src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.util.Locale;
  24
  25 import java.awt.BorderLayout;
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.awt.event.ActionEvent;
  28 import java.awt.event.ActionListener;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Arrays;
  31 import java.util.BitSet;
  32 import java.util.Collection;
  33 import java.util.Collections;
  34 import java.util.Hashtable;
  35 import java.util.LinkedHashMap;
  36 import java.util.List;
  37 import java.util.Map;
  38 import java.util.Objects;
  39 import java.util.SortedMap;
  40 import java.util.TreeMap;
  41 import java.util.Vector;
  42
  43 import javax.swing.ButtonGroup;
  44 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  45 import javax.swing.JInternalFrame;
  46 import javax.swing.JLabel;
  47 import javax.swing.JMenu;
  48 import javax.swing.JMenuItem;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JPopupMenu;
  51 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  52 import javax.swing.JScrollPane;
  53
  54 import jalview.analysis.AAFrequency;
  55 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  56 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  57 import jalview.analysis.Conservation;
  58 import jalview.api.AlignViewportI;
  59 import jalview.bin.Cache;
  60 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  61 import jalview.commands.EditCommand;
  62 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  63 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  64 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  65 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  66 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  67 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  68 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  69 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  70 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  71 import jalview.datamodel.SequenceI;
  72 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  73 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  74 import jalview.io.FileFormatI;
  75 import jalview.io.FileFormats;
  76 import jalview.io.FormatAdapter;
  77 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  78 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  79 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  80 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  81 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  82 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  83 import jalview.util.Comparison;
  84 import jalview.util.GroupUrlLink;
  85 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  86 import jalview.util.MessageManager;
  87 import jalview.util.Platform;
  88 import jalview.util.StringUtils;
  89 import jalview.util.UrlLink;
  90 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  91
  92 /**
  93  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  94  * sequence alignment.
  95  */
  96 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  97 {
  98   /*
  99    * maximum length of feature description to include in popup menu item text
 100    */
 101   private static final int FEATURE_DESC_MAX = 40;
 102
 103   /*
 104    * true for ID Panel menu, false for alignment panel menu
 105    */
 106   private final boolean forIdPanel;
 107
 108   private final AlignmentPanel ap;
 109
 110   /*
 111    * the sequence under the cursor when clicked
 112    * (additional sequences may be selected)
 113    */
 114   private final SequenceI sequence;
 115
 116   JMenu groupMenu = new JMenu();
 117
 118   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
 119
 120   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 121
 122   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
 123
 124   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 125
 126   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 127
 128   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 129
 130   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 131
 132   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 133
 134   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 135
 136   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 137
 138   JMenu colourMenu = new JMenu();
 139
 140   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 141
 142   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 143
 144   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 145
 146   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 147
 148   JMenu editMenu = new JMenu();
 149
 150   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 151
 152   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 153
 154   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 155
 156   JMenu outputMenu = new JMenu();
 157
 158   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 159
 160   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 161
 162   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 163           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 164
 165   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 166
 167   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 168
 169   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 170           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 171
 172   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 173
 174   JMenu editGroupMenu = new JMenu();
 175
 176   JMenuItem chooseStructure = new JMenuItem();
 177
 178   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 179
 180   /**
 181    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 182    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 183    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 184    * preferences.
 185    *
 186    * @param seq
 187    * @param features
 188    * @return
 189    */
 190   protected static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 191           List<SequenceFeature> features)
 192   {
 193     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 194
 195     List<String> nlinks = null;
 196     if (seq != null)
 197     {
 198       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 199       UrlLink.sort(nlinks);
 200     }
 201     else
 202     {
 203       nlinks = new ArrayList<>();
 204     }
 205
 206     if (features != null)
 207     {
 208       for (SequenceFeature sf : features)
 209       {
 210         if (sf.links != null)
 211         {
 212           for (String link : sf.links)
 213           {
 214             nlinks.add(link);
 215           }
 216         }
 217       }
 218     }
 219
 220     /*
 221      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 222      * note the order of the templates is preserved in the map
 223      */
 224     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 225     for (String link : nlinks)
 226     {
 227       UrlLink urlLink = null;
 228       try
 229       {
 230         urlLink = new UrlLink(link);
 231       } catch (Exception foo)
 232       {
 233         Cache.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 234         continue;
 235       }
 236
 237       if (!urlLink.isValid())
 238       {
 239         Cache.error(urlLink.getInvalidMessage());
 240         continue;
 241       }
 242
 243       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 244     }
 245
 246     /*
 247      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 248      * the order of the sorted templates)
 249      */
 250     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 251
 252     return linkMenu;
 253   }
 254
 255   /**
 256    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 257    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 258    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 259    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 260    *
 261    * @param linkMenu
 262    * @param linkset
 263    */
 264   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 265           Collection<List<String>> linkset)
 266   {
 267     for (List<String> linkstrset : linkset)
 268     {
 269       final String url = linkstrset.get(3);
 270       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 271       item.setToolTipText(MessageManager
 272               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 273               { url }));
 274       item.addActionListener(new ActionListener()
 275       {
 276         @Override
 277         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 278         {
 279           new Thread(new Runnable()
 280           {
 281             @Override
 282             public void run()
 283             {
 284               showLink(url);
 285             }
 286           }).start();
 287         }
 288       });
 289       linkMenu.add(item);
 290     }
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 295    * message if this fails
 296    *
 297    * @param url
 298    */
 299   static void showLink(String url)
 300   {
 301     try
 302     {
 303       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 304     } catch (Exception ex)
 305     {
 306       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 307               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 308               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 309               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 310
 311       ex.printStackTrace();
 312     }
 313   }
 314
 315   /**
 316    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 317    *
 318    * @param linkMenu
 319    * @param label
 320    *          - menu label string
 321    * @param urlgenerator
 322    *          GroupURLLink used to generate URL
 323    * @param urlstub
 324    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 325    */
 326   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 327           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 328   {
 329     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 330     item.setToolTipText(MessageManager
 331             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 332             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 333                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 334     // TODO: put in info about what is being sent.
