src/jalview/gui/OptsAndParamsPage.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  21 import jalview.ws.params.OptionI;
  22 import jalview.ws.params.ParameterI;
  23 import jalview.ws.params.ValueConstrainI;
  24 import jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType;
  25
  26 import java.awt.BorderLayout;
  27 import java.awt.Component;
  28 import java.awt.Dimension;
  29 import java.awt.Font;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Rectangle;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.ActionListener;
  34 import java.awt.event.KeyEvent;
  35 import java.awt.event.KeyListener;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.MouseListener;
  38 import java.net.URL;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.Hashtable;
  41 import java.util.List;
  42 import java.util.Map;
  43
  44 import javax.swing.JButton;
  45 import javax.swing.JCheckBox;
  46 import javax.swing.JComboBox;
  47 import javax.swing.JComponent;
  48 import javax.swing.JLabel;
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JPopupMenu;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53 import javax.swing.JSlider;
  54 import javax.swing.JTextArea;
  55 import javax.swing.JTextField;
  56 import javax.swing.border.TitledBorder;
  57 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  58 import javax.swing.event.ChangeListener;
  59
  60 import net.miginfocom.swing.MigLayout;
  61
  62 /**
  63  * GUI generator/manager for options and parameters. Originally abstracted from
  64  * the WsJobParameters dialog box.
  65  *
  66  * @author jprocter
  67  *
  68  */
  69 public class OptsAndParamsPage
  70 {
  71   /**
  72    * compact or verbose style parameters
  73    */
  74   boolean compact = false;
  75
  76   public class OptionBox extends JPanel implements MouseListener,
  77           ActionListener
  78   {
  79     JCheckBox enabled = new JCheckBox();
  80
  81     final URL finfo;
  82
  83     boolean hasLink = false;
  84
  85     boolean initEnabled = false;
  86
  87     String initVal = null;
  88
  89     OptionI option;
  90
  91     JLabel optlabel = new JLabel();
  92
  93     JComboBox val = new JComboBox();
  94
  95     public OptionBox(OptionI opt)
  96     {
  97       option = opt;
  98       setLayout(new BorderLayout());
  99       enabled.setSelected(opt.isRequired()); // TODO: lock required options
 100       enabled.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 101       enabled.setText("");
 102       enabled.setText(opt.getName());
 103       enabled.addActionListener(this);
 104       finfo = option.getFurtherDetails();
 105       String desc = opt.getDescription();
 106       if (finfo != null)
 107       {
 108         hasLink = true;
 109
 110         enabled.setToolTipText("<html>"
 111                 + JvSwingUtils
 112                         .wrapTooltip(((desc == null || desc.trim().length()==0) ? "see further details by right-clicking"
 113                                 : desc)
 114                                 + "<br><img src=\"" + linkImageURL + "\"/>")
 115                 + "</html>");
 116         enabled.addMouseListener(this);
 117       }
 118       else
 119       {
 120         if (desc != null && desc.trim().length()>0)
 121         {
 122           enabled.setToolTipText("<html>"
 123                   + JvSwingUtils.wrapTooltip(opt.getDescription())
 124                   + "</html>");
 125         }
 126       }
 127       add(enabled, BorderLayout.NORTH);
 128       for (Object str : opt.getPossibleValues())
 129       {
 130         val.addItem((String) str);
 131       }
 132       val.setSelectedItem((String) opt.getValue());
 133       if (opt.getPossibleValues().size() > 1)
 134       {
 135         setLayout(new GridLayout(1, 2));
 136         val.addActionListener(this);
 137         add(val, BorderLayout.SOUTH);
 138       }
 139       // TODO: add actionListeners for popup (to open further info),
 140       // and to update list of parameters if an option is enabled
 141       // that takes a value. JBPNote: is this TODO still valid ?
