src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import java.awt.event.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 /**\r
  33  * DOCUMENT ME!\r
  34  *\r
  35  * @author $author$\r
  36  * @version $Revision$\r
  37  */\r
  38 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  39 {\r
  40     Vector sequences = new Vector();\r
  41     AlignViewport av;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Creates a new PairwiseAlignPanel object.\r
  45      *\r
  46      * @param av DOCUMENT ME!\r
  47      */\r
  48     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  49     {\r
  50         super();\r
  51         this.av = av;\r
  52 \r
  53         Vector selsubset = new Vector();\r
  54 \r
  55         for (int i = 0, j = av.getSelectionGroup().getSize(); i < j; i++)\r
  56         {\r
  57             if (av.getAlignment().getSequences().contains(av.getSelectionGroup()\r
  58                                                                 .getSequenceAt(i)))\r
  59             {\r
  60                 selsubset.add(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i));\r
  61             }\r
  62         }\r
  63 \r
  64         float[][] scores = new float[selsubset.size()][selsubset.size()];\r
  65         double totscore = 0;\r
  66         int count = selsubset.size();\r
  67 \r
  68         int acount = 0;\r
  69         Sequence seq;\r
  70 \r
  71         for (int i = 1; i < count; i++)\r
  72         {\r
  73             for (int j = 0; j < i; j++)\r
  74             {\r
  75                 acount++;\r
  76 \r
  77                 AlignSeq as = new AlignSeq((SequenceI) selsubset.elementAt(i),\r
  78                         (SequenceI) selsubset.elementAt(j), "pep");\r
  79                 as.calcScoreMatrix();\r
  80                 as.traceAlignment();\r
  81                 as.printAlignment(System.out);\r
  82                 scores[i][j] = (float) as.getMaxScore() / (float) as.getASeq1().length;\r
  83                 totscore = totscore + scores[i][j];\r
  84 \r
  85                 textarea.append(as.getOutput());\r
  86                 seq = new Sequence(as.getS1().getName(),\r
  87                                    as.getAStr1(),\r
  88                     as.getS1().getStart(), as.getS1().getEnd()\r
  89                 );\r
  90                 sequences.add(seq);\r
  91 \r
  92                 seq = new Sequence(as.getS2().getName(),\r
  93                                    as.getAStr2(),\r
  94                                    as.getS2().getStart(), as.getS2().getEnd()\r
  95                     );\r
  96                 sequences.add(seq);\r
  97             }\r
  98         }\r
  99 \r
 100         if (count > 2)\r
 101         {\r
 102             System.out.println(\r
 103                 "Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");\r
 104 \r
 105             for (int i = 0; i < count; i++)\r
 106             {\r
 107                 jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n",\r
 108                     ("" + i) + " " +\r
 109                     ((SequenceI) selsubset.elementAt(i)).getName());\r
 110             }\r
 111 \r
 112             System.out.println("\n");\r
 113 \r
 114             for (int i = 0; i < count; i++)\r
 115             {\r
 116                 for (int j = 0; j < i; j++)\r
 117                 {\r
 118                     jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f",\r
 119                         scores[i][j] / totscore);\r
 120                 }\r
 121             }\r
 122 \r
 123             System.out.println("\n");\r
 124         }\r
 125     }\r
 126 \r
 127     /**\r
 128      * DOCUMENT ME!\r
 129      *\r
 130      * @param e DOCUMENT ME!\r
 131      */\r
 132     protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 133     {\r
 134         Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
 135 \r
 136         for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)\r
 137         {\r
 138             seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
 139         }\r
 140 \r
 141         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
 142         Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
 143             AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH, AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 144     }\r
 145 }\r