src/jalview/gui/PDBSearchPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21
  22 package jalview.gui;
  23
  24 import jalview.jbgui.GPDBSearchPanel;
  25 import jalview.jbgui.PDBDocFieldPreferences;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27 import jalview.ws.dbsources.PDBRestClient;
  28 import jalview.ws.dbsources.PDBRestClient.PDBDocField;
  29 import jalview.ws.uimodel.PDBRestRequest;
  30 import jalview.ws.uimodel.PDBRestResponse;
  31
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.Collection;
  34 import java.util.Collections;
  35 import java.util.Comparator;
  36 import java.util.List;
  37
  38 @SuppressWarnings("serial")
  39 public class PDBSearchPanel extends GPDBSearchPanel
  40 {
  41   private SequenceFetcher seqFetcher;
  42
  43   private IProgressIndicator progressIdicator;
  44
  45   private Collection<PDBDocField> wantedFields;
  46
  47   public PDBSearchPanel(SequenceFetcher seqFetcher)
  48   {
  49     this.seqFetcher = seqFetcher;
  50     this.progressIdicator = (seqFetcher == null) ? null : seqFetcher
  51             .getProgressIndicator();
  52   }
  53
  54
  55   /**
  56    * Action performed when an input is detected on txt_search field.
  57    */
  58   @Override
  59   public void txt_search_ActionPerformed()
  60   {
  61     boolean allowEmptySequence = false;
  62     mainFrame.setTitle(MessageManager
  63             .getString("label.pdb_sequence_getcher"));
  64     if (txt_search.getText().trim().length() > 0)
  65     {
  66       long startTime = System.currentTimeMillis();
  67
  68       String searchTarget = ((PDBDocField) cmb_searchTarget
  69               .getSelectedItem()).getCode();
  70
  71       wantedFields = PDBDocFieldPreferences
  72               .getSearchSummaryFields();
  73
  74       PDBRestRequest request = new PDBRestRequest();
  75       request.setAllowEmptySeq(allowEmptySequence);
  76       request.setResponseSize(100);
  77       request.setFieldToSearchBy(searchTarget + ":");
  78       request.setSearchTerm(txt_search.getText());
  79       request.setWantedFields(wantedFields);
  80
  81       PDBRestClient pdbRestCleint = new PDBRestClient();
  82       PDBRestResponse resultList = pdbRestCleint.executeRequest(request);
  83       if (resultList.getSearchSummary() != null)
  84       {
  85         tbl_summary.setModel(PDBRestResponse.getTableModel(request,
  86                 resultList.getSearchSummary()));
  87       }
  88
  89       long endTime = System.currentTimeMillis();
  90       int resultSetCount = resultList.getNumberOfItemsFound();
  91       String result = (resultSetCount > 1) ? MessageManager
  92               .getString("label.results") : MessageManager
  93               .getString("label.result");
  94       mainFrame.setTitle(frameTitle + " - " + resultSetCount + " " + result
  95               + " (" + (endTime - startTime) + " milli secs)");
  96     }
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void btn_ok_ActionPerformed()
 101   {
 102     loadSelectedPDBSequencesToAlignment();
 103   }
 104
 105   @Override
 106   public void btn_back_ActionPerformed()
 107   {
 108     mainFrame.dispose();
 109     new SequenceFetcher(progressIdicator);
 110   }
 111
 112   @Override
 113   public void btn_cancel_ActionPerformed()
 114   {
 115     mainFrame.dispose();
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Add the discovered/selected sequences to a target alignment window
 120    */
 121   public void loadSelectedPDBSequencesToAlignment()
 122   {
 123     mainFrame.dispose();
 124     StringBuilder selectedIds = new StringBuilder();
 125     int pdbIdCol = PDBRestClient.getPDBIdColumIndex(wantedFields, false);
 126     int[] selectedRows = tbl_summary.getSelectedRows();
 127     for (int summaryRow : selectedRows)
 128     {
 129       String pdbIdStr = tbl_summary.getValueAt(summaryRow, pdbIdCol)
 130               .toString();
 131       selectedIds.append(";").append(pdbIdStr);
 132     }
 133
 134     String ids = selectedIds.deleteCharAt(0).toString();
 135     seqFetcher.textArea.setText(ids);
 136     Thread worker = new Thread(seqFetcher);
 137     worker.start();
 138   }
 139
 140   /**
 141    * Populates search target combo-box options
 142    */
 143   public void populateCmbSearchTargetOptions()
 144   {
 145     List<PDBDocField> searchableTargets = new ArrayList<PDBDocField>();
 146     searchableTargets.add(PDBDocField.PDB_ID);
 147     searchableTargets.add(PDBDocField.PFAM_ACCESSION);
 148     searchableTargets.add(PDBDocField.MOLECULE_TYPE);
 149     searchableTargets.add(PDBDocField.MOLECULE_NAME);
 150     searchableTargets.add(PDBDocField.UNIPROT_ACCESSION);
 151     searchableTargets.add(PDBDocField.GENE_NAME);
 152     searchableTargets.add(PDBDocField.GENUS);
 153     searchableTargets.add(PDBDocField.ALL);
 154
 155     Collections.sort(searchableTargets, new Comparator<PDBDocField>()
 156     {
 157       @Override
 158       public int compare(PDBDocField o1, PDBDocField o2)
 159       {
 160         return o1.getName().compareTo(o2.getName());
 161       }
 162     });
 163
 164     for (PDBDocField searchTarget : searchableTargets)
 165     {
 166       cmb_searchTarget.addItem(searchTarget);
 167     }
 168   }
 169
 170 }