src/jalview/gui/PCAPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.ScoreModels;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.api.analysis.ScoreModelI;
  26 import jalview.api.analysis.SimilarityParamsI;
  27 import jalview.datamodel.Alignment;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  33 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  34 import jalview.jbgui.GPCAPanel;
  35 import jalview.util.ImageMaker;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  38 import jalview.viewmodel.PCAModel;
  39
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.awt.Dimension;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.print.PageFormat;
  47 import java.awt.print.Printable;
  48 import java.awt.print.PrinterException;
  49 import java.awt.print.PrinterJob;
  50
  51 import javax.swing.ButtonGroup;
  52 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  55 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  56 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  57
  58 /**
  59  * DOCUMENT ME!
  60  *
  61  * @author $author$
  62  * @version $Revision$
  63  */
  64 public class PCAPanel extends GPCAPanel
  65         implements Runnable, IProgressIndicator
  66 {
  67
  68   private IProgressIndicator progressBar;
  69
  70   RotatableCanvas rc;
  71
  72   AlignmentPanel ap;
  73
  74   AlignmentViewport av;
  75
  76   PCAModel pcaModel;
  77
  78   private static final int MIN_WIDTH = 470;
  79
  80   private static final int MIN_HEIGHT = 250;
  81
  82   int top = 0;
  83
  84   private boolean working;
  85
  86   /**
  87    * Creates a new PCAPanel object using default score model and parameters
  88    *
  89    * @param alignPanel
  90    */
  91   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel)
  92   {
  93     this(alignPanel,
  94             ScoreModels.getInstance()
  95                     .getDefaultModel(
  96                             !alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
  97                     .getName(),
  98             SimilarityParams.SeqSpace);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * Constructor given sequence data, a similarity (or distance) score model
 103    * name, and score calculation parameters
 104    *
 105    * @param alignPanel
 106    * @param modelName
 107    * @param params
 108    */
 109   public PCAPanel(AlignmentPanel alignPanel, String modelName,
 110           SimilarityParamsI params)
 111   {
 112     super();
 113     this.av = alignPanel.av;
 114     this.ap = alignPanel;
 115     boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 116
 117     progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 118
 119     addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 120     {
 121       @Override
 122       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent e)
 123       {
 124         close_actionPerformed();
 125       }
 126     });
 127
 128     boolean selected = av.getSelectionGroup() != null
 129             && av.getSelectionGroup().getSize() > 0;
 130     AlignmentView seqstrings = av.getAlignmentView(selected);
 131     SequenceI[] seqs;
 132     if (!selected)
 133     {
 134       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
 135     }
 136     else
 137     {
 138       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
 139     }
 140
 141     ScoreModelI scoreModel = ScoreModels.getInstance()
 142             .getScoreModel(modelName, ap);
 143     pcaModel = new PCAModel(seqstrings, seqs, nucleotide, scoreModel,
 144             params);
 145     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 146
 147     rc = new RotatableCanvas(alignPanel);
 148     this.getContentPane().add(rc, BorderLayout.CENTER);
 149     Thread worker = new Thread(this);
 150     worker.start();
 151   }
 152
 153   /**
 154    * Ensure references to potentially very large objects (the PCA matrices) are
 155    * nulled when the frame is closed
 156    */
 157   protected void close_actionPerformed()
 158   {
 159     pcaModel = null;
 160   }
 161
 162   /**
 163    * Repopulate the options and actions under the score model menu when it is
 164    * selected. Options will depend on whether 'nucleotide' or 'peptide'
 165    * modelling is selected (and also possibly on whether any additional score
 166    * models have been added).
