src/jalview/gui/PaintRefresher.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * DOCUMENT ME!\r
  29  *\r
  30  * @author $author$\r
  31  * @version $Revision$\r
  32  */\r
  33 public class PaintRefresher\r
  34 {\r
  35   static Hashtable components;\r
  36 \r
  37   /**\r
  38    * DOCUMENT ME!\r
  39    *\r
  40    * @param comp DOCUMENT ME!\r
  41    * @param al DOCUMENT ME!\r
  42    */\r
  43   public static void Register(Component comp, String seqSetId)\r
  44   {\r
  45     if (components == null)\r
  46     {\r
  47       components = new Hashtable();\r
  48     }\r
  49 \r
  50     if (components.containsKey(seqSetId))\r
  51     {\r
  52       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);\r
  53       if (!comps.contains(comp))\r
  54       {\r
  55         comps.addElement(comp);\r
  56       }\r
  57     }\r
  58     else\r
  59     {\r
  60       Vector vcoms = new Vector();\r
  61       vcoms.addElement(comp);\r
  62       components.put(seqSetId, vcoms);\r
  63     }\r
  64   }\r
  65 \r
  66   public static void RemoveComponent(Component comp)\r
  67   {\r
  68     if (components == null)\r
  69     {\r
  70       return;\r
  71     }\r
  72 \r
  73     Enumeration en = components.keys();\r
  74     while (en.hasMoreElements())\r
  75     {\r
  76       String id = en.nextElement().toString();\r
  77       Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
  78       comps.remove(comp);\r
  79       if (comps.size() == 0)\r
  80       {\r
  81         components.remove(id);\r
  82       }\r
  83     }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public static void Refresh(Component source, String id)\r
  87   {\r
  88     Refresh(source, id, false, false);\r
  89   }\r
  90 \r
  91   public static void Refresh(Component source,\r
  92                              String id,\r
  93                              boolean alignmentChanged,\r
  94                              boolean validateSequences)\r
  95   {\r
  96     if (components == null)\r
  97     {\r
  98       return;\r
  99     }\r
 100 \r
 101     Component comp;\r
 102     Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
 103 \r
 104     if (comps == null)\r
 105     {\r
 106       return;\r
 107     }\r
 108 \r
 109     Enumeration e = comps.elements();\r
 110     while (e.hasMoreElements())\r
 111     {\r
 112       comp = (Component) e.nextElement();\r
 113 \r
 114       if (comp == source)\r
 115       {\r
 116         continue;\r
 117       }\r
 118 \r
 119       if (validateSequences\r
 120           && comp instanceof AlignmentPanel\r
 121           && source instanceof AlignmentPanel)\r
 122       {\r
 123         validateSequences( ( (AlignmentPanel) source).av.alignment,\r
 124                           ( (AlignmentPanel) comp).av.alignment);\r
 125       }\r
 126 \r
 127       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)\r
 128       {\r
 129         ( (AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();\r
 130       }\r
 131 \r
 132       comp.repaint();\r
 133     }\r
 134   }\r
 135 \r
 136   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)\r
 137   {\r
 138     SequenceI[] a1;\r
 139     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 140     {\r
 141       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 142     }\r
 143     else\r
 144     {\r
 145       a1 = source.getSequencesArray();\r
 146     }\r
 147 \r
 148     SequenceI[] a2;\r
 149     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 150     {\r
 151       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 152     }\r
 153     else\r
 154     {\r
 155       a2 = comp.getSequencesArray();\r
 156     }\r
 157 \r
 158     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;\r
 159 \r
 160     if (iSize == jSize)\r
 161     {\r
 162       return;\r
 163     }\r
 164 \r
 165     boolean exists = false;\r
 166     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 167     {\r
 168       exists = false;\r
 169 \r
 170       for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 171       {\r
 172         if (a2[j] == a1[i])\r
 173         {\r
 174           exists = true;\r
 175           break;\r
 176         }\r
 177       }\r
 178 \r
 179       if (!exists)\r
 180       {\r
 181         if (i < jSize)\r
 182         {\r
 183           comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);\r
 184         }\r
 185         else\r
 186         {\r
 187           comp.addSequence(a1[i]);\r
 188         }\r
 189 \r
 190         jSize++;\r
 191 \r
 192         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)\r
 193         {\r
 194           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();\r
 195         }\r
 196         else\r
 197         {\r
 198           a2 = comp.getSequencesArray();\r
 199         }\r
 200       }\r
 201     }\r
 202 \r
 203     iSize = a1.length;\r
 204     jSize = a2.length;\r
 205 \r
 206     for (j = 0; j < jSize; j++)\r
 207     {\r
 208       exists = false;\r
 209       for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 210       {\r
 211         if (a2[j] == a1[i])\r
 212         {\r
 213           exists = true;\r
 214           break;\r
 215         }\r
 216       }\r
 217 \r
 218       if (!exists)\r
 219       {\r
 220         comp.deleteSequence(a2[j]);\r
 221       }\r
 222     }\r
 223   }\r
 224 \r
 225   static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)\r
 226   {\r
 227     Vector comps = (Vector) components.get(id);\r
 228     Vector tmp = new Vector();\r
 229     int i, iSize = comps.size();\r
 230     for (i = 0; i < iSize; i++)\r
 231     {\r
 232       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
 233       {\r
 234         tmp.addElement( ( (AlignmentPanel) comps.elementAt(i)));\r
 235       }\r
 236     }\r
 237     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];\r
 238     tmp.toArray(result);\r
 239 \r
 240     return result;\r
 241   }\r
 242 \r
 243 }\r