src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.Alignment;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  26 import jalview.datamodel.SeqCigar;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  29 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  32
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.GridLayout;
  37 import java.awt.event.ActionEvent;
  38 import java.awt.event.ActionListener;
  39 import java.awt.print.PageFormat;
  40 import java.awt.print.Printable;
  41 import java.awt.print.PrinterException;
  42 import java.awt.print.PrinterJob;
  43 import java.util.Hashtable;
  44
  45 import javax.swing.ButtonGroup;
  46 import javax.swing.JButton;
  47 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  48 import javax.swing.JColorChooser;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JMenuItem;
  51 import javax.swing.JOptionPane;
  52 import javax.swing.JPanel;
  53 import javax.swing.JProgressBar;
  54 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  55
  56 /**
  57  * DOCUMENT ME!
  58  *
  59  * @author $author$
  60  * @version $Revision$
  61  */
  62 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable,
  63         IProgressIndicator
  64 {
  65
  66   RotatableCanvas rc;
  67
  68   AlignmentPanel ap;
  69
  70   AlignViewport av;
  71
  72   PCAModel pcaModel;
  73
  74   int top = 0;
  75
  76   /**
  77    * Creates a new PCAPanel object.
  78    *
  79    * @param av
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    * @param s
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    */
  84   public PCAPanel(AlignmentPanel ap)
  85   {
  86     this.av = ap.av;
  87     this.ap = ap;
  88
  89     boolean sameLength = true;
  90     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
  91             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
  92     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
  93     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
  94     SequenceI[] seqs;
  95     if (!selected)
  96     {
  97       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  98     }
  99     else
 100     {
 101       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 102     }
 103     SeqCigar sq[] = seqstrings.getSequences();
 104     int length = sq[0].getWidth();
 105
 106     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 107     {
 108       if (sq[i].getWidth() != length)
 109       {
 110         sameLength = false;
 111         break;
 112       }
 113     }
 114
 115     if (!sameLength)
 116     {
 117       JOptionPane
 118               .showMessageDialog(
 119                       Desktop.desktop,
 120                       MessageManager.getString("label.pca_sequences_not_aligned"),
 121                       MessageManager.getString("label.sequences_not_aligned"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 122
 123       return;
 124     }
 125     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide);
 126     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 127
 128     rc = new RotatableCanvas(ap);
 129     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 130     Thread worker = new Thread(this);
 131     worker.start();
 132   }
 133
 134   @Override
 135   protected void scoreMatrix_menuSelected()
 136   {
 137     scoreMatrixMenu.removeAll();
 138     for (final String sm : ResidueProperties.scoreMatrices.keySet())
 139     {
 140       if (ResidueProperties.getScoreMatrix(sm) != null)
 141       {
 142         // create an entry for this score matrix for use in PCA
 143         JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem();
 144         jm.setText(MessageManager
 145                 .getStringOrReturn("label.score_model", sm));
 146         jm.setSelected(pcaModel.getScore_matrix().equals(sm));
 147         if ((ResidueProperties.scoreMatrices.get(sm).isDNA() && ResidueProperties.scoreMatrices
 148                 .get(sm).isProtein())
 149                 || pcaModel.isNucleotide() == ResidueProperties.scoreMatrices
 150                         .get(sm).isDNA())
 151         {
 152           final PCAPanel us = this;
 153           jm.addActionListener(new ActionListener()
 154           {
 155             @Override
 156             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 157             {
 158               if (!pcaModel.getScore_matrix().equals(sm))
 159               {
 160                 pcaModel.setScore_matrix(sm);
 161                 Thread worker = new Thread(us);
 162                 worker.start();
 163               }
 164             }
 165           });
 166           scoreMatrixMenu.add(jm);
 167         }
 168       }
 169     }
 170   }
 171
 172   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 173   {
 174     Color col = JColorChooser.showDialog(this, MessageManager.getString("label.select_backgroud_colour"),
 175             rc.bgColour);
 176
 177     if (col != null)
 178     {
 179       rc.bgColour = col;
 180     }
 181     rc.repaint();
 182   }
 183
 184   /**
 185    * DOCUMENT ME!