 167    */
 168   @Override
 169   protected void scoreModel_menuSelected()
 170   {
 171     scoreModelMenu.removeAll();
 172     for (final ScoreModelI sm : ScoreModels.getInstance().getModels())
 173     {
 174       final String name = sm.getName();
 175       JCheckBoxMenuItem jm = new JCheckBoxMenuItem(name);
 176
 177       /*
 178        * if the score model doesn't provide a description, try to look one
 179        * up in the text bundle, falling back on its name
 180        */
 181       String tooltip = sm.getDescription();
 182       if (tooltip == null)
 183       {
 184         tooltip = MessageManager.getStringOrReturn("label.score_model_",
 185                 name);
 186       }
 187       jm.setToolTipText(tooltip);
 188       jm.setSelected(pcaModel.getScoreModelName().equals(name));
 189       if ((pcaModel.isNucleotide() && sm.isDNA())
 190               || (!pcaModel.isNucleotide() && sm.isProtein()))
 191       {
 192         jm.addActionListener(new ActionListener()
 193         {
 194           @Override
 195           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 196           {
 197             if (!pcaModel.getScoreModelName().equals(name))
 198             {
 199               ScoreModelI sm2 = ScoreModels.getInstance()
 200                       .getScoreModel(name, ap);
 201               pcaModel.setScoreModel(sm2);
 202               Thread worker = new Thread(PCAPanel.this);
 203               worker.start();
 204             }
 205           }
 206         });
 207         scoreModelMenu.add(jm);
 208       }
 209     }
 210   }
 211
 212   @Override
 213   public void bgcolour_actionPerformed(ActionEvent e)
 214   {
 215     String ttl = MessageManager.getString("label.select_background_colour");
 216     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 217     {
 218       @Override
 219       public void colourSelected(Color c)
 220       {
 221         rc.bgColour = c;
 222         rc.repaint();
 223       }
 224     };
 225     JalviewColourChooser.showColourChooser(this, ttl, rc.bgColour,
 226             listener);
 227   }
 228
 229   /**
 230    * DOCUMENT ME!
 231    */
 232   @Override
 233   public void run()
 234   {
 235     long progId = System.currentTimeMillis();
 236     IProgressIndicator progress = this;
 237     String message = MessageManager.getString("label.pca_recalculating");
 238     if (getParent() == null)
 239     {
 240       progress = ap.alignFrame;
 241       message = MessageManager.getString("label.pca_calculating");
 242     }
 243     progress.setProgressBar(message, progId);
 244     working = true;
 245     try
 246     {
 247       calcSettings.setEnabled(false);
 248       pcaModel.run();
 249       // ////////////////
 250       xCombobox.setSelectedIndex(0);
 251       yCombobox.setSelectedIndex(1);
 252       zCombobox.setSelectedIndex(2);
 253
 254       pcaModel.updateRc(rc);
 255       // rc.invalidate();
 256       nuclSetting.setSelected(pcaModel.isNucleotide());
 257       protSetting.setSelected(!pcaModel.isNucleotide());
 258       top = pcaModel.getTop();
 259
 260     } catch (OutOfMemoryError er)
 261     {
 262       new OOMWarning("calculating PCA", er);
 263       working = false;
 264       return;
 265     } finally
 266     {
 267       progress.setProgressBar("", progId);
 268     }
 269     calcSettings.setEnabled(true);
 270     repaint();
 271     if (getParent() == null)
 272     {
 273       addKeyListener(rc);
 274       Desktop.addInternalFrame(this, MessageManager
 275               .getString("label.principal_component_analysis"), 475, 450);
 276       this.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 277     }
 278     working = false;
 279   }
 280
 281   @Override
 282   protected void nuclSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 283   {
 284     if (!pcaModel.isNucleotide())
 285     {
 286       pcaModel.setNucleotide(true);
 287       pcaModel.setScoreModel(
 288               ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(false));
 289       Thread worker = new Thread(this);
 290       worker.start();
 291     }
 292
 293   }
 294
 295   @Override
 296   protected void protSetting_actionPerfomed(ActionEvent arg0)
 297   {
 298
 299     if (pcaModel.isNucleotide())
 300     {
 301       pcaModel.setNucleotide(false);
 302       pcaModel.setScoreModel(
 303               ScoreModels.getInstance().getDefaultModel(true));
 304       Thread worker = new Thread(this);
 305       worker.start();
 306     }
 307   }
 308
 309   /**
 310    * DOCUMENT ME!
 311    */
 312   void doDimensionChange()
 313   {
 314     if (top == 0)
 315     {
 316       return;
 317     }
 318
 319     int dim1 = top - xCombobox.getSelectedIndex();
 320     int dim2 = top - yCombobox.getSelectedIndex();
 321     int dim3 = top - zCombobox.getSelectedIndex();
 322     pcaModel.updateRcView(dim1, dim2, dim3);
 323     rc.img = null;
 324     rc.rotmat.setIdentity();
 325     rc.initAxes();
 326     rc.paint(rc.getGraphics());
 327   }
 328
 329   /**
 330    * DOCUMENT ME!
 331    *
 332    * @param e
 333    *          DOCUMENT ME!
