src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.api.analysis.ViewBasedAnalysisI;
  28 import jalview.bin.Cache;
  29 import jalview.datamodel.Alignment;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  32 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  33 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  38 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Graphics;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.print.PageFormat;
  46 import java.awt.print.Printable;
  47 import java.awt.print.PrinterException;
  48 import java.awt.print.PrinterJob;
  49
  50 import javax.swing.ButtonGroup;
  51 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  52 import javax.swing.JColorChooser;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  57
  58 /**
  59  * DOCUMENT ME!
  60  *
  61  * @author $author$
  62  * @version $Revision$
  63  */
  64 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  65         IProgressIndicator
  66 {
  67
  68   private IProgressIndicator progressBar;
  69
  70   RotatableCanvas rc;
  71
  72   AlignmentPanel ap;
  73
  74   AlignmentViewport av;
  75
  76   PCAModel pcaModel;
  77
  78   int top = 0;
  79
  80   /**
  81    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  82    *
  83    * @param alignPanel
  84    */
  85   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  86   {
  87     this(alignPanel, ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
  88             !alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide()),
  89             SimilarityParams.SeqSpace);
  90   }
  91
  92   /**
  93    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model,
  94    * and score calculation parameters
  95    *
  96    * @param alignPanel
  97    * @param scoreModel
  98    * @param params
  99    */
 100   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, ScoreModelI scoreModel,
 101           SimilarityParamsI params)
 102   {
 103     super();
 104     this.av = alignPanel.av;
 105     this.ap = alignPanel;
 106     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 107
 108     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 109
 110     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 111     {
 112       @Override
 113       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 114       {
 115         close_actionPerformed();
 116       }
 117     });
 118
 119     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 120             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 121     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 122     SequenceI[] seqs;
 123     if (!selected)
 124     {
 125       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 126     }
 127     else
 128     {
 129       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 130     }
 131
 132     // TODO can we allow PCA on unaligned data given choice of
 133     // similarity measure parameters?
 134     if (!checkAligned(seqstrings))
 135     {
 136       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 137               MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 138               MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"),
 139               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 140
 141       return;
 142     }
 143
 144     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 145             params);
 146     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 147
 148     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 149     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 150     Thread worker = new Thread(this);
 151     worker.start();
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Answers true if all sequences have the same aligned length, else false
 156    *
 157    * @param seqstrings
 158    * @return
 159    */
 160   protected boolean checkAligned(AlignmentView seqstrings)
 161   {
 162     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 163     int length = sq[0].getWidth();
 164     boolean sameLength = true;
 165     for (int i = 0; i < sq.length; i++)
 166     {
 167       if (sq[i].getWidth() != length)
 168       {
 169         sameLength = false;
 170         break;
 171       }
 172     }
 173     return sameLength;
 174   }
 175
 176   /**
 177    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 178    * nulled when the frame is closed
 179    */
 180   protected void close_actionPerformed()
 181   {
 182     pcaModel = null;
 183   }
 184
 185   /**
 186    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 187    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 188    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 189    * models have been added).
 190    */
 191   @Override
 192   protected void scoreModel_menuSelected()
 193   {
 194     scoreModelMenu.removeAll();
 195     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 196     {
 197       final String name = sm.getName();
 198       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 199
 200       /*
 201        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 202        * up in the text bundle, falling back on its name
 203        */
 204       String tooltip = sm.getDescription();
 205       if (tooltip == null)
 206       {
 207         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 208                 name);
 209       }
 210       jm.setToolTipText(tooltip);
 211       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 212       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 213               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 214       {
 215         jm.addActionListener(new ActionListener()
 216         {
 217           @Override
 218           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 219           {
 220             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 221             {
 222               ScoreModelI sm2 = configureScoreModel(sm);
 223               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 224               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 225               worker.start();
 226             }
 227           }
 228         });
 229         scoreModelMenu.add(jm);
 230       }
 231     }
 232   }
 233
 234   @Override
 235   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 236   {
 237     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 238             MessageManager.getString("label.select_background_colour"),
 239             rc.bgColour);
 240
 241     if (col != null)
 242     {
 243       rc.bgColour = col;
 244     }
 245     rc.repaint();
 246   }
 247
 248   /**
 249    * DOCUMENT ME!
