src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  21 import jalview.ws.params.OptionI;
  22 import jalview.ws.params.ParameterI;
  23 import jalview.ws.params.ValueConstrainI;
  24 import jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType;
  25
  26 import java.awt.BorderLayout;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Rectangle;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.KeyListener;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JCheckBox;
  46 import javax.swing.JComboBox;
  47 import javax.swing.JComponent;
  48 import javax.swing.JLabel;
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JPopupMenu;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53 import javax.swing.JSlider;
  54 import javax.swing.JTextArea;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.border.TitledBorder;
  57 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  58 import javax.swing.event.ChangeListener;
  59
  60 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  61
  62 /**
  63  * GUI generator/manager for options and parameters. Originally abstracted from
  64  * the WsJobParameters dialog box.
  65  *
  66  * @author jprocter
  67  *
  68  */
  69 public class OptsAndParamsPage
  70 {
  71   /**
  72    * compact or verbose style parameters
  73    */
  74   boolean compact = false;
  75
  76   public class OptionBox extends JPanel implements MouseListener,
  77           ActionListener
  78   {
  79     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
  80
  81     final URL finfo;
  82
  83     boolean hasLink = false;
  84
  85     boolean initEnabled = false;
  86
  87     String initVal = null;
  88
  89     OptionI option;
  90
  91     JLabel optlabel = new JLabel();
  92
  93     JComboBox val = new JComboBox();
  94
  95     public OptionBox(OptionI opt)
  96     {
  97       option = opt;
  98       setLayout(new BorderLayout());
  99       enabled.setSelected(opt.isRequired()); // TODO: lock required options
 100       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 101       enabled.setText("");
 102       enabled.setText(opt.getName());
 103       enabled.addActionListener(this);
 104       finfo = option.getFurtherDetails();
 105       String desc = opt.getDescription();
 106       if (finfo != null)
 107       {
 108         hasLink = true;
 109
 110         enabled.setToolTipText("<html>"
 111                 + JvSwingUtils
 112                         .wrapTooltip(((desc == null || desc.trim().length()==0) ? "see further details by right-clicking"
 113                                 : desc)
 114                                 + "<br><img src=\"" + linkImageURL + "\"/>")
 115                 + "</html>");
 116         enabled.addMouseListener(this);
 117       }
 118       else
 119       {
 120         if (desc != null && desc.trim().length()>0)
 121         {
 122           enabled.setToolTipText("<html>"
 123                   + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription())
 124                   + "</html>");
 125         }
 126       }
 127       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 128       for (Object str : opt.getPossibleValues())
 129       {
 130         val.addItem((String) str);
 131       }
 132       val.setSelectedItem((String) opt.getValue());
 133       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 134       {
 135         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 136         val.addActionListener(this);
 137         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 138       }
 139       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 140       // and to update list of parameters if an option is enabled
 141       // that takes a value. JBPNote: is this TODO still valid ?
 142       setInitialValue();
 143     }
 144
 145     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146     {
 147       if (e.getSource() != enabled)
 148       {
 149         enabled.setSelected(true);
 150       }
 151       checkIfModified();
 152     }
 153
 154     private void checkIfModified()
 155     {
 156       boolean notmod = (initEnabled == enabled.isSelected());
 157       if (enabled.isSelected())
 158       {
 159         if (initVal != null)
 160         {
 161           notmod &= initVal.equals(val.getSelectedItem());
 162         }
 163         else
 164         {
 165           // compare against default service setting
 166           notmod &= option.getValue() == null
 167                   || option.getValue().equals(val.getSelectedItem());
 168         }
 169       }
 170       else
 171       {
 172         notmod &= (initVal != null) ? initVal.equals(val.getSelectedItem())
 173                 : val.getSelectedItem() != initVal;
 174       }
 175       poparent.argSetModified(this, !notmod);
 176     }
 177
 178     public OptionI getOptionIfEnabled()
 179     {
 180       if (!enabled.isSelected())
 181       {
 182         return null;
 183       }
 184       OptionI opt = option.copy();
 185       if (opt.getPossibleValues() != null
 186               && opt.getPossibleValues().size() == 1)
 187       {
 188         // Hack to make sure the default value for an enabled option with only
 189         // one value is actually returned
 190         opt.setValue(opt.getPossibleValues().get(0));
 191       }
 192       if (val.getSelectedItem() != null)
 193       {
 194         opt.setValue((String) val.getSelectedItem());
 195       }
 196       else
 197       {
 198         if (option.getValue() != null)
 199         {
