src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.image.*;\r
  24 import javax.swing.*;\r
  25 \r
  26 public class OverviewPanel\r
  27     extends JPanel implements Runnable\r
  28 {\r
  29   BufferedImage miniMe;\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   float scalew = 1f;\r
  33   float scaleh = 1f;\r
  34   int width;\r
  35   int sequencesHeight;\r
  36   int graphHeight = 30;\r
  37   int boxX = -1;\r
  38   int boxY = -1;\r
  39   int boxWidth = -1;\r
  40   int boxHeight = -1;\r
  41   boolean resizing = false;\r
  42 \r
  43   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  44   {\r
  45     this.av = ap.av;\r
  46     this.ap = ap;\r
  47     setLayout(null);\r
  48 \r
  49     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  50     float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() /\r
  51         (float) av.alignment.getHeight();\r
  52 \r
  53     if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  54     {\r
  55       // wider\r
  56       width = 400;\r
  57       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  58     }\r
  59     else\r
  60     {\r
  61       // taller\r
  62       width = (int) (400f * initialScale);\r
  63       sequencesHeight = 300;\r
  64 \r
  65       if (width < 120)\r
  66       {\r
  67         width = 120;\r
  68       }\r
  69     }\r
  70 \r
  71     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  72     {\r
  73       public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if ( (getWidth() != width) ||\r
  76             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
  77         {\r
  78           updateOverviewImage();\r
  79         }\r
  80       }\r
  81     });\r
  82 \r
  83     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  84     {\r
  85       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  86       {\r
  87         doMouseDragged(evt);\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         doMousePressed(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  99       {\r
 100         doMouseReleased(evt);\r
 101       }\r
 102     });\r
 103 \r
 104     updateOverviewImage();\r
 105   }\r
 106 \r
 107   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 108   {\r
 109     boxX = evt.getX();\r
 110     boxY = evt.getY();\r
 111 \r
 112     checkValid();\r
 113     repaint();\r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     boxX = evt.getX();\r
 119     boxY = evt.getY();\r
 120     checkValid();\r
 121 \r
 122     if (!resizing)\r
 123     {\r
 124       ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 125                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 126     }\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 130   {\r
 131     boxX = evt.getX();\r
 132     boxY = evt.getY();\r
 133     checkValid();\r
 134 \r
 135     if (!resizing)\r
 136     {\r
 137       ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 138                          (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 139     }\r
 140   }\r
 141 \r
 142   void checkValid()\r
 143   {\r
 144     if (boxY < 0)\r
 145     {\r
 146       boxY = 0;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 150     {\r
 151       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 152     }\r
 153 \r
 154     if (boxX < 0)\r
 155     {\r
 156       boxX = 0;\r
 157     }\r
 158 \r
 159     if (boxX > (width - boxWidth))\r
 160     {\r
 161       boxX = width - boxWidth;\r
 162     }\r
 163   }\r
 164 \r
 165   public void updateOverviewImage()\r
 166   {\r
 167     if (resizing)\r
 168     {\r
 169       return;\r
 170     }\r
 171 \r
 172     resizing = true;\r
 173 \r
 174     Thread thread = new Thread(this);\r
 175     thread.start();\r
 176     repaint();\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void run()\r
 180   {\r
 181     miniMe = null;\r
 182 \r
 183     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 184     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 185 \r
 186     if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
 187     {\r
 188       width = getWidth();\r
 189       sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 190     }\r
 191 \r
 192     setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 193 \r
 194     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 195     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 196 \r
 197     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 198     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 199 \r
