src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import MCview.*;
  28 import jalview.analysis.*;
  29 import jalview.commands.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.io.*;
  32 import jalview.schemes.*;
  33 import jalview.util.GroupUrlLink;
  34 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  35 import jalview.util.UrlLink;
  36
  37 /**
  38  * DOCUMENT ME!
  39  *
  40  * @author $author$
  41  * @version $Revision: 1.118 $
  42  */
  43 public class PopupMenu extends JPopupMenu
  44 {
  45   JMenu groupMenu = new JMenu();
  46
  47   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  48
  49   protected JRadioButtonMenuItem clustalColour = new JRadioButtonMenuItem();
  50
  51   protected JRadioButtonMenuItem zappoColour = new JRadioButtonMenuItem();
  52
  53   protected JRadioButtonMenuItem taylorColour = new JRadioButtonMenuItem();
  54
  55   protected JRadioButtonMenuItem hydrophobicityColour = new JRadioButtonMenuItem();
  56
  57   protected JRadioButtonMenuItem helixColour = new JRadioButtonMenuItem();
  58
  59   protected JRadioButtonMenuItem strandColour = new JRadioButtonMenuItem();
  60
  61   protected JRadioButtonMenuItem turnColour = new JRadioButtonMenuItem();
  62
  63   protected JRadioButtonMenuItem buriedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  64
  65   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  66
  67   protected JRadioButtonMenuItem userDefinedColour = new JRadioButtonMenuItem();
  68
  69   protected JRadioButtonMenuItem PIDColour = new JRadioButtonMenuItem();
  70
  71   protected JRadioButtonMenuItem BLOSUM62Colour = new JRadioButtonMenuItem();
  72
  73   JRadioButtonMenuItem noColourmenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  74
  75   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  76
  77   AlignmentPanel ap;
  78
  79   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
  80
  81   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
  82
  83   Sequence sequence;
  84
  85   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
  86
  87   JMenuItem outline = new JMenuItem();
  88
  89   JRadioButtonMenuItem nucleotideMenuItem = new JRadioButtonMenuItem();
  90
  91   JMenu colourMenu = new JMenu();
  92
  93   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
  94
  95   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
  96
  97   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
  98
  99   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 100
 101   JMenu editMenu = new JMenu();
 102
 103   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 104
 105   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 108
 109   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 110
 111   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 112
 113   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 114
 115   JMenuItem pdbFromFile = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem enterPDB = new JMenuItem();
 118
 119   JMenuItem discoverPDB = new JMenuItem();
 120
 121   JMenu outputMenu = new JMenu();
 122
 123   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 124
 125   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 126
 127   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 128
 129   JMenu structureMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenu viewStructureMenu = new JMenu();
 132
 133   // JMenu colStructureMenu = new JMenu();
 134   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 135
 136   // JMenuItem annotationMenuItem = new JMenuItem();
 137
 138   JMenu groupLinksMenu;
 139
 140   /**
 141    * Creates a new PopupMenu object.
 142    *
 143    * @param ap
 144    *          DOCUMENT ME!
 145    * @param seq
 146    *          DOCUMENT ME!
 147    */
 148   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links)
 149   {
 150     this(ap, seq, links, null);
 151   }
 152
 153   /**
 154    *
 155    * @param ap
 156    * @param seq
 157    * @param links
 158    * @param groupLinks
 159    */
 160   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, Vector links,
 161           Vector groupLinks)
 162   {
 163     // /////////////////////////////////////////////////////////
 164     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 165     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 166     //
 167     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 168     // ////////////////////////////////////////////////////////
 169     this.ap = ap;
 170     sequence = seq;
 171
 172     ButtonGroup colours = new ButtonGroup();
 173     colours.add(noColourmenuItem);
 174     colours.add(clustalColour);
 175     colours.add(zappoColour);
 176     colours.add(taylorColour);
 177     colours.add(hydrophobicityColour);
 178     colours.add(helixColour);
 179     colours.add(strandColour);
 180     colours.add(turnColour);
 181     colours.add(buriedColour);
 182     colours.add(abovePIDColour);
 183     colours.add(userDefinedColour);
 184     colours.add(PIDColour);
 185     colours.add(BLOSUM62Colour);
 186
 187     for (int i = 0; i < jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 188     {
 189       JMenuItem item = new JMenuItem(
 190               jalview.io.FormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 191
 192       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 193       {
 194         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195         {
 196           outputText_actionPerformed(e);
 197         }
 198       });
 199
 200       outputMenu.add(item);
 201     }
 202
 203     try
 204     {
 205       jbInit();
 206     } catch (Exception e)
 207     {
 208       e.printStackTrace();
 209     }
 210
 211     JMenuItem menuItem;
 212     if (seq != null)
 213     {
 214       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 215
 216       if (seq.getDatasetSequence().getPDBId() != null
 217               && seq.getDatasetSequence().getPDBId().size() > 0)
 218       {
 219         java.util.Enumeration e = seq.getDatasetSequence().getPDBId()
 220                 .elements();
 221
 222         while (e.hasMoreElements())
 223         {
 224           final PDBEntry pdb = (PDBEntry) e.nextElement();
 225
 226           menuItem = new JMenuItem();
 227           menuItem.setText(pdb.getId());
 228           menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 229           {