 200           opt.setValue(option.getValue());
 201         }
 202       }
 203       return opt;
 204     }
 205
 206     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 207     {
 208       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 209       {
 210         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 211       }
 212     }
 213
 214     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 215     {
 216       // TODO Auto-generated method stub
 217
 218     }
 219
 220     public void mouseExited(MouseEvent e)
 221     {
 222       // TODO Auto-generated method stub
 223
 224     }
 225
 226     public void mousePressed(MouseEvent e)
 227     {
 228       // TODO Auto-generated method stub
 229
 230     }
 231
 232     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 233     {
 234       // TODO Auto-generated method stub
 235
 236     }
 237
 238     public void resetToDefault()
 239     {
 240       enabled.setSelected(false);
 241       if (option.isRequired())
 242       {
 243         // Apply default value
 244         selectOption(option, option.getValue());
 245       }
 246     }
 247
 248     public void setInitialValue()
 249     {
 250       initEnabled = enabled.isSelected();
 251       if (option.getPossibleValues() != null
 252               && option.getPossibleValues().size() > 1)
 253       {
 254         initVal = (String) val.getSelectedItem();
 255       }
 256       else
 257       {
 258         initVal = (initEnabled) ? (String) val.getSelectedItem() : null;
 259       }
 260     }
 261
 262   }
 263
 264   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 265           ActionListener, MouseListener
 266   {
 267     boolean adjusting = false;
 268
 269     boolean choice = false;
 270
 271     JComboBox choicebox;
 272
 273     JPanel controlPanel = new JPanel();
 274
 275     boolean descisvisible = false;
 276
 277     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 278
 279     final URL finfo;
 280
 281     boolean integ = false;
 282
 283     Object lastVal;
 284
 285     ParameterI parameter;
 286
 287     final OptsParametersContainerI pmdialogbox;
 288
 289     JPanel settingPanel = new JPanel();
 290
 291     JButton showDesc = new JButton();
 292
 293     JSlider slider = null;
 294
 295     JTextArea string = new JTextArea();
 296
 297     ValueConstrainI validator = null;
 298
 299     JTextField valueField = null;
 300
 301     public ParamBox(final OptsParametersContainerI pmlayout, ParameterI parm)
 302     {
 303       pmdialogbox = pmlayout;
 304       finfo = parm.getFurtherDetails();
 305       validator = parm.getValidValue();
 306       parameter = parm;
 307       if (validator != null)
 308       {
 309         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 310       }
 311       else
 312       {
 313         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 314         {
 315           choice = true;
 316         }
 317       }
 318
 319       if (!compact)
 320       {
 321         makeExpanderParam(parm);
 322       }
 323       else
 324       {
 325         makeCompactParam(parm);
 326
 327       }
 328     }
 329
 330     private void makeCompactParam(ParameterI parm)
 331     {
 332       setLayout(new MigLayout("", "[][grow]"));
 333
 334       String ttipText = null;
 335
 336       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 337
 338       if (parm.getDescription() != null
 339               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 340       {
 341         // Only create description boxes if there actually is a description.
 342         ttipText = ("<html>"
 343                 + JvSwingUtils
 344                         .wrapTooltip(parm.getDescription()
 345                                 + (finfo != null ? "<br><img src=\""
 346                                         + linkImageURL
 347                                         + "\"/> Right click for further information."
 348                                         : "")) + "</html>");
 349       }
 350
 351       JvSwingUtils.mgAddtoLayout(this, ttipText,
 352               new JLabel(parm.getName()), controlPanel, "");
 353       updateControls(parm);
 354       validate();
 355     }
 356
 357     private void makeExpanderParam(ParameterI parm)
 358     {
 359       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 360       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 361       setLayout(null);
 362       showDesc.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 6));
 363       showDesc.setText("+");
 364       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 365       string.setBackground(getBackground());
 366
 367       string.setEditable(false);
 368       descPanel.getViewport().setView(string);
 369
 370       descPanel.setVisible(false);
 371
 372       JPanel firstrow = new JPanel();
 373       firstrow.setLayout(null);
 374       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 375       controlPanel.setBounds(new Rectangle(39, 10, PARAM_WIDTH - 70,
 376               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 50));
 377       firstrow.add(controlPanel);
 378       firstrow.setBounds(new Rectangle(10, 20, PARAM_WIDTH - 30,
 379               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 30));
 380
 381       final ParamBox me = this;
 382
 383       if (parm.getDescription() != null
 384               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 385       {
 386         // Only create description boxes if there actually is a description.
