
 217
 218     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 219     {
 220       // TODO Auto-generated method stub
 221
 222     }
 223
 224     public void resetToDefault()
 225     {
 226       enabled.setSelected(false);
 227       if (option.isRequired())
 228       {
 229         // Apply default value
 230         selectOption(option, option.getValue());
 231       }
 232     }
 233
 234     public void setInitialValue()
 235     {
 236       initEnabled = enabled.isSelected();
 237       if (option.getPossibleValues() != null
 238               && option.getPossibleValues().size() > 1)
 239       {
 240         initVal = (String) val.getSelectedItem();
 241       }
 242       else
 243       {
 244         initVal = (initEnabled) ? option.getValue() : null;
 245       }
 246     }
 247
 248   }
 249
 250   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 251           ActionListener, MouseListener
 252   {
 253     boolean adjusting = false;
 254
 255     boolean choice = false;
 256
 257     JComboBox choicebox;
 258
 259     JPanel controlPanel = new JPanel();
 260
 261     boolean descisvisible = false;
 262
 263     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 264
 265     final URL finfo;
 266
 267     boolean integ = false;
 268
 269     Object lastVal;
 270
 271     ParameterI parameter;
 272
 273     final OptsParametersContainerI pmdialogbox;
 274
 275     JPanel settingPanel = new JPanel();
 276
 277     JButton showDesc = new JButton();
 278
 279     JSlider slider = null;
 280
 281     JTextArea string = new JTextArea();
 282
 283     ValueConstrainI validator = null;
 284
 285     JTextField valueField = null;
 286
 287     public ParamBox(final OptsParametersContainerI pmlayout, ParameterI parm)
 288     {
 289       pmdialogbox = pmlayout;
 290       finfo = parm.getFurtherDetails();
 291       validator = parm.getValidValue();
 292       parameter = parm;
 293       if (validator != null)
 294       {
 295         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 300         {
 301           choice = true;
 302         }
 303       }
 304
 305       if (!compact)
 306       {
 307         makeExpanderParam(parm);
 308       }
 309       else
 310       {
 311         makeCompactParam(parm);
 312
 313       }
 314     }
 315
 316     private void makeCompactParam(ParameterI parm)
 317     {
 318       setLayout(new MigLayout("","[][grow]"));
 319
 320       String ttipText=null;
 321
 322       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 323
 324       if (parm.getDescription() != null
 325               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 326       {
 327         // Only create description boxes if there actually is a description.
 328         ttipText = ("<html>"
 329                   + JvSwingUtils
 330                           .wrapTooltip(parm.getDescription()+(finfo!=null ?"<br><img src=\""
 331                                   + linkImageURL
 332                                   + "\"/> Right click for further information.":""))
 333                   + "</html>");
 334       }
 335
 336       JvSwingUtils.mgAddtoLayout(this, ttipText, new JLabel(parm.getName()),controlPanel, "");
 337       updateControls(parm);
 338       validate();
 339     }
 340
 341     private void makeExpanderParam(ParameterI parm)
 342     {
 343       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 344       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 345       setLayout(null);
 346       showDesc.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 6));
 347       showDesc.setText("+");
 348       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 349       string.setBackground(getBackground());
 350
 351       string.setEditable(false);
 352       descPanel.getViewport().setView(string);
 353
 354       descPanel.setVisible(false);
 355
 356       JPanel firstrow = new JPanel();
 357       firstrow.setLayout(null);
 358       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 359       controlPanel.setBounds(new Rectangle(39, 10, PARAM_WIDTH - 70,
 360               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 50));
 361       firstrow.add(controlPanel);
 362       firstrow.setBounds(new Rectangle(10, 20, PARAM_WIDTH - 30,
 363               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 30));
 364
 365       final ParamBox me = this;
 366
 367       if (parm.getDescription() != null
 368               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 369       {
 370         // Only create description boxes if there actually is a description.
 371         if (finfo != null)
 372         {
 373           showDesc.setToolTipText("<html>"
 374                   + JvSwingUtils
 375                           .wrapTooltip("Click to show brief description<br><img src=\""
 376                                   + linkImageURL
 377                                   + "\"/> Right click for further information.")
