src/jalview/gui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentView;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.jbgui.GPairwiseAlignPanel;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  31
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.util.Vector;
  34
  35 /**
  36  * DOCUMENT ME!
  37  *
  38  * @author $author$
  39  * @version $Revision$
  40  */
  41 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel
  42 {
  43
  44   private static final String DASHES = "---------------------\n";
  45
  46   AlignmentViewport av;
  47
  48   Vector<SequenceI> sequences;
  49
  50   /**
  51    * Creates a new PairwiseAlignPanel object.
  52    *
  53    * @param viewport
  54    *          DOCUMENT ME!
  55    */
  56   public PairwiseAlignPanel(AlignmentViewport viewport)
  57   {
  58     super();
  59     this.av = viewport;
  60
  61     sequences = new Vector<SequenceI>();
  62
  63     SequenceGroup selectionGroup = viewport.getSelectionGroup();
  64     boolean isSelection = selectionGroup != null
  65             && selectionGroup.getSize() > 0;
  66     AlignmentView view = viewport.getAlignmentView(isSelection);
  67     // String[] seqStrings = viewport.getViewAsString(true);
  68     String[] seqStrings = view.getSequenceStrings(viewport
  69             .getGapCharacter());
  70
  71     SequenceI[] seqs;
  72     if (isSelection)
  73     {
  74       seqs = (SequenceI[]) view.getAlignmentAndHiddenColumns(viewport
  75               .getGapCharacter())[0];
  76     }
  77     else
  78     {
  79       seqs = av.getAlignment().getSequencesArray();
  80     }
  81
  82     String type = (viewport.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  83             : AlignSeq.PEP;
  84
  85     float[][] scores = new float[seqs.length][seqs.length];
  86     double totscore = 0D;
  87     int count = seqs.length;
  88     boolean first = true;
  89
  90     for (int i = 1; i < count; i++)
  91     {
  92       for (int j = 0; j < i; j++)
  93       {
  94         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  95                 seqStrings[j], type);
  96
  97         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  98         {
  99           continue;
 100         }
 101
 102         as.calcScoreMatrix();
 103         as.traceAlignment();
 104
 105         if (!first)
 106         {
 107           System.out.println(DASHES);
 108           textarea.append(DASHES);
 109         }
 110         first = false;
 111         as.printAlignment(System.out);
 112         scores[i][j] = as.getMaxScore()
 113                 / as.getASeq1().length;
 114         totscore = totscore + scores[i][j];
 115
 116         textarea.append(as.getOutput());
 117         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 118         sequences.add(as.getAlignedSeq2());
 119       }
 120     }
 121
 122     if (count > 2)
 123     {
 124       printScoreMatrix(seqs, scores, totscore);
 125     }
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Prints a matrix of seqi-seqj pairwise alignment scores to sysout
 130    *
 131    * @param seqs
 132    * @param scores
 133    * @param totscore
 134    */
 135   protected void printScoreMatrix(SequenceI[] seqs, float[][] scores,
 136           double totscore)
 137   {
 138     System.out
 139             .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 140
 141     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 142     {
 143       System.out.println(String.format("%3d %s", i + 1,
 144               seqs[i].getDisplayId(true)));
 145     }
 146
 147     /*
 148      * table heading columns for sequences 1, 2, 3...
 149      */
 150     System.out.print("\n ");
 151     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 152     {
 153       System.out.print(String.format("%7d", i + 1));
 154     }
 155     System.out.println();
 156
 157     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 158     {
 159       System.out.print(String.format("%3d", i + 1));
 160       for (int j = 0; j < i; j++)
 161       {
 162         /*
 163          * as a fraction of tot score, outputs are 0 <= score <= 1
 164          */
 165         System.out.print(String.format("%7.3f", scores[i][j] / totscore));
 166       }
 167       System.out.println();
 168     }
 169
 170     System.out.println("\n");
 171   }
 172
 173   /**
 174    * DOCUMENT ME!
 175    *
 176    * @param e
 177    *          DOCUMENT ME!
 178    */
 179   @Override
 180   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 181   {
 182     SequenceI[] seq = new SequenceI[sequences.size()];
 183
 184     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 185     {
 186       seq[i] = sequences.elementAt(i);
 187     }
 188
 189     AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq),
 190             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 191
 192     Desktop.addInternalFrame(af,
 193             MessageManager.getString("label.pairwise_aligned_sequences"),
 194             AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 195   }
 196 }