 186    */
 187   public void run()
 188   {
 189     long progId = System.currentTimeMillis();
 190     IProgressIndicator progress = this;
 191     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 192     if (getParent() == null)
 193     {
 194       progress = ap.alignFrame;
 195       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 196     }
 197     progress.setProgressBar(message, progId);
 198     try
 199     {
 200       calcSettings.setEnabled(false);
 201       pcaModel.run();
 202       // ////////////////
 203       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 204       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 205       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 206
 207       pcaModel.updateRc(rc);
 208       // rc.invalidate();
 209       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 210       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 211       jvVersionSetting.setSelected(pcaModel.isJvCalcMode());
 212       top = pcaModel.getTop();
 213
 214     } catch (OutOfMemoryError er)
 215     {
 216       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 217       return;
 218     } finally
 219     {
 220       progress.setProgressBar("", progId);
 221     }
 222     calcSettings.setEnabled(true);
 223     repaint();
 224     if (getParent() == null)
 225     {
 226       addKeyListener(rc);
 227       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 228               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 229     }
 230   }
 231
 232   @Override
 233   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 234   {
 235     if (!pcaModel.isNucleotide())
 236     {
 237       pcaModel.setNucleotide(true);
 238       pcaModel.setScore_matrix("DNA");
 239       Thread worker = new Thread(this);
 240       worker.start();
 241     }
 242
 243   }
 244
 245   @Override
 246   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 247   {
 248
 249     if (pcaModel.isNucleotide())
 250     {
 251       pcaModel.setNucleotide(false);
 252       pcaModel.setScore_matrix("BLOSUM62");
 253       Thread worker = new Thread(this);
 254       worker.start();
 255     }
 256   }
 257
 258   @Override
 259   protected void jvVersionSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 260   {
 261     pcaModel.setJvCalcMode(jvVersionSetting.isSelected());
 262     Thread worker = new Thread(this);
 263     worker.start();
 264   }
 265
 266   /**
 267    * DOCUMENT ME!
 268    */
 269   void doDimensionChange()
 270   {
 271     if (top == 0)
 272     {
 273       return;
 274     }
 275
 276     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 277     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 278     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 279     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 280     rc.img = null;
 281     rc.rotmat.setIdentity();
 282     rc.initAxes();
 283     rc.paint(rc.getGraphics());
 284   }
 285
 286   /**
 287    * DOCUMENT ME!
 288    *
 289    * @param e
 290    *          DOCUMENT ME!
 291    */
 292   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 293   {
 294     doDimensionChange();
 295   }
 296
 297   /**
 298    * DOCUMENT ME!
 299    *
 300    * @param e
 301    *          DOCUMENT ME!
 302    */
 303   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 304   {
 305     doDimensionChange();
 306   }
 307
 308   /**
 309    * DOCUMENT ME!
 310    *
 311    * @param e
 312    *          DOCUMENT ME!
 313    */
 314   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 315   {
 316     doDimensionChange();
 317   }
 318
 319   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 320   {
 321     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 322     try
 323     {
 324       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 325       Desktop.addInternalFrame(cap,
 326               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 327     } catch (OutOfMemoryError oom)
 328     {
 329       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 330       cap.dispose();
 331     }
 332   }
 333
 334   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 335   {
 336     rc.showLabels(showLabels.getState());
 337   }
 338
 339   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 340   {
 341     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 342     printer.start();
 343   }
 344
 345   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 346   {
 347     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 348     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 349     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 350     {
 351       jalview.bin.Cache.log
 352               .info("Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 353       return;
 354     }
 355     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 356     // warrant a new window to be created
 357     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 358     // yields unaligned seqs)
 359     // or create a selection box around columns in alignment view
 360     // test Alignment(SeqCigar[])
 361     char gc = '-';
 362     try
 363     {
 364       // we try to get the associated view's gap character
 365       // but this may fail if the view was closed...