 142       setInitialValue();
 143     }
 144
 145     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 146     {
 147       if (e.getSource() != enabled)
 148       {
 149         enabled.setSelected(true);
 150       }
 151       checkIfModified();
 152     }
 153
 154     private void checkIfModified()
 155     {
 156       boolean notmod = (initEnabled == enabled.isSelected());
 157       if (enabled.isSelected())
 158       {
 159         if (initVal != null)
 160         {
 161           notmod &= initVal.equals(val.getSelectedItem());
 162         }
 163         else
 164         {
 165           // compare against default service setting
 166           notmod &= option.getValue() == null
 167                   || option.getValue().equals(val.getSelectedItem());
 168         }
 169       }
 170       else
 171       {
 172         notmod &= (initVal != null) ? initVal.equals(val.getSelectedItem())
 173                 : val.getSelectedItem() != initVal;
 174       }
 175       poparent.argSetModified(this, !notmod);
 176     }
 177
 178     public OptionI getOptionIfEnabled()
 179     {
 180       if (!enabled.isSelected())
 181       {
 182         return null;
 183       }
 184       OptionI opt = option.copy();
 185       if (opt.getPossibleValues() != null
 186               && opt.getPossibleValues().size() == 1)
 187       {
 188         // Hack to make sure the default value for an enabled option with only
 189         // one value is actually returned
 190         opt.setValue(opt.getPossibleValues().get(0));
 191       }
 192       if (val.getSelectedItem() != null)
 193       {
 194         opt.setValue((String) val.getSelectedItem());
 195       }
 196       else
 197       {
 198         if (option.getValue() != null)
 199         {
 200           opt.setValue(option.getValue());
 201         }
 202       }
 203       return opt;
 204     }
 205
 206     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 207     {
 208       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 209       {
 210         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 211       }
 212     }
 213
 214     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 215     {
 216       // TODO Auto-generated method stub
 217
 218     }
 219
 220     public void mouseExited(MouseEvent e)
 221     {
 222       // TODO Auto-generated method stub
 223
 224     }
 225
 226     public void mousePressed(MouseEvent e)
 227     {
 228       // TODO Auto-generated method stub
 229
 230     }
 231
 232     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 233     {
 234       // TODO Auto-generated method stub
 235
 236     }
 237
 238
 239     public void resetToDefault(boolean setDefaultParams)
 240     {
 241       enabled.setSelected(false);
 242       if (option.isRequired() || (setDefaultParams && option.getValue()!=null))
 243       {
 244         // Apply default value
 245         selectOption(option, option.getValue());
 246       }
 247     }
 248
 249     public void setInitialValue()
 250     {
 251       initEnabled = enabled.isSelected();
 252       if (option.getPossibleValues() != null
 253               && option.getPossibleValues().size() > 1)
 254       {
 255         initVal = (String) val.getSelectedItem();
 256       }
 257       else
 258       {
 259         initVal = (initEnabled) ? (String) val.getSelectedItem() : null;
 260       }
 261     }
 262
 263   }
 264
 265   public class ParamBox extends JPanel implements ChangeListener,
 266           ActionListener, MouseListener
 267   {
 268     boolean adjusting = false;
 269
 270     boolean choice = false;
 271
 272     JComboBox choicebox;
 273
 274     JPanel controlPanel = new JPanel();
 275
 276     boolean descisvisible = false;
 277
 278     JScrollPane descPanel = new JScrollPane();
 279
 280     final URL finfo;
 281
 282     boolean integ = false;
 283
 284     Object lastVal;
 285
 286     ParameterI parameter;
 287
 288     final OptsParametersContainerI pmdialogbox;
 289
 290     JPanel settingPanel = new JPanel();
 291
 292     JButton showDesc = new JButton();
 293
 294     JSlider slider = null;
 295
 296     JTextArea string = new JTextArea();
 297
 298     ValueConstrainI validator = null;
 299
 300     JTextField valueField = null;
 301
 302     public ParamBox(final OptsParametersContainerI pmlayout, ParameterI parm)
 303     {
 304       pmdialogbox = pmlayout;
 305       finfo = parm.getFurtherDetails();
 306       validator = parm.getValidValue();
 307       parameter = parm;
 308       if (validator != null)
 309       {
 310         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 311       }
 312       else
 313       {
 314         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 315         {
 316           choice = true;
 317         }
 318       }
 319
 320       if (!compact)
 321       {
 322         makeExpanderParam(parm);
 323       }
 324       else
 325       {
 326         makeCompactParam(parm);
 327
 328       }
 329     }
 330
 331     private void makeCompactParam(ParameterI parm)
 332     {
 333       setLayout(new MigLayout("", "[][grow]"));
 334
 335       String ttipText = null;
 336
 337       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 338
 339       if (parm.getDescription() != null
 340               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 341       {
 342         // Only create description boxes if there actually is a description.
