src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  34 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  38 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Dimension;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.print.PageFormat;
  47 import java.awt.print.Printable;
  48 import java.awt.print.PrinterException;
  49 import java.awt.print.PrinterJob;
  50
  51 import javax.swing.ButtonGroup;
  52 import javax.swing.JColorChooser;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  57
  58 /**
  59  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  60  */
  61 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  62         implements Runnable, IProgressIndicator
  63 {
  64   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  65
  66   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  67
  68   private RotatableCanvas rc;
  69
  70   AlignmentPanel ap;
  71
  72   AlignmentViewport av;
  73
  74   private PCAModel pcaModel;
  75
  76   private int top = 0;
  77
  78   private IProgressIndicator progressBar;
  79
  80   private boolean working;
  81
  82   /**
  83    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  84    * name, and score calculation parameters
  85    *
  86    * @param alignPanel
  87    * @param modelName
  88    * @param params
  89    */
  90   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  91           SimilarityParamsI params)
  92   {
  93     super();
  94     this.av = alignPanel.av;
  95     this.ap = alignPanel;
  96     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  97
  98     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  99
 100     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 101     {
 102       @Override
 103       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 104       {
 105         close_actionPerformed();
 106       }
 107     });
 108
 109     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 110             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 111     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 112     SequenceI[] seqs;
 113     if (!selected)
 114     {
 115       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 116     }
 117     else
 118     {
 119       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 120     }
 121
 122     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 123             .getScoreModel(modelName, ap);
 124     setPcaModel(new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 125             params));
 126     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 127
 128     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 129     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 130
 131     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 132     validate();
 133
 134     this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 139    * nulled when the frame is closed
 140    */
 141   protected void close_actionPerformed()
 142   {
 143     setPcaModel(null);
 144     if (this.rc != null)
 145     {
 146       this.rc.sequencePoints = null;
 147       this.rc.setAxisEndPoints(null);
 148       this.rc = null;
 149     }
 150   }
 151
 152   @Override
 153   protected void bgcolour_actionPerformed()
 154   {
 155     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 156             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 157             getRotatableCanvas().getBgColour());
 158
 159     if (col != null)
 160     {
 161       getRotatableCanvas().setBgColour(col);
 162     }
 163     getRotatableCanvas().repaint();
 164   }
 165
 166   /**
 167    * Calculates the PCA and displays the results
 168    */
 169   @Override
 170   public void run()
 171   {
 172     working = true;
 173     long progId = System.currentTimeMillis();
 174     IProgressIndicator progress = this;
 175     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 176     if (getParent() == null)
 177     {
 178       progress = ap.alignFrame;
 179       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 180     }
 181     progress.setProgressBar(message, progId);
 182     try
 183     {
 184       getPcaModel().calculate();
 185
 186       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 187       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 188       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 189
 190       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 191       // rc.invalidate();
 192       setTop(getPcaModel().getTop());
 193
 194     } catch (OutOfMemoryError er)
 195     {
 196       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 197       working = false;
 198       return;
 199     } finally
 200     {
 201       progress.setProgressBar("", progId);
 202     }
 203
 204     repaint();
 205     if (getParent() == null)
 206     {
 207       Desktop.addInternalFrame(this,
 208               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 209                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 210               475, 450);
 211     }
 212     working = false;
 213   }
 214
 215   /**
 216    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 217    * axis
 218    */
 219   @Override
 220   protected void doDimensionChange()
 221   {
 222     if (getTop() == 0)
 223     {
 224       return;
 225     }
 226
 227     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 228     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 229     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 230     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 231     getRotatableCanvas().resetView();
 232   }
 233
 234   /**
 235    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 236    * the given axis (X/Y/Z)
 237    *
 238    * @param index
 239    * @param axis
 240    */
 241   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 242   {
 243     switch (axis)
 244     {
 245     case X:
 246       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 247       break;
 248     case Y:
 249       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 250       break;
 251     case Z:
 252       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 253       break;
 254     default:
 255     }
 256   }
 257
 258   @Override
 259   protected void outputValues_actionPerformed()
 260   {
 261     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 262     try
 263     {
 264       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 265       Desktop.addInternalFrame(cap,
 266               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 267     } catch (OutOfMemoryError oom)
 268     {
 269       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 270       cap.dispose();
 271     }
 272   }
 273
 274   @Override
 275   protected void showLabels_actionPerformed()
 276   {
 277     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 278   }
 279
 280   @Override
 281   protected void print_actionPerformed()
 282   {
 283     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 284     printer.start();
 285   }
 286
 287   /**
 288    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 289    * alignment
 290    */
 291   @Override
 292   public void originalSeqData_actionPerformed()
 293   {
 294     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 295     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 296     {
 297       Cache.log.info(
 298               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 299       return;
 300     }
 301     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 302     // warrant a new window to be created
 303     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 304     // yields unaligned seqs)
 305     // or create a selection box around columns in alignment view
 306     // test Alignment(SeqCigar[])
 307     char gc = '-';
 308     try
 309     {
 310       // we try to get the associated view's gap character
 311       // but this may fail if the view was closed...
