src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.api.AlignViewportI;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.datamodel.Alignment;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  34 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  35 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  36 import jalview.math.RotatableMatrix.Axis;
  37 import jalview.util.ImageMaker;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  40 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  41
  42 import java.awt.BorderLayout;
  43 import java.awt.Color;
  44 import java.awt.Dimension;
  45 import java.awt.Graphics;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.print.PageFormat;
  49 import java.awt.print.Printable;
  50 import java.awt.print.PrinterException;
  51 import java.awt.print.PrinterJob;
  52
  53 import javax.swing.ButtonGroup;
  54 import javax.swing.JMenuItem;
  55 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  58
  59 /**
  60  * The panel holding the Principal Component Analysis 3-D visualisation
  61  */
  62 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  63         implements Runnable, IProgressIndicator
  64 {
  65   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  66
  67   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  68
  69   private RotatableCanvas rc;
  70
  71   AlignmentPanel ap;
  72
  73   AlignmentViewport av;
  74
  75   private PCAModel pcaModel;
  76
  77   private int top = 0;
  78
  79   private IProgressIndicator progressBar;
  80
  81   private boolean working;
  82
  83   /**
  84    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
  85    * name, and score calculation parameters
  86    *
  87    * @param alignPanel
  88    * @param modelName
  89    * @param params
  90    */
  91   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
  92           SimilarityParamsI params)
  93   {
  94     super();
  95     this.av = alignPanel.av;
  96     this.ap = alignPanel;
  97     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  98
  99     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 100
 101     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 102     {
 103       @Override
 104       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 105       {
 106         close_actionPerformed();
 107       }
 108     });
 109
 110     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 111             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 112     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 113     SequenceI[] seqs;
 114     if (!selected)
 115     {
 116       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 117     }
 118     else
 119     {
 120       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 121     }
 122
 123     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 124             .getScoreModel(modelName, ap);
 125     setPcaModel(new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 126             params));
 127     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 128
 129     setRotatableCanvas(new RotatableCanvas(alignPanel));
 130     this.getContentPane().add(getRotatableCanvas(), BorderLayout.CENTER);
 131
 132     addKeyListener(getRotatableCanvas());
 133     validate();
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 138    * nulled when the frame is closed
 139    */
 140   protected void close_actionPerformed()
 141   {
 142     setPcaModel(null);
 143   }
 144
 145   @Override
 146   protected void bgcolour_actionPerformed()
 147   {
 148     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 149     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 150     {
 151       @Override
 152       public void colourSelected(Color c)
 153       {
 154         rc.setBgColour(c);
 155         rc.repaint();
 156       }
 157     };
 158     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.getBgColour(),
 159             listener);
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Calculates the PCA and displays the results
 164    */
 165   @Override
 166   public void run()
 167   {
 168     working = true;
 169     long progId = System.currentTimeMillis();
 170     IProgressIndicator progress = this;
 171     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 172     if (getParent() == null)
 173     {
 174       progress = ap.alignFrame;
 175       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 176     }
 177     progress.setProgressBar(message, progId);
 178     try
 179     {
 180       getPcaModel().calculate();
 181
 182       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 183       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 184       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 185
 186       getPcaModel().updateRc(getRotatableCanvas());
 187       // rc.invalidate();
 188       setTop(getPcaModel().getTop());
 189
 190     } catch (OutOfMemoryError er)
 191     {
 192       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 193       working = false;
 194       return;
 195     } finally
 196     {
 197       progress.setProgressBar("", progId);
 198     }
 199
 200     repaint();
 201     if (getParent() == null)
 202     {
 203       Desktop.addInternalFrame(this,
 204               MessageManager.formatMessage("label.calc_title", "PCA",
 205                       getPcaModel().getScoreModelName()),
 206               475, 450);
 207       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 208     }
 209     working = false;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Updates the PCA display after a change of component to use for x, y or z