 343         ttipText = ("<html>"
 344                 + JvSwingUtils
 345                         .wrapTooltip(parm.getDescription()
 346                                 + (finfo != null ? "<br><img src=\""
 347                                         + linkImageURL
 348                                         + "\"/> Right click for further information."
 349                                         : "")) + "</html>");
 350       }
 351
 352       JvSwingUtils.mgAddtoLayout(this, ttipText,
 353               new JLabel(parm.getName()), controlPanel, "");
 354       updateControls(parm);
 355       validate();
 356     }
 357
 358     private void makeExpanderParam(ParameterI parm)
 359     {
 360       setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH, PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 361       setBorder(new TitledBorder(parm.getName()));
 362       setLayout(null);
 363       showDesc.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 6));
 364       showDesc.setText("+");
 365       string.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 366       string.setBackground(getBackground());
 367
 368       string.setEditable(false);
 369       descPanel.getViewport().setView(string);
 370
 371       descPanel.setVisible(false);
 372
 373       JPanel firstrow = new JPanel();
 374       firstrow.setLayout(null);
 375       controlPanel.setLayout(new BorderLayout());
 376       controlPanel.setBounds(new Rectangle(39, 10, PARAM_WIDTH - 70,
 377               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 50));
 378       firstrow.add(controlPanel);
 379       firstrow.setBounds(new Rectangle(10, 20, PARAM_WIDTH - 30,
 380               PARAM_CLOSEDHEIGHT - 30));
 381
 382       final ParamBox me = this;
 383
 384       if (parm.getDescription() != null
 385               && parm.getDescription().trim().length() > 0)
 386       {
 387         // Only create description boxes if there actually is a description.
 388         if (finfo != null)
 389         {
 390           showDesc.setToolTipText("<html>"
 391                   + JvSwingUtils
 392                           .wrapTooltip("Click to show brief description<br><img src=\""
 393                                   + linkImageURL
 394                                   + "\"/> Right click for further information.")
 395                   + "</html>");
 396           showDesc.addMouseListener(this);
 397         }
 398         else
 399         {
 400           showDesc.setToolTipText("<html>"
 401                   + JvSwingUtils
 402                           .wrapTooltip("Click to show brief description.")
 403                   + "</html>");
 404         }
 405         showDesc.addActionListener(new ActionListener()
 406         {
 407
 408           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 409           {
 410             descisvisible = !descisvisible;
 411             descPanel.setVisible(descisvisible);
 412             descPanel.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 413             me.setPreferredSize(new Dimension(PARAM_WIDTH,
 414                     (descisvisible) ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT));
 415             me.validate();
 416             pmdialogbox.refreshParamLayout();
 417           }
 418         });
 419         string.setWrapStyleWord(true);
 420         string.setLineWrap(true);
 421         string.setColumns(32);
 422         string.setText(parm.getDescription());
 423         showDesc.setBounds(new Rectangle(10, 10, 16, 16));
 424         firstrow.add(showDesc);
 425       }
 426       add(firstrow);
 427       validator = parm.getValidValue();
 428       parameter = parm;
 429       if (validator != null)
 430       {
 431         integ = validator.getType() == ValueType.Integer;
 432       }
 433       else
 434       {
 435         if (parameter.getPossibleValues() != null)
 436         {
 437           choice = true;
 438         }
 439       }
 440       updateControls(parm);
 441       descPanel.setBounds(new Rectangle(10, PARAM_CLOSEDHEIGHT,
 442               PARAM_WIDTH - 20, PARAM_HEIGHT - PARAM_CLOSEDHEIGHT - 5));
 443       add(descPanel);
 444       validate();
 445     }
 446
 447     public void actionPerformed(ActionEvent e)
 448     {
 449       if (adjusting)
 450       {
 451         return;
 452       }
 453       if (!choice)
 454       {
