src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.0b1)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import jalview.analysis.*;
  26 import jalview.datamodel.*;
  27 import jalview.jbgui.*;
  28
  29 /**
  30  * DOCUMENT ME!
  31  *
  32  * @author $author$
  33  * @version $Revision$
  34  */
  35 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  36 {
  37
  38   AlignViewport av;
  39
  40   Vector sequences;
  41
  42   /**
  43    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  44    *
  45    * @param av
  46    *          DOCUMENT ME!
  47    */
  48   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  49   {
  50     super();
  51     this.av = av;
  52
  53     sequences = new Vector();
  54
  55     SequenceI[] seqs;
  56     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  57
  58     if (av.getSelectionGroup() == null)
  59     {
  60       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  61     }
  62     else
  63     {
  64       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
  65     }
  66
  67     String type = (av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  68             : AlignSeq.PEP;
  69
  70     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  71     double totscore = 0;
  72     int count = seqs.length;
  73
  74     Sequence seq;
  75
  76     for (int i = 1; i < count; i++)
  77     {
  78       for (int j = 0; j < i; j++)
  79       {
  80
  81         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  82                 seqStrings[j], type);
  83
  84         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  85         {
  86           continue;
  87         }
  88
  89         as.calcScoreMatrix();
  90         as.traceAlignment();
  91
  92         as.printAlignment(System.out);
  93         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  94                 / (float) as.getASeq1().length;
  95         totscore = totscore + scores[i][j];
  96
  97         textarea.append(as.getOutput());
  98         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  99                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
 100         sequences.add(seq);
 101
 102         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
 103                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
 104         sequences.add(seq);
 105       }
 106     }
 107
 108     if (count > 2)
 109     {
 110       System.out
 111               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 112
 113       for (int i = 0; i < count; i++)
 114       {
 115         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 116                 + seqs[i].getName());
 117       }
 118
 119       System.out.println("\n");
 120
 121       for (int i = 0; i < count; i++)
 122       {
 123         for (int j = 0; j < i; j++)
 124         {
 125           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 126                   / totscore);
 127         }
 128       }
 129
 130       System.out.println("\n");
 131     }
 132   }
 133
 134   /**
 135    * DOCUMENT ME!
 136    *
 137    * @param e
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    */
 140   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 141   {
 142     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 143
 144     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 145     {
 146       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 147     }
 148
 149     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 150             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 151
 152     Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",
 153             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 154   }
 155 }