 230             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 231             {
 232                 // TODO re JAL-860: optionally open dialog or provide a menu entry allowing user to open just one structure per sequence
 233               new AppJmol(pdb, ap.av.collateForPDB(new PDBEntry[] { pdb })[0], null, ap);
 234               // new PDBViewer(pdb, seqs2, null, ap, AppletFormatAdapter.FILE);
 235             }
 236
 237           });
 238           viewStructureMenu.add(menuItem);
 239
 240           /*
 241            * menuItem = new JMenuItem(); menuItem.setText(pdb.getId());
 242            * menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener() {
 243            * public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 244            * colourByStructure(pdb.getId()); } });
 245            * colStructureMenu.add(menuItem);
 246            */
 247         }
 248       }
 249       else
 250       {
 251         structureMenu.remove(viewStructureMenu);
 252         // structureMenu.remove(colStructureMenu);
 253       }
 254
 255       menuItem = new JMenuItem("Hide Sequences");
 256       menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 257       {
 258         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 259         {
 260           hideSequences(false);
 261         }
 262       });
 263       add(menuItem);
 264
 265       if (ap.av.getSelectionGroup() != null
 266               && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 267       {
 268         menuItem = new JMenuItem("Represent Group with " + seq.getName());
 269         menuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 270         {
 271           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 272           {
 273             hideSequences(true);
 274           }
 275         });
 276         sequenceMenu.add(menuItem);
 277       }
 278
 279       if (ap.av.hasHiddenRows)
 280       {
 281         final int index = ap.av.alignment.findIndex(seq);
 282
 283         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 284                 - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 285         {
 286           menuItem = new JMenuItem("Reveal Sequences");
 287           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 288           {
 289             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 290             {
 291               ap.av.showSequence(index);
 292               if (ap.overviewPanel != null)
 293               {
 294                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 295               }
 296             }
 297           });
 298           add(menuItem);
 299         }
 300       }
 301     }
 302     // for the case when no sequences are even visible
 303     if (ap.av.hasHiddenRows) {
 304       {
 305         menuItem = new JMenuItem("Reveal All");
 306         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 307         {
 308           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 309           {
 310             ap.av.showAllHiddenSeqs();
 311             if (ap.overviewPanel != null)
 312             {
 313               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 314             }
 315           }
 316         });
 317
 318         add(menuItem);
 319       }
 320
 321     }
 322
 323     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 324
 325     if (sg != null&& sg.getSize()>0)
 326     {
 327       groupName.setText("Name: "+sg.getName());
 328       groupName.setText("Edit name and description of current group.");
 329
 330       if (sg.cs instanceof ZappoColourScheme)
 331       {
 332         zappoColour.setSelected(true);
 333       }
 334       else if (sg.cs instanceof TaylorColourScheme)
 335       {
 336         taylorColour.setSelected(true);
 337       }
 338       else if (sg.cs instanceof PIDColourScheme)
 339       {
 340         PIDColour.setSelected(true);
 341       }
 342       else if (sg.cs instanceof Blosum62ColourScheme)
 343       {
 344         BLOSUM62Colour.setSelected(true);
 345       }
 346       else if (sg.cs instanceof UserColourScheme)
 347       {
 348         userDefinedColour.setSelected(true);
 349       }
 350       else if (sg.cs instanceof HydrophobicColourScheme)
 351       {
 352         hydrophobicityColour.setSelected(true);
 353       }
 354       else if (sg.cs instanceof HelixColourScheme)
 355       {
 356         helixColour.setSelected(true);
 357       }
 358       else if (sg.cs instanceof StrandColourScheme)
 359       {
 360         strandColour.setSelected(true);
 361       }
 362       else if (sg.cs instanceof TurnColourScheme)
 363       {
 364         turnColour.setSelected(true);
 365       }
 366       else if (sg.cs instanceof BuriedColourScheme)
 367       {
 368         buriedColour.setSelected(true);
 369       }
 370       else if (sg.cs instanceof ClustalxColourScheme)
 371       {
 372         clustalColour.setSelected(true);
 373       }
 374       else
 375       {
 376         noColourmenuItem.setSelected(true);
 377       }
 378
 379       if (sg.cs != null && sg.cs.conservationApplied())
 380       {
 381         conservationMenuItem.setSelected(true);
 382       }
 383       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 384       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 385       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 386       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 387       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 388       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 389       {
 390         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 391       }
 392       // Add a 'show all structures' for the current selection
 393       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe=new Hashtable<String,PDBEntry>();
 394       SequenceI sqass=null;
 395       for (SequenceI sq: ap.av.getSequenceSelection())
 396       {
 397         Vector<PDBEntry> pes = (Vector<PDBEntry>) sq.getDatasetSequence().getPDBId();
 398         if (pes!=null) {
 399           for (PDBEntry pe: pes)
 400           {
 401             pdbe.put(pe.getId(),  pe);
 402             if (sqass==null)
 403             {
 404               sqass = sq;
 405             }
 406           }
 407         }
 408       }
 409       if (pdbe.size()>0)
 410       {
