src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  34 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  38 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Dimension;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.print.PageFormat;
  47 import java.awt.print.Printable;
  48 import java.awt.print.PrinterException;
  49 import java.awt.print.PrinterJob;
  50
  51 import javax.swing.ButtonGroup;
  52 import javax.swing.JColorChooser;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  57
  58 /**
  59  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  60  */
  61 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  62         implements Runnable, IProgressIndicator
  63 {
  64   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  65
  66   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  67
  68   private RotatableCanvas rc;
  69
  70   AlignmentPanel ap;
  71
  72   AlignmentViewport av;
  73
  74   private PCAModel pcaModel;
  75
  76   private int top = 0;
  77
  78   private IProgressIndicator progressBar;
  79
  80   private boolean working;
  81
  82   /**
  83    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  84    * name, and score calculation parameters
  85    *
  86    * @param alignPanel
  87    * @param modelName
  88    * @param params
  89    */
  90   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  91           SimilarityParamsI params)
  92   {
  93     super();
  94     this.av = alignPanel.av;
  95     this.ap = alignPanel;
  96     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  97
  98     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
  99
 100     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 101     {
 102       @Override
 103       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 104       {
 105         close_actionPerformed();
 106       }
 107     });
 108
 109     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 110             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 111     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 112     SequenceI[] seqs;
 113     if (!selected)
 114     {
 115       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 116     }
 117     else
 118     {
 119       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 120     }
 121
 122     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 123             .getScoreModel(modelName, ap);
 124     setPcaModel(new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 125             params));
 126     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 127
 128     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 129     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 130
 131     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 132     validate();
 133
 134     this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 135   }
 136
 137   /**
 138    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 139    * nulled when the frame is closed
 140    */
 141   protected void close_actionPerformed()
 142   {
 143     setPcaModel(null);
 144   }
 145
 146   @Override
 147   protected void bgcolour_actionPerformed()
 148   {
 149     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 150             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 151             getRotatableCanvas().getBgColour());
 152
 153     if (col != null)
 154     {
 155       getRotatableCanvas().setBgColour(col);
 156     }
 157     getRotatableCanvas().repaint();
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Calculates the PCA and displays the results
 162    */
 163   @Override
 164   public void run()
 165   {
 166     working = true;
 167     long progId = System.currentTimeMillis();
 168     IProgressIndicator progress = this;
 169     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 170     if (getParent() == null)
 171     {
 172       progress = ap.alignFrame;
 173       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 174     }
 175     progress.setProgressBar(message, progId);
 176     try
 177     {
 178       getPcaModel().calculate();
 179
 180       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 181       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 182       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 183
 184       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 185       // rc.invalidate();
 186       setTop(getPcaModel().getTop());
 187
 188     } catch (OutOfMemoryError er)
 189     {
 190       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 191       working = false;
 192       return;
 193     } finally
 194     {
 195       progress.setProgressBar("", progId);
 196     }
 197
 198     repaint();
 199     if (getParent() == null)
 200     {
 201       Desktop.addInternalFrame(this,
 202               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 203                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 204               475, 450);
 205     }
 206     working = false;
 207   }
 208
 209   /**
 210    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 211    * axis
 212    */
 213   @Override
 214   protected void doDimensionChange()
 215   {
 216     if (getTop() == 0)
 217     {
 218       return;
 219     }
 220
 221     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 222     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 223     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 224     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 225     getRotatableCanvas().resetView();
 226   }
 227
 228   /**
 229    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 230    * the given axis (X/Y/Z)
 231    *
 232    * @param index
 233    * @param axis
 234    */
 235   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 236   {
 237     switch (axis)
 238     {
 239     case X:
 240       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 241       break;
 242     case Y:
 243       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 244       break;
 245     case Z:
 246       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 247       break;
 248     default:
 249     }
 250   }
 251
 252   @Override
 253   protected void outputValues_actionPerformed()
 254   {
 255     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 256     try
 257     {
 258       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 259       Desktop.addInternalFrame(cap,
 260               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 261     } catch (OutOfMemoryError oom)
 262     {
 263       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 264       cap.dispose();
 265     }
 266   }
 267
 268   @Override
 269   protected void showLabels_actionPerformed()
 270   {
 271     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 272   }
 273
 274   @Override
 275   protected void print_actionPerformed()
 276   {
 277     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 278     printer.start();
 279   }
 280
 281   /**
 282    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 283    * alignment
 284    */
 285   @Override
 286   public void originalSeqData_actionPerformed()
 287   {
 288     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 289     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 290     {
 291       Cache.log.info(
 292               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 293       return;
 294     }
 295     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 296     // warrant a new window to be created
 297     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 298     // yields unaligned seqs)
 299     // or create a selection box around columns in alignment view
 300     // test Alignment(SeqCigar[])
 301     char gc = '-';
 302     try
 303     {
 304       // we try to get the associated view's gap character
 305       // but this may fail if the view was closed...