 250    */
 251   @Override
 252   public void run()
 253   {
 254     long progId = System.currentTimeMillis();
 255     IProgressIndicator progress = this;
 256     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 257     if (getParent() == null)
 258     {
 259       progress = ap.alignFrame;
 260       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 261     }
 262     progress.setProgressBar(message, progId);
 263     try
 264     {
 265       calcSettings.setEnabled(false);
 266       pcaModel.run();
 267       // ////////////////
 268       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 269       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 270       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 271
 272       pcaModel.updateRc(rc);
 273       // rc.invalidate();
 274       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 275       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 276       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 277       top = pcaModel.getTop();
 278
 279     } catch (OutOfMemoryError er)
 280     {
 281       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 282       return;
 283     } finally
 284     {
 285       progress.setProgressBar("", progId);
 286     }
 287     calcSettings.setEnabled(true);
 288     repaint();
 289     if (getParent() == null)
 290     {
 291       addKeyListener(rc);
 292       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 293               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 294     }
 295   }
 296
 297   @Override
 298   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 299   {
 300     if (!pcaModel.isNucleotide())
 301     {
 302       pcaModel.setNucleotide(true);
 303       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(
 304               false));
 305       Thread worker = new Thread(this);
 306       worker.start();
 307     }
 308
 309   }
 310
 311   @Override
 312   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 313   {
 314
 315     if (pcaModel.isNucleotide())
 316     {
 317       pcaModel.setNucleotide(false);
 318       pcaModel.setScoreModel(ScoreModels.getInstance()
 319               .getDefaultModel(true));
 320       Thread worker = new Thread(this);
 321       worker.start();
 322     }
 323   }
 324
 325   @Override
 326   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 327   {
 328     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 329     Thread worker = new Thread(this);
 330     worker.start();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * DOCUMENT ME!
 335    */
 336   void doDimensionChange()
 337   {
 338     if (top == 0)
 339     {
 340       return;
 341     }
 342
 343     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 344     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 345     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 346     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 347     rc.img = null;
 348     rc.rotmat.setIdentity();
 349     rc.initAxes();
 350     rc.paint(rc.getGraphics());
 351   }
 352
 353   /**
 354    * DOCUMENT ME!
 355    *
 356    * @param e
 357    *          DOCUMENT ME!
 358    */
 359   @Override
 360   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 361   {
 362     doDimensionChange();
 363   }
 364
 365   /**
 366    * DOCUMENT ME!
 367    *
 368    * @param e
 369    *          DOCUMENT ME!
 370    */
 371   @Override
 372   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 373   {
 374     doDimensionChange();
 375   }
 376
 377   /**
 378    * DOCUMENT ME!
 379    *
 380    * @param e
 381    *          DOCUMENT ME!
 382    */
 383   @Override
 384   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 385   {
 386     doDimensionChange();
 387   }
 388
 389   @Override
 390   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 391   {
 392     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 393     try
 394     {
 395       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 396       Desktop.addInternalFrame(cap,
 397               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 398     } catch (OutOfMemoryError oom)
 399     {
 400       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 401       cap.dispose();
 402     }
 403   }
 404
 405   @Override
 406   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 407   {
 408     rc.showLabels(showLabels.getState());
 409   }
 410
 411   @Override
 412   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 413   {
 414     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 415     printer.start();
 416   }
 417
 418   @Override
 419   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 420   {
 421     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 422     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 423     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 424     {
 425       jalview.bin.Cache.log
 426               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 427       return;
 428     }
 429     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 430     // warrant a new window to be created
 431     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 432     // yields unaligned seqs)
 433     // or create a selection box around columns in alignment view
 434     // test Alignment(SeqCigar[])
 435     char gc = '-';
 436     try
 437     {
 438       // we try to get the associated view's gap character
 439       // but this may fail if the view was closed...