 378                   + "</html>");
 379           showDesc.addMouseListener(this);
 380         }
 381         else
 382         {
 383           showDesc.setToolTipText("<html>"
 384                   + JvSwingUtils
 385                           .wrapTooltip("Click to show brief description.")
 386                   + "</html>");
 387         }
 388         showDesc.addActionListener(new ActionListener()
 389         {
 390
 391           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 392           {
 393             descisvisible = !descisvisible;
 394             descPanel.setVisible(descisvisible);
 395             descPanel.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 396             me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH,
 397                     (descisvisible) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 398             me.validate();
 399             pmdialogbox.refreshParamLayout();
 400           }
 401         });
 402         string.setWrapStyleWord(true);
 403         string.setLineWrap(true);
 404         string.setColumns(32);
 405         string.setText(parm.getDescription());
 406         showDesc.setBounds(new Rectangle(10, 10, 16, 16));
 407         firstrow.add(showDesc);
 408       }
 409       add(firstrow);
 410       validator = parm.getValidValue();
 411       parameter = parm;
 412       if (validator != null)
 413       {
 414         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 415       }
 416       else
 417       {
 418         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 419         {
 420           choice = true;
 421         }
 422       }
 423       updateControls(parm);
 424       descPanel.setBounds(new Rectangle(10, PARAM_CLOSEDHEIGHT,
 425               PARAM_WIDTH - 20, PARAM_HEIGHT - PARAM_CLOSEDHEIGHT - 5));
 426       add(descPanel);
 427       validate();
 428     }
 429
 430     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 431     {
 432       if (adjusting)
 433       {
 434         return;
 435       }
 436       if (!choice)
 437       {
 438         updateSliderFromValueField();
 439       }
 440       checkIfModified();
 441     }
 442
 443     private void checkIfModified()
 444     {
 445       Object cstate = updateSliderFromValueField();
 446       boolean notmod = false;
 447       if (cstate.getClass() == lastVal.getClass())
 448       {
 449         if (cstate instanceof int[])
 450         {
 451           notmod = (((int[]) cstate)[0] == ((int[]) lastVal)[0]);
 452         }
 453         else if (cstate instanceof float[])
 454         {
 455           notmod = (((float[]) cstate)[0] == ((float[]) lastVal)[0]);
 456         }
 457         else if (cstate instanceof String[])
 458         {
 459           notmod = (((String[]) cstate)[0].equals(((String[]) lastVal)[0]));
 460         }
 461       }
 462       pmdialogbox.argSetModified(this, !notmod);
 463     }
 464
 465     @Override
 466     public int getBaseline(int width, int height)
 467     {
 468       return 0;
 469     }
 470
 471     // from
 472     // http://stackoverflow.com/questions/2743177/top-alignment-for-flowlayout
 473     // helpful hint of using the Java 1.6 alignBaseLine property of FlowLayout
 474     @Override
 475     public Component.BaselineResizeBehavior getBaselineResizeBehavior()
 476     {
 477       return Component.BaselineResizeBehavior.CONSTANT_ASCENT;
 478     }
 479
 480     public int getBoxHeight()
 481     {
 482       return (descisvisible ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 483     }
 484
 485     public ParameterI getParameter()
 486     {
 487       ParameterI prm = parameter.copy();
 488       if (choice)
 489       {
 490         prm.setValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 491       }
 492       else
 493       {
 494         prm.setValue(valueField.getText());
 495       }
 496       return prm;
 497     }
 498
 499     public void init()
 500     {
 501       // reset the widget's initial value.