 387         if (finfo != null)
 388         {
 389           showDesc.setToolTipText("<html>"
 390                   + JvSwingUtils
 391                           .wrapTooltip("Click to show brief description<br><img src=\""
 392                                   + linkImageURL
 393                                   + "\"/> Right click for further information.")
 394                   + "</html>");
 395           showDesc.addMouseListener(this);
 396         }
 397         else
 398         {
 399           showDesc.setToolTipText("<html>"
 400                   + JvSwingUtils
 401                           .wrapTooltip("Click to show brief description.")
 402                   + "</html>");
 403         }
 404         showDesc.addActionListener(new ActionListener()
 405         {
 406
 407           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 408           {
 409             descisvisible = !descisvisible;
 410             descPanel.setVisible(descisvisible);
 411             descPanel.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 412             me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH,
 413                     (descisvisible) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 414             me.validate();
 415             pmdialogbox.refreshParamLayout();
 416           }
 417         });
 418         string.setWrapStyleWord(true);
 419         string.setLineWrap(true);
 420         string.setColumns(32);
 421         string.setText(parm.getDescription());
 422         showDesc.setBounds(new Rectangle(10, 10, 16, 16));
 423         firstrow.add(showDesc);
 424       }
 425       add(firstrow);
 426       validator = parm.getValidValue();
 427       parameter = parm;
 428       if (validator != null)
 429       {
 430         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 431       }
 432       else
 433       {
 434         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 435         {
 436           choice = true;
 437         }
 438       }
 439       updateControls(parm);
 440       descPanel.setBounds(new Rectangle(10, PARAM_CLOSEDHEIGHT,
 441               PARAM_WIDTH - 20, PARAM_HEIGHT - PARAM_CLOSEDHEIGHT - 5));
 442       add(descPanel);
 443       validate();
 444     }
 445
 446     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 447     {
 448       if (adjusting)
 449       {
 450         return;
 451       }
 452       if (!choice)
 453       {
 454         updateSliderFromValueField();
 455       }
 456       checkIfModified();
 457     }
 458
 459     private void checkIfModified()
 460     {
 461       Object cstate = updateSliderFromValueField();
 462       boolean notmod = false;
 463       if (cstate.getClass() == lastVal.getClass())
 464       {
 465         if (cstate instanceof int[])
 466         {
 467           notmod = (((int[]) cstate)[0] == ((int[]) lastVal)[0]);
 468         }
 469         else if (cstate instanceof float[])
 470         {
 471           notmod = (((float[]) cstate)[0] == ((float[]) lastVal)[0]);
 472         }
 473         else if (cstate instanceof String[])
 474         {
 475           notmod = (((String[]) cstate)[0].equals(((String[]) lastVal)[0]));
 476         }
 477       }
 478       pmdialogbox.argSetModified(this, !notmod);
 479     }
 480
 481     @Override
 482     public int getBaseline(int width, int height)
 483     {
 484       return 0;
 485     }
 486
 487     // from
 488     // http://stackoverflow.com/questions/2743177/top-alignment-for-flowlayout
 489     // helpful hint of using the Java 1.6 alignBaseLine property of FlowLayout
 490     @Override
 491     public Component.BaselineResizeBehavior getBaselineResizeBehavior()
 492     {
 493       return Component.BaselineResizeBehavior.CONSTANT_ASCENT;
 494     }
 495
 496     public int getBoxHeight()
 497     {
 498       return (descisvisible ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 499     }
 500
 501     public ParameterI getParameter()
 502     {
 503       ParameterI prm = parameter.copy();
 504       if (choice)
 505       {
 506         prm.setValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 507       }
 508       else
 509       {
 510         prm.setValue(valueField.getText());
 511       }
 512       return prm;
 513     }
 514
 515     public void init()
 516     {
 517       // reset the widget's initial value.
