src/jalview/gui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23
  24 import jalview.datamodel.*;
  25
  26 /**
  27  * DOCUMENT ME!
  28  *
  29  * @author $author$
  30  * @version $Revision$
  31  */
  32 public class PaintRefresher
  33 {
  34   static Hashtable components;
  35
  36   /**
  37    * DOCUMENT ME!
  38    *
  39    * @param comp
  40    *          DOCUMENT ME!
  41    * @param al
  42    *          DOCUMENT ME!
  43    */
  44   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  45   {
  46     if (components == null)
  47     {
  48       components = new Hashtable();
  49     }
  50
  51     if (components.containsKey(seqSetId))
  52     {
  53       Vector comps = (Vector) components.get(seqSetId);
  54       if (!comps.contains(comp))
  55       {
  56         comps.addElement(comp);
  57       }
  58     }
  59     else
  60     {
  61       Vector vcoms = new Vector();
  62       vcoms.addElement(comp);
  63       components.put(seqSetId, vcoms);
  64     }
  65   }
  66
  67   public static void RemoveComponent(Component comp)
  68   {
  69     if (components == null)
  70     {
  71       return;
  72     }
  73
  74     Enumeration en = components.keys();
  75     while (en.hasMoreElements())
  76     {
  77       String id = en.nextElement().toString();
  78       Vector comps = (Vector) components.get(id);
  79       comps.remove(comp);
  80       if (comps.size() == 0)
  81       {
  82         components.remove(id);
  83       }
  84     }
  85   }
  86
  87   public static void Refresh(Component source, String id)
  88   {
  89     Refresh(source, id, false, false);
  90   }
  91
  92   public static void Refresh(Component source, String id,
  93           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
  94   {
  95     if (components == null)
  96     {
  97       return;
  98     }
  99
 100     Component comp;
 101     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 102
 103     if (comps == null)
 104     {
 105       return;
 106     }
 107
 108     Enumeration e = comps.elements();
 109     while (e.hasMoreElements())
 110     {
 111       comp = (Component) e.nextElement();
 112
 113       if (comp == source)
 114       {
 115         continue;
 116       }
 117
 118       if (validateSequences && comp instanceof AlignmentPanel
 119               && source instanceof AlignmentPanel)
 120       {
 121         validateSequences(((AlignmentPanel) source).av.alignment,
 122                 ((AlignmentPanel) comp).av.alignment);
 123       }
 124
 125       if (comp instanceof AlignmentPanel && alignmentChanged)
 126       {
 127         ((AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 128       }
 129
 130       comp.repaint();
 131     }
 132   }
 133
 134   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 135   {
 136     SequenceI[] a1;
 137     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 138     {
 139       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 140               .getSequencesArray();
 141     }
 142     else
 143     {
 144       a1 = source.getSequencesArray();
 145     }
 146
 147     SequenceI[] a2;
 148     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 149     {
 150       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 151     }
 152     else
 153     {
 154       a2 = comp.getSequencesArray();
 155     }
 156
 157     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 158
 159     if (iSize == jSize)
 160     {
 161       return;
 162     }
 163
 164     boolean exists = false;
 165     for (i = 0; i < iSize; i++)
 166     {
 167       exists = false;
 168
 169       for (j = 0; j < jSize; j++)
 170       {
 171         if (a2[j] == a1[i])
 172         {
 173           exists = true;
 174           break;
 175         }
 176       }
 177
 178       if (!exists)
 179       {
 180         if (i < comp.getHeight())
 181         {
 182           comp.getSequences().insertElementAt(a1[i], i);
 183         }
 184         else
 185         {
 186           comp.addSequence(a1[i]);
 187         }
 188
 189         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 190         {
 191           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 192                   .getSequencesArray();
 193         }
 194         else
 195         {
 196           a2 = comp.getSequencesArray();
 197         }
 198
 199         jSize = a2.length;
 200       }
 201     }
 202
 203     iSize = a1.length;
 204     jSize = a2.length;
 205
 206     for (j = 0; j < jSize; j++)
 207     {
 208       exists = false;
 209       for (i = 0; i < iSize; i++)
 210       {
 211         if (a2[j] == a1[i])
 212         {
 213           exists = true;
 214           break;
 215         }
 216       }
 217
 218       if (!exists)
 219       {
 220         comp.deleteSequence(a2[j]);
 221       }
 222     }
 223   }
 224
 225   static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)
 226   {
 227     if (components==null) { return new AlignmentPanel[0]; };
 228     Vector comps = (Vector) components.get(id);
 229     if (comps==null) { return new AlignmentPanel[0]; };
 230     Vector tmp = new Vector();
 231     int i, iSize = comps.size();
 232     for (i = 0; i < iSize; i++)
 233     {
 234       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)
 235       {
 236         tmp.addElement(((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)));
 237       }
 238     }
 239     AlignmentPanel[] result = new AlignmentPanel[tmp.size()];
 240     tmp.toArray(result);
 241
 242     return result;
 243   }
 244
 245 }