src/jalview/gui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.image.*;\r
  24 \r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 \r
  28 /**\r
  29  * DOCUMENT ME!\r
  30  *\r
  31  * @author $author$\r
  32  * @version $Revision$\r
  33  */\r
  34 public class OverviewPanel extends JPanel implements Runnable\r
  35 {\r
  36     BufferedImage miniMe;\r
  37     AlignViewport av;\r
  38     AlignmentPanel ap;\r
  39     float scalew = 1f;\r
  40     float scaleh = 1f;\r
  41     int width;\r
  42     int sequencesHeight;\r
  43     int graphHeight = 20;\r
  44     int boxX = -1;\r
  45     int boxY = -1;\r
  46     int boxWidth = -1;\r
  47     int boxHeight = -1;\r
  48     boolean resizing = false;\r
  49 \r
  50     // Can set different properties in this seqCanvas than\r
  51     // main visible SeqCanvas\r
  52     SequenceRenderer sr;\r
  53     FeatureRenderer fr;\r
  54 \r
  55     /**\r
  56      * Creates a new OverviewPanel object.\r
  57      *\r
  58      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  59      */\r
  60     public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  61     {\r
  62         this.av = ap.av;\r
  63         this.ap = ap;\r
  64         setLayout(null);\r
  65 \r
  66         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  67         sr.renderGaps( false );\r
  68         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  69         fr.transparency = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().transparency;\r
  70         fr.featuresDisplayed = ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featuresDisplayed;\r
  71 \r
  72         // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  73         float initialScale = (float) av.alignment.getWidth() / (float) av.alignment.getHeight();\r
  74 \r
  75         if(av.conservation==null)\r
  76           graphHeight = 0;\r
  77 \r
  78 \r
  79         if (av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  80         {\r
  81             // wider\r
  82             width = 400;\r
  83             sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);\r
  84             if(sequencesHeight<40)\r
  85               sequencesHeight = 40;\r
  86         }\r
  87         else\r
  88         {\r
  89             // taller\r
  90             width = (int) (400f * initialScale);\r
  91             sequencesHeight = 300;\r
  92 \r
  93             if (width < 120)\r
  94             {\r
  95                 width = 120;\r
  96             }\r
  97         }\r
  98 \r
  99         addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
 100             {\r
 101                 public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     if ((getWidth() != width) ||\r
 104                             (getHeight() != (sequencesHeight + graphHeight)))\r
 105                     {\r
 106                         updateOverviewImage();\r
 107                     }\r
 108                 }\r
 109             });\r
 110 \r
 111         addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
 112             {\r
 113                 public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 114                 {\r
 115                   if(!av.wrapAlignment)\r
 116                     doMouseDragged(evt);\r
 117                 }\r
 118             });\r
 119 \r
 120         addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 121             {\r
 122                 public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 123                 {\r
 124                   if(!av.wrapAlignment)\r
 125                     doMousePressed(evt);\r
 126                 }\r
 127 \r
 128                 public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 129                 {\r
 130                   if(!av.wrapAlignment)\r
 131                     doMouseReleased(evt);\r
 132                 }\r
 133             });\r
 134 \r
 135         updateOverviewImage();\r
 136     }\r
 137 \r
 138     /**\r
 139      * DOCUMENT ME!\r
 140      *\r
 141      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 142      */\r
 143     public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 144     {\r
 145         boxX = evt.getX();\r
 146         boxY = evt.getY();\r
 147 \r
 148         checkValid();\r
 149         repaint();\r
 150     }\r
 151 \r
 152     /**\r
 153      * DOCUMENT ME!\r
 154      *\r
 155      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 156      */\r
 157     public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 158     {\r
 159         boxX = evt.getX();\r
 160         boxY = evt.getY();\r
 161         checkValid();\r
 162 \r
 163         ap.setScrollValues((int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 164                 (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 165     }\r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * DOCUMENT ME!\r
 169      *\r
 170      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 171      */\r
 172     public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 173     {\r
 174         boxX = evt.getX();\r
 175         boxY = evt.getY();\r
 176         checkValid();\r
 177 \r
 178         ap.setScrollValues( (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth()),\r
 179                            (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight()));\r
 180        repaint();\r
 181     }\r
 182 \r
 183     /**\r
 184      * DOCUMENT ME!\r
 185      */\r
 186     void checkValid()\r
 187     {\r
 188         if (boxY < 0)\r
 189         {\r
 190             boxY = 0;\r
 191         }\r
 192 \r
 193         if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))\r
 194         {\r
 195             boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;\r
 196         }\r
 197 \r
 198         if (boxX < 0)\r
 199         {\r
 200             boxX = 0;\r
 201         }\r
 202 \r
 203         if (boxX > (width - boxWidth))\r
