src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.util.Vector;
  32
  33 /**
  34  * DOCUMENT ME!
  35  *
  36  * @author $author$
  37  * @version $Revision$
  38  */
  39 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  40 {
  41
  42   AlignViewport av;
  43
  44   Vector sequences;
  45
  46   /**
  47    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  48    *
  49    * @param av
  50    *          DOCUMENT ME!
  51    */
  52   public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)
  53   {
  54     super();
  55     this.av = av;
  56
  57     sequences = new Vector();
  58
  59     SequenceI[] seqs;
  60     String[] seqStrings = av.getViewAsString(true);
  61
  62     if (av.getSelectionGroup() == null)
  63     {
  64       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  65     }
  66     else
  67     {
  68       seqs = av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(av.getAlignment());
  69     }
  70
  71     String type = (av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  72             : AlignSeq.PEP;
  73
  74     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  75     double totscore = 0;
  76     int count = seqs.length;
  77
  78     Sequence seq;
  79
  80     for (int i = 1; i < count; i++)
  81     {
  82       for (int j = 0; j < i; j++)
  83       {
  84
  85         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  86                 seqStrings[j], type);
  87
  88         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  89         {
  90           continue;
  91         }
  92
  93         as.calcScoreMatrix();
  94         as.traceAlignment();
  95
  96         as.printAlignment(System.out);
  97         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  98                 / (float) as.getASeq1().length;
  99         totscore = totscore + scores[i][j];
 100
 101         textarea.append(as.getOutput());
 102         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 103         sequences.add(as.getAlignedSeq2());
 104       }
 105     }
 106
 107     if (count > 2)
 108     {
 109       System.out
 110               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 111
 112       for (int i = 0; i < count; i++)
 113       {
 114         jalview.util.Format.print(System.out, "%s \n", ("" + i) + " "
 115                 + seqs[i].getName());
 116       }
 117
 118       System.out.println("\n");
 119
 120       for (int i = 0; i < count; i++)
 121       {
 122         for (int j = 0; j < i; j++)
 123         {
 124           jalview.util.Format.print(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 125                   / totscore);
 126         }
 127       }
 128
 129       System.out.println("\n");
 130     }
 131   }
 132
 133   /**
 134    * DOCUMENT ME!
 135    *
 136    * @param e
 137    *          DOCUMENT ME!
 138    */
 139   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 140   {
 141     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 142
 143     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 144     {
 145       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 146     }
 147
 148     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 149             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 150
 151     Desktop.addInternalFrame(af,
 152             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 153             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 154   }
 155 }