 312       gc = av.getGapCharacter();
 313     } catch (Exception ex)
 314     {
 315     }
 316
 317     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 318             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 319
 320     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 321     {
 322       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 323
 324       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 325       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 326               ? av.getAlignment().getDataset()
 327               : null;
 328       if (dataset != null)
 329       {
 330         al.setDataset(dataset);
 331       }
 332
 333       if (true)
 334       {
 335         // make a new frame!
 336         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 337                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 338
 339         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 340         // found!!<<<
 341         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 342
 343         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 344         // msaorder);
 345
 346         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 347                 "label.original_data_for_params", new String[]
 348                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 349                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 350       }
 351     }
 352     /*
 353      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 354      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 355      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 356      * "\n"); }
 357      *
 358      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 359      */
 360   }
 361
 362   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 363   {
 364     @Override
 365     public void run()
 366     {
 367       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 368       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 369       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 370
 371       if (defaultPage == pf)
 372       {
 373         /*
 374          * user cancelled
 375          */
 376         return;
 377       }
 378
 379       printJob.setPrintable(this, pf);
 380
 381       if (printJob.printDialog())
 382       {
 383         try
 384         {
 385           printJob.print();
 386         } catch (Exception PrintException)
 387         {
 388           PrintException.printStackTrace();
 389         }
 390       }
 391     }
 392
 393     @Override
 394     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 395             throws PrinterException
 396     {
 397       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 398
 399       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 400       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 401       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 402       {
 403         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 404       }
 405
 406       if (pi == 0)
 407       {
 408         return Printable.PAGE_EXISTS;
 409       }
 410       else
 411       {
 412         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 413       }
 414     }
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Handler for 'Save as EPS' option
 419    */
 420   @Override
 421   protected void eps_actionPerformed()
 422   {
 423     makePCAImage(ImageMaker.TYPE.EPS);
 424   }
 425
 426   /**
 427    * Handler for 'Save as PNG' option
 428    */
 429   @Override
 430   protected void png_actionPerformed()
 431   {
 432     makePCAImage(ImageMaker.TYPE.PNG);
 433   }
 434
 435   void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 436   {
 437     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 438     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 439
 440     ImageMaker im;
 441
 442     switch (type)
 443     {
 444     case PNG:
 445       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.PNG,
 446               "Make PNG image from PCA", width, height, null, null, null, 0,
 447               false);
 448       break;
 449     case EPS:
 450       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
 451               "Make EPS file from PCA", width, height, null,
 452               this.getTitle(), null, 0, false);
 453       break;
 454     default:
 455       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.SVG,
 456               "Make SVG file from PCA", width, height, null,
 457               this.getTitle(), null, 0, false);
 458     }
 459
 460     if (im.getGraphics() != null)
 461     {
 462       getRotatableCanvas().drawBackground(im.getGraphics());
 463       getRotatableCanvas().drawScene(im.getGraphics());
 464       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 465       {
 466         getRotatableCanvas().drawAxes(im.getGraphics());
 467       }
 468       im.writeImage();
 469     }
 470   }
 471
 472   @Override
 473   protected void viewMenu_menuSelected()
 474   {
 475     buildAssociatedViewMenu();
 476   }
 477
 478   /**
 479    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 480    * sequence data) to which the PCA may be linked
 481    */
 482   void buildAssociatedViewMenu()
 483   {
 484     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 485             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 486     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 487     {
 488       associateViewsMenu.setVisible(false);
 489       return;
 490     }
 491
 492     associateViewsMenu.setVisible(true);
 493
 494     if ((viewMenu
 495             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 496     {
 497       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 498     }
 499
 500     associateViewsMenu.removeAll();
 501
 502     JRadioButtonMenuItem item;
 503     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 504     int iSize = aps.length;
 505
 506     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 507     {
 508       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 509       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 510               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 511       buttonGroup.add(item);
 512       item.addActionListener(new ActionListener()
 513       {
 514         @Override
 515         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 516         {
 517           selectAssociatedView(panel);
 518         }
 519       });
 520
 521       associateViewsMenu.add(item);
 522     }
 523
 524     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 525             "All Views");
 526
 527     buttonGroup.add(itemf);
 528
 529     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 530     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 531     {
 532       @Override
 533       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 534       {
 535         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 536       }
 537     });
 538     associateViewsMenu.add(itemf);
 539
 540   }
 541
 542   /*
 543    * (non-Javadoc)
 544    *
 545    * @see
 546    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 547    * )
 548    */
 549   @Override
 550   protected void outputPoints_actionPerformed()