 455         updateSliderFromValueField();
 456       }
 457       checkIfModified();
 458     }
 459
 460     private void checkIfModified()
 461     {
 462       Object cstate = updateSliderFromValueField();
 463       boolean notmod = false;
 464       if (cstate.getClass() == lastVal.getClass())
 465       {
 466         if (cstate instanceof int[])
 467         {
 468           notmod = (((int[]) cstate)[0] == ((int[]) lastVal)[0]);
 469         }
 470         else if (cstate instanceof float[])
 471         {
 472           notmod = (((float[]) cstate)[0] == ((float[]) lastVal)[0]);
 473         }
 474         else if (cstate instanceof String[])
 475         {
 476           notmod = (((String[]) cstate)[0].equals(((String[]) lastVal)[0]));
 477         }
 478       }
 479       pmdialogbox.argSetModified(this, !notmod);
 480     }
 481
 482     @Override
 483     public int getBaseline(int width, int height)
 484     {
 485       return 0;
 486     }
 487
 488     // from
 489     // http://stackoverflow.com/questions/2743177/top-alignment-for-flowlayout
 490     // helpful hint of using the Java 1.6 alignBaseLine property of FlowLayout
 491     @Override
 492     public Component.BaselineResizeBehavior getBaselineResizeBehavior()
 493     {
 494       return Component.BaselineResizeBehavior.CONSTANT_ASCENT;
 495     }
 496
 497     public int getBoxHeight()
 498     {
 499       return (descisvisible ? PARAM_HEIGHT : PARAM_CLOSEDHEIGHT);
 500     }
 501
 502     public ParameterI getParameter()
 503     {
 504       ParameterI prm = parameter.copy();
 505       if (choice)
 506       {
 507         prm.setValue((String) choicebox.getSelectedItem());
 508       }
 509       else
 510       {
 511         prm.setValue(valueField.getText());
 512       }
 513       return prm;
 514     }
 515
 516     public void init()
 517     {
 518       // reset the widget's initial value.
 519       lastVal = null;
 520     }
 521
 522     public void mouseClicked(MouseEvent e)
 523     {
 524       if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 525       {
 526         showUrlPopUp(this, finfo.toString(), e.getX(), e.getY());
 527       }
 528     }
 529
 530     public void mouseEntered(MouseEvent e)
 531     {
 532       // TODO Auto-generated method stub
 533
 534     }
 535
 536     public void mouseExited(MouseEvent e)
 537     {
 538       // TODO Auto-generated method stub
 539
 540     }
 541
 542     public void mousePressed(MouseEvent e)
 543     {
 544       // TODO Auto-generated method stub
 545
 546     }
 547
 548     public void mouseReleased(MouseEvent e)
 549     {
 550       // TODO Auto-generated method stub
 551
 552     }
 553
 554     public void stateChanged(ChangeEvent e)
 555     {
 556       if (!adjusting)
 557       {
 558         valueField.setText(""
 559                 + ((integ) ? ("" + (int) slider.getValue())
 560                         : ("" + (float) (slider.getValue() / 1000f))));
 561         checkIfModified();
 562       }
 563
 564     }
 565
 566     public void updateControls(ParameterI parm)
 567     {
 568       adjusting = true;
 569       boolean init = (choicebox == null && valueField == null);
 570       if (init)
 571       {
 572         if (choice)
 573         {
 574           choicebox = new JComboBox();
 575           choicebox.addActionListener(this);
 576           controlPanel.add(choicebox, BorderLayout.CENTER);
 577         }
 578         else
 579         {
 580           slider = new JSlider();
 581           slider.addChangeListener(this);
 582           valueField = new JTextField();
 583           valueField.addActionListener(this);
 584           valueField.addKeyListener(new KeyListener()
 585           {
 586
 587             @Override
 588             public void keyTyped(KeyEvent e)
 589             {
 590             }
 591
 592             @Override
 593             public void keyReleased(KeyEvent e)
 594             {
 595               if (valueField.getText().trim().length() > 0)
 596               {
 597                 actionPerformed(null);
 598               }
 599             }
 600
 601             @Override
 602             public void keyPressed(KeyEvent e)
 603             {
 604             }
 605           });
 606           valueField.setPreferredSize(new Dimension(60, 25));
 607           controlPanel.add(slider, BorderLayout.WEST);