 335     item.addActionListener(new ActionListener()
 336     {
 337       @Override
 338       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 339       {
 340         new Thread(new Runnable()
 341         {
 342
 343           @Override
 344           public void run()
 345           {
 346             try
 347             {
 348               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 349             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 350             {
 351             }
 352           }
 353
 354         }).start();
 355       }
 356     });
 357
 358     linkMenu.add(item);
 359   }
 360
 361   /**
 362    * Constructor for a PopupMenu for a click in the alignment panel (on a residue)
 363    *
 364    * @param ap
 365    *              the panel in which the mouse is clicked
 366    * @param seq
 367    *              the sequence under the mouse
 368    * @throws NullPointerException
 369    *                                if seq is null
 370    */
 371   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq, int column)
 372   {
 373     this(false, ap, seq, column, null);
 374   }
 375
 376   /**
 377    * Constructor for a PopupMenu for a click in the sequence id panel
 378    *
 379    * @param alignPanel
 380    *                     the panel in which the mouse is clicked
 381    * @param seq
 382    *                     the sequence under the mouse click
 383    * @param groupLinks
 384    *                     templates for sequence external links
 385    * @throws NullPointerException
 386    *                                if seq is null
 387    */
 388   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 389           List<String> groupLinks)
 390   {
 391     this(true, alignPanel, seq, -1, groupLinks);
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Private constructor that constructs a popup menu for either sequence ID
 396    * Panel, or alignment context
 397    *
 398    * @param fromIdPanel
 399    * @param alignPanel
 400    * @param seq
 401    * @param column
 402    *                      aligned column position (0...)
 403    * @param groupLinks
 404    */
 405   private PopupMenu(boolean fromIdPanel,
 406           final AlignmentPanel alignPanel,
 407           final SequenceI seq, final int column, List<String> groupLinks)
 408   {
 409     Objects.requireNonNull(seq);
 410     this.forIdPanel = fromIdPanel;
 411     this.ap = alignPanel;
 412     sequence = seq;
 413
 414     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 415     {
 416       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 417
 418       item.addActionListener(new ActionListener()
 419       {
 420         @Override
 421         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 422         {
 423           outputText_actionPerformed(e);
 424         }
 425       });
 426
 427       outputMenu.add(item);
 428     }
 429
 430     /*
 431      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 432      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 433      * currently selected sequence (if there is one):
 434      */
 435     final List<SequenceI> selectedSequence = (forIdPanel && seq != null
 436             ? Arrays.asList(seq)
 437             : Collections.<SequenceI> emptyList());
 438     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 439             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 440     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 441             selectedSequence);
 442
 443     /*
 444      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 445      */
 446     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av.getSelectionGroup() == null
 447             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 448             : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 449     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 450             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 451     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 452             selectedGroup);
 453
 454     try
 455     {
 456       jbInit();
 457     } catch (Exception e)
 458     {
 459       e.printStackTrace();
 460     }
 461
 462     if (forIdPanel)
 463     {
 464       JMenuItem menuItem;
 465       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 466       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 467       {
 468         makeReferenceSeq.setText(
 469                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 470       }
 471       else
 472       {
 473         makeReferenceSeq.setText(
 474                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 475       }
 476
 477       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 478       {
 479         remove(rnaStructureMenu);
 480       }
 481       else
 482       {
 483         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 484         /*
 485          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 486          * structure annotation
 487          */
 488         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 489                 .getAlignmentAnnotation();
 490         if (aas != null)
 491         {
 492           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 493           {
 494             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 495             {
 496               /*
 497                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 498                */
 499               menuItem = new JMenuItem();
 500               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 501                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 502                       { aa.label }));
 503               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 504               {
 505                 @Override
 506                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 507                 {
 508                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 509                 }
 510               });
 511               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 512             }
 513           }
 514         }
 515
 516         if (seq.getAnnotation() != null)
 517         {
 518           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 519           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 520           {
 521             if (aa.isValidStruc())
 522             {
 523               /*
 524                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 525                */
 526               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 527               menuItem = new JMenuItem();
 528               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 529                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 530                       { seq.getName() }));
 531               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 532               {
 533                 @Override
 534                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 535                 {
 536                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 537                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 538                 }
 539               });
 540               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 541             }
 542           }
 543         }
 544         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 545         {
 546           remove(rnaStructureMenu);
 547         }
 548       }
 549
 550       menuItem = new JMenuItem(
 551               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 552       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 553       {
 554         @Override
 555         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 556         {
 557           hideSequences(false);
 558         }
 559       });
 560       add(menuItem);
 561
 562       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 563               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 564       {
 565         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 566                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 567                 { seq.getName() }));
 568         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 569         {
 570           @Override
 571           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 572           {
 573             hideSequences(true);
 574           }
 575         });
 576         sequenceMenu.add(menuItem);
 577       }
 578
 579       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 580       {
