src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.analysis.*;\r
  26 import jalview.datamodel.*;\r
  27 import jalview.jbgui.*;\r
  28 \r
  29 public class PairwiseAlignPanel\r
  30     extends GPairwiseAlignPanel\r
  31 {\r
  32   Vector sequences = new Vector();\r
  33   AlignViewport av;\r
  34 \r
  35   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  36   {\r
  37     super();\r
  38     this.av = av;\r
  39 \r
  40     Vector selsubset = new Vector();\r
  41 \r
  42     for (int i = 0, j = av.getSelectionGroup().getSize(); i < j; i++)\r
  43     {\r
  44       if (av.getAlignment().getSequences().contains(av.getSelectionGroup()\r
  45           .getSequenceAt(i)))\r
  46       {\r
  47         selsubset.add(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i));\r
  48       }\r
  49     }\r
  50 \r
  51     float[][] scores = new float[selsubset.size()][selsubset.size()];\r
  52     double totscore = 0;\r
  53     int count = selsubset.size();\r
  54 \r
  55     int acount = 0;\r
  56 \r
  57     for (int i = 1; i < count; i++)\r
  58     {\r
  59       for (int j = 0; j < i; j++)\r
  60       {\r
  61         acount++;\r
  62 \r
  63         AlignSeq as = new AlignSeq( (SequenceI) selsubset.elementAt(i),\r
  64                                    (SequenceI) selsubset.elementAt(j), "pep");\r
  65         as.calcScoreMatrix();\r
  66         as.traceAlignment();\r
  67         as.printAlignment();\r
  68         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  69         totscore = totscore + scores[i][j];\r
  70 \r
  71         textarea.append(as.getOutput());\r
  72         sequences.add(new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1()));\r
  73         sequences.add(new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2()));\r
  74       }\r
  75     }\r
  76 \r
  77     if (count > 2)\r
  78     {\r
  79       System.out.println(\r
  80           "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
  81 \r
  82       for (int i = 0; i < count; i++)\r
  83       {\r
  84         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",\r
  85                                   ("" + i) + " " +\r
  86                                   ( (SequenceI) selsubset.elementAt(i)).getName());\r
  87       }\r
  88 \r
  89       System.out.println("\n");\r
  90 \r
  91       for (int i = 0; i < count; i++)\r
  92       {\r
  93         for (int j = 0; j < i; j++)\r
  94         {\r
  95           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
  96                                     scores[i][j] / totscore);\r
  97         }\r
  98       }\r
  99 \r
 100       System.out.println("\n");\r
 101     }\r
 102   }\r
 103 \r
 104   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 105   {\r
 106     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
 107 \r
 108     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 109     {\r
 110       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 111     }\r
 112 \r
 113     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
 114     Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
 115                              AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 116                              AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 117   }\r
 118 }\r