 502       lastVal = null;
 503     }
 504
 505     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 506     {
 507       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 508       {
 509         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 510       }
 511     }
 512
 513     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 514     {
 515       // TODO Auto-generated method stub
 516
 517     }
 518
 519     public void mouseExited(MouseEvent e)
 520     {
 521       // TODO Auto-generated method stub
 522
 523     }
 524
 525     public void mousePressed(MouseEvent e)
 526     {
 527       // TODO Auto-generated method stub
 528
 529     }
 530
 531     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 532     {
 533       // TODO Auto-generated method stub
 534
 535     }
 536
 537     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 538     {
 539       if (!adjusting)
 540       {
 541         valueField.setText(""
 542                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 543                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 544         checkIfModified();
 545       }
 546
 547     }
 548
 549     public void updateControls(ParameterI parm)
 550     {
 551       adjusting = true;
 552       boolean init = (choicebox == null && valueField == null);
 553       if (init)
 554       {
 555         if (choice)
 556         {
 557           choicebox = new JComboBox();
 558           choicebox.addActionListener(this);
 559           controlPanel.add(choicebox, BorderLayout.CENTER);
 560         }
 561         else
 562         {
 563           slider = new JSlider();
 564           slider.addChangeListener(this);
 565           valueField = new JTextField();
 566           valueField.addActionListener(this);
 567           valueField.addKeyListener(new KeyListener()
 568           {
 569
 570             @Override
 571             public void keyTyped(KeyEvent e)
 572             {
 573             }
 574
 575             @Override
 576             public void keyReleased(KeyEvent e)
 577             {
 578               if (valueField.getText().trim().length()>0)
 579                 {
 580                 actionPerformed(null);
 581                 }
 582             }
 583
 584             @Override
 585             public void keyPressed(KeyEvent e)
 586             {
 587             }
 588           });
 589           valueField.setPreferredSize(new Dimension(60, 25));
 590           controlPanel.add(slider, BorderLayout.WEST);
 591           controlPanel.add(valueField, BorderLayout.EAST);
 592
 593         }
 594       }
 595
 596       if (parm != null)
 597       {
 598         if (choice)
 599         {
 600           if (init)
 601           {
 602             List vals = parm.getPossibleValues();
 603             for (Object val : vals)
 604             {
 605               choicebox.addItem(val);
 606             }
 607           }
 608
 609           if (parm.getValue() != null)
 610           {
 611             choicebox.setSelectedItem(parm.getValue());
 612           }
 613         }
 614         else
 615         {
 616           valueField.setText(parm.getValue());
 617         }
 618       }
 619       lastVal = updateSliderFromValueField();
 620       adjusting = false;
 621     }
 622
 623     public Object updateSliderFromValueField()
 624     {
 625       int iVal;
 626       float fVal;
 627       if (validator != null)
 628       {
 629         if (integ)
 630         {
 631           iVal = 0;
 632           try
 633           {
 634             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 635             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 636             if (validator.getMin() != null
 637                     && validator.getMin().intValue() > iVal)
 638             {
 639               iVal = validator.getMin().intValue();
 640               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 641               // this parameter
 642             }
 643             if (validator.getMax() != null
 644                     && validator.getMax().intValue() < iVal)
 645             {
 646               iVal = validator.getMax().intValue();
 647               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 648               // this parameter
 649             }
 650           } catch (Exception e)
 651           {
 652           }
 653           ;
 654           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 655           {
 656             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 657                     validator.getMin().intValue(),
 658                     validator.getMax().intValue(), true);
 659           }
 660           else
 661           {
 662             slider.setVisible(false);
 663           }
 664           return new int[]
 665           { iVal };
 666         }
 667         else
 668         {
 669           fVal = 0f;
 670           try
 671           {
 672             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 673             if (validator.getMin() != null
 674                     && validator.getMin().floatValue() > fVal)
 675             {
 676               fVal = validator.getMin().floatValue();
 677               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 678               // this parameter
 679             }
 680             if (validator.getMax() != null
