src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.analysis.PCA;\r
  24 import jalview.jbgui.*;\r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 public class PCAPanel extends GPCAPanel implements Runnable\r
  31 {\r
  32   PCA pca;\r
  33   int top;\r
  34   RotatableCanvas rc;\r
  35   AlignViewport av;\r
  36 \r
  37   public void run()\r
  38   {\r
  39     // do stuff\r
  40   }\r
  41 \r
  42   public PCAPanel(AlignViewport av, SequenceI[] s) {\r
  43 \r
  44     this.av = av;\r
  45     if(av.getSelectionGroup()!=null && av.getSelectionGroup().getSize()>3)\r
  46     {\r
  47       s = new Sequence[av.getSelectionGroup().getSize()];\r
  48       for(int i=0; i<s.length; i++)\r
  49         s[i] = av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i);\r
  50     }\r
  51 \r
  52 \r
  53     if(s==null)\r
  54     {\r
  55       s = new Sequence[av.getAlignment().getHeight()];\r
  56       for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
  57         s[i] = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
  58      }\r
  59 \r
  60 //////////////////////This part was done in PCATHread originally. Is it too slow???\r
  61     pca = new PCA(s);\r
  62     pca.run();\r
  63 \r
  64     // Now find the component coordinates\r
  65     int ii=0;\r
  66     while (ii < s.length && s[ii] != null)\r
  67     {\r
  68       ii++;\r
  69     }\r
  70 \r
  71     double[][] comps = new double[ii][ii];\r
  72 \r
  73     for (int i=0; i < ii; i++ )\r
  74     {\r
  75       if (pca.getEigenvalue(i) > 1e-4)\r
  76       {\r
  77         comps[i]  = pca.component(i);\r
  78       }\r
  79     }\r
  80 \r
  81     //////////////////\r
  82 \r
  83     xCombobox.setSelectedIndex(0);\r
  84     yCombobox.setSelectedIndex(1);\r
  85     zCombobox.setSelectedIndex(2);\r
  86 \r
  87     top = pca.getM().rows-1;\r
  88 \r
  89     Vector points = new Vector();\r
  90     float[][] scores = pca.getComponents(top-1,top-2,top-3,100);\r
  91 \r
  92     for (int i =0; i < pca.getM().rows; i++ )\r
  93     {\r
  94       SequencePoint sp = new SequencePoint(s[i],scores[i]);\r
  95       points.addElement(sp);\r
  96     }\r
  97 \r
  98     rc = new RotatableCanvas(av,points,pca.getM().rows);\r
  99 \r
 100     //rc.printPoints();\r
 101 \r
 102     add(rc, BorderLayout.CENTER);\r
 103   }\r
 104 \r
 105 \r
 106   void doDimensionChange()\r
 107   {\r
 108     if(top==0)\r
 109       return;\r
 110 \r
 111     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();\r
 112     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();\r
 113     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();\r
 114 \r
 115     float[][] scores  = pca.getComponents(dim1,dim2,dim3,100);\r
 116     for (int i=0; i < pca.getM().rows; i++) {\r
 117       ((SequencePoint)rc.points.elementAt(i)).coord = scores[i];\r
 118     }\r
 119 \r
 120     rc.img = null;\r
 121     rc.rotmat.setIdentity();\r
 122     rc.initAxes();\r
 123     rc.paint(rc.getGraphics());\r
 124   }\r
 125 \r
 126   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 127   {\r
 128     doDimensionChange();\r
 129   }\r
 130 \r
 131   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 132   {\r
 133     doDimensionChange();\r
 134   }\r
 135 \r
 136   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 137   {\r
 138     doDimensionChange();\r
 139   }\r
 140 \r
 141 }\r