 334    */
 335   @Override
 336   protected void xCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 337   {
 338     doDimensionChange();
 339   }
 340
 341   /**
 342    * DOCUMENT ME!
 343    *
 344    * @param e
 345    *          DOCUMENT ME!
 346    */
 347   @Override
 348   protected void yCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 349   {
 350     doDimensionChange();
 351   }
 352
 353   /**
 354    * DOCUMENT ME!
 355    *
 356    * @param e
 357    *          DOCUMENT ME!
 358    */
 359   @Override
 360   protected void zCombobox_actionPerformed(ActionEvent e)
 361   {
 362     doDimensionChange();
 363   }
 364
 365   @Override
 366   public void outputValues_actionPerformed(ActionEvent e)
 367   {
 368     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 369     try
 370     {
 371       cap.setText(pcaModel.getDetails());
 372       Desktop.addInternalFrame(cap,
 373               MessageManager.getString("label.pca_details"), 500, 500);
 374     } catch (OutOfMemoryError oom)
 375     {
 376       new OOMWarning("opening PCA details", oom);
 377       cap.dispose();
 378     }
 379   }
 380
 381   @Override
 382   public void showLabels_actionPerformed(ActionEvent e)
 383   {
 384     rc.showLabels(showLabels.getState());
 385   }
 386
 387   @Override
 388   public void print_actionPerformed(ActionEvent e)
 389   {
 390     PCAPrinter printer = new PCAPrinter();
 391     printer.start();
 392   }
 393
 394   @Override
 395   public void originalSeqData_actionPerformed(ActionEvent e)
 396   {
 397     // this was cut'n'pasted from the equivalent TreePanel method - we should
 398     // make this an abstract function of all jalview analysis windows
 399     if (pcaModel.getSeqtrings() == null)
 400     {
 401       jalview.bin.Cache.log.info(
 402               "Unexpected call to originalSeqData_actionPerformed - should have hidden this menu action.");
 403       return;
 404     }
 405     // decide if av alignment is sufficiently different to original data to
 406     // warrant a new window to be created
 407     // create new alignmnt window with hidden regions (unhiding hidden regions
 408     // yields unaligned seqs)
 409     // or create a selection box around columns in alignment view
 410     // test Alignment(SeqCigar[])
 411     char gc = '-';
 412     try
 413     {
 414       // we try to get the associated view's gap character
 415       // but this may fail if the view was closed...
 416       gc = av.getGapCharacter();
 417     } catch (Exception ex)
 418     {
 419     }
 420     ;
 421     Object[] alAndColsel = pcaModel.getSeqtrings()
 422             .getAlignmentAndHiddenColumns(gc);
 423
 424     if (alAndColsel != null && alAndColsel[0] != null)
 425     {
 426       // AlignmentOrder origorder = new AlignmentOrder(alAndColsel[0]);
 427
 428       AlignmentI al = new Alignment((SequenceI[]) alAndColsel[0]);
 429       AlignmentI dataset = (av != null && av.getAlignment() != null)
 430               ? av.getAlignment().getDataset()
 431               : null;
 432       if (dataset != null)
 433       {
 434         al.setDataset(dataset);
 435       }
 436
 437       if (true)
 438       {
 439         // make a new frame!