 581         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 582
 583         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 584                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 585         {
 586           menuItem = new JMenuItem(
 587                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 588           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 589           {
 590             @Override
 591             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 592             {
 593               alignPanel.av.showSequence(index);
 594               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 595               {
 596                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 597               }
 598             }
 599           });
 600           add(menuItem);
 601         }
 602       }
 603     }
 604
 605     /*
 606      * offer 'Reveal All'
 607      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 608      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 609      */
 610     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 611     {
 612       boolean addOption = seq != null;
 613       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 614       {
 615         addOption = true;
 616       }
 617       if (addOption)
 618       {
 619         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 620                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 621         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 622         {
 623           @Override
 624           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 625           {
 626             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 627             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 628             {
 629               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 630             }
 631           }
 632         });
 633         add(menuItem);
 634       }
 635     }
 636
 637     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 638     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 639             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 640             : false;
 641
 642     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 643     {
 644       groupName.setText(MessageManager
 645               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 646
 647       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 648
 649       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 650
 651       if (sg.cs != null)
 652       {
 653         if (sg.cs.conservationApplied())
 654         {
 655           conservationMenuItem.setSelected(true);
 656         }
 657         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 658         {
 659           abovePIDColour.setSelected(true);
 660         }
 661       }
 662       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 663       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 664       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 665       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 666       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 667       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 668       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 669       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 670       {
 671         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 672       }
 673       // Add a 'show all structures' for the current selection
 674       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(), reppdb = new Hashtable<>();
 675
 676       SequenceI sqass = null;
 677       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 678       {
 679         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 680         if (pes != null && pes.size() > 0)
 681         {
 682           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 683           for (PDBEntry pe : pes)
 684           {
 685             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 686             if (sqass == null)
 687             {
 688               sqass = sq;
 689             }
 690           }
 691         }
 692       }
 693       if (pdbe.size() > 0)
 694       {
 695         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 696                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 697                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 698         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 699       }
 700     }
 701     else
 702     {
 703       groupMenu.setVisible(false);
 704       editMenu.setVisible(false);
 705     }
 706
 707     if (!isDefinedGroup)
 708     {
 709       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 710       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 711       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 712     }
 713     else
 714     {
 715       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 716       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 717       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 718     }
 719
 720     if (!forIdPanel)
 721     {
 722       sequenceMenu.setVisible(false);
 723       chooseStructure.setVisible(false);
 724       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 725     }
 726
 727     addLinksAndFeatures(seq, column);
 728   }
 729
 730   /**
 731    * Adds
 732    * <ul>
 733    * <li>configured sequence database links (ID panel popup menu)</li>
 734    * <li>non-positional feature links (ID panel popup menu)</li>
 735    * <li>positional feature links (alignment panel popup menu)</li>
 736    * <li>feature details links (alignment panel popup menu)</li>
 737    * </ul>
 738    * If this panel is also showed complementary (CDS/protein) features, then links
 739    * to their feature details are also added.
 740    *
 741    * @param seq
 742    * @param column
 743    */
 744   void addLinksAndFeatures(final SequenceI seq, final int column)
 745   {
 746     List<SequenceFeature> features = null;
 747     if (forIdPanel)
 748     {
 749       features = sequence.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 750     }
 751     else
 752     {
 753       features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 754               column + 1);
 755     }
 756
 757     addLinks(seq, features);
 758
 759     if (!forIdPanel)
 760     {
 761       addFeatureDetails(features, seq, column);
 762     }
 763   }
 764
 765   /**
 766    * Add a menu item to show feature details for each sequence feature. Any
 767    * linked 'virtual' features (CDS/protein) are also optionally found and
 768    * included.
 769    *
 770    * @param features
 771    * @param seq
 772    * @param column
 773    */
 774   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features,
 775           final SequenceI seq, final int column)
 776   {
 777     /*
 778      * add features in CDS/protein complement at the corresponding
 779      * position if configured to do so
 780      */
 781     MappedFeatures mf = null;
 782     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 783     {
 784       if (!Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column)))
 785       {
 786         AlignViewportI complement = ap.getAlignViewport()
 787                 .getCodingComplement();
 788         AlignFrame af = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
 789         FeatureRendererModel fr2 = af.getFeatureRenderer();
 790         int seqPos = sequence.findPosition(column);
 791         mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(sequence, seqPos);
 792       }
 793     }
 794
 795     if (features.isEmpty() && mf == null)
 796     {
 797       /*
 798        * no features to show at this position
 799        */
 800       return;
 801     }
 802
 803     JMenu details = new JMenu(
 804             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 805     add(details);
 806
 807     String name = seq.getName();
 808     for (final SequenceFeature sf : features)
 809     {
 810       addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, null);
 811     }
 812
 813     if (mf != null)
 814     {
 815       for (final SequenceFeature sf : mf.features)
 816       {
 817         addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, mf);
 818       }
 819     }
 820   }
 821
 822   /**
 823    * A helper method to add one menu item whose action is to show details for
 824    * one feature. The menu text includes feature description, but this may be
 825    * truncated.
