src/jalview/gui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8)
   3  * Copyright (C) 2012 J Procter, AM Waterhouse, LM Lui, J Engelhardt, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.util.List;
  22
  23 import java.awt.*;
  24
  25 import jalview.datamodel.*;
  26
  27 /**
  28  * DOCUMENT ME!
  29  *
  30  * @author $author$
  31  * @version $Revision$
  32  */
  33 public class PaintRefresher
  34 {
  35   static Hashtable components;
  36
  37   /**
  38    * DOCUMENT ME!
  39    *
  40    * @param comp
  41    *          DOCUMENT ME!
  42    * @param al
  43    *          DOCUMENT ME!
  44    */
  45   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  46   {
  47     if (components == null)
  48     {
  49       components = new Hashtable();
  50     }
  51
  52     if (components.containsKey(seqSetId))
  53     {
  54       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);
  55       if (!comps.contains(comp))
  56       {
  57         comps.addElement(comp);
  58       }
  59     }
  60     else
  61     {
  62       Vector vcoms = new Vector();
  63       vcoms.addElement(comp);
  64       components.put(seqSetId, vcoms);
  65     }
  66   }
  67
  68   public static void RemoveComponent(Component comp)
  69   {
  70     if (components == null)
  71     {
  72       return;
  73     }
  74
  75     Enumeration en = components.keys();
  76     while (en.hasMoreElements())
  77     {
  78       String id = en.nextElement().toString();
  79       Vector comps = (Vector) components.get(id);
  80       comps.remove(comp);
  81       if (comps.size() == 0)
  82       {
  83         components.remove(id);
  84       }
  85     }
  86   }
  87
  88   public static void Refresh(Component source, String id)
  89   {
  90     Refresh(source, id, false, false);
  91   }
  92
  93   public static void Refresh(Component source, String id,
  94           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
  95   {
  96     if (components == null)
  97     {
  98       return;
  99     }
 100
 101     Component comp;
 102     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 103
 104     if (comps == null)
 105     {
 106       return;
 107     }
 108
 109     Enumeration e = comps.elements();
 110     while (e.hasMoreElements())
 111     {
 112       comp = (Component) e.nextElement();
 113
 114       if (comp == source)
 115       {
 116         continue;
 117       }
 118
 119       if (validateSequences && comp instanceof AlignmentPanel
 120               && source instanceof AlignmentPanel)
 121       {
 122         validateSequences(((AlignmentPanel) source).av.getAlignment(),
 123                 ((AlignmentPanel) comp).av.getAlignment());
 124       }
 125
 126       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)
 127       {
 128         ((AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 129       }
 130
 131       comp.repaint();
 132     }
 133   }
 134
 135   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 136   {
 137     SequenceI[] a1;
 138     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 139     {
 140       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 141               .getSequencesArray();
 142     }
 143     else
 144     {
 145       a1 = source.getSequencesArray();
 146     }
 147
 148     SequenceI[] a2;
 149     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 150     {
 151       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 152     }
 153     else
 154     {
 155       a2 = comp.getSequencesArray();
 156     }
 157
 158     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 159
 160     if (iSize == jSize)
 161     {
 162       return;
 163     }
 164
 165     boolean exists = false;
 166     for (i = 0; i < iSize; i++)
 167     {
 168       exists = false;
 169
 170       for (j = 0; j < jSize; j++)
 171       {
 172         if (a2[j] == a1[i])
 173         {
 174           exists = true;
 175           break;
 176         }
 177       }
 178
 179       if (!exists)
 180       {
 181         if (i < comp.getHeight())
 182         {
 183           // TODO: the following does not trigger any recalculation of
 184           // height/etc, or maintain the dataset
 185           if (comp.getDataset() != source.getDataset())
 186           {
 187             // raise an implementation warning here - not sure if this situation
 188             // will ever occur
 189             System.err
 190                     .println("IMPLEMENTATION PROBLEM: DATASET out of sync due to an insert whilst calling PaintRefresher.validateSequences(AlignmentI, ALignmentI)");
 191           }
 192           List<SequenceI> alsq;
 193           synchronized (alsq = comp.getSequences())
 194           {
 195             alsq.add(i, a1[i]);
 196           }
 197         }
 198         else
 199         {
 200           comp.addSequence(a1[i]);
 201         }
 202
 203         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 204         {
 205           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 206                   .getSequencesArray();
 207         }
 208         else
 209         {
 210           a2 = comp.getSequencesArray();
 211         }
 212
 213         jSize = a2.length;
 214       }
 215     }
 216
 217     iSize = a1.length;
 218     jSize = a2.length;
 219
 220     for (j = 0; j < jSize; j++)
 221     {
 222       exists = false;
 223       for (i = 0; i < iSize; i++)
 224       {
 225         if (a2[j] == a1[i])
 226         {
 227           exists = true;
 228           break;
 229         }
 230       }
 231
 232       if (!exists)
 233       {
 234         comp.deleteSequence(a2[j]);
 235       }
 236     }
 237   }
 238
 239   static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)
 240   {
 241     if (components == null)
 242     {
 243       return new AlignmentPanel[0];
 244     }
 245     ;
 246     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 247     if (comps == null)
 248     {
 249       return new AlignmentPanel[0];
 250     }
 251     ;
 252     Vector tmp = new Vector();
 253     int i, iSize = comps.size();
 254     for (i = 0; i < iSize; i++)
 255     {
 256       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
 257       {
 258         tmp.addElement(comps.elementAt(i));
 259       }
 260     }
 261     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];
 262     tmp.toArray(result);
 263
 264     return result;
 265   }
 266
 267 }