 551   {
 552     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 553     try
 554     {
 555       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 556               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 557               zCombobox.getSelectedIndex()));
 558       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 559               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 560               { this.getTitle() }), 500, 500);
 561     } catch (OutOfMemoryError oom)
 562     {
 563       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 564       cap.dispose();
 565     }
 566   }
 567
 568   /*
 569    * (non-Javadoc)
 570    *
 571    * @see
 572    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 573    * .ActionEvent)
 574    */
 575   @Override
 576   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 577   {
 578     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 579     try
 580     {
 581       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 582               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 583               zCombobox.getSelectedIndex()));
 584       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 585               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 586               { this.getTitle() }), 500, 500);
 587     } catch (OutOfMemoryError oom)
 588     {
 589       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 590       cap.dispose();
 591     }
 592   }
 593
 594   /*
 595    * (non-Javadoc)
 596    *
 597    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 598    */
 599   @Override
 600   public void setProgressBar(String message, long id)
 601   {
 602     progressBar.setProgressBar(message, id);
 603     // if (progressBars == null)
 604     // {
 605     // progressBars = new Hashtable();
 606     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 607     // }
 608     //
 609     // JPanel progressPanel;
 610     // Long lId = Long.valueOf(id);
 611     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 612     // if (progressBars.get(lId) != null)
 613     // {
 614     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 615     // statusPanel.remove(progressPanel);
 616     // progressBars.remove(lId);
 617     // progressPanel = null;
 618     // if (message != null)
 619     // {
 620     // statusBar.setText(message);
 621     // }
 622     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 623     // {
 624     // progressBarHandlers.remove(lId);
 625     // }
 626     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 627     // }
 628     // else
 629     // {
 630     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 631     //
 632     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 633     // progressBar.setIndeterminate(true);
 634     //
 635     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 636     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 637     //
 638     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 639     // statusPanel.add(progressPanel);
 640     //
 641     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 642     // }
 643     // // update GUI
 644     // // setMenusForViewport();
 645     // validate();
 646   }
 647
 648   @Override
 649   public void registerHandler(final long id,
 650           final IProgressIndicatorHandler handler)
 651   {
 652     progressBar.registerHandler(id, handler);
 653     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 654     // {
 655     // throw new
 656     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 657     // }
 658     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 659     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 660     // if (handler.canCancel())
 661     // {
 662     // JButton cancel = new JButton(
 663     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 664     // final IProgressIndicator us = this;
 665     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 666     // {
 667     //
 668     // @Override
 669     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 670     // {
 671     // handler.cancelActivity(id);
 672     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 673     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 674     // }
 675     // });
 676     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 677     // }
 678   }
 679
 680   /**
 681    *
 682    * @return true if any progress bars are still active
 683    */
 684   @Override
 685   public boolean operationInProgress()
 686   {
 687     return progressBar.operationInProgress();
 688   }
 689
 690   @Override
 691   protected void resetButton_actionPerformed()
 692   {
 693     int t = getTop();
 694     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 695     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 696     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 697     setTop(t);
 698     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 699   }
 700
 701   /**
 702    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 703    *
 704    * @return
 705    */
 706   public boolean isWorking()
 707   {
 708     return working;
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 713    * Z axis of the display
 714    *
 715    * @param axis
 716    * @return
 717    */
 718   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 719   {
 720     switch (axis)
 721     {
 722     case X:
 723       return xCombobox.getSelectedIndex();
 724     case Y:
 725       return yCombobox.getSelectedIndex();
 726     default:
 727       return zCombobox.getSelectedIndex();
 728     }
 729   }
 730
 731   public void setShowLabels(boolean show)
 732   {
 733     showLabels.setSelected(show);
 734   }
 735
 736   /**
 737    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 738    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 739    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 740    *
 741    * @param data
 742    */
 743   public void setInputData(AlignmentView data)
 744   {
 745     getPcaModel().setInputData(data);
 746     originalSeqData.setVisible(data != null);
 747   }
 748
 749   public AlignViewportI getAlignViewport()
 750   {
 751     return av;
 752   }
 753
 754   public PCAModel getPcaModel()
 755   {
 756     return pcaModel;
 757   }
 758
 759   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 760   {
 761     this.pcaModel = pcaModel;
 762   }
 763
 764   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 765   {
 766     return rc;
 767   }
 768
 769   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 770   {
 771     this.rc = rc;
 772   }
 773
 774   public int getTop()
 775   {
 776     return top;
 777   }
 778
 779   public void setTop(int top)
 780   {
 781     this.top = top;
 782   }
 783
 784   /**
 785    * set the associated view for this PCA.
 786    *
 787    * @param panel
 788    */
 789   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 790   {
 791     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 792
 793     ap = panel;
 794     av = panel.av;
 795
 796     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 797     getRotatableCanvas().ap = panel;
 798     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 799   }
 800 }