 518       lastVal = null;
 519     }
 520
 521     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 522     {
 523       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 524       {
 525         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 526       }
 527     }
 528
 529     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 530     {
 531       // TODO Auto-generated method stub
 532
 533     }
 534
 535     public void mouseExited(MouseEvent e)
 536     {
 537       // TODO Auto-generated method stub
 538
 539     }
 540
 541     public void mousePressed(MouseEvent e)
 542     {
 543       // TODO Auto-generated method stub
 544
 545     }
 546
 547     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 548     {
 549       // TODO Auto-generated method stub
 550
 551     }
 552
 553     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 554     {
 555       if (!adjusting)
 556       {
 557         valueField.setText(""
 558                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 559                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 560         checkIfModified();
 561       }
 562
 563     }
 564
 565     public void updateControls(ParameterI parm)
 566     {
 567       adjusting = true;
 568       boolean init = (choicebox == null && valueField == null);
 569       if (init)
 570       {
 571         if (choice)
 572         {
 573           choicebox = new JComboBox();
 574           choicebox.addActionListener(this);
 575           controlPanel.add(choicebox, BorderLayout.CENTER);
 576         }
 577         else
 578         {
 579           slider = new JSlider();
 580           slider.addChangeListener(this);
 581           valueField = new JTextField();
 582           valueField.addActionListener(this);
 583           valueField.addKeyListener(new KeyListener()
 584           {
 585
 586             @Override
 587             public void keyTyped(KeyEvent e)
 588             {
 589             }
 590
 591             @Override
 592             public void keyReleased(KeyEvent e)
 593             {
 594               if (valueField.getText().trim().length() > 0)
 595               {
 596                 actionPerformed(null);
 597               }
 598             }
 599
 600             @Override
 601             public void keyPressed(KeyEvent e)
 602             {
 603             }
 604           });
 605           valueField.setPreferredSize(new Dimension(60, 25));
 606           controlPanel.add(slider, BorderLayout.WEST);
 607           controlPanel.add(valueField, BorderLayout.EAST);
 608
 609         }
 610       }
 611
 612       if (parm != null)
 613       {
 614         if (choice)
 615         {
 616           if (init)
 617           {
 618             List vals = parm.getPossibleValues();
 619             for (Object val : vals)
 620             {
 621               choicebox.addItem(val);
 622             }
 623           }
 624
 625           if (parm.getValue() != null)
 626           {
 627             choicebox.setSelectedItem(parm.getValue());
 628           }
 629         }
 630         else
 631         {
 632           valueField.setText(parm.getValue());
 633         }
 634       }
 635       lastVal = updateSliderFromValueField();
 636       adjusting = false;
 637     }
 638
 639     public Object updateSliderFromValueField()
 640     {
 641       int iVal;
 642       float fVal;
 643       if (validator != null)
 644       {
 645         if (integ)
 646         {
 647           iVal = 0;
 648           try
 649           {
 650             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 651             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 652             if (validator.getMin() != null
 653                     && validator.getMin().intValue() > iVal)
 654             {
 655               iVal = validator.getMin().intValue();
 656               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 657               // this parameter
 658             }
 659             if (validator.getMax() != null
 660                     && validator.getMax().intValue() < iVal)
 661             {
 662               iVal = validator.getMax().intValue();
 663               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 664               // this parameter
 665             }
 666           } catch (Exception e)
 667           {
 668           }
 669           ;
 670           // update value field to reflect any bound checking we performed.
 671           valueField.setText("" + iVal);
 672           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 673           {
 674             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 675                     validator.getMin().intValue(),
 676                     validator.getMax().intValue(), true);
 677           }
 678           else
 679           {
 680             slider.setVisible(false);
 681           }
 682           return new int[]
 683           { iVal };
 684         }
 685         else
 686         {
 687           fVal = 0f;
 688           try
 689           {
 690             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 691             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 692             if (validator.getMin() != null
 693                     && validator.getMin().floatValue() > fVal)
 694             {
 695               fVal = validator.getMin().floatValue();
 696               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 697               // this parameter
 698               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 699               valueField.setText("" + fVal);
