src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.event.*;
  23
  24 import jalview.analysis.*;
  25 import jalview.datamodel.*;
  26 import jalview.jbgui.*;
  27
  28 /**
  29  * DOCUMENT ME!
  30  *
  31  * @author $author$
  32  * @version $Revision$
  33  */
  34 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  35 {
  36
  37   AlignViewport av;
  38
  39   Vector sequences;
  40
  41   /**
  42    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  43    *
  44    * @param av
  45    *          DOCUMENT ME!
  46    */
  47   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  48   {
  49     super();
  50     this.av = av;
  51
  52     sequences = new Vector();
  53
  54     SequenceI[] seqs;
  55     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  56
  57     if (av.getSelectionGroup() == null)
  58     {
  59       seqs = av.alignment.getSequencesArray();
  60     }
  61     else
  62     {
  63       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.alignment);
  64     }
  65
  66     String type = (av.alignment.isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  67             : AlignSeq.PEP;
  68
  69     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  70     double totscore = 0;
  71     int count = seqs.length;
  72
  73     Sequence seq;
  74
  75     for (int i = 1; i < count; i++)
  76     {
  77       for (int j = 0; j < i; j++)
  78       {
  79
  80         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  81                 seqStrings[j], type);
  82
  83         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  84         {
  85           continue;
  86         }
  87
  88         as.calcScoreMatrix();
  89         as.traceAlignment();
  90
  91         as.printAlignment(System.out);
  92         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  93                 / (float) as.getASeq1().length;
  94         totscore = totscore + scores[i][j];
  95
  96         textarea.append(as.getOutput());
  97         seq = new Sequence(as.getS1().getName(), as.getAStr1(), as.getS1()
  98                 .getStart(), as.getS1().getEnd());
  99         sequences.add(seq);
 100
 101         seq = new Sequence(as.getS2().getName(), as.getAStr2(), as.getS2()
 102                 .getStart(), as.getS2().getEnd());
 103         sequences.add(seq);
 104       }
 105     }
 106
 107     if (count > 2)
 108     {
 109       System.out
 110               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 111
 112       for (int i = 0; i < count; i++)
 113       {
 114         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 115                 + seqs[i].getName());
 116       }
 117
 118       System.out.println("\n");
 119
 120       for (int i = 0; i < count; i++)
 121       {
 122         for (int j = 0; j < i; j++)
 123         {
 124           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 125                   / totscore);
 126         }
 127       }
 128
 129       System.out.println("\n");
 130     }
 131   }
 132
 133   /**
 134    * DOCUMENT ME!
 135    *
 136    * @param e
 137    *          DOCUMENT ME!
 138    */
 139   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 140   {
 141     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 142
 143     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 144     {
 145       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 146     }
 147
 148     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 149             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 150
 151     Desktop.addInternalFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",
 152             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 153   }
 154 }