 826    *
 827    * @param details
 828    * @param seqName
 829    * @param sf
 830    * @param mf
 831    */
 832   void addFeatureDetailsMenuItem(JMenu details, final String seqName,
 833           final SequenceFeature sf, MappedFeatures mf)
 834   {
 835     int start = sf.getBegin();
 836     int end = sf.getEnd();
 837     if (mf != null)
 838     {
 839       /*
 840        * show local rather than linked feature coordinates
 841        */
 842       int[] localRange = mf.getMappedPositions(start, end);
 843       if (localRange == null)
 844       {
 845         // e.g. variant extending to stop codon so not mappable
 846         return;
 847       }
 848       start = localRange[0];
 849       end = localRange[localRange.length - 1];
 850     }
 851     StringBuilder desc = new StringBuilder();
 852     desc.append(sf.getType()).append(" ").append(String.valueOf(start));
 853     if (start != end)
 854     {
 855       desc.append(sf.isContactFeature() ? ":" : "-");
 856       desc.append(String.valueOf(end));
 857     }
 858     String description = sf.getDescription();
 859     if (description != null)
 860     {
 861       desc.append(" ");
 862       description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 863
 864       /*
 865        * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 866        * (as truncation could leave corrupted html)
 867        */
 868       boolean hasLink = description.indexOf("a href") > -1;
 869       if (description.length() > FEATURE_DESC_MAX && !hasLink)
 870       {
 871         description = description.substring(0, FEATURE_DESC_MAX) + "...";
 872       }
 873       desc.append(description);
 874     }
 875     String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 876     if (featureGroup != null)
 877     {
 878       desc.append(" (").append(featureGroup).append(")");
 879     }
 880     String htmlText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, desc.toString());
 881     JMenuItem item = new JMenuItem(htmlText);
 882     item.addActionListener(new ActionListener()
 883     {
 884       @Override
 885       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 886       {
 887         showFeatureDetails(sf, seqName, mf);
 888       }
 889     });
 890     details.add(item);
 891   }
 892
 893   /**
 894    * Opens a panel showing a text report of feature details
 895    *
 896    * @param sf
 897    * @param seqName
 898    * @param mf
 899    */
 900   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf, String seqName,
 901           MappedFeatures mf)
 902   {
 903     JInternalFrame details;
 904     if (Platform.isJS())
 905     {
 906       details = new JInternalFrame();
 907       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 908       panel.setOpaque(true);
 909       panel.setBackground(Color.white);
 910       // TODO JAL-3026 set style of table correctly for feature details
 911       JLabel reprt = new JLabel(MessageManager
 912               .formatMessage("label.html_content", new Object[]
 913               { sf.getDetailsReport(seqName, mf) }));
 914       reprt.setBackground(Color.WHITE);
 915       reprt.setOpaque(true);
 916       panel.add(reprt, BorderLayout.CENTER);
 917       details.setContentPane(panel);
 918       details.pack();
 919     }
 920     else
 921     /**
 922      * Java only
 923      *
 924      * @j2sIgnore
 925      */
 926     {
 927       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 928       // it appears Java's CSS does not support border-collapse :-(
 929       cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 930       cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 931       cap.setText(sf.getDetailsReport(seqName, mf));
 932       details = cap;
 933     }
 934     Desktop.addInternalFrame(details,
 935             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 936   }
 937
 938   /**
 939    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 940    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 941    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 942    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 943    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 944    *
 945    * @param seq
 946    * @param features
 947    */
 948   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 949   {
 950     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(forIdPanel ? seq : null, features);
 951
 952     // only add link menu if it has entries
 953     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 954     {
 955       if (forIdPanel)
 956       {
 957         sequenceMenu.add(linkMenu);
 958       }
 959       else
 960       {
 961         add(linkMenu);
 962       }
 963     }
 964   }
 965
 966   /**
 967    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 968    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 969    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 970    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 971    * <p>
 972    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 973    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 974    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 975    * composite type name, e.g.
 976    * <p>
 977    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 978    *
 979    * @param seq
 980    */
 981   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 982           List<SequenceI> forSequences)
 983   {
 984     showMenu.removeAll();
 985     hideMenu.removeAll();
 986
 987     final List<String> all = Arrays
 988             .asList(new String[]
 989             { MessageManager.getString("label.all") });
 990     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 991             true);
 992     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 993             false);
 994     showMenu.addSeparator();
 995     hideMenu.addSeparator();
 996
 997     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 998             .getAlignmentAnnotation();
 999
1000     /*
1001      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1002      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1003      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1004      * alignment.
1005      */
1006     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
1007     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
1008     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1009             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1010
1011     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1012     {
1013       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1014       {
1015         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1016                 false, true);
1017       }
1018     }
1019     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1020     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1021
1022     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1023     {
1024       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1025       {
1026         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1027                 false, false);
1028       }
1029     }
1030     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1031     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1032   }
1033
1034   /**
1035    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
1036    * is one), else the specified single sequence.
1037    *
1038    * @param seq
1039    * @return
1040    */
1041   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
1042   {
1043     List<SequenceI> forSequences = null;
1044     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
1045     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
1046     {
1047       forSequences = selectionGroup.getSequences();
1048     }
1049     else
1050     {
1051       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
1052               : Arrays.asList(seq);
1053     }
1054     return forSequences;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1059    * menus.
1060    *
1061    * @param showOrHideMenu
1062    *          the menu to add to
1063    * @param forSequences
1064    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1065    * @param calcId
1066    * @param types
1067    *          the label to add
1068    * @param allTypes
1069    *          if true this is a special label meaning 'All'
1070    * @param actionIsShow
1071    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1072    *          type, else hide
1073    */
1074   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1075           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1076           final List<String> types, final boolean allTypes,
1077           final boolean actionIsShow)
1078   {
1079     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1080     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
1081     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1082     item.setToolTipText(calcId);
1083     item.addActionListener(new ActionListener()
1084     {
1085       @Override
1086       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1087       {
1088         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1089                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1090         refresh();
1091       }
1092     });
1093     showOrHideMenu.add(item);
1094   }
1095
1096   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
1097   {
1098
1099     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
1100     // menu appears asap
1101     // sequence only URLs
1102     // ID/regex match URLs
1103     JMenu groupLinksMenu = new JMenu(
1104             MessageManager.getString("action.group_link"));
1105     // three types of url that might be created.