 608           controlPanel.add(valueField, BorderLayout.EAST);
 609
 610         }
 611       }
 612
 613       if (parm != null)
 614       {
 615         if (choice)
 616         {
 617           if (init)
 618           {
 619             List vals = parm.getPossibleValues();
 620             for (Object val : vals)
 621             {
 622               choicebox.addItem(val);
 623             }
 624           }
 625
 626           if (parm.getValue() != null)
 627           {
 628             choicebox.setSelectedItem(parm.getValue());
 629           }
 630         }
 631         else
 632         {
 633           valueField.setText(parm.getValue());
 634         }
 635       }
 636       lastVal = updateSliderFromValueField();
 637       adjusting = false;
 638     }
 639
 640     public Object updateSliderFromValueField()
 641     {
 642       int iVal;
 643       float fVal;
 644       if (validator != null)
 645       {
 646         if (integ)
 647         {
 648           iVal = 0;
 649           try
 650           {
 651             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 652             iVal = Integer.valueOf(valueField.getText());
 653             if (validator.getMin() != null
 654                     && validator.getMin().intValue() > iVal)
 655             {
 656               iVal = validator.getMin().intValue();
 657               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 658               // this parameter
 659             }
 660             if (validator.getMax() != null
 661                     && validator.getMax().intValue() < iVal)
 662             {
 663               iVal = validator.getMax().intValue();
 664               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 665               // this parameter
 666             }
 667           } catch (Exception e)
 668           {
 669           }
 670           ;
 671           // update value field to reflect any bound checking we performed.
 672           valueField.setText("" + iVal);
 673           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 674           {
 675             slider.getModel().setRangeProperties(iVal, 1,
 676                     validator.getMin().intValue(),
 677                     validator.getMax().intValue(), true);
 678           }
 679           else
 680           {
 681             slider.setVisible(false);
 682           }
 683           return new int[]
 684           { iVal };
 685         }
 686         else
 687         {
 688           fVal = 0f;
 689           try
 690           {
 691             valueField.setText(valueField.getText().trim());
 692             fVal = Float.valueOf(valueField.getText());
 693             if (validator.getMin() != null
 694                     && validator.getMin().floatValue() > fVal)
 695             {
 696               fVal = validator.getMin().floatValue();
 697               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 698               // this parameter
 699               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 700               valueField.setText("" + fVal);
 701             }
 702             if (validator.getMax() != null
 703                     && validator.getMax().floatValue() < fVal)
 704             {
 705               fVal = validator.getMax().floatValue();
 706               // TODO: provide visual indication that hard limit was reached for
 707               // this parameter
 708               // update value field to reflect any bound checking we performed.
 709               valueField.setText("" + fVal);
 710             }
 711           } catch (Exception e)
 712           {
 713           }
 714           ;
 715           if (validator.getMin() != null && validator.getMax() != null)
 716           {
 717             slider.getModel().setRangeProperties((int) fVal * 1000, 1,
 718                     (int) validator.getMin().floatValue() * 1000,
 719                     (int) validator.getMax().floatValue() * 1000, true);
 720           }
 721           else
 722           {
 723             slider.setVisible(false);
 724           }
 725           return new float[]
 726           { fVal };
 727         }
 728       }
 729       else
 730       {
 731         if (!choice)
 732         {
 733           slider.setVisible(false);
 734           return new String[]
 735           { valueField.getText().trim() };
 736         }
 737         else
 738         {