 366       gc = av.getGapCharacter();
 367     } catch (Exception ex)
 368     {
 369     }
 370     ;
 371     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 372             .getAlignmentAndColumnSelection(gc);
 373
 374     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 375     {
 376       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 377
 378       Alignment al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 379       Alignment dataset = (av != null && av.getAlignment() != null) ? av
 380               .getAlignment().getDataset() : null;
 381       if (dataset != null)
 382       {
 383         al.setDataset(dataset);
 384       }
 385
 386       if (true)
 387       {
 388         // make a new frame!
 389         AlignFrame af = new AlignFrame(al,
 390                 (ColumnSelection) alAndColsel[1], AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 391                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 392
 393         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 394         // found!!<<<
 395         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 396
 397         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 398         // msaorder);
 399
 400         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 401                 "label.original_data_for_params", new String[]
 402                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 403                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 404       }
 405     }
 406     /*
 407      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 408      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 409      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 410      * "\n"); }
 411      *
 412      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 413      */
 414   }
 415
 416   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 417   {
 418     public void run()
 419     {
 420       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 421       PageFormat pf = printJob.pageDialog(printJob.defaultPage());
 422
 423       printJob.setPrintable(this, pf);
 424
 425       if (printJob.printDialog())
 426       {
 427         try
 428         {
 429           printJob.print();
 430         } catch (Exception PrintException)
 431         {
 432           PrintException.printStackTrace();
 433         }
 434       }
 435     }
 436
 437     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 438             throws PrinterException
 439     {
 440       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 441
 442       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 443       rc.drawScene(pg);
 444       if (rc.drawAxes == true)
 445       {
 446         rc.drawAxes(pg);
 447       }
 448
 449       if (pi == 0)
 450       {
 451         return Printable.PAGE_EXISTS;
 452       }
 453       else
 454       {
 455         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 456       }
 457     }
 458   }
 459
 460   /**
 461    * DOCUMENT ME!
 462    *
 463    * @param e
 464    *          DOCUMENT ME!
 465    */
 466   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 467   {
 468     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS);
 469   }
 470
 471   /**
 472    * DOCUMENT ME!
 473    *
 474    * @param e
 475    *          DOCUMENT ME!
 476    */
 477   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 478   {
 479     makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG);
 480   }
 481
 482   void makePCAImage(jalview.util.ImageMaker.TYPE type)
 483   {
 484     int width = rc.getWidth();
 485     int height = rc.getHeight();
 486
 487     jalview.util.ImageMaker im;
 488
 489     if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG)
 490     {
 491       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 492               jalview.util.ImageMaker.TYPE.PNG,
 493               "Make PNG image from PCA", width, height, null, null);
 494     }
 495     else if (type == jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS)
 496     {
 497       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 498               jalview.util.ImageMaker.TYPE.EPS,
 499               "Make EPS file from PCA", width, height, null,
 500               this.getTitle());
 501     }
 502     else
 503     {
 504       im = new jalview.util.ImageMaker(this,
 505               jalview.util.ImageMaker.TYPE.SVG, "Make SVG file from PCA",
 506               width, height, null, this.getTitle());
 507
 508     }
 509
 510     if (im.getGraphics() != null)
 511     {
 512       rc.drawBackground(im.getGraphics(), Color.black);
 513       rc.drawScene(im.getGraphics());
 514       if (rc.drawAxes == true)
 515       {
 516         rc.drawAxes(im.getGraphics());
 517       }
 518       im.writeImage();
 519     }
 520   }
 521
 522   public void viewMenu_menuSelected()
 523   {
 524     buildAssociatedViewMenu();
 525   }
 526
 527   void buildAssociatedViewMenu()
 528   {
 529     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher.getAssociatedPanels(av
 530             .getSequenceSetId());
 531     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 532     {
 533       associateViewsMenu.setVisible(false);
 534       return;
 535     }
 536
 537     associateViewsMenu.setVisible(true);
 538
 539     if ((viewMenu.getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 540     {
 541       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 542     }
 543
 544     associateViewsMenu.removeAll();
 545
 546     JRadioButtonMenuItem item;
 547     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 548     int i, iSize = aps.length;
 549     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 550     for (i = 0; i < iSize; i++)
 551     {
 552       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 553       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 554       buttonGroup.add(item);
 555       item.addActionListener(new ActionListener()
 556       {