 411         final PDBEntry[] pe = pdbe.values().toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]);
 412         final JMenuItem gpdbview;
 413         if (pdbe.size()==1)
 414         {
 415           structureMenu.add(gpdbview=new JMenuItem("View structure for "+sqass.getDisplayId(false)));
 416         } else {
 417           structureMenu.add(gpdbview=new JMenuItem("View all "+pdbe.size()+" structures."));
 418         }
 419         gpdbview.setToolTipText("Open a new Jmol view with all structures associated with the current selection and superimpose them using the alignment.");
 420         gpdbview.addActionListener(new ActionListener()
 421         {
 422
 423           @Override
 424           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 425           {
 426             new AppJmol(ap, pe, ap.av.collateForPDB(pe));
 427           }
 428         });
 429       }
 430     }
 431     else
 432     {
 433       groupMenu.setVisible(false);
 434       editMenu.setVisible(false);
 435     }
 436
 437     if (!ap.av.alignment.getGroups().contains(sg))
 438     {
 439       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 440     }
 441
 442     if (seq == null)
 443     {
 444       sequenceMenu.setVisible(false);
 445       structureMenu.setVisible(false);
 446     }
 447
 448     if (seq !=null && links != null && links.size() > 0)
 449     {
 450
 451       JMenu linkMenu = new JMenu("Link");
 452       Vector linkset = new Vector();
 453       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 454       {
 455         String link = links.elementAt(i).toString();
 456         UrlLink urlLink = null;
 457         try
 458         {
 459           urlLink = new UrlLink(link);
 460         } catch (Exception foo)
 461         {
 462           jalview.bin.Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link
 463                   + "'", foo);
 464           continue;
 465         }
 466         ;
 467         if (!urlLink.isValid())
 468         {
 469           jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 470           continue;
 471         }
 472         final String label = urlLink.getLabel();
 473         if (urlLink.isDynamic())
 474         {
 475
 476           // collect matching db-refs
 477           DBRefEntry[] dbr = jalview.util.DBRefUtils.selectRefs(
 478                   seq.getDBRef(), new String[]
 479                   { urlLink.getTarget() });
 480           // collect id string too
 481           String id = seq.getName();
 482           String descr = seq.getDescription();
 483           if (descr != null && descr.length() < 1)
 484           {
 485             descr = null;
 486           }
 487
 488           if (dbr != null)
 489           {
 490             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 491             {
 492               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 493               {
 494                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 495                 // string with this link
 496                 id = null;
 497               }
 498               // create Bare ID link for this RUL
 499               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 500                       true);
 501               if (urls != null)
 502               {
 503                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 504                 {
 505                   if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 506                   {
 507                     linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 508                     addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u],
 509                             urls[u + 1]);
 510                   }
 511                 }
 512               }
 513             }
 514           }
 515           if (id != null)
 516           {
 517             // create Bare ID link for this RUL
 518             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 519             if (urls != null)
 520             {
 521               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 522               {
 523                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 524                 {
 525                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 526                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 527                 }
 528               }
 529             }
 530           }
 531           // Create urls from description but only for URL links which are regex
 532           // links
 533           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 534           {
 535             // create link for this URL from description where regex matches
 536             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 537             if (urls != null)
 538             {
 539               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 540               {
 541                 if (!linkset.contains(urls[u] + "|" + urls[u + 1]))
 542                 {
 543                   linkset.addElement(urls[u] + "|" + urls[u + 1]);
 544                   addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 545                 }
 546               }
 547             }
 548           }
 549         }
 550         else
 551         {
 552           if (!linkset.contains(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix()))
 553           {
 554             linkset.addElement(label + "|" + urlLink.getUrl_prefix());
 555             // Add a non-dynamic link
 556             addshowLink(linkMenu, label, urlLink.getUrl_prefix());
 557           }
 558         }
 559       }
 560       if (sequence != null)
 561       {
 562         sequenceMenu.add(linkMenu);
 563       }
 564       else
 565       {
 566         add(linkMenu);
 567       }
 568     }
 569   }
 570
 571   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, Vector groupLinks)
 572   {
 573
 574     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 575     // menu appears asap
 576     // sequence only URLs
 577     // ID/regex match URLs
 578     groupLinksMenu = new JMenu("Group Link");
 579     JMenu[] linkMenus = new JMenu[]
 580     { null, new JMenu("IDS"), new JMenu("Sequences"),
 581         new JMenu("IDS and Sequences") }; // three types of url that might be
 582                                           // created.