 214    * axis
 215    */
 216   @Override
 217   protected void doDimensionChange()
 218   {
 219     if (getTop() == 0)
 220     {
 221       return;
 222     }
 223
 224     int dim1 = getTop() - xCombobox.getSelectedIndex();
 225     int dim2 = getTop() - yCombobox.getSelectedIndex();
 226     int dim3 = getTop() - zCombobox.getSelectedIndex();
 227     getPcaModel().updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 228     getRotatableCanvas().resetView();
 229   }
 230
 231   /**
 232    * Sets the selected checkbox item index for PCA dimension (1, 2, 3...) for
 233    * the given axis (X/Y/Z)
 234    *
 235    * @param index
 236    * @param axis
 237    */
 238   public void setSelectedDimensionIndex(int index, Axis axis)
 239   {
 240     switch (axis)
 241     {
 242     case X:
 243       xCombobox.setSelectedIndex(index);
 244       break;
 245     case Y:
 246       yCombobox.setSelectedIndex(index);
 247       break;
 248     case Z:
 249       zCombobox.setSelectedIndex(index);
 250       break;
 251     default:
 252     }
 253   }
 254
 255   @Override
 256   protected void outputValues_actionPerformed()
 257   {
 258     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 259     try
 260     {
 261       cap.setText(getPcaModel().getDetails());
 262       Desktop.addInternalFrame(cap,
 263               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 264     } catch (OutOfMemoryError oom)
 265     {
 266       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 267       cap.dispose();
 268     }
 269   }
 270
 271   @Override
 272   protected void showLabels_actionPerformed()
 273   {
 274     getRotatableCanvas().showLabels(showLabels.getState());
 275   }
 276
 277   @Override
 278   protected void print_actionPerformed()
 279   {
 280     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 281     printer.start();
 282   }
 283
 284   /**
 285    * If available, shows the data which formed the inputs for the PCA as a new
 286    * alignment
 287    */
 288   @Override
 289   public void originalSeqData_actionPerformed()
 290   {
 291     // JAL-2647 disabled after load from project (until save to project done)
 292     if (getPcaModel().getInputData() == null)
 293     {
 294       Cache.log.info(
 295               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 296       return;
 297     }
 298     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 299     // warrant a new window to be created
 300     // create new alignment window with hidden regions (unhiding hidden regions
 301     // yields unaligned seqs)
 302     // or create a selection box around columns in alignment view
 303     // test Alignment(SeqCigar[])
 304     char gc = '-';
 305     try
 306     {
 307       // we try to get the associated view's gap character
 308       // but this may fail if the view was closed...
 309       gc = av.getGapCharacter();
 310     } catch (Exception ex)
 311     {
 312     }
 313
 314     Object[] alAndColsel = getPcaModel().getInputData()
 315             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 316
 317     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 318     {
 319       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 320
 321       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 322       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 323               ? av.getAlignment().getDataset()
 324               : null;
 325       if (dataset != null)
 326       {
 327         al.setDataset(dataset);
 328       }
 329
 330       if (true)
 331       {
 332         // make a new frame!
 333         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 334                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 335
 336         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 337         // found!!<<<
 338         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 339
 340         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 341         // msaorder);
 342
 343         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 344                 "label.original_data_for_params", new String[]
 345                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 346                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 347       }
 348     }
 349     /*
 350      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 351      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 352      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 353      * "\n"); }
 354      *
 355      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 356      */
 357   }
 358
 359   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 360   {
 361     @Override
 362     public void run()
 363     {
 364       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 365       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 366       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 367
 368       if (defaultPage == pf)
 369       {
 370         /*
 371          * user cancelled
 372          */
 373         return;
 374       }
 375
 376       printJob.setPrintable(this, pf);
 377
 378       if (printJob.printDialog())
 379       {
 380         try
 381         {
 382           printJob.print();
 383         } catch (Exception PrintException)
 384         {
 385           PrintException.printStackTrace();
 386         }
 387       }
 388     }
 389
 390     @Override
 391     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 392             throws PrinterException
