src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.analysis.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24
  25 import jalview.jbgui.*;
  26
  27 import java.awt.event.*;
  28
  29 import java.util.*;
  30
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  39 {
  40
  41     AlignViewport av;
  42     Vector sequences;
  43
  44     /**
  45      * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  46      *
  47      * @param av DOCUMENT ME!
  48      */
  49     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  50     {
  51         super();
  52         this.av = av;
  53
  54         sequences = new Vector();
  55
  56         SequenceI [] seqs;
  57         String []  seqStrings = av.getViewAsString(true);
  58
  59         if(av.getSelectionGroup()==null)
  60         {
  61           seqs = av.alignment.getSequencesArray();
  62         }
  63         else
  64         {
  65           seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
  66         }
  67
  68
  69         float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  70         double totscore = 0;
  71         int count = seqs.length;
  72
  73         Sequence seq;
  74
  75         for (int i = 1; i < count; i++)
  76         {
  77             for (int j = 0; j < i; j++)
  78             {
  79
  80                 AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i],
  81                         seqs[j], seqStrings[j], "pep");
  82
  83                 if(as.s1str.length()==0 || as.s2str.length()==0)
  84                 {
  85                   continue;
  86                 }
  87
  88                 as.calcScoreMatrix();
  89                 as.traceAlignment();
  90
  91
  92                 as.printAlignment(System.out);
  93                 scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;
  94                 totscore = totscore + scores[i][j];
  95
  96                 textarea.append(as.getOutput());
  97                 seq = new Sequence(as.getS1().getName(),
  98                                    as.getAStr1(),
  99                                    as.getS1().getStart(),
 100                                    as.getS1().getEnd()
 101                 );
 102                 sequences.add(seq);
 103
 104                 seq = new Sequence(as.getS2().getName(),
 105                                    as.getAStr2(),
 106                                    as.getS2().getStart(),
 107                                    as.getS2().getEnd() );
 108                 sequences.add(seq);
 109             }
 110         }
 111
 112         if (count > 2)
 113         {
 114             System.out.println(
 115                 "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 116
 117             for (int i = 0; i < count; i++)
 118             {
 119                 jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",
 120                     ("" + i) + " " +
 121                     seqs[i].getName());
 122             }
 123
 124             System.out.println("\n");
 125
 126             for (int i = 0; i < count; i++)
 127             {
 128                 for (int j = 0; j < i; j++)
 129                 {
 130                     jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",
 131                         scores[i][j] / totscore);
 132                 }
 133             }
 134
 135             System.out.println("\n");
 136         }
 137     }
 138
 139     /**
 140      * DOCUMENT ME!
 141      *
 142      * @param e DOCUMENT ME!
 143      */
 144     protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 145     {
 146         Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 147
 148         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 149         {
 150             seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 151         }
 152
 153         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));
 154         Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",
 155             AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH, AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);
 156     }
 157 }