 440       gc = av.getGapCharacter();
 441     } catch (Exception ex)
 442     {
 443     }
 444     ;
 445     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 446             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 447
 448     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 449     {
 450       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 451
 452       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 453       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 454               .getAlignment().getDataset() : null;
 455       if (dataset != null)
 456       {
 457         al.setDataset(dataset);
 458       }
 459
 460       if (true)
 461       {
 462         // make a new frame!
 463         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 464                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 465                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 466
 467         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 468         // found!!<<<
 469         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 470
 471         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 472         // msaorder);
 473
 474         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 475                 "label.original_data_for_params",
 476                 new String[] { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 477                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 478       }
 479     }
 480     /*
 481      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 482      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 483      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 484      * "\n"); }
 485      *
 486      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 487      */
 488   }
 489
 490   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 491   {
 492     @Override
 493     public void run()
 494     {
 495       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 496       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 497
 498       printJob.setPrintable(this, pf);
 499
 500       if (printJob.printDialog())
 501       {
 502         try
 503         {
 504           printJob.print();
 505         } catch (Exception PrintException)
 506         {
 507           PrintException.printStackTrace();
 508         }
 509       }
 510     }
 511
 512     @Override
 513     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 514             throws PrinterException
 515     {
 516       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 517
 518       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 519       rc.drawScene(pg);
 520       if (rc.drawAxes == true)
 521       {
 522         rc.drawAxes(pg);
 523       }
 524
 525       if (pi == 0)
 526       {
 527         return Printable.PAGE_EXISTS;
 528       }
 529       else
 530       {
 531         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 532       }
 533     }
 534   }
 535
 536   /**
 537    * DOCUMENT ME!
 538    *
 539    * @param e
 540    *          DOCUMENT ME!
 541    */
 542   @Override
 543   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 544   {
 545     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 546   }
 547
 548   /**
 549    * DOCUMENT ME!
 550    *
 551    * @param e
 552    *          DOCUMENT ME!
 553    */
 554   @Override
 555   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 556   {
 557     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 558   }
 559
 560   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 561   {
 562     int width = rc.getWidth();
 563     int height = rc.getHeight();
 564
 565     jalview.util.ImageMaker im;
 566
 567     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 568     {
 569       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 570               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG, "Make PNG image from PCA",
 571               width, height, null, null, null, 0, false);
 572     }
 573     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 574     {
 575       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 576               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS, "Make EPS file from PCA",
 577               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 578     }
 579     else
 580     {
 581       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 582               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 583               width, height, null, this.getTitle(), null, 0, false);
 584
 585     }
 586
 587     if (im.getGraphics() != null)
 588     {
 589       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 590       rc.drawScene(im.getGraphics());
 591       if (rc.drawAxes == true)
 592       {
 593         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 594       }
 595       im.writeImage();
 596     }
 597   }
 598
 599   @Override
 600   public void viewMenu_menuSelected()
 601   {
 602     buildAssociatedViewMenu();
 603   }
 604
 605   void buildAssociatedViewMenu()
 606   {
 607     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 608             .getSequenceSetId());
 609     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 610     {
 611       associateViewsMenu.setVisible(false);
 612       return;
 613     }
 614
 615     associateViewsMenu.setVisible(true);
 616
 617     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 618     {
 619       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 620     }
 621
 622     associateViewsMenu.removeAll();
 623
 624     JRadioButtonMenuItem item;
 625     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 626     int i, iSize = aps.length;
 627     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 628     for (i = 0; i < iSize; i++)
 629     {
 630       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 631       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 632       buttonGroup.add(item);
 633       item.addActionListener(new ActionListener()
 634       {
 635         @Override
 636         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 637         {
 638           rc.applyToAllViews = false;
 639           rc.av = ap.av;
 640           rc.ap = ap;
 641           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 642         }
 643       });
 644
