src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import javax.swing.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  12 {\r
  13     Vector sequences = new Vector();\r
  14     AlignViewport av;\r
  15 \r
  16     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  17     {\r
  18       super();\r
  19       this.av = av;\r
  20       float scores[][] = new float[av.getAlignment().getHeight()][av.getAlignment().getHeight()];\r
  21       double totscore = 0;\r
  22       int count = av.getSelectionGroup().getSize();\r
  23 \r
  24       int acount = 0;\r
  25         for (int i = 1; i < count; i++)\r
  26         {\r
  27           for (int j = 0; j < i; j++)\r
  28           {\r
  29             acount++;\r
  30             AlignSeq as = new AlignSeq(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i),\r
  31                                        av.getSelectionGroup().getSequenceAt(j),"pep");\r
  32 \r
  33             as.calcScoreMatrix();\r
  34             as.traceAlignment();\r
  35             as.printAlignment();\r
  36             scores[i][j] = (float)as.getMaxScore()/(float)as.getASeq1().length;\r
  37             totscore = totscore + scores[i][j];\r
  38 \r
  39             textarea.append(as.getOutput());\r
  40             sequences.add( new Sequence( as.getS1().getName(), as.getAStr1()) );\r
  41             sequences.add( new Sequence( as.getS2().getName(), as.getAStr2()) );\r
  42 \r
  43 \r
  44           }\r
  45         }\r
  46 \r
  47         if (count > 2)\r
  48         {\r
  49           for (int i = 0; i < count;i++)\r
  50             for (int j = 0; j < i; j++)\r
  51               jalview.util.Format.print(System.out,"%7.3f",scores[i][j]/totscore);\r
  52         }\r
  53       }\r
  54 \r
  55 \r
  56   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  57   {\r
  58 \r
  59       Sequence [] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  60 \r
  61       for (int i=0;i<sequences.size();i++)\r
  62        seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  63 \r
  64 \r
  65       AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
  66       int newHeight = seq.length * af.viewport.getCharHeight() + 200;\r
  67       if(newHeight>500)\r
  68         newHeight=500;\r
  69 \r
  70       Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences", 700,newHeight);\r
  71 \r
  72   }\r
  73 \r
  74 }\r