 583     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 584     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 585     Hashtable commonDbrefs = new Hashtable();
 586     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 587     {
 588
 589       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()), end = seqs[sq]
 590               .findPosition(sg.getEndRes());
 591       // just collect ids from dataset sequence
 592       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 593       // current selection, too
 594       SequenceI sqi = seqs[sq];
 595       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 596       {
 597         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 598       }
 599       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRef();
 600       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 601       {
 602         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 603         {
 604           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 605           Object[] sarray = (Object[]) commonDbrefs.get(src);
 606           if (sarray == null)
 607           {
 608             sarray = new Object[2];
 609             sarray[0] = new int[]
 610             { 0 };
 611             sarray[1] = new String[seqs.length];
 612
 613             commonDbrefs.put(src, sarray);
 614           }
 615
 616           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 617           {
 618             if (!dbr[d].hasMap()
 619                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 620             {
 621               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 622               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 623             }
 624           }
 625         }
 626       }
 627     }
 628     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 629     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 630                              // to user
 631     for (int i = 0; i < groupLinks.size(); i++)
 632     {
 633       String link = groupLinks.elementAt(i).toString();
 634       GroupUrlLink urlLink = null;
 635       try
 636       {
 637         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 638       } catch (Exception foo)
 639       {
 640         jalview.bin.Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link
 641                 + "'", foo);
 642         continue;
 643       }
 644       ;
 645       if (!urlLink.isValid())
 646       {
 647         jalview.bin.Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 648         continue;
 649       }
 650       final String label = urlLink.getLabel();
 651       boolean usingNames = false;
 652       // Now see which parts of the group apply for this URL
 653       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 654       Object[] idset = (Object[]) commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 655       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 656       if (idset != null)
 657       {
 658         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 659         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 660         seqstr = new String[numinput];
 661         ids = new String[numinput];
 662         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 663         {
 664           if (allids[sq] != null)
 665           {
 666             ids[idcount] = allids[sq];
 667             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 668           }
 669         }
 670       }
 671       else
 672       {
 673         // just use the id/seq set
 674         seqstr = idandseqs[1];
 675         ids = idandseqs[0];
 676         usingNames = true;
 677       }
 678       // and try and make the groupURL!
 679
 680       Object[] urlset = null;
 681       try
 682       {
 683         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 684                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 685       } catch (UrlStringTooLongException e)
 686       {
 687       }
 688       if (urlset != null)
 689       {
 690         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 691         // System.out.println(urlLink.getGroupURLType()
 692         // +" "+((String[])urlset[3])[0]);
 693         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 694         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 695         addshowLink(linkMenus[type], label
 696                 + (((type & 1) == 1) ? ("("
 697                         + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")") : ""),
 698                 urlLink, urlset);
 699         addMenu = true;
 700       }
 701     }
 702     if (addMenu)
 703     {
 704       groupLinksMenu = new JMenu("Group Links");
 705       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 706       {
 707         if (linkMenus[m] != null
 708                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 709         {
 710           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 711         }
 712       }
 713
 714       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 715     }
 716   }
 717
 718   /**
 719    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 720    *
 721    * @param linkMenu
 722    * @param label
 723    *          - menu label string
 724    * @param url
 725    *          - url to open
 726    */
 727   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 728   {
 729     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 730     item.setToolTipText("open URL: " + url);
 731     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 732     {
 733       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 734       {
 735         new Thread(new Runnable()
 736         {
 737
 738           public void run()
 739           {
 740             showLink(url);
 741           }
 742
 743         }).start();
 744       }
 745     });
 746
 747     linkMenu.add(item);
 748   }
 749
 750   /**
 751    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 752    *
 753    * @param linkMenu
 754    * @param label
 755    *          - menu label string
 756    * @param urlgenerator
 757    *          GroupURLLink used to generate URL
 758    * @param urlstub
 759    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 760    */
 761   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 762           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 763   {
 764     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 765     item.setToolTipText("open URL (" + urlgenerator.getUrl_prefix()
 766             + "..) (" + urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) + " seqs)"); // TODO:
 767                                                                              // put
 768                                                                              // in
 769                                                                              // info
 770                                                                              // about
 771                                                                              // what
 772                                                                              // is
 773                                                                              // being
 774                                                                              // sent.
 775     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 776     {
 777       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 778       {
 779         new Thread(new Runnable()
 780         {
 781
 782           public void run()
 783           {
 784             try
 785             {
 786               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 787             } catch (UrlStringTooLongException e)
 788             {
 789             }
 790           }
 791
 792         }).start();
 793       }
 794     });
 795
 796     linkMenu.add(item);
 797   }
 798
 799   /**
 800    * DOCUMENT ME!
 801    *
 802    * @throws Exception
 803    *           DOCUMENT ME!