 700             }
 701             if (validator.getMax() != null
 702                     && validator.getMax().floatValue() < fVal)
 703             {
 704               fVal = validator.getMax().floatValue();
 705               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 706               // this parameter
 707               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 708               valueField.setText("" + fVal);
 709             }
 710           } catch (Exception e)
 711           {
 712           }
 713           ;
 714           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 715           {
 716             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 717                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 718                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 719           }
 720           else
 721           {
 722             slider.setVisible(false);
 723           }
 724           return new float[]
 725           { fVal };
 726         }
 727       }
 728       else
 729       {
 730         if (!choice)
 731         {
 732           slider.setVisible(false);
 733           return new String[]
 734           { valueField.getText().trim() };
 735         }
 736         else
 737         {
 738           return new String[]
 739           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 740         }
 741       }
 742
 743     }
 744   }
 745
 746   public static final int PARAM_WIDTH = 340;
 747
 748   public static final int PARAM_HEIGHT = 150;
 749
 750   public static final int PARAM_CLOSEDHEIGHT = 80;
 751
 752   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer)
 753   {
 754     this(paramContainer, false);
 755   }
 756
 757   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer,
 758           boolean compact)
 759   {
 760     poparent = paramContainer;
 761     this.compact = compact;
 762   }
 763
 764   public static void showUrlPopUp(JComponent invoker, final String finfo,
 765           int x, int y)
 766   {
 767
 768     JPopupMenu mnu = new JPopupMenu();
 769     JMenuItem mitem = new JMenuItem("View " + finfo);
 770     mitem.addActionListener(new ActionListener()
 771     {
 772
 773       @Override
 774       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 775       {
 776         Desktop.showUrl(finfo);
 777
 778       }
 779     });
 780     mnu.add(mitem);
 781     mnu.show(invoker, x, y);
 782   }
 783
 784   URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 785
 786   Map<String, OptionBox> optSet = new Hashtable<String, OptionBox>();
 787
 788   Map<String, ParamBox> paramSet = new Hashtable<String, ParamBox>();
 789
 790   public Map<String, OptionBox> getOptSet()
 791   {
 792     return optSet;
 793   }
 794
 795   public void setOptSet(Map<String, OptionBox> optSet)
 796   {
 797     this.optSet = optSet;
 798   }
 799
 800   public Map<String, ParamBox> getParamSet()
 801   {
 802     return paramSet;
 803   }
 804
 805   public void setParamSet(Map<String, ParamBox> paramSet)
 806   {
 807     this.paramSet = paramSet;
 808   }
 809
 810   OptsParametersContainerI poparent;
 811
 812   OptionBox addOption(OptionI opt)
 813   {
 814     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 815     if (cb == null)
 816     {
 817       cb = new OptionBox(opt);
 818       optSet.put(opt.getName(), cb);
 819       // jobOptions.add(cb, FlowLayout.LEFT);
 820     }
 821     return cb;
 822   }
 823
 824   ParamBox addParameter(ParameterI arg)
 825   {
 826     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 827     if (pb == null)
 828     {
 829       pb = new ParamBox(poparent, arg);
 830       paramSet.put(arg.getName(), pb);
 831       // paramList.add(pb);
 832     }
 833     pb.init();
 834     // take the defaults from the parameter
 835     pb.updateControls(arg);
 836     return pb;
 837   }
 838
 839   void selectOption(OptionI option, String string)
 840   {
 841     OptionBox cb = optSet.get(option.getName());
 842     if (cb == null)
 843     {
 844       cb = addOption(option);
 845     }
 846     cb.enabled.setSelected(string != null); // initial state for an option.
 847     if (string != null)
 848     {
 849       if (option.getPossibleValues().contains(string))
 850       {
 851         cb.val.setSelectedItem(string);
 852       }
 853       else
 854       {
 855         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + option);
 856       }
 857
 858     }
 859     if (option.isRequired() && !cb.enabled.isSelected())
 860     {
 861       // TODO: indicate paramset is not valid.. option needs to be selected!
 862     }
 863     cb.setInitialValue();
 864   }
 865
 866   void setParameter(ParameterI arg)
 867   {
 868     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 869     if (pb == null)
 870     {
 871       addParameter(arg);
 872     }
 873     else
 874     {
 875       pb.updateControls(arg);
 876     }
 877
 878   }
 879
 880   /**
 881    * recover options and parameters from GUI
 882    *
 883    * @return
 884    */
 885   public List<ArgumentI> getCurrentSettings()
 886   {
 887     List<ArgumentI> argSet = new ArrayList<ArgumentI>();
 888     for (OptionBox opts : getOptSet().values())
 889     {
 890       OptionI opt = opts.getOptionIfEnabled();
 891       if (opt != null)
 892       {
 893         argSet.add(opt);
 894       }
 895     }
 896     for (ParamBox parambox : getParamSet().values())
 897     {
 898       ParameterI parm = parambox.getParameter();
 899       if (parm != null)
 900       {
 901         argSet.add(parm);
 902       }
 903     }
 904
 905     return argSet;
 906   }
 907
 908 }