 681                     && validator.getMax().floatValue() < fVal)
 682             {
 683               fVal = validator.getMax().floatValue();
 684               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 685               // this parameter
 686             }
 687           } catch (Exception e)
 688           {
 689           }
 690           ;
 691           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 692           {
 693             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 694                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 695                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 696           }
 697           else
 698           {
 699             slider.setVisible(false);
 700           }
 701           return new float[]
 702           { fVal };
 703         }
 704       }
 705       else
 706       {
 707         if (!choice)
 708         {
 709           slider.setVisible(false);
 710           return new String[]
 711           { valueField.getText().trim() };
 712         }
 713         else
 714         {
 715           return new String[]
 716           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 717         }
 718       }
 719
 720     }
 721   }
 722
 723   public static final int PARAM_WIDTH = 340;
 724
 725   public static final int PARAM_HEIGHT = 150;
 726
 727   public static final int PARAM_CLOSEDHEIGHT = 80;
 728
 729   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer)
 730   {
 731     this(paramContainer,false);
 732   }
 733   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer, boolean compact)
 734   {
 735     poparent = paramContainer;
 736     this.compact=compact;
 737   }
 738
 739   public static void showUrlPopUp(JComponent invoker, final String finfo,
 740           int x, int y)
 741   {
 742
 743     JPopupMenu mnu = new JPopupMenu();
 744     JMenuItem mitem = new JMenuItem("View " + finfo);
 745     mitem.addActionListener(new ActionListener()
 746     {
 747
 748       @Override
 749       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 750       {
 751         Desktop.showUrl(finfo);
 752
 753       }
 754     });
 755     mnu.add(mitem);
 756     mnu.show(invoker, x, y);
 757   }
 758
 759   URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 760
 761   Map<String, OptionBox> optSet = new Hashtable<String, OptionBox>();
 762
 763   Map<String, ParamBox> paramSet = new Hashtable<String, ParamBox>();
 764
 765   public Map<String, OptionBox> getOptSet()
 766   {
 767     return optSet;
 768   }
 769
 770   public void setOptSet(Map<String, OptionBox> optSet)
 771   {
 772     this.optSet = optSet;
 773   }
 774
 775   public Map<String, ParamBox> getParamSet()
 776   {
 777     return paramSet;
 778   }
 779
 780   public void setParamSet(Map<String, ParamBox> paramSet)
 781   {
 782     this.paramSet = paramSet;
 783   }
 784
 785   OptsParametersContainerI poparent;
 786
 787   OptionBox addOption(OptionI opt)
 788   {
 789     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 790     if (cb == null)
 791     {
 792       cb = new OptionBox(opt);
 793       optSet.put(opt.getName(), cb);
 794       // jobOptions.add(cb, FlowLayout.LEFT);
 795     }
 796     return cb;
 797   }
 798
 799   ParamBox addParameter(ParameterI arg)
 800   {
 801     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 802     if (pb == null)
 803     {
 804       pb = new ParamBox(poparent, arg);
 805       paramSet.put(arg.getName(), pb);
 806       // paramList.add(pb);
 807     }
 808     pb.init();
 809     // take the defaults from the parameter
 810     pb.updateControls(arg);
 811     return pb;
 812   }
 813
 814   void selectOption(OptionI option, String string)
 815   {
 816     OptionBox cb = optSet.get(option.getName());
 817     if (cb == null)
 818     {
 819       cb = addOption(option);
 820     }
 821     cb.enabled.setSelected(string != null); // initial state for an option.
 822     if (string != null)
 823     {
 824       if (option.getPossibleValues().contains(string))
 825       {
 826         cb.val.setSelectedItem(string);
 827       }
 828       else
 829       {
 830         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + option);
 831       }
 832
 833     }
 834     if (option.isRequired() && !cb.enabled.isSelected())
 835     {
 836       // TODO: indicate paramset is not valid.. option needs to be selected!
 837     }
 838     cb.setInitialValue();
 839   }
 840
 841   void setParameter(ParameterI arg)
 842   {
 843     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 844     if (pb == null)
 845     {
 846       addParameter(arg);
 847     }
 848     else
 849     {
 850       pb.updateControls(arg);
 851     }
 852
 853   }
 854
 855   /**
 856    * recover options and parameters from GUI
 857    *
 858    * @return
 859    */
 860   public List<ArgumentI> getCurrentSettings()
 861   {
 862     List<ArgumentI> argSet = new ArrayList<ArgumentI>();
 863     for (OptionBox opts : getOptSet().values())
 864     {
 865       OptionI opt = opts.getOptionIfEnabled();
 866       if (opt != null)
 867       {
 868         argSet.add(opt);
 869       }
 870     }
 871     for (ParamBox parambox : getParamSet().values())
 872     {
 873       ParameterI parm = parambox.getParameter();
 874       if (parm != null)
 875       {
 876         argSet.add(parm);
 877       }
 878     }
 879
 880     return argSet;
 881   }
 882
 883 }