src/jalview/gui/PaintRefresher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.awt.Component;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.HashMap;
  29 import java.util.Iterator;
  30 import java.util.List;
  31 import java.util.Map;
  32
  33 /**
  34  * Route datamodel/view update events for a sequence set to any display
  35  * components involved TODO: JV3 refactor to abstract gui/view package
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class PaintRefresher
  41 {
  42   static Map<String, List<Component>> components = new HashMap<>();
  43
  44   /**
  45    * Add the given component to those registered under the given sequence set
  46    * id. Does nothing if already added.
  47    *
  48    * @param comp
  49    * @param al
  50    */
  51   public static void Register(Component comp, String seqSetId)
  52   {
  53     if (components.containsKey(seqSetId))
  54     {
  55       List<Component> comps = components.get(seqSetId);
  56       if (!comps.contains(comp))
  57       {
  58         comps.add(comp);
  59       }
  60     }
  61     else
  62     {
  63       List<Component> vcoms = new ArrayList<>();
  64       vcoms.add(comp);
  65       components.put(seqSetId, vcoms);
  66     }
  67   }
  68
  69   /**
  70    * Remove this component from all registrations. Also removes a registered
  71    * sequence set id if there are no remaining components registered against it.
  72    *
  73    * @param comp
  74    */
  75   public static void RemoveComponent(Component comp)
  76   {
  77     if (components == null)
  78     {
  79       return;
  80     }
  81
  82     Iterator<String> it = components.keySet().iterator();
  83     while (it.hasNext())
  84     {
  85       List<Component> comps = components.get(it.next());
  86       comps.remove(comp);
  87       if (comps.isEmpty())
  88       {
  89         it.remove();
  90       }
  91     }
  92   }
  93
  94   public static void Refresh(Component source, String id)
  95   {
  96     Refresh(source, id, false, false);
  97   }
  98
  99   public static void Refresh(Component source, String id,
 100           boolean alignmentChanged, boolean validateSequences)
 101   {
 102     List<Component> comps = components.get(id);
 103
 104     if (comps == null)
 105     {
 106       return;
 107     }
 108
 109     for (Component comp : comps)
 110     {
 111       if (comp == source)
 112       {
 113         continue;
 114       }
 115       if (comp instanceof AlignmentPanel)
 116       {
 117         if (validateSequences && source instanceof AlignmentPanel)
 118         {
 119           validateSequences(((AlignmentPanel) source).av.getAlignment(),
 120                   ((AlignmentPanel) comp).av.getAlignment());
 121         }
 122         if (alignmentChanged)
 123         {
 124           ((AlignmentPanel) comp).alignmentChanged();
 125         }
 126       }
 127       else if (comp instanceof IdCanvas)
 128       {
 129         // BH 2019.04.22 fixes JS problem of repaint() consolidation
 130         // that occurs in JavaScript but not Java [JAL-3226]
 131         ((IdCanvas) comp).fastPaint = false;
 132       }
 133       else if (comp instanceof SeqCanvas)
 134       {
 135         // BH 2019.04.22 fixes JS problem of repaint() consolidation
 136         // that occurs in JavaScript but not Java [JAL-3226]
 137         ((SeqCanvas) comp).fastPaint = false;
 138       }
 139       comp.repaint();
 140     }
 141   }
 142
 143   static void validateSequences(AlignmentI source, AlignmentI comp)
 144   {
 145     SequenceI[] a1;
 146     if (source.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 147     {
 148       a1 = source.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 149               .getSequencesArray();
 150     }
 151     else
 152     {
 153       a1 = source.getSequencesArray();
 154     }
 155
 156     SequenceI[] a2;
 157     if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 158     {
 159       a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment().getSequencesArray();
 160     }
 161     else
 162     {
 163       a2 = comp.getSequencesArray();
 164     }
 165
 166     int i, iSize = a1.length, j, jSize = a2.length;
 167
 168     if (iSize == jSize)
 169     {
 170       return;
 171     }
 172
 173     boolean exists = false;
 174     for (i = 0; i < iSize; i++)
 175     {
 176       exists = false;
 177
 178       for (j = 0; j < jSize; j++)
 179       {
 180         if (a2[j] == a1[i])
 181         {
 182           exists = true;
 183           break;
 184         }
 185       }
 186
 187       if (!exists)
 188       {
 189         if (i < comp.getHeight())
 190         {
 191           // TODO: the following does not trigger any recalculation of
 192           // height/etc, or maintain the dataset
 193           if (comp.getDataset() != source.getDataset())
 194           {
 195             // raise an implementation warning here - not sure if this situation
 196             // will ever occur
 197             System.err.println(
 198                     "IMPLEMENTATION PROBLEM: DATASET out of sync due to an insert whilst calling PaintRefresher.validateSequences(AlignmentI, ALignmentI)");
 199           }
 200           List<SequenceI> alsq = comp.getSequences();
 201           synchronized (alsq)
 202           {
 203             alsq.add(i, a1[i]);
 204           }
 205         }
 206         else
 207         {
 208           comp.addSequence(a1[i]);
 209         }
 210
 211         if (comp.getHiddenSequences().getSize() > 0)
 212         {
 213           a2 = comp.getHiddenSequences().getFullAlignment()
 214                   .getSequencesArray();
 215         }
 216         else
 217         {
 218           a2 = comp.getSequencesArray();
 219         }
 220
 221         jSize = a2.length;
 222       }
 223     }
 224
 225     iSize = a1.length;
 226     jSize = a2.length;
 227
 228     for (j = 0; j < jSize; j++)
 229     {
 230       exists = false;
 231       for (i = 0; i < iSize; i++)
 232       {
 233         if (a2[j] == a1[i])
 234         {
 235           exists = true;
 236           break;
 237         }
 238       }
 239
 240       if (!exists)
 241       {
 242         comp.deleteSequence(a2[j]);
 243       }
 244     }
 245   }
 246
 247   public static AlignmentPanel[] getAssociatedPanels(String id)
 248   {
 249     List<Component> comps = components.get(id);
 250     if (comps == null)
 251     {
 252       return new AlignmentPanel[0];
 253     }
 254     List<AlignmentPanel> tmp = new ArrayList<>();
 255     for (Component comp : comps)
 256     {
 257       if (comp instanceof AlignmentPanel)
 258       {
 259         tmp.add((AlignmentPanel) comp);
 260       }
 261     }
 262     return tmp.toArray(new AlignmentPanel[tmp.size()]);
 263   }
 264
 265 }