 440         AlignFrame af = new AlignFrame(al, (HiddenColumns) alAndColsel[1],
 441                 AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 442
 443         // >>>This is a fix for the moment, until a better solution is
 444         // found!!<<<
 445         // af.getFeatureRenderer().transferSettings(alignFrame.getFeatureRenderer());
 446
 447         // af.addSortByOrderMenuItem(ServiceName + " Ordering",
 448         // msaorder);
 449
 450         Desktop.addInternalFrame(af, MessageManager.formatMessage(
 451                 "label.original_data_for_params", new String[]
 452                 { this.title }), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 453                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 454       }
 455     }
 456     /*
 457      * CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(); for (int i = 0; i <
 458      * seqs.length; i++) { cap.appendText(new jalview.util.Format("%-" + 15 +
 459      * "s").form( seqs[i].getName())); cap.appendText(" " + seqstrings[i] +
 460      * "\n"); }
 461      *
 462      * Desktop.addInternalFrame(cap, "Original Data", 400, 400);
 463      */
 464   }
 465
 466   class PCAPrinter extends Thread implements Printable
 467   {
 468     @Override
 469     public void run()
 470     {
 471       PrinterJob printJob = PrinterJob.getPrinterJob();
 472       PageFormat defaultPage = printJob.defaultPage();
 473       PageFormat pf = printJob.pageDialog(defaultPage);
 474
 475       if (defaultPage == pf)
 476       {
 477         /*
 478          * user cancelled
 479          */
 480         return;
 481       }
 482
 483       printJob.setPrintable(this, pf);
 484
 485       if (printJob.printDialog())
 486       {
 487         try
 488         {
 489           printJob.print();
 490         } catch (Exception PrintException)
 491         {
 492           PrintException.printStackTrace();
 493         }
 494       }
 495     }
 496
 497     @Override
 498     public int print(Graphics pg, PageFormat pf, int pi)
 499             throws PrinterException
 500     {
 501       pg.translate((int) pf.getImageableX(), (int) pf.getImageableY());
 502
 503       rc.drawBackground(pg, rc.bgColour);
 504       rc.drawScene(pg);
 505       if (rc.drawAxes == true)
 506       {
 507         rc.drawAxes(pg);
 508       }
 509
 510       if (pi == 0)
 511       {
 512         return Printable.PAGE_EXISTS;
 513       }
 514       else
 515       {
 516         return Printable.NO_SUCH_PAGE;
 517       }
 518     }
 519   }
 520
 521   public void makePCAImage(ImageMaker.TYPE type)
 522   {
 523     int width = rc.getWidth();
 524     int height = rc.getHeight();
 525     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
 526     {
 527       @Override
 528       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
 529       {
 530         rc.drawBackground(g, Color.black);
 531         rc.drawScene(g);
 532         if (rc.drawAxes)
 533         {
 534           rc.drawAxes(g);
 535         }
 536       }
 537     };
 538     String pca = MessageManager.getString("label.pca");
 539     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, type, pca);
 540     exporter.doExport(null, this, width, height, pca);
 541   }
 542
 543   @Override
 544   public void viewMenu_menuSelected()
 545   {
 546     buildAssociatedViewMenu();
 547   }
 548
 549   void buildAssociatedViewMenu()
 550   {
 551     AlignmentPanel[] aps = PaintRefresher
 552             .getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());
 553     if (aps.length == 1 && rc.av == aps[0].av)
 554     {
 555       associateViewsMenu.setVisible(false);
 556       return;
 557     }
 558
 559     associateViewsMenu.setVisible(true);
 560
 561     if ((viewMenu
 562             .getItem(viewMenu.getItemCount() - 2) instanceof JMenuItem))
 563     {
 564       viewMenu.insertSeparator(viewMenu.getItemCount() - 1);
 565     }
 566
 567     associateViewsMenu.removeAll();
 568
 569     JRadioButtonMenuItem item;
 570     ButtonGroup buttonGroup = new ButtonGroup();
 571     int i, iSize = aps.length;
 572     final PCAPanel thisPCAPanel = this;
 573     for (i = 0; i < iSize; i++)
 574     {
 575       final AlignmentPanel ap = aps[i];
 576       item = new JRadioButtonMenuItem(ap.av.viewName, ap.av == rc.av);
 577       buttonGroup.add(item);
 578       item.addActionListener(new ActionListener()
 579       {
 580         @Override
 581         public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 582         {
 583           rc.applyToAllViews = false;
 584           rc.av = ap.av;
 585           rc.ap = ap;
 586           PaintRefresher.Register(thisPCAPanel, ap.av.getSequenceSetId());
 587         }
 588       });
 589
 590       associateViewsMenu.add(item);
 591     }
 592
 593     final JRadioButtonMenuItem itemf = new JRadioButtonMenuItem(
 594             "All Views");
 595
 596     buttonGroup.add(itemf);
 597
 598     itemf.setSelected(rc.applyToAllViews);
 599     itemf.addActionListener(new ActionListener()
 600     {
 601       @Override
 602       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 603       {
 604         rc.applyToAllViews = itemf.isSelected();
 605       }
 606     });
 607     associateViewsMenu.add(itemf);
 608
 609   }
 610
 611   /*
 612    * (non-Javadoc)
 613    *
 614    * @see
 615    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputPoints_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