 804    */
 805   private void jbInit() throws Exception
 806   {
 807     groupMenu.setText("Group");
 808     groupMenu.setText("Selection");
 809     groupName.setText("Name");
 810     groupName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 811     {
 812       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 813       {
 814         groupName_actionPerformed();
 815       }
 816     });
 817     sequenceMenu.setText("Sequence");
 818     sequenceName.setText("Edit Name/Description");
 819     sequenceName.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 820     {
 821       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 822       {
 823         sequenceName_actionPerformed();
 824       }
 825     });
 826     PIDColour.setFocusPainted(false);
 827     unGroupMenuItem.setText("Remove Group");
 828     unGroupMenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 829     {
 830       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 831       {
 832         unGroupMenuItem_actionPerformed();
 833       }
 834     });
 835
 836     outline.setText("Border colour");
 837     outline.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 838     {
 839       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 840       {
 841         outline_actionPerformed();
 842       }
 843     });
 844     nucleotideMenuItem.setText("Nucleotide");
 845     nucleotideMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
 846     {
 847       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 848       {
 849         nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 850       }
 851     });
 852     colourMenu.setText("Group Colour");
 853     showBoxes.setText("Boxes");
 854     showBoxes.setState(true);
 855     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
 856     {
 857       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 858       {
 859         showBoxes_actionPerformed();
 860       }
 861     });
 862     showText.setText("Text");
 863     showText.setState(true);
 864     showText.addActionListener(new ActionListener()
 865     {
 866       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 867       {
 868         showText_actionPerformed();
 869       }
 870     });
 871     showColourText.setText("Colour Text");
 872     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
 873     {
 874       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 875       {
 876         showColourText_actionPerformed();
 877       }
 878     });
 879     displayNonconserved.setText("Show Nonconserved");
 880     displayNonconserved.setState(true);
 881     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
 882     {
 883       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 884       {
 885         showNonconserved_actionPerformed();
 886       }
 887     });
 888     editMenu.setText("Edit");
 889     cut.setText("Cut");
 890     cut.addActionListener(new ActionListener()
 891     {
 892       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 893       {
 894         cut_actionPerformed();
 895       }
 896     });
 897     upperCase.setText("To Upper Case");
 898     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
 899     {
 900       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 901       {
 902         changeCase(e);
 903       }
 904     });
 905     copy.setText("Copy");
 906     copy.addActionListener(new ActionListener()
 907     {
 908       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 909       {
 910         copy_actionPerformed();
 911       }
 912     });
 913     lowerCase.setText("To Lower Case");
 914     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
 915     {
 916       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 917       {
 918         changeCase(e);
 919       }
 920     });
 921     toggle.setText("Toggle Case");
 922     toggle.addActionListener(new ActionListener()
 923     {
 924       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 925       {
 926         changeCase(e);
 927       }
 928     });
 929     pdbMenu.setText("Associate Structure with Sequence");
 930     pdbFromFile.setText("From File");
 931     pdbFromFile.addActionListener(new ActionListener()
 932     {
 933       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 934       {
 935         pdbFromFile_actionPerformed();
 936       }
 937     });
 938     enterPDB.setText("Enter PDB Id");
 939     enterPDB.addActionListener(new ActionListener()
 940     {
 941       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 942       {
 943         enterPDB_actionPerformed();
 944       }
 945     });
 946     discoverPDB.setText("Discover PDB ids");
 947     discoverPDB.addActionListener(new ActionListener()
 948     {
 949       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 950       {
 951         discoverPDB_actionPerformed();
 952       }
 953     });
 954     outputMenu.setText("Output to Textbox...");
 955     sequenceFeature.setText("Create Sequence Feature");
 956     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
 957     {
 958       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 959       {
 960         sequenceFeature_actionPerformed();
 961       }
 962     });
 963     textColour.setText("Text Colour");
 964     textColour.addActionListener(new ActionListener()
 965     {
 966       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 967       {
 968         textColour_actionPerformed();
 969       }
 970     });
 971     jMenu1.setText("Group");
 972     structureMenu.setText("Structure");
 973     viewStructureMenu.setText("View Structure");
 974     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
 975     editSequence.setText("Edit Sequence...");
 976     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
 977     {
 978       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 979       {
 980         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
 981       }
 982     });
 983     /*
 984      * annotationMenuItem.setText("By Annotation");
 985      * annotationMenuItem.addActionListener(new ActionListener() { public void
 986      * actionPerformed(ActionEvent actionEvent) {
 987      * annotationMenuItem_actionPerformed(actionEvent); } });
 988      */
 989
 990     add(groupMenu);
 991
 992     add(sequenceMenu);
 993     this.add(structureMenu);
 994     groupMenu.add(editMenu);
 995     groupMenu.add(outputMenu);
 996     groupMenu.add(sequenceFeature);
 997     groupMenu.add(jMenu1);
 998     sequenceMenu.add(sequenceName);
 999     colourMenu.add(textColour);
1000     colourMenu.add(noColourmenuItem);
1001     colourMenu.add(clustalColour);
1002     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
1003     colourMenu.add(PIDColour);
1004     colourMenu.add(zappoColour);
1005     colourMenu.add(taylorColour);
1006     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
1007     colourMenu.add(helixColour);
1008     colourMenu.add(strandColour);
1009     colourMenu.add(turnColour);
1010     colourMenu.add(buriedColour);