 557         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 558         {
 559           rc.applyToAllViews = false;
 560           rc.av = ap.av;
 561           rc.ap = ap;
 562           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 563         }
 564       });
 565
 566       associateViewsMenu.add(item);
 567     }
 568
 569     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem("All Views");
 570
 571     buttonGroup.add(itemf);
 572
 573     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 574     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 575     {
 576       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 577       {
 578         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 579       }
 580     });
 581     associateViewsMenu.add(itemf);
 582
 583   }
 584
 585   /*
 586    * (non-Javadoc)
 587    *
 588    * @see
 589    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 590    * )
 591    */
 592   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 593   {
 594     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 595     try
 596     {
 597       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 598               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 599               zCombobox.getSelectedIndex()));
 600       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 601               "label.points_for_params", new String[]
 602               { this.getTitle() }), 500, 500);
 603     } catch (OutOfMemoryError oom)
 604     {
 605       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 606       cap.dispose();
 607     }
 608   }
 609
 610   /*
 611    * (non-Javadoc)
 612    *
 613    * @see
 614    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 615    * .ActionEvent)
 616    */
 617   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 618   {
 619     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 620     try
 621     {
 622       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 623               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 624               zCombobox.getSelectedIndex()));
 625       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 626               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 627               { this.getTitle() }), 500, 500);
 628     } catch (OutOfMemoryError oom)
 629     {
 630       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 631       cap.dispose();
 632     }
 633   }
 634
 635   // methods for implementing IProgressIndicator
 636   // need to refactor to a reusable stub class
 637   Hashtable progressBars, progressBarHandlers;
 638
 639   /*
 640    * (non-Javadoc)
 641    *
 642    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 643    */
 644   @Override
 645   public void setProgressBar(String message, long id)
 646   {
 647     if (progressBars == null)
 648     {
 649       progressBars = new Hashtable();
 650       progressBarHandlers = new Hashtable();
 651     }
 652
 653     JPanel progressPanel;
 654     Long lId = new Long(id);
 655     GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 656     if (progressBars.get(lId) != null)
 657     {
 658       progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 659       statusPanel.remove(progressPanel);
 660       progressBars.remove(lId);
 661       progressPanel = null;
 662       if (message != null)
 663       {
 664         statusBar.setText(message);
 665       }
 666       if (progressBarHandlers.contains(lId))
 667       {
 668         progressBarHandlers.remove(lId);
 669       }
 670       layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 671     }
 672     else
 673     {
 674       progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 675
 676       JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 677       progressBar.setIndeterminate(true);
 678
 679       progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 680       progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 681
 682       layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 683       statusPanel.add(progressPanel);
 684
 685       progressBars.put(lId, progressPanel);
 686     }
 687     // update GUI
 688     // setMenusForViewport();
 689     validate();
 690   }
 691
 692   @Override
 693   public void registerHandler(final long id,
 694           final IProgressIndicatorHandler handler)
 695   {
 696     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 697     {
 698       throw new Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 699     }
 700     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 701     final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 702     if (handler.canCancel())
 703     {
 704       JButton cancel = new JButton(
 705               MessageManager.getString("action.cancel"));
 706       final IProgressIndicator us = this;
 707       cancel.addActionListener(new ActionListener()
 708       {
 709
 710         @Override
 711         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 712         {
 713           handler.cancelActivity(id);
 714           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params", new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 715         }
 716       });
 717       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 718     }
 719   }
 720
 721   /**
 722    *
 723    * @return true if any progress bars are still active
 724    */
 725   @Override
 726   public boolean operationInProgress()
 727   {
 728     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
 729     {
 730       return true;
 731     }
 732     return false;
 733   }
 734
 735   @Override
 736   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 737   {
 738     int t = top;
 739     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 740     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 741     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 742     top = t;
 743     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 744   }
 745 }