src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.event.ActionEvent;
  32 import java.util.Vector;
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  41 {
  42
  43   AlignmentViewport av;
  44
  45   Vector sequences;
  46
  47   /**
  48    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  49    *
  50    * @param av
  51    *          DOCUMENT ME!
  52    */
  53   public PairwiseAlignPanel(AlignmentViewport av)
  54   {
  55     super();
  56     this.av = av;
  57
  58     sequences = new Vector();
  59
  60     SequenceI[] seqs;
  61     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  62
  63     if (av.getSelectionGroup() == null)
  64     {
  65       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  66     }
  67     else
  68     {
  69       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
  70     }
  71
  72     String type = (av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  73             : AlignSeq.PEP;
  74
  75     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  76     double totscore = 0;
  77     int count = seqs.length;
  78
  79     Sequence seq;
  80
  81     for (int i = 1; i < count; i++)
  82     {
  83       for (int j = 0; j < i; j++)
  84       {
  85
  86         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  87                 seqStrings[j], type);
  88
  89         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  90         {
  91           continue;
  92         }
  93
  94         as.calcScoreMatrix();
  95         as.traceAlignment();
  96
  97         as.printAlignment(System.out);
  98         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  99                 / (float) as.getASeq1().length;
 100         totscore = totscore + scores[i][j];
 101
 102         textarea.append(as.getOutput());
 103         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 104         sequences.add(as.getAlignedSeq2());
 105       }
 106     }
 107
 108     if (count > 2)
 109     {
 110       System.out
 111               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 112
 113       for (int i = 0; i < count; i++)
 114       {
 115         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 116                 + seqs[i].getName());
 117       }
 118
 119       System.out.println("\n");
 120
 121       for (int i = 0; i < count; i++)
 122       {
 123         for (int j = 0; j < i; j++)
 124         {
 125           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 126                   / totscore);
 127         }
 128       }
 129
 130       System.out.println("\n");
 131     }
 132   }
 133
 134   /**
 135    * DOCUMENT ME!
 136    *
 137    * @param e
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    */
 140   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 141   {
 142     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 143
 144     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 145     {
 146       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 147     }
 148
 149     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 150             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 151
 152     Desktop.addInternalFrame(af,
 153             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 154             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 155   }
 156 }