 306       gc = av.getGapCharacter();
 307     } catch (Exception ex)
 308     {
 309     }
 310
 311     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 312             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 313
 314     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 315     {
 316       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 317
 318       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 319       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 320               ? av.getAlignment().getDataset()
 321               : null;
 322       if (dataset != null)
 323       {
 324         al.setDataset(dataset);
 325       }
 326
 327       if (true)
 328       {
 329         // make a new frame!
 330         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 331                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 332
 333         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 334         // found!!<<<
 335         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 336
 337         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 338         // msaorder);
 339
 340         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 341                 "label.original_data_for_params", new String[]
 342                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 343                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 344       }
 345     }
 346     /*
 347      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 348      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 349      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 350      * "\n"); }
 351      *
 352      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 353      */
 354   }
 355
 356   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 357   {
 358     @Override
 359     public void run()
 360     {
 361       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 362       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 363       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 364
 365       if (defaultPage == pf)
 366       {
 367         /*
 368          * user cancelled
 369          */
 370         return;
 371       }
 372
 373       printJob.setPrintable(this, pf);
 374
 375       if (printJob.printDialog())
 376       {
 377         try
 378         {
 379           printJob.print();
 380         } catch (Exception PrintException)
 381         {
 382           PrintException.printStackTrace();
 383         }
 384       }
 385     }
 386
 387     @Override
 388     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 389             throws PrinterException
 390     {
 391       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 392
 393       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 394       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 395       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 396       {
 397         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 398       }
 399
 400       if (pi == 0)
 401       {
 402         return Printable.PAGE_EXISTS;
 403       }
 404       else
 405       {
 406         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 407       }
 408     }
 409   }
 410
 411   /**
 412    * Handler for 'Save as EPS' option
 413    */
 414   @Override
 415   protected void eps_actionPerformed()
 416   {
 417     makePCAImage(ImageMaker.TYPE.EPS);
 418   }
 419
 420   /**
 421    * Handler for 'Save as PNG' option
 422    */
 423   @Override
 424   protected void png_actionPerformed()
 425   {
 426     makePCAImage(ImageMaker.TYPE.PNG);
 427   }
 428
 429   void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 430   {
 431     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 432     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 433
 434     ImageMaker im;
 435
 436     switch (type)
 437     {
 438     case PNG:
 439       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.PNG,
 440               "Make PNG image from PCA", width, height, null, null, null, 0,
 441               false);
 442       break;
 443     case EPS:
 444       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
 445               "Make EPS file from PCA", width, height, null,
 446               this.getTitle(), null, 0, false);
 447       break;
 448     default:
 449       im = new ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.SVG,
 450               "Make SVG file from PCA", width, height, null,
 451               this.getTitle(), null, 0, false);
 452     }
 453
 454     if (im.getGraphics() != null)
 455     {
 456       getRotatableCanvas().drawBackground(im.getGraphics());
 457       getRotatableCanvas().drawScene(im.getGraphics());
 458       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 459       {
 460         getRotatableCanvas().drawAxes(im.getGraphics());
 461       }
 462       im.writeImage();
 463     }
 464   }
 465
 466   @Override
 467   protected void viewMenu_menuSelected()
 468   {
 469     buildAssociatedViewMenu();
 470   }
 471
 472   /**
 473    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 474    * sequence data) to which the PCA may be linked
 475    */
 476   void buildAssociatedViewMenu()
 477   {
 478     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 479             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 480     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 481     {
 482       associateViewsMenu.setVisible(false);
 483       return;
 484     }
 485
 486     associateViewsMenu.setVisible(true);
 487
 488     if ((viewMenu
 489             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 490     {
 491       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 492     }
 493
 494     associateViewsMenu.removeAll();
 495
 496     JRadioButtonMenuItem item;
 497     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 498     int iSize = aps.length;
 499
 500     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 501     {
 502       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 503       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 504               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 505       buttonGroup.add(item);
 506       item.addActionListener(new ActionListener()
 507       {
 508         @Override
 509         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 510         {
 511           selectAssociatedView(panel);
 512         }
 513       });
 514
 515       associateViewsMenu.add(item);
 516     }
 517
 518     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 519             "All Views");
 520
 521     buttonGroup.add(itemf);
 522
 523     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 524     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 525     {
 526       @Override
 527       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 528       {
 529         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 530       }
 531     });
 532     associateViewsMenu.add(itemf);
 533
 534   }
 535
 536   /*
 537    * (non-Javadoc)
 538    *
 539    * @see
 540    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 541    * )
 542    */
 543   @Override
 544   protected void outputPoints_actionPerformed()
 545   {