1106     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
1107         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
1108         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
1109         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1110
1111     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1112     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1113     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1114     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1115     {
1116
1117       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1118               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1119       // just collect ids from dataset sequence
1120       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1121       // current selection, too
1122       SequenceI sqi = seqs[sq];
1123       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1124       {
1125         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1126       }
1127       List<DBRefEntry> dbr = sqi.getDBRefs();
1128       int nd;
1129       if (dbr != null && (nd = dbr.size()) > 0)
1130       {
1131         for (int d = 0; d < nd; d++)
1132         {
1133           DBRefEntry e = dbr.get(d);
1134           String src = e.getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase(Locale.ROOT);
1135           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1136           if (sarray == null)
1137           {
1138             sarray = new Object[2];
1139             sarray[0] = new int[] { 0 };
1140             sarray[1] = new String[seqs.length];
1141
1142             commonDbrefs.put(src, sarray);
1143           }
1144
1145           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1146           {
1147             if (!e.hasMap() || (e.getMap()
1148                     .locateMappedRange(start, end) != null))
1149             {
1150               ((String[]) sarray[1])[sq] = e.getAccessionId();
1151               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1152             }
1153           }
1154         }
1155       }
1156     }
1157     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1158     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1159                              // to user
1160     for (String link : groupLinks)
1161     {
1162       GroupUrlLink urlLink = null;
1163       try
1164       {
1165         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1166       } catch (Exception foo)
1167       {
1168         Cache.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1169         continue;
1170       }
1171       if (!urlLink.isValid())
1172       {
1173         Cache.error(urlLink.getInvalidMessage());
1174         continue;
1175       }
1176       final String label = urlLink.getLabel();
1177       boolean usingNames = false;
1178       // Now see which parts of the group apply for this URL
1179       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1180       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase(Locale.ROOT));
1181       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1182       if (idset != null)
1183       {
1184         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1185         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1186         seqstr = new String[numinput];
1187         ids = new String[numinput];
1188         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1189         {
1190           if (allids[sq] != null)
1191           {
1192             ids[idcount] = allids[sq];
1193             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1194           }
1195         }
1196       }
1197       else
1198       {
1199         // just use the id/seq set
1200         seqstr = idandseqs[1];
1201         ids = idandseqs[0];
1202         usingNames = true;
1203       }
1204       // and try and make the groupURL!
1205
1206       Object[] urlset = null;
1207       try
1208       {
1209         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1210                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1211       } catch (UrlStringTooLongException e)
1212       {
1213       }
1214       if (urlset != null)
1215       {
1216         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1217         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1218         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1219         addshowLink(linkMenus[type],
1220                 label + (((type & 1) == 1)
1221                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1222                         : ""),
1223                 urlLink, urlset);
1224         addMenu = true;
1225       }
1226     }
1227     if (addMenu)
1228     {
1229       groupLinksMenu = new JMenu(
1230               MessageManager.getString("action.group_link"));
1231       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1232       {
1233         if (linkMenus[m] != null
1234                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1235         {
1236           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1237         }
1238       }
1239
1240       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1241     }
1242   }
1243
1244   /**
1245    * DOCUMENT ME!
1246    *
1247    * @throws Exception
1248    *           DOCUMENT ME!
1249    */
1250   private void jbInit() throws Exception
1251   {
1252     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1253     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1254     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1255     {
1256       @Override
1257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1258       {
1259         groupName_actionPerformed();
1260       }
1261     });
1262     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1263
1264     JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
1265             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1266     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1267     {
1268       @Override
1269       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1270       {
1271         sequenceName_actionPerformed();
1272       }
1273     });
1274     JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem(
1275             MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1276     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1277     {
1278       @Override
1279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1280       {
1281         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1282       }
1283     });
1284     JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
1285             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1286     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1287     {
1288       @Override
1289       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1290       {
1291         createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1292       }
1293     });
1294     JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem(
1295             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1296     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1297     {
1298       @Override
1299       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1300       {
1301         createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1302       }
1303     });
1304
1305     unGroupMenuItem
1306             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1307     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1308     {
1309       @Override
1310       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1311       {
1312         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1313       }
1314     });
1315     createGroupMenuItem
1316             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1317     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1318     {
1319       @Override
1320       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1321       {
1322         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1323       }
1324     });
1325
1326     JMenuItem outline = new JMenuItem(
1327             MessageManager.getString("action.border_colour"));
1328     outline.addActionListener(new ActionListener()
1329     {
1330       @Override
1331       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1332       {
1333         outline_actionPerformed();
1334       }
1335     });
1336     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1337     showBoxes.setState(true);
1338     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1339     {
1340       @Override
1341       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1342       {
1343         showBoxes_actionPerformed();
1344       }
1345     });
1346     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1347     showText.setState(true);
1348     showText.addActionListener(new ActionListener()
1349     {
1350       @Override
1351       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1352       {
1353         showText_actionPerformed();
1354       }
1355     });
1356     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1357     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1358     {
1359       @Override
1360       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1361       {
1362         showColourText_actionPerformed();
1363       }
1364     });
1365     displayNonconserved
1366             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1367     displayNonconserved.setState(true);
1368     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1369     {
1370       @Override
1371       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1372       {
1373         showNonconserved_actionPerformed();
1374       }
1375     });
1376     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1377     JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
1378     cut.addActionListener(new ActionListener()
1379     {
1380       @Override
1381       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1382       {
1383         cut_actionPerformed();
1384       }
1385     });
1386     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1387     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1388     {
1389       @Override
1390       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1391       {
1392         changeCase(e);
1393       }
1394     });
1395     JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
1396     copy.addActionListener(new ActionListener()
1397     {
1398       @Override
1399       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1400       {
1401         copy_actionPerformed();
1402       }
1403     });
1404     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1405     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1406     {
1407       @Override
1408       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1409       {
1410         changeCase(e);
1411       }
1412     });
1413     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1414     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1415     {
1416       @Override
1417       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1418       {
1419         changeCase(e);
1420       }
1421     });
1422     outputMenu.setText(
1423             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1424     seqShowAnnotationsMenu
1425             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1426     seqHideAnnotationsMenu
1427             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1428     groupShowAnnotationsMenu
1429             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1430     groupHideAnnotationsMenu
1431             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1432     JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
1433             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1434     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1435     {
1436       @Override
1437       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1438       {
1439         sequenceFeature_actionPerformed();
1440       }
1441     });
1442     editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1443     chooseStructure.setText(
1444             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1445     chooseStructure.addActionListener(new ActionListener()
1446     {
1447       @Override
1448       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1449       {
1450         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1451         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1452         {
1453           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1454         }
1455         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1456       }
1457     });
1458
1459     rnaStructureMenu
1460             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1461
1462     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1463     JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
1464             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1465     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1466     {
1467       @Override
1468       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1469       {
1470         editSequence_actionPerformed();
1471       }
1472     });
1473     makeReferenceSeq.setText(
1474             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1475     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1476     {
1477
1478       @Override
1479       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1480       {
1481         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1482
1483       }
1484     });
1485
1486     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1487     add(groupMenu);
1488     add(sequenceMenu);
1489     add(rnaStructureMenu);
1490     add(chooseStructure);
1491     if (forIdPanel)
1492     {
1493       JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem(
1494               MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1495       hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1496       {
1497
1498         @Override
1499         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1500         {
1501           hideInsertions_actionPerformed(e);
1502         }
1503       });
1504       add(hideInsertions);
1505     }
1506     // annotations configuration panel suppressed for now
1507     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1508
1509     /*
1510      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1511      * (if a selection group is in force).