 393     {
 394       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 395
 396       getRotatableCanvas().drawBackground(pg);
 397       getRotatableCanvas().drawScene(pg);
 398       if (getRotatableCanvas().drawAxes)
 399       {
 400         getRotatableCanvas().drawAxes(pg);
 401       }
 402
 403       if (pi == 0)
 404       {
 405         return Printable.PAGE_EXISTS;
 406       }
 407       else
 408       {
 409         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 410       }
 411     }
 412   }
 413
 414   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 415   {
 416     int width = getRotatableCanvas().getWidth();
 417     int height = getRotatableCanvas().getHeight();
 418     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 419     {
 420       @Override
 421       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 422       {
 423         RotatableCanvas canvas = getRotatableCanvas();
 424         canvas.drawBackground(g);
 425         canvas.drawScene(g);
 426         if (canvas.drawAxes)
 427         {
 428           canvas.drawAxes(g);
 429         }
 430       }
 431     };
 432     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 433     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 434     exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 435   }
 436
 437   @Override
 438   protected void viewMenu_menuSelected()
 439   {
 440     buildAssociatedViewMenu();
 441   }
 442
 443   /**
 444    * Builds the menu showing the choice of possible views (for the associated
 445    * sequence data) to which the PCA may be linked
 446    */
 447   void buildAssociatedViewMenu()
 448   {
 449     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 450             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 451     if (aps.length == 1 && getRotatableCanvas().av == aps[0].av)
 452     {
 453       associateViewsMenu.setVisible(false);
 454       return;
 455     }
 456
 457     associateViewsMenu.setVisible(true);
 458
 459     if ((viewMenu
 460             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 461     {
 462       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 463     }
 464
 465     associateViewsMenu.removeAll();
 466
 467     JRadioButtonMenuItem item;
 468     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 469     int iSize = aps.length;
 470
 471     for (int i = 0; i < iSize; i++)
 472     {
 473       final AlignmentPanel panel = aps[i];
 474       item = new JRadioButtonMenuItem(panel.av.getViewName(),
 475               panel.av == getRotatableCanvas().av);
 476       buttonGroup.add(item);
 477       item.addActionListener(new ActionListener()
 478       {
 479         @Override
 480         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 481         {
 482           selectAssociatedView(panel);
 483         }
 484       });
 485
 486       associateViewsMenu.add(item);
 487     }
 488
 489     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 490             "All Views");
 491
 492     buttonGroup.add(itemf);
 493
 494     itemf.setSelected(getRotatableCanvas().isApplyToAllViews());
 495     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 496     {
 497       @Override
 498       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 499       {
 500         getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(itemf.isSelected());
 501       }
 502     });
 503     associateViewsMenu.add(itemf);
 504
 505   }
 506
 507   /*
 508    * (non-Javadoc)
 509    *
 510    * @see
 511    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 512    * )
 513    */
 514   @Override
 515   protected void outputPoints_actionPerformed()
 516   {
 517     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 518     try
 519     {
 520       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(false,
 521               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 522               zCombobox.getSelectedIndex()));
 523       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 524               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 525               { this.getTitle() }), 500, 500);
 526     } catch (OutOfMemoryError oom)
 527     {
 528       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 529       cap.dispose();
 530     }
 531   }
 532
 533   /*
 534    * (non-Javadoc)
 535    *
 536    * @see
 537    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 538    * .ActionEvent)
 539    */
 540   @Override
 541   protected void outputProjPoints_actionPerformed()
 542   {
 543     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 544     try
 545     {
 546       cap.setText(getPcaModel().getPointsasCsv(true,
 547               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 548               zCombobox.getSelectedIndex()));
 549       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 550               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 551               { this.getTitle() }), 500, 500);
 552     } catch (OutOfMemoryError oom)
 553     {
 554       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 555       cap.dispose();
 556     }
 557   }
 558
 559   /*
 560    * (non-Javadoc)
 561    *
 562    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 563    */
 564   @Override
 565   public void setProgressBar(String message, long id)
 566   {
 567     progressBar.setProgressBar(message, id);
 568     // if (progressBars == null)
 569     // {
 570     // progressBars = new Hashtable();
 571     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 572     // }