 200     miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 201                                BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 202 \r
 203     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 204     BufferedImage consensus = new BufferedImage(fullsizeWidth, 60,\r
 205                                                 BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);\r
 206     Graphics g = consensus.getGraphics();\r
 207     ap.annotationPanel.drawGraph(g, av.conservation, fullsizeWidth, 60);\r
 208     mg.drawImage(consensus, 0, sequencesHeight, width,\r
 209                  sequencesHeight + graphHeight, 0, 0, fullsizeWidth, 60, this);\r
 210 \r
 211     boolean oldRenderGaps = av.renderGaps;\r
 212 \r
 213     try\r
 214     {\r
 215       // We'll have to draw the full size alignment in chunks, as an image of the\r
 216       // whole alignment requires too much memory\r
 217       // Max size depends on the font size, the following is a\r
 218       // guess at a size which works\r
 219       int maxSize = 2000 / av.getFont().getSize();\r
 220       BufferedImage block;\r
 221       int blockx = 0;\r
 222       int blocky = 0;\r
 223       int blockw = 0;\r
 224       int blockh = 0;\r
 225       int eRes = 0;\r
 226       int eSeq = 0;\r
 227 \r
 228       av.setRenderGaps(false);\r
 229 \r
 230       for (int sRes = 0, chunkx = 0; sRes < alwidth;\r
 231            sRes += maxSize, chunkx++)\r
 232       {\r
 233         eSeq = 0;\r
 234         eRes += maxSize;\r
 235 \r
 236         if (eRes > alwidth)\r
 237         {\r
 238           eRes = alwidth;\r
 239         }\r
 240 \r
 241         for (int sSeq = 0, chunky = 0; sSeq < alheight;\r
 242              sSeq += maxSize, chunky++)\r
 243         {\r
 244           eSeq += maxSize;\r
 245 \r
 246           if (eSeq > alheight)\r
 247           {\r
 248             eSeq = alheight;\r
 249           }\r
 250 \r
 251           blocky = 0;\r
 252           blockx = (int) ( (float) sRes / (float) alwidth * width);\r
 253 \r
 254           block = new BufferedImage( (eRes - sRes) * av.charWidth,\r
 255                                     (eSeq - sSeq) * av.charHeight,\r
 256                                     BufferedImage.TYPE_3BYTE_BGR);\r
 257           g = block.getGraphics();\r
 258 \r
 259           ap.seqPanel.seqCanvas.drawPanel(g, sRes, eRes, sSeq, eSeq,\r
 260                                           sRes, sSeq, 0);\r
 261 \r
 262           blockh = (int) ( (float) (eSeq - sSeq) / (float) alheight *\r
 263                           sequencesHeight) +\r
 264               1;\r
 265           blockw = (int) ( (float) (eRes - sRes) / (float) alwidth * width) +\r
 266               1;\r
 267 \r
 268           blocky += (int) ( (float) sSeq / (float) alheight * sequencesHeight);\r
 269 \r
 270           mg.drawImage(block, blockx, blocky, blockx + blockw,\r
 271                        blocky + blockh, 0, 0, block.getWidth(),\r
 272                        block.getHeight(), this);\r
 273 \r
 274           block = null;\r
 275         }\r
 276       }\r
 277     }\r
 278     catch (OutOfMemoryError error)\r
 279     {\r
 280       System.err.println(\r
 281           "Out of memory when trying to calculate the overview window image!");\r
 282     }\r
 283 \r
 284     av.setRenderGaps(oldRenderGaps);\r
 285     resizing = false;\r
 286 \r
 287     setBoxPosition();\r
 288   }\r
 289 \r
 290   public void setBoxPosition()\r
 291   {\r
 292     boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 293     boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 294     boxWidth = (int) ( (av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) *\r
 295                       av.getCharWidth() * scalew);\r
 296     boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) -\r
 297         boxY;\r
 298     repaint();\r
 299   }\r
 300 \r
 301   public void paintComponent(Graphics g)\r
 302   {\r
 303     g.setColor(Color.white);\r
 304     g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 305     g.setColor(Color.black);\r
 306 \r
 307     if (resizing)\r
 308     {\r
 309       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 310       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 311       g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 312     }\r
 313     else\r
 314     {\r
 315       if (miniMe != null)\r
 316       {\r
 317         g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 318       }\r
 319 \r
 320       g.setColor(Color.red);\r
 321       g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 322       g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 323     }\r
 324   }\r
 325 }\r