1512      */
1513     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1514     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1515     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1516     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1517     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1518     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1519     groupMenu.add(editMenu);
1520     groupMenu.add(outputMenu);
1521     groupMenu.add(sequenceFeature);
1522     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1523     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1524     groupMenu.add(editGroupMenu);
1525     sequenceMenu.add(sequenceName);
1526     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1527     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1528
1529     initColourMenu();
1530     buildColourMenu();
1531
1532     editMenu.add(copy);
1533     editMenu.add(cut);
1534     editMenu.add(editSequence);
1535     editMenu.add(upperCase);
1536     editMenu.add(lowerCase);
1537     editMenu.add(toggle);
1538     editGroupMenu.add(groupName);
1539     editGroupMenu.add(colourMenu);
1540     editGroupMenu.add(showBoxes);
1541     editGroupMenu.add(showText);
1542     editGroupMenu.add(showColourText);
1543     editGroupMenu.add(outline);
1544     editGroupMenu.add(displayNonconserved);
1545   }
1546
1547   /**
1548    * Constructs the entries for the colour menu
1549    */
1550   protected void initColourMenu()
1551   {
1552     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1553     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1554     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1555     {
1556       @Override
1557       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1558       {
1559         textColour_actionPerformed();
1560       }
1561     });
1562
1563     abovePIDColour.setText(
1564             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1565     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1566     {
1567       @Override
1568       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1569       {
1570         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1571       }
1572     });
1573
1574     modifyPID.setText(
1575             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1576     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1577     {
1578       @Override
1579       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1580       {
1581         modifyPID_actionPerformed();
1582       }
1583     });
1584
1585     conservationMenuItem
1586             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1587     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1588     {
1589       @Override
1590       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1591       {
1592         conservationMenuItem_actionPerformed(
1593                 conservationMenuItem.isSelected());
1594       }
1595     });
1596
1597     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1598             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1599     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1600     annotationColour.setEnabled(false);
1601     annotationColour.setToolTipText(
1602             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1603
1604     modifyConservation.setText(MessageManager
1605             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1606     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1607     {
1608       @Override
1609       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1610       {
1611         modifyConservation_actionPerformed();
1612       }
1613     });
1614   }
1615
1616   /**
1617    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1618    * were loaded at startup or during the Jalview session
1619    */
1620   protected void buildColourMenu()
1621   {
1622     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1623     if (sg == null)
1624     {
1625       /*
1626        * popup menu with no sequence group scope
1627        */
1628       return;
1629     }
1630     colourMenu.removeAll();
1631     colourMenu.add(textColour);
1632     colourMenu.addSeparator();
1633
1634     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1635             false);
1636     bg.add(annotationColour);
1637     colourMenu.add(annotationColour);
1638
1639     colourMenu.addSeparator();
1640     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1641     colourMenu.add(modifyConservation);
1642     colourMenu.add(abovePIDColour);
1643     colourMenu.add(modifyPID);
1644   }
1645
1646   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1647   {
1648     SequenceGroup sg = getGroup();
1649     if (sg.cs != null)
1650     {
1651       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1652       SliderPanel.showConservationSlider();
1653     }
1654   }
1655
1656   protected void modifyPID_actionPerformed()
1657   {
1658     SequenceGroup sg = getGroup();
1659     if (sg.cs != null)
1660     {
1661       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1662       // .getName());
1663       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1664       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1665       SliderPanel.showPIDSlider();
1666     }
1667   }
1668
1669   /**
1670    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1671    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1672    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1673    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1674    * calcId, label and sequenceRef.
1675    *
1676    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1677    * (label) of the annotations that can be added.
1678    *
1679    * @param menuItem
1680    * @param forSequences
1681    */
1682   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1683           List<SequenceI> forSequences)
1684   {
1685     menuItem.setEnabled(false);
1686
1687     /*
1688      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1689      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1690      */
1691     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1692     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1693     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1694     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1695             candidates, al);
1696     if (!candidates.isEmpty())
1697     {
1698       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1699       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1700
1701       /*
1702        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1703        * configure its tooltip and action.