 573     //
 574     // JPanel progressPanel;
 575     // Long lId = Long.valueOf(id);
 576     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 577     // if (progressBars.get(lId) != null)
 578     // {
 579     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 580     // statusPanel.remove(progressPanel);
 581     // progressBars.remove(lId);
 582     // progressPanel = null;
 583     // if (message != null)
 584     // {
 585     // statusBar.setText(message);
 586     // }
 587     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 588     // {
 589     // progressBarHandlers.remove(lId);
 590     // }
 591     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 592     // }
 593     // else
 594     // {
 595     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 596     //
 597     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 598     // progressBar.setIndeterminate(true);
 599     //
 600     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 601     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 602     //
 603     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 604     // statusPanel.add(progressPanel);
 605     //
 606     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 607     // }
 608     // // update GUI
 609     // // setMenusForViewport();
 610     // validate();
 611   }
 612
 613   @Override
 614   public void removeProgressBar(long id)
 615   {
 616     progressBar.removeProgressBar(id);
 617   }
 618
 619   @Override
 620   public void registerHandler(final long id,
 621           final IProgressIndicatorHandler handler)
 622   {
 623     progressBar.registerHandler(id, handler);
 624     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(Long.valueOf(id)))
 625     // {
 626     // throw new
 627     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 628     // }
 629     // progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
 630     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(Long.valueOf(id));
 631     // if (handler.canCancel())
 632     // {
 633     // JButton cancel = new JButton(
 634     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 635     // final IProgressIndicator us = this;
 636     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 637     // {
 638     //
 639     // @Override
 640     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 641     // {
 642     // handler.cancelActivity(id);
 643     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 644     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 645     // }
 646     // });
 647     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 648     // }
 649   }
 650
 651   /**
 652    *
 653    * @return true if any progress bars are still active
 654    */
 655   @Override
 656   public boolean operationInProgress()
 657   {
 658     return progressBar.operationInProgress();
 659   }
 660
 661   @Override
 662   protected void resetButton_actionPerformed()
 663   {
 664     int t = getTop();
 665     setTop(0); // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 666     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 667     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 668     setTop(t);
 669     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 674    *
 675    * @return
 676    */
 677   public boolean isWorking()
 678   {
 679     return working;
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Answers the selected checkbox item index for PCA dimension for the X, Y or
 684    * Z axis of the display
 685    *
 686    * @param axis
 687    * @return
 688    */
 689   public int getSelectedDimensionIndex(Axis axis)
 690   {
 691     switch (axis)
 692     {
 693     case X:
 694       return xCombobox.getSelectedIndex();
 695     case Y:
 696       return yCombobox.getSelectedIndex();
 697     default:
 698       return zCombobox.getSelectedIndex();
 699     }
 700   }
 701
 702   public void setShowLabels(boolean show)
 703   {
 704     showLabels.setSelected(show);
 705   }
 706
 707   /**
 708    * Sets the input data used to calculate the PCA. This is provided for
 709    * 'restore from project', which does not currently support this (AL-2647), so
 710    * sets the value to null, and hides the menu option for "Input Data...". J
 711    *
 712    * @param data
 713    */
 714   public void setInputData(AlignmentView data)
 715   {
 716     getPcaModel().setInputData(data);
 717     originalSeqData.setVisible(data != null);
 718   }
 719
 720   public AlignViewportI getAlignViewport()
 721   {
 722     return av;
 723   }
 724
 725   public PCAModel getPcaModel()
 726   {
 727     return pcaModel;
 728   }
 729
 730   public void setPcaModel(PCAModel pcaModel)
 731   {
 732     this.pcaModel = pcaModel;
 733   }
 734
 735   public RotatableCanvas getRotatableCanvas()
 736   {
 737     return rc;
 738   }
 739
 740   public void setRotatableCanvas(RotatableCanvas rc)
 741   {
 742     this.rc = rc;
 743   }
 744
 745   public int getTop()
 746   {
 747     return top;
 748   }
 749
 750   public void setTop(int top)
 751   {
 752     this.top = top;
 753   }
 754
 755   /**
 756    * set the associated view for this PCA.
 757    *
 758    * @param panel
 759    */
 760   public void selectAssociatedView(AlignmentPanel panel)
 761   {
 762     getRotatableCanvas().setApplyToAllViews(false);
 763
 764     ap = panel;
 765     av = panel.av;
 766
 767     getRotatableCanvas().av = panel.av;
 768     getRotatableCanvas().ap = panel;
 769     PaintRefresher.Register(PCAPanel.this, panel.av.getSequenceSetId());
 770   }
 771 }