 739           return new String[]
 740           { (String) choicebox.getSelectedItem() };
 741         }
 742       }
 743
 744     }
 745   }
 746
 747   public static final int PARAM_WIDTH = 340;
 748
 749   public static final int PARAM_HEIGHT = 150;
 750
 751   public static final int PARAM_CLOSEDHEIGHT = 80;
 752
 753   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer)
 754   {
 755     this(paramContainer, false);
 756   }
 757
 758   public OptsAndParamsPage(OptsParametersContainerI paramContainer,
 759           boolean compact)
 760   {
 761     poparent = paramContainer;
 762     this.compact = compact;
 763   }
 764
 765   public static void showUrlPopUp(JComponent invoker, final String finfo,
 766           int x, int y)
 767   {
 768
 769     JPopupMenu mnu = new JPopupMenu();
 770     JMenuItem mitem = new JMenuItem("View " + finfo);
 771     mitem.addActionListener(new ActionListener()
 772     {
 773
 774       @Override
 775       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 776       {
 777         Desktop.showUrl(finfo);
 778
 779       }
 780     });
 781     mnu.add(mitem);
 782     mnu.show(invoker, x, y);
 783   }
 784
 785   URL linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 786
 787   Map<String, OptionBox> optSet = new java.util.LinkedHashMap<String, OptionBox>();
 788
 789   Map<String, ParamBox> paramSet = new java.util.LinkedHashMap<String, ParamBox>();
 790
 791   public Map<String, OptionBox> getOptSet()
 792   {
 793     return optSet;
 794   }
 795
 796   public void setOptSet(Map<String, OptionBox> optSet)
 797   {
 798     this.optSet = optSet;
 799   }
 800
 801   public Map<String, ParamBox> getParamSet()
 802   {
 803     return paramSet;
 804   }
 805
 806   public void setParamSet(Map<String, ParamBox> paramSet)
 807   {
 808     this.paramSet = paramSet;
 809   }
 810
 811   OptsParametersContainerI poparent;
 812
 813   OptionBox addOption(OptionI opt)
 814   {
 815     OptionBox cb = optSet.get(opt.getName());
 816     if (cb == null)
 817     {
 818       cb = new OptionBox(opt);
 819       optSet.put(opt.getName(), cb);
 820       // jobOptions.add(cb, FlowLayout.LEFT);
 821     }
 822     return cb;
 823   }
 824
 825   ParamBox addParameter(ParameterI arg)
 826   {
 827     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 828     if (pb == null)
 829     {
 830       pb = new ParamBox(poparent, arg);
 831       paramSet.put(arg.getName(), pb);
 832       // paramList.add(pb);
 833     }
 834     pb.init();
 835     // take the defaults from the parameter
 836     pb.updateControls(arg);
 837     return pb;
 838   }
 839
 840   void selectOption(OptionI option, String string)
 841   {
 842     OptionBox cb = optSet.get(option.getName());
 843     if (cb == null)
 844     {
 845       cb = addOption(option);
 846     }
 847     cb.enabled.setSelected(string != null); // initial state for an option.
 848     if (string != null)
 849     {
 850       if (option.getPossibleValues().contains(string))
 851       {
 852         cb.val.setSelectedItem(string);
 853       }
 854       else
 855       {
 856         throw new Error("Invalid value " + string + " for option " + option);
 857       }
 858
 859     }
 860     if (option.isRequired() && !cb.enabled.isSelected())
 861     {
 862       // TODO: indicate paramset is not valid.. option needs to be selected!
 863     }
 864     cb.setInitialValue();
 865   }
 866
 867   void setParameter(ParameterI arg)
 868   {
 869     ParamBox pb = paramSet.get(arg.getName());
 870     if (pb == null)
 871     {
 872       addParameter(arg);
 873     }
 874     else
 875     {
 876       pb.updateControls(arg);
 877     }
 878
 879   }
 880
 881   /**
 882    * recover options and parameters from GUI
 883    *
 884    * @return
 885    */
 886   public List<ArgumentI> getCurrentSettings()
 887   {
 888     List<ArgumentI> argSet = new ArrayList<ArgumentI>();
 889     for (OptionBox opts : getOptSet().values())
 890     {
 891       OptionI opt = opts.getOptionIfEnabled();
 892       if (opt != null)
 893       {
 894         argSet.add(opt);
 895       }
 896     }
 897     for (ParamBox parambox : getParamSet().values())
 898     {
 899       ParameterI parm = parambox.getParameter();
 900       if (parm != null)
 901       {
 902         argSet.add(parm);
 903       }
 904     }
 905
 906     return argSet;
 907   }
 908
 909 }