1704        */
1705       menuItem.setEnabled(true);
1706       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1707       {
1708         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1709       }
1710       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1711               tooltip.toString());
1712       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1713
1714       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1715       {
1716         @Override
1717         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1718         {
1719           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1720         }
1721       });
1722     }
1723   }
1724
1725   /**
1726    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1727    *
1728    * @param candidates
1729    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1730    *          of annotations to add to each sequence
1731    */
1732   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1733           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1734   {
1735     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1736     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1737     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1738             selectionGroup);
1739     refresh();
1740   }
1741
1742   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1743   {
1744     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1745     {
1746       // initialise the display flags so the user sees something happen
1747       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1748       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1749       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1750     }
1751     else
1752     {
1753       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1754       {
1755         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1756       }
1757       else
1758       {
1759         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1760       }
1761     }
1762     refresh();
1763   }
1764
1765   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1766   {
1767     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1768     BitSet inserts = new BitSet();
1769
1770     boolean markedPopup = false;
1771     // mark inserts in current selection
1772     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1773     {
1774       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1775       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1776               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1777
1778       // now clear columns without gaps
1779       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1780       {
1781         if (sq == sequence)
1782         {
1783           markedPopup = true;
1784         }
1785         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1786       }
1787       hidden.clearAndHideColumns(inserts, ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1788               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1789     }
1790
1791     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1792     else if (!markedPopup && sequence != null)
1793     {
1794       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1795
1796       // and set hidden columns accordingly
1797       hidden.hideColumns(inserts);
1798     }
1799     refresh();
1800   }
1801
1802   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1803   {
1804     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1805   }
1806
1807   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1808   {
1809     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1810     contents.append("<html><body>");
1811     for (SequenceI seq : sequences)
1812     {
1813       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1814               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1815               new Object[]
1816               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p><p>");
1817       new SequenceAnnotationReport(false).createSequenceAnnotationReport(
1818               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1819       contents.append("</p>");
1820     }
1821     contents.append("</body></html>");
1822     String report = contents.toString();
1823
1824     JInternalFrame frame;
1825     if (Platform.isJS())
1826     {
1827       JLabel textLabel = new JLabel();
1828       textLabel.setText(report);
1829       textLabel.setBackground(Color.WHITE);
1830       JPanel pane = new JPanel(new BorderLayout());
1831       pane.setOpaque(true);
1832       pane.setBackground(Color.WHITE);
1833       pane.add(textLabel, BorderLayout.NORTH);
1834       frame = new JInternalFrame();
1835       frame.getContentPane().add(new JScrollPane(pane));
1836     }
1837     else
1838     /**
1839      * Java only
1840      *
1841      * @j2sIgnore
1842      */
1843     {
1844       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1845       cap.setText(report);
1846       frame = cap;
1847     }
1848
1849     Desktop.addInternalFrame(frame,
1850             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1851                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1852                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1853                             : new Object[]
1854                             { MessageManager
1855                                     .getString("label.selection") })),
1856             500, 400);
1857   }
1858
1859   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1860   {
1861     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1862     refresh();
1863   }
1864
1865   /**
1866    * call to refresh view after settings change
1867    */
1868   void refresh()
1869   {
1870     ap.updateAnnotation();
1871     // removed paintAlignment(true) here:
1872     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1873     // again
1874
1875     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1876   }
1877
1878   /*
1879    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1880    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1881    */
1882   /**
1883    * DOCUMENT ME!
1884    *
1885    * @param selected
1886    *
1887    * @param e
1888    *          DOCUMENT ME!
1889    */
1890   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1891   {
1892     SequenceGroup sg = getGroup();
1893     if (sg.cs == null)
1894     {
1895       return;
1896     }
1897
1898     if (selected)
1899     {
1900       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1901               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1902               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1903
1904       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1905               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1906
1907       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1908
1909       SliderPanel.showPIDSlider();
1910     }
1911     else
1912     // remove PIDColouring
1913     {
1914       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1915       SliderPanel.hidePIDSlider();
1916     }
1917     modifyPID.setEnabled(selected);
1918
1919     refresh();
1920   }
1921
1922   /**
1923    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1924    * to show or hide.
1925    *
1926    * @param e
1927    */
1928   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1929   {
1930     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1931     new AnnotationChooser(ap);
1932   }
1933
1934   /**
1935    * DOCUMENT ME!
1936    *
1937    * @param e
1938    *          DOCUMENT ME!
1939    */
1940   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1941   {
1942     SequenceGroup sg = getGroup();
1943     if (sg.cs == null)
1944     {
1945       return;
1946     }
1947
1948     if (selected)
1949     {
1950       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1951       Conservation c = new Conservation("Group",
1952               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1953               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1954
1955       c.calculate();
1956       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1957       sg.cs.setConservation(c);
1958
1959       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1960               sg.getName());
1961       SliderPanel.showConservationSlider();
1962     }
1963     else
1964     // remove ConservationColouring
1965     {
1966       sg.cs.setConservation(null);
1967       SliderPanel.hideConservationSlider();
1968     }
1969     modifyConservation.setEnabled(selected);
1970
1971     refresh();
1972   }
1973
1974   /**
1975    * Shows a dialog where group name and description may be edited
1976    */
1977   protected void groupName_actionPerformed()
1978   {
1979     SequenceGroup sg = getGroup();
1980     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1981             sg.getDescription(),
1982             MessageManager.getString("label.group_name"),
1983             MessageManager.getString("label.group_description"));
1984     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
1985             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1986             new Runnable()
1987             {
1988               @Override
1989               public void run()
1990               {
1991                 sg.setName(dialog.getName());
1992                 sg.setDescription(dialog.getDescription());
1993                 refresh();
1994               }
1995             });
1996   }
1997
1998   /**
1999    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
2000    *
2001    * @return sequence group to operate on
2002    */
2003   SequenceGroup getGroup()
2004   {
2005     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2006     // this method won't add a new group if it already exists
2007     if (sg != null)
2008     {
2009       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
2010     }
2011
2012     return sg;
2013   }
2014
2015   /**
2016    * Shows a dialog where the sequence name and description may be edited. If a
2017    * name containing spaces is entered, these are converted to underscores, with a
2018    * warning message.