1011     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1012     colourMenu.add(userDefinedColour);
1013
1014     if (jalview.gui.UserDefinedColours.getUserColourSchemes() != null)
1015     {
1016       java.util.Enumeration userColours = jalview.gui.UserDefinedColours
1017               .getUserColourSchemes().keys();
1018
1019       while (userColours.hasMoreElements())
1020       {
1021         JMenuItem item = new JMenuItem(userColours.nextElement().toString());
1022         item.addActionListener(new ActionListener()
1023         {
1024           public void actionPerformed(ActionEvent evt)
1025           {
1026             userDefinedColour_actionPerformed(evt);
1027           }
1028         });
1029         colourMenu.add(item);
1030       }
1031     }
1032
1033     colourMenu.addSeparator();
1034     colourMenu.add(abovePIDColour);
1035     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1036     // colourMenu.add(annotationMenuItem);
1037     editMenu.add(copy);
1038     editMenu.add(cut);
1039     editMenu.add(editSequence);
1040     editMenu.add(upperCase);
1041     editMenu.add(lowerCase);
1042     editMenu.add(toggle);
1043     pdbMenu.add(pdbFromFile);
1044     pdbMenu.add(enterPDB);
1045     pdbMenu.add(discoverPDB);
1046     jMenu1.add(groupName);
1047     jMenu1.add(unGroupMenuItem);
1048     jMenu1.add(colourMenu);
1049     jMenu1.add(showBoxes);
1050     jMenu1.add(showText);
1051     jMenu1.add(showColourText);
1052     jMenu1.add(outline);
1053     jMenu1.add(displayNonconserved);
1054     structureMenu.add(pdbMenu);
1055     structureMenu.add(viewStructureMenu);
1056     // structureMenu.add(colStructureMenu);
1057     noColourmenuItem.setText("None");
1058     noColourmenuItem.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1059     {
1060       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1061       {
1062         noColourmenuItem_actionPerformed();
1063       }
1064     });
1065
1066     clustalColour.setText("Clustalx colours");
1067     clustalColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1068     {
1069       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1070       {
1071         clustalColour_actionPerformed();
1072       }
1073     });
1074     zappoColour.setText("Zappo");
1075     zappoColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1076     {
1077       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1078       {
1079         zappoColour_actionPerformed();
1080       }
1081     });
1082     taylorColour.setText("Taylor");
1083     taylorColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1084     {
1085       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1086       {
1087         taylorColour_actionPerformed();
1088       }
1089     });
1090     hydrophobicityColour.setText("Hydrophobicity");
1091     hydrophobicityColour
1092             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1093             {
1094               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1095               {
1096                 hydrophobicityColour_actionPerformed();
1097               }
1098             });
1099     helixColour.setText("Helix propensity");
1100     helixColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1101     {
1102       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1103       {
1104         helixColour_actionPerformed();
1105       }
1106     });
1107     strandColour.setText("Strand propensity");
1108     strandColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1109     {
1110       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1111       {
1112         strandColour_actionPerformed();
1113       }
1114     });
1115     turnColour.setText("Turn propensity");
1116     turnColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1117     {
1118       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1119       {
1120         turnColour_actionPerformed();
1121       }
1122     });
1123     buriedColour.setText("Buried Index");
1124     buriedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1125     {
1126       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1127       {
1128         buriedColour_actionPerformed();
1129       }
1130     });
1131     abovePIDColour.setText("Above % Identity");
1132     abovePIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1133     {
1134       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1135       {
1136         abovePIDColour_actionPerformed();
1137       }
1138     });
1139     userDefinedColour.setText("User Defined...");
1140     userDefinedColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1141     {
1142       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1143       {
1144         userDefinedColour_actionPerformed(e);
1145       }
1146     });
1147     PIDColour.setText("Percentage Identity");
1148     PIDColour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1149     {
1150       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1151       {
1152         PIDColour_actionPerformed();
1153       }
1154     });
1155     BLOSUM62Colour.setText("BLOSUM62");
1156     BLOSUM62Colour.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1157     {
1158       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1159       {
1160         BLOSUM62Colour_actionPerformed();
1161       }
1162     });
1163     conservationMenuItem.setText("Conservation");
1164     conservationMenuItem
1165             .addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1166             {
1167               public void actionPerformed(ActionEvent e)
1168               {
1169                 conservationMenuItem_actionPerformed();
1170               }
1171             });
1172   }
1173
1174   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1175   {
1176     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1177     refresh();
1178   }
1179
1180   /**
1181    * call to refresh view after settings change
1182    */
1183   void refresh()
1184   {
1185     ap.updateAnnotation();
1186     ap.paintAlignment(true);
1187
1188     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1189   }
1190
1191   /**
1192    * DOCUMENT ME!
1193    *
1194    * @param e
1195    *          DOCUMENT ME!
1196    */
1197   protected void clustalColour_actionPerformed()
1198   {
1199     SequenceGroup sg = getGroup();
1200     sg.cs = new ClustalxColourScheme(
1201             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences),
1202             ap.av.alignment.getWidth());
1203     refresh();
1204   }
1205
1206   /**
1207    * DOCUMENT ME!
1208    *
1209    * @param e
1210    *          DOCUMENT ME!
1211    */
1212   protected void zappoColour_actionPerformed()
1213   {
1214     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1215     refresh();
1216   }
1217
1218   /**
1219    * DOCUMENT ME!
1220    *
1221    * @param e
1222    *          DOCUMENT ME!
1223    */
1224   protected void taylorColour_actionPerformed()
1225   {
1226     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1227     refresh();
1228   }
1229
1230   /**
1231    * DOCUMENT ME!