 204         {\r
 205             boxX = width - boxWidth;\r
 206         }\r
 207     }\r
 208 \r
 209     /**\r
 210      * DOCUMENT ME!\r
 211      */\r
 212     public void updateOverviewImage()\r
 213     {\r
 214         if (resizing)\r
 215         {\r
 216             resizeAgain = true;\r
 217             return;\r
 218         }\r
 219 \r
 220         resizing = true;\r
 221 \r
 222         if ( (getWidth() > 0) && (getHeight() > 0))\r
 223         {\r
 224           width = getWidth();\r
 225           sequencesHeight = getHeight() - graphHeight;\r
 226         }\r
 227 \r
 228         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 229         setBoxPosition();\r
 230 \r
 231         Thread thread = new Thread(this);\r
 232         thread.start();\r
 233         repaint();\r
 234     }\r
 235 \r
 236     // This is set true if the user resizes whilst\r
 237     // the overview is being calculated\r
 238     boolean resizeAgain = false;\r
 239 \r
 240     /**\r
 241      * DOCUMENT ME!\r
 242      */\r
 243     public void run()\r
 244     {\r
 245         miniMe = null;\r
 246 \r
 247         int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 248         int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 249 \r
 250         setPreferredSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));\r
 251 \r
 252         int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();\r
 253         int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 254 \r
 255         scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 256         scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 257 \r
 258         miniMe = new BufferedImage(width, sequencesHeight + graphHeight,\r
 259                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 260 \r
 261 \r
 262         Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 263         mg.setColor(Color.orange);\r
 264         mg.fillRect(0,0,width, miniMe.getHeight());\r
 265 \r
 266         float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;\r
 267         float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;\r
 268 \r
 269         int lastcol=-1, lastrow=-1;\r
 270         Color color = Color.white;\r
 271         for (int col = 0; col < width; col++)\r
 272         {\r
 273           for (int row = 0; row < sequencesHeight; row++)\r
 274           {\r
 275             if((int)(col*sampleCol) == lastcol && (int)(row*sampleRow)==lastrow)\r
 276             {\r
 277               miniMe.setRGB(col,row,color.getRGB());\r
 278               continue;\r
 279             }\r
 280 \r
 281             lastrow = (int)(row*sampleRow);\r
 282             lastcol = (int)(col*sampleCol);\r
 283 \r
 284             if(av.alignment.getSequenceAt(lastrow).getLength()>lastcol)\r
 285             {\r
 286              color = sr.getResidueBoxColour(\r
 287                 av.alignment.getSequenceAt(lastrow), lastcol);\r
 288 \r
 289              if(av.showSequenceFeatures)\r
 290                   color = fr.findFeatureColour(color,  av.alignment.getSequenceAt(lastrow),\r
 291                                                        lastcol);\r
 292             }\r
 293 \r
 294             miniMe.setRGB(col,row,color.getRGB());\r
 295 \r
 296             if (av.conservation != null)\r
 297             {\r
 298               mg.translate(col, sequencesHeight);\r
 299               ap.annotationPanel.drawGraph(mg, av.conservation,\r
 300                                            (int) (sampleCol) + 1,\r
 301                                            graphHeight,\r
 302                                            (int) (col * sampleCol),\r
 303                                            (int) (col * sampleCol) + 1);\r
 304               mg.translate(-col, -sequencesHeight);\r
 305             }\r
 306           }\r
 307         }\r
 308 \r
 309         System.gc();\r
 310 \r
 311         resizing = false;\r
 312 \r
 313         setBoxPosition();\r
 314 \r
 315         if(resizeAgain)\r
 316         {\r
 317           resizeAgain = false;\r
 318           updateOverviewImage();\r
 319         }\r
 320     }\r
 321 \r
 322     /**\r
 323      * DOCUMENT ME!\r
 324      */\r
 325     public void setBoxPosition()\r
 326     {\r
 327       int fullsizeWidth = av.alignment.getWidth() * av.getCharWidth();\r
 328       int fullsizeHeight = av.alignment.getHeight() * av.getCharHeight();\r
 329 \r
 330       scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 331       scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 332 \r
 333         boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 334         boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 335         boxWidth = (int) ((av.getEndRes() - av.getStartRes() + 1) * av.getCharWidth() * scalew);\r
 336         boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) -\r
 337             boxY;\r
 338         repaint();\r
 339     }\r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * DOCUMENT ME!\r
 343      *\r
 344      * @param g DOCUMENT ME!\r
 345      */\r
 346     public void paintComponent(Graphics g)\r
 347     {\r
 348         if (miniMe != null && !resizing)\r
 349         {\r
 350           g.drawImage(miniMe, 0, 0, this);\r
 351         }\r
 352         else\r
 353         {\r
 354           g.setColor(Color.white);\r
 355           g.fillRect(0, 0, getWidth(), getHeight());\r
 356           g.setColor(Color.black);\r
 357           g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 358           g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight / 2);\r
 359           g.drawString("Overview.....", 5, (sequencesHeight / 2) + 20);\r
 360         }\r
 361 \r
 362 \r
 363         g.setColor(Color.red);\r
 364         g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 365         g.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);\r
 366 \r
 367     }\r
 368 }\r