 616    * )
 617    */
 618   @Override
 619   protected void outputPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 620   {
 621     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 622     try
 623     {
 624       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(false,
 625               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 626               zCombobox.getSelectedIndex()));
 627       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
 628               .formatMessage("label.points_for_params", new String[]
 629               { this.getTitle() }), 500, 500);
 630     } catch (OutOfMemoryError oom)
 631     {
 632       new OOMWarning("exporting PCA points", oom);
 633       cap.dispose();
 634     }
 635   }
 636
 637   /*
 638    * (non-Javadoc)
 639    *
 640    * @see
 641    * jalview.jbgui.GPCAPanel#outputProjPoints_actionPerformed(java.awt.event
 642    * .ActionEvent)
 643    */
 644   @Override
 645   protected void outputProjPoints_actionPerformed(ActionEvent e)
 646   {
 647     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 648     try
 649     {
 650       cap.setText(pcaModel.getPointsasCsv(true,
 651               xCombobox.getSelectedIndex(), yCombobox.getSelectedIndex(),
 652               zCombobox.getSelectedIndex()));
 653       Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
 654               "label.transformed_points_for_params", new String[]
 655               { this.getTitle() }), 500, 500);
 656     } catch (OutOfMemoryError oom)
 657     {
 658       new OOMWarning("exporting transformed PCA points", oom);
 659       cap.dispose();
 660     }
 661   }
 662
 663   /*
 664    * (non-Javadoc)
 665    *
 666    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
 667    */
 668   @Override
 669   public void setProgressBar(String message, long id)
 670   {
 671     progressBar.setProgressBar(message, id);
 672     // if (progressBars == null)
 673     // {
 674     // progressBars = new Hashtable();
 675     // progressBarHandlers = new Hashtable();
 676     // }
 677     //
 678     // JPanel progressPanel;
 679     // Long lId = new Long(id);
 680     // GridLayout layout = (GridLayout) statusPanel.getLayout();
 681     // if (progressBars.get(lId) != null)
 682     // {
 683     // progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 684     // statusPanel.remove(progressPanel);
 685     // progressBars.remove(lId);
 686     // progressPanel = null;
 687     // if (message != null)
 688     // {
 689     // statusBar.setText(message);
 690     // }
 691     // if (progressBarHandlers.contains(lId))
 692     // {
 693     // progressBarHandlers.remove(lId);
 694     // }
 695     // layout.setRows(layout.getRows() - 1);
 696     // }
 697     // else
 698     // {
 699     // progressPanel = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
 700     //
 701     // JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 702     // progressBar.setIndeterminate(true);
 703     //
 704     // progressPanel.add(new JLabel(message), BorderLayout.WEST);
 705     // progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 706     //
 707     // layout.setRows(layout.getRows() + 1);
 708     // statusPanel.add(progressPanel);
 709     //
 710     // progressBars.put(lId, progressPanel);
 711     // }
 712     // // update GUI
 713     // // setMenusForViewport();
 714     // validate();
 715   }
 716
 717   @Override
 718   public void registerHandler(final long id,
 719           final IProgressIndicatorHandler handler)
 720   {
 721     progressBar.registerHandler(id, handler);
 722     // if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
 723     // {
 724     // throw new
 725     // Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
 726     // }
 727     // progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
 728     // final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
 729     // if (handler.canCancel())
 730     // {
 731     // JButton cancel = new JButton(
 732     // MessageManager.getString("action.cancel"));
 733     // final IProgressIndicator us = this;
 734     // cancel.addActionListener(new ActionListener()
 735     // {
 736     //
 737     // @Override
 738     // public void actionPerformed(ActionEvent e)
 739     // {
 740     // handler.cancelActivity(id);
 741     // us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params",
 742     // new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
 743     // }
 744     // });
 745     // progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
 746     // }
 747   }
 748
 749   /**
 750    *
 751    * @return true if any progress bars are still active
 752    */
 753   @Override
 754   public boolean operationInProgress()
 755   {
 756     return progressBar.operationInProgress();
 757   }
 758
 759   @Override
 760   protected void resetButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 761   {
 762     int t = top;
 763     top = 0; // ugly - prevents dimensionChanged events from being processed
 764     xCombobox.setSelectedIndex(0);
 765     yCombobox.setSelectedIndex(1);
 766     top = t;
 767     zCombobox.setSelectedIndex(2);
 768   }
 769
 770   /**
 771    * Answers true if PCA calculation is in progress, else false
 772    *
 773    * @return
 774    */
 775   public boolean isWorking()
 776   {
 777     return working;
 778   }
 779 }