 645       associateViewsMenu.add(item);
 646     }
 647
 648     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 649
 650     buttonGroup.add(itemf);
 651
 652     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 653     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 654     {
 655       @Override
 656       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 657       {
 658         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 659       }
 660     });
 661     associateViewsMenu.add(itemf);
 662
 663   }
 664
 665   /*
 666    * (non-Javadoc)
 667    *
 668    * @see
 669    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 670    * )
 671    */
 672   @Override
 673   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 674   {
 675     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 676     try
 677     {
 678       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 679               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 680               zCombobox.getSelectedIndex()));
 681       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 682               "label.points_for_params", new String[] { this.getTitle() }),
 683               500, 500);
 684     } catch (OutOfMemoryError oom)
 685     {
 686       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 687       cap.dispose();
 688     }
 689   }
 690
 691   /*
 692    * (non-Javadoc)
 693    *
 694    * @see
 695    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 696    * .ActionEvent)
 697    */
 698   @Override
 699   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 700   {
 701     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 702     try
 703     {
 704       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 705               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 706               zCombobox.getSelectedIndex()));
 707       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 708               "label.transformed_points_for_params",
 709               new String[] { this.getTitle() }), 500, 500);
 710     } catch (OutOfMemoryError oom)
 711     {
 712       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 713       cap.dispose();
 714     }
 715   }
 716
 717   /*
 718    * (non-Javadoc)
 719    *
 720    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 721    */
 722   @Override
 723   public void setProgressBar(String message, long id)
 724   {
 725     progressBar.setProgressBar(message, id);
 726     // if (progressBars == null)
 727     // {
 728     // progressBars = new Hashtable();
 729     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 730     // }
 731     //
 732     // JPanel progressPanel;
 733     // Long lId = new Long(id);
 734     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 735     // if (progressBars.get(lId) != null)
 736     // {
 737     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 738     // statusPanel.remove(progressPanel);
 739     // progressBars.remove(lId);
 740     // progressPanel = null;
 741     // if (message != null)
 742     // {
 743     // statusBar.setText(message);
 744     // }
 745     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 746     // {
 747     // progressBarHandlers.remove(lId);
 748     // }
 749     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 750     // }
 751     // else
 752     // {
 753     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 754     //
 755     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 756     // progressBar.setIndeterminate(true);
 757     //
 758     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 759     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 760     //
 761     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 762     // statusPanel.add(progressPanel);
 763     //
 764     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 765     // }
 766     // // update GUI
 767     // // setMenusForViewport();
 768     // validate();
 769   }
 770
 771   @Override
 772   public void registerHandler(final long id,
 773           final IProgressIndicatorHandler handler)
 774   {
 775     progressBar.registerHandler(id, handler);
 776     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 777     // {
 778     // throw new
 779     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 780     // }
 781     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 782     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 783     // if (handler.canCancel())
 784     // {
 785     // JButton cancel = new JButton(
 786     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 787     // final IProgressIndicator us = this;
 788     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 789     // {
 790     //
 791     // @Override
 792     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 793     // {
 794     // handler.cancelActivity(id);
 795     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 796     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 797     // }
 798     // });
 799     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 800     // }
 801   }
 802
 803   /**
 804    *
 805    * @return true if any progress bars are still active
 806    */
 807   @Override
 808   public boolean operationInProgress()
 809   {
 810     return progressBar.operationInProgress();
 811   }
 812
 813   @Override
 814   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 815   {
 816     int t = top;
 817     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 818     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 819     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 820     top = t;
 821     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 822   }
 823
 824   /**
 825    * If the score model is one that requires to get state data from the current
 826    * view, allow it to do so
 827    *
 828    * @param sm
 829    * @return
 830    */
 831   protected ScoreModelI configureScoreModel(ScoreModelI sm)
 832   {
 833     if (sm instanceof ViewBasedAnalysisI)
 834     {
 835       try
 836       {
 837         sm = sm.getClass().newInstance();
 838         ((ViewBasedAnalysisI) sm).configureFromAlignmentView(ap);
 839       } catch (Exception q)
 840       {
 841         Cache.log.error("Couldn't create a scoremodel instance for "
 842                 + sm.getName());
 843       }
 844     }
 845     return sm;
 846   }
 847 }