src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.analysis.PCA;\r
   5 import jalview.jbgui.*;\r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.awt.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  12 {\r
  13   PCA pca;\r
  14   int top;\r
  15   RotatableCanvas rc;\r
  16   AlignViewport av;\r
  17 \r
  18   public void run()\r
  19   {\r
  20     // do stuff\r
  21   }\r
  22 \r
  23   public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s) {\r
  24 \r
  25     this.av = av;\r
  26     if(av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().getSize()>3)\r
  27     {\r
  28       s = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  29       for(int i=0; i<s.length; i++)\r
  30         s[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  31     }\r
  32 \r
  33 \r
  34     if(s==null)\r
  35     {\r
  36       s = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  37       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  38         s[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  39      }\r
  40 \r
  41 //////////////////////This part was done in PCATHread originally. Is it too slow???\r
  42     pca = new PCA(s);\r
  43     pca.run();\r
  44 \r
  45     // Now find the component coordinates\r
  46     int ii=0;\r
  47     while (ii < s.length && s[ii] != null)\r
  48     {\r
  49       ii++;\r
  50     }\r
  51 \r
  52     double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  53 \r
  54     for (int i=0; i < ii; i++ )\r
  55     {\r
  56       if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  57       {\r
  58         comps[i]  = pca.component(i);\r
  59       }\r
  60     }\r
  61 \r
  62     //////////////////\r
  63 \r
  64     xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
  65     yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
  66     zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
  67 \r
  68     top = pca.getM().rows-1;\r
  69 \r
  70     Vector points = new Vector();\r
  71     float[][] scores = pca.getComponents(top-1,top-2,top-3,100);\r
  72 \r
  73     for (int i =0; i < pca.getM().rows; i++ )\r
  74     {\r
  75       SequencePoint sp = new SequencePoint(s[i],scores[i]);\r
  76       points.addElement(sp);\r
  77     }\r
  78 \r
  79     rc = new RotatableCanvas(av,points,pca.getM().rows);\r
  80 \r
  81     //rc.printPoints();\r
  82 \r
  83     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
  84   }\r
  85 \r
  86 \r
  87   void doDimensionChange()\r
  88   {\r
  89     if(top==0)\r
  90       return;\r
  91 \r
  92     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
  93     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
  94     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
  95 \r
  96     float[][] scores  = pca.getComponents(dim1,dim2,dim3,100);\r
  97     for (int i=0; i < pca.getM().rows; i++) {\r
  98       ((SequencePoint)rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
  99     }\r
 100 \r
 101     rc.img = null;\r
 102     rc.rotmat.setIdentity();\r
 103     rc.initAxes();\r
 104     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 105   }\r
 106 \r
 107   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 108   {\r
 109     doDimensionChange();\r
 110   }\r
 111 \r
 112   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 113   {\r
 114     doDimensionChange();\r
 115   }\r
 116 \r
 117   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 118   {\r
 119     doDimensionChange();\r
 120   }\r
 121 \r
 122 }\r