 546     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 547     try
 548     {
 549       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 550               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 551               zCombobox.getSelectedIndex()));
 552       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 553               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 554               { this.getTitle() }), 500, 500);
 555     } catch (OutOfMemoryError oom)
 556     {
 557       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 558       cap.dispose();
 559     }
 560   }
 561
 562   /*
 563    * (non-Javadoc)
 564    *
 565    * @see
 566    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 567    * .ActionEvent)
 568    */
 569   @Override
 570   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 571   {
 572     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 573     try
 574     {
 575       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 576               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 577               zCombobox.getSelectedIndex()));
 578       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 579               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 580               { this.getTitle() }), 500, 500);
 581     } catch (OutOfMemoryError oom)
 582     {
 583       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 584       cap.dispose();
 585     }
 586   }
 587
 588   /*
 589    * (non-Javadoc)
 590    *
 591    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 592    */
 593   @Override
 594   public void setProgressBar(String message, long id)
 595   {
 596     progressBar.setProgressBar(message, id);
 597     // if (progressBars == null)
 598     // {
 599     // progressBars = new Hashtable();
 600     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 601     // }
 602     //
 603     // JPanel progressPanel;
 604     // Long lId = Long.valueOf(id);
 605     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 606     // if (progressBars.get(lId) != null)
 607     // {
 608     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 609     // statusPanel.remove(progressPanel);
 610     // progressBars.remove(lId);
 611     // progressPanel = null;
 612     // if (message != null)
 613     // {
 614     // statusBar.setText(message);
 615     // }
 616     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 617     // {
 618     // progressBarHandlers.remove(lId);
 619     // }
 620     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 621     // }
 622     // else
 623     // {
 624     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 625     //
 626     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 627     // progressBar.setIndeterminate(true);
 628     //
 629     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 630     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 631     //
 632     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 633     // statusPanel.add(progressPanel);
 634     //
 635     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 636     // }
 637     // // update GUI
 638     // // setMenusForViewport();
 639     // validate();
 640   }
 641
 642   @Override
 643   public void registerHandler(final long id,
 644           final IProgressIndicatorHandler handler)
 645   {
 646     progressBar.registerHandler(id, handler);
 647     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 648     // {
 649     // throw new
 650     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 651     // }
 652     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 653     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 654     // if (handler.canCancel())
 655     // {
 656     // JButton cancel = new JButton(
 657     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 658     // final IProgressIndicator us = this;
 659     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 660     // {
 661     //
 662     // @Override
 663     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 664     // {
 665     // handler.cancelActivity(id);
 666     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 667     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 668     // }
 669     // });
 670     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 671     // }
 672   }
 673
 674   /**
 675    *
 676    * @return true if any progress bars are still active
 677    */
 678   @Override
 679   public boolean operationInProgress()
 680   {
 681     return progressBar.operationInProgress();
 682   }
 683
 684   @Override
 685   protected void resetButton_actionPerformed()
 686   {
 687     int t = getTop();
 688     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 689     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 690     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 691     setTop(t);
 692     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 693   }
 694
 695   /**
 696    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 697    *
 698    * @return
 699    */
 700   public boolean isWorking()
 701   {
 702     return working;
 703   }
 704
 705   /**
 706    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 707    * Z axis of the display
 708    *
 709    * @param axis
 710    * @return
 711    */
 712   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 713   {
 714     switch (axis)
 715     {
 716     case X:
 717       return xCombobox.getSelectedIndex();
 718     case Y:
 719       return yCombobox.getSelectedIndex();
 720     default:
 721       return zCombobox.getSelectedIndex();
 722     }
 723   }
 724
 725   public void setShowLabels(boolean show)
 726   {
 727     showLabels.setSelected(show);
 728   }
 729
 730   /**
 731    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 732    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 733    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 734    *
 735    * @param data
 736    */
 737   public void setInputData(AlignmentView data)
 738   {
 739     getPcaModel().setInputData(data);
 740     originalSeqData.setVisible(data != null);
 741   }
 742
 743   public AlignViewportI getAlignViewport()
 744   {
 745     return av;
 746   }
 747
 748   public PCAModel getPcaModel()
 749   {
 750     return pcaModel;
 751   }
 752
 753   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 754   {
 755     this.pcaModel = pcaModel;
 756   }
 757
 758   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 759   {
 760     return rc;
 761   }
 762
 763   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 764   {
 765     this.rc = rc;
 766   }
 767
 768   public int getTop()
 769   {
 770     return top;
 771   }
 772
 773   public void setTop(int top)
 774   {
 775     this.top = top;
 776   }
 777
 778   /**
 779    * set the associated view for this PCA.
 780    *
 781    * @param panel
 782    */
 783   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 784   {
 785     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 786
 787     ap = panel;
 788     av = panel.av;
 789
 790     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 791     getRotatableCanvas().ap = panel;
 792     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 793   }
 794 }