2019    */
2020   void sequenceName_actionPerformed()
2021   {
2022     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
2023             sequence.getDescription(),
2024             MessageManager.getString("label.sequence_name"),
2025             MessageManager.getString("label.sequence_description"));
2026     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2027             MessageManager.getString(
2028                     "label.edit_sequence_name_description"),
2029             new Runnable()
2030             {
2031               @Override
2032               public void run()
2033               {
2034                 if (dialog.getName() != null)
2035                 {
2036                   if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
2037                   {
2038                     JvOptionPane.showMessageDialog(ap,
2039                             MessageManager.getString(
2040                                     "label.spaces_converted_to_underscores"),
2041                             MessageManager.getString(
2042                                     "label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
2043                             JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2044                   }
2045                   sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
2046                   ap.paintAlignment(false, false);
2047                 }
2048                 sequence.setDescription(dialog.getDescription());
2049                 ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2050                         ap.av.getAlignment().getSequences());
2051               }
2052             });
2053   }
2054
2055   /**
2056    * DOCUMENT ME!
2057    *
2058    * @param e
2059    *          DOCUMENT ME!
2060    */
2061   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
2062   {
2063     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2064     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
2065     ap.av.setSelectionGroup(null);
2066     refresh();
2067   }
2068
2069   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
2070   {
2071     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
2072                 // standard alignment window logic for this
2073     refresh();
2074   }
2075
2076   /**
2077    * Offers a colour chooser and sets the selected colour as the group outline
2078    */
2079   protected void outline_actionPerformed()
2080   {
2081     String title = MessageManager
2082             .getString("label.select_outline_colour");
2083     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
2084     {
2085       @Override
2086       public void colourSelected(Color c)
2087       {
2088         getGroup().setOutlineColour(c);
2089         refresh();
2090       }
2091     };
2092     JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktop(),
2093             title, Color.BLUE, listener);
2094   }
2095
2096   /**
2097    * DOCUMENT ME!
2098    *
2099    * @param e
2100    *          DOCUMENT ME!
2101    */
2102   public void showBoxes_actionPerformed()
2103   {
2104     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2105     refresh();
2106   }
2107
2108   /**
2109    * DOCUMENT ME!
2110    *
2111    * @param e
2112    *          DOCUMENT ME!
2113    */
2114   public void showText_actionPerformed()
2115   {
2116     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2117     refresh();
2118   }
2119
2120   /**
2121    * DOCUMENT ME!
2122    *
2123    * @param e
2124    *          DOCUMENT ME!
2125    */
2126   public void showColourText_actionPerformed()
2127   {
2128     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2129     refresh();
2130   }
2131
2132   void hideSequences(boolean representGroup)
2133   {
2134     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2135   }
2136
2137   public void copy_actionPerformed()
2138   {
2139     ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
2140   }
2141
2142   public void cut_actionPerformed()
2143   {
2144     ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
2145   }
2146
2147   void changeCase(ActionEvent e)
2148   {
2149     Object source = e.getSource();
2150     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2151
2152     if (sg != null)
2153     {
2154       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2155               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2156
2157       String description;
2158       int caseChange;
2159
2160       if (source == toggle)
2161       {
2162         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2163         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2164       }
2165       else if (source == upperCase)
2166       {
2167         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2168         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2169       }
2170       else
2171       {
2172         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2173         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2174       }
2175
2176       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2177               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2178               startEnd, caseChange);
2179
2180       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2181
2182       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2183               ap.av.getAlignment().getSequences());
2184
2185     }
2186   }
2187
2188   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2189   {
2190     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2191     cap.setForInput(null);
2192     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2193             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2194             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2195
2196     String[] omitHidden = null;
2197
2198     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2199     // or we simply trust the user wants
2200     // wysiwig behaviour
2201
2202     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2203             .forName(e.getActionCommand());
2204     cap.setText(
2205             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2206   }
2207
2208   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2209   {
2210     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2211     if (sg == null)
2212     {
2213       return;
2214     }
2215
2216     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2217     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2218
2219     /*
2220      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2221      * for the amend features dialog
2222      */
2223     int gSize = sg.getSize();
2224     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2225     {
2226       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2227       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2228       if (start <= end)
2229       {
2230         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2231         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2232       }
2233     }
2234
2235     /*
2236      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2237      */
2238     if (!seqs.isEmpty())
2239     {
2240       new FeatureEditor(ap, seqs, features, true).showDialog();
2241     }
2242   }
2243
2244   public void textColour_actionPerformed()
2245   {
2246     SequenceGroup sg = getGroup();
2247     if (sg != null)
2248     {
2249       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2250     }
2251   }
2252
2253   /**
2254    * Shows a dialog where sequence characters may be edited. Any changes are
2255    * applied, and added as an available 'Undo' item in the edit commands
2256    * history.
2257    */
2258   public void editSequence_actionPerformed()
2259   {
2260     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2261
2262     SequenceI seq = sequence;
2263     if (sg != null)
2264     {
2265       if (seq == null)
2266       {
2267         seq = sg.getSequenceAt(0);
2268       }
2269
2270       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2271               seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1),
2272               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null);
2273       dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2274               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2275               new Runnable()
2276               {
2277                 @Override
2278                 public void run()
2279                 {
2280                   EditCommand editCommand = new EditCommand(
2281                           MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2282                           Action.REPLACE,
2283                           dialog.getName().replace(' ',
2284                                   ap.av.getGapCharacter()),
2285                           sg.getSequencesAsArray(
2286                                   ap.av.getHiddenRepSequences()),
2287                           sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
2288                           ap.av.getAlignment());
2289                   ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2290                   ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2291                           ap.av.getAlignment().getSequences());
2292                 }
2293               });
2294     }
2295   }
2296
2297   /**
2298    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2299    * its bespoke action handler)
2300    *
2301    * @return
2302    */
2303   @Override
2304   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2305   {
2306     SequenceGroup sg = getGroup();
2307     /*
2308      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2309      */
2310     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2311             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2312                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2313     sg.setColourScheme(colourScheme);
2314     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2315             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2316     {
2317       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2318               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2319               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2320     }
2321
2322     refresh();
2323   }
2324
2325 }