1232    *
1233    * @param e
1234    *          DOCUMENT ME!
1235    */
1236   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1237   {
1238     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1239     refresh();
1240   }
1241
1242   /**
1243    * DOCUMENT ME!
1244    *
1245    * @param e
1246    *          DOCUMENT ME!
1247    */
1248   protected void helixColour_actionPerformed()
1249   {
1250     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1251     refresh();
1252   }
1253
1254   /**
1255    * DOCUMENT ME!
1256    *
1257    * @param e
1258    *          DOCUMENT ME!
1259    */
1260   protected void strandColour_actionPerformed()
1261   {
1262     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1263     refresh();
1264   }
1265
1266   /**
1267    * DOCUMENT ME!
1268    *
1269    * @param e
1270    *          DOCUMENT ME!
1271    */
1272   protected void turnColour_actionPerformed()
1273   {
1274     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1275     refresh();
1276   }
1277
1278   /**
1279    * DOCUMENT ME!
1280    *
1281    * @param e
1282    *          DOCUMENT ME!
1283    */
1284   protected void buriedColour_actionPerformed()
1285   {
1286     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1287     refresh();
1288   }
1289
1290   /**
1291    * DOCUMENT ME!
1292    *
1293    * @param e
1294    *          DOCUMENT ME!
1295    */
1296   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1297   {
1298     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1299     refresh();
1300   }
1301
1302   /**
1303    * DOCUMENT ME!
1304    *
1305    * @param e
1306    *          DOCUMENT ME!
1307    */
1308   protected void abovePIDColour_actionPerformed()
1309   {
1310     SequenceGroup sg = getGroup();
1311     if (sg.cs == null)
1312     {
1313       return;
1314     }
1315
1316     if (abovePIDColour.isSelected())
1317     {
1318       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1319               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1320               sg.getEndRes() + 1));
1321
1322       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1323               .getName());
1324
1325       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1326
1327       SliderPanel.showPIDSlider();
1328     }
1329     else
1330     // remove PIDColouring
1331     {
1332       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.getIgnoreGapsConsensus());
1333     }
1334
1335     refresh();
1336   }
1337
1338   /**
1339    * DOCUMENT ME!
1340    *
1341    * @param e
1342    *          DOCUMENT ME!
1343    */
1344   protected void userDefinedColour_actionPerformed(ActionEvent e)
1345   {
1346     SequenceGroup sg = getGroup();
1347
1348     if (e.getActionCommand().equals("User Defined..."))
1349     {
1350       new UserDefinedColours(ap, sg);
1351     }
1352     else
1353     {
1354       UserColourScheme udc = (UserColourScheme) UserDefinedColours
1355               .getUserColourSchemes().get(e.getActionCommand());
1356
1357       sg.cs = udc;
1358     }
1359     refresh();
1360   }
1361
1362   /**
1363    * DOCUMENT ME!
1364    *
1365    * @param e
1366    *          DOCUMENT ME!
1367    */
1368   protected void PIDColour_actionPerformed()
1369   {
1370     SequenceGroup sg = getGroup();
1371     sg.cs = new PIDColourScheme();
1372     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1373             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1374             sg.getEndRes() + 1));
1375     refresh();
1376   }
1377
1378   /**
1379    * DOCUMENT ME!
1380    *
1381    * @param e
1382    *          DOCUMENT ME!
1383    */
1384   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1385   {
1386     SequenceGroup sg = getGroup();
1387
1388     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1389
1390     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1391             sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1392             sg.getEndRes() + 1));
1393
1394     refresh();
1395   }
1396
1397   /**
1398    * DOCUMENT ME!
1399    *
1400    * @param e
1401    *          DOCUMENT ME!
1402    */
1403   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1404   {
1405     getGroup().cs = null;
1406     refresh();
1407   }
1408
1409   /**
1410    * DOCUMENT ME!
1411    *
1412    * @param e
1413    *          DOCUMENT ME!
1414    */
1415   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()
1416   {
1417     SequenceGroup sg = getGroup();
1418     if (sg.cs == null)
1419     {
1420       return;
1421     }
1422
1423     if (conservationMenuItem.isSelected())
1424     {
1425       Conservation c = new Conservation("Group",
1426               ResidueProperties.propHash, 3,
1427               sg.getSequences(ap.av.hiddenRepSequences), sg.getStartRes(),
1428               sg.getEndRes() + 1);
1429
1430       c.calculate();
1431       c.verdict(false, ap.av.ConsPercGaps);
1432
1433       sg.cs.setConservation(c);
1434
1435       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1436       SliderPanel.showConservationSlider();
1437     }
1438     else
1439     // remove ConservationColouring
1440     {
1441       sg.cs.setConservation(null);
1442     }
1443
1444     refresh();
1445   }
1446
1447   public void annotationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1448   {
1449     SequenceGroup sg = getGroup();
1450     if (sg == null)
1451     {
1452       return;
1453     }
1454
1455     AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(
1456             sequence.getAnnotation()[0], null,
1457             AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD);
1458
1459     acg.predefinedColours = true;
1460     sg.cs = acg;
1461
1462     refresh();
1463   }
1464
1465   /**
1466    * DOCUMENT ME!
1467    *
1468    * @param e
1469    *          DOCUMENT ME!
1470    */
1471   protected void groupName_actionPerformed()
1472   {
1473
1474     SequenceGroup sg = getGroup();
1475     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1476             sg.getDescription(), "       Group Name ",
1477             "Group Description ", "Edit Group Name/Description",
1478             ap.alignFrame);
1479
1480     if (!dialog.accept)
1481     {
1482       return;
1483     }
1484
1485     sg.setName(dialog.getName());
1486     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1487     refresh();
1488   }
1489
1490   /**
1491    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1492    *
1493    * @return sequence group to operate on
1494    */
1495   SequenceGroup getGroup()
1496   {
1497     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1498     // this method won't add a new group if it already exists
1499     if (sg != null)
1500     {
1501       ap.av.alignment.addGroup(sg);
1502     }
1503
1504     return sg;
1505   }
1506
1507   /**
1508    * DOCUMENT ME!
1509    *
1510    * @param e
1511    *          DOCUMENT ME!
1512    */
1513   void sequenceName_actionPerformed()
1514   {
1515     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1516             sequence.getDescription(), "       Sequence Name ",
1517             "Sequence Description ", "Edit Sequence Name/Description",
1518             ap.alignFrame);
1519
1520     if (!dialog.accept)
1521     {
1522       return;
1523     }
1524
1525     if (dialog.getName() != null)
1526     {
1527       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1528       {
1529         JOptionPane.showMessageDialog(ap,
1530                 "Spaces have been converted to \"_\"",
1531                 "No spaces allowed in Sequence Name",
1532                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1533       }
1534
1535       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1536       ap.paintAlignment(false);
1537     }
1538
1539     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1540
1541     ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1542             .getSequences());
1543
1544   }
1545
1546   /**
1547    * DOCUMENT ME!
1548    *
1549    * @param e
1550    *          DOCUMENT ME!
1551    */
1552   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1553   {
1554     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1555     ap.av.alignment.deleteGroup(sg);
1556     ap.av.setSelectionGroup(null);
1557     refresh();
1558   }
1559
1560   /**
1561    * DOCUMENT ME!
1562    *
1563    * @param e
1564    *          DOCUMENT ME!
1565    */
1566   protected void outline_actionPerformed()
1567   {
1568     SequenceGroup sg = getGroup();
1569     Color col = JColorChooser.showDialog(this, "Select Outline Colour",
1570             Color.BLUE);
1571
1572     if (col != null)
1573     {
1574       sg.setOutlineColour(col);
1575     }
1576
1577     refresh();
1578   }
1579
1580   /**
1581    * DOCUMENT ME!
1582    *
1583    * @param e
1584    *          DOCUMENT ME!
1585    */
1586   public void showBoxes_actionPerformed()
1587   {
1588     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1589     refresh();
1590   }
1591
1592   /**
1593    * DOCUMENT ME!
1594    *
1595    * @param e
1596    *          DOCUMENT ME!
1597    */
1598   public void showText_actionPerformed()
1599   {
1600     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1601     refresh();
1602   }
1603
1604   /**
1605    * DOCUMENT ME!
1606    *
1607    * @param e
1608    *          DOCUMENT ME!
1609    */
1610   public void showColourText_actionPerformed()
1611   {
1612     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1613     refresh();
1614   }
1615
1616   public void showLink(String url)
1617   {
1618     try
1619     {
1620       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1621     } catch (Exception ex)
1622     {
1623       JOptionPane
1624               .showInternalMessageDialog(
1625                       Desktop.desktop,
1626                       "Unixers: Couldn't find default web browser."
1627                               + "\nAdd the full path to your browser in Preferences.",
1628                       "Web browser not found", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1629
1630       ex.printStackTrace();
1631     }
1632   }
1633
1634   void hideSequences(boolean representGroup)
1635   {
1636     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1637     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1638     {
1639       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1640       { sequence });
1641       return;
1642     }
1643
1644     ap.av.setSelectionGroup(null);
1645
1646     if (representGroup)
1647     {
1648       ap.av.hideRepSequences(sequence, sg);
1649
1650       return;
1651     }
1652
1653     int gsize = sg.getSize();
1654     SequenceI[] hseqs;
1655
1656     hseqs = new SequenceI[gsize];
1657
1658     int index = 0;
1659     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1660     {
1661       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1662     }
1663
1664     ap.av.hideSequence(hseqs);
1665     // refresh(); TODO: ? needed ?
1666     ap.av.sendSelection();
1667   }
1668
1669   public void copy_actionPerformed()
1670   {
1671     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1672   }
1673
1674   public void cut_actionPerformed()
1675   {
1676     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1677   }
1678
1679   void changeCase(ActionEvent e)
1680   {
1681     Object source = e.getSource();
1682     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1683
1684     if (sg != null)
1685     {
1686       int[][] startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(sg.getStartRes(),
1687               sg.getEndRes() + 1);
1688
1689       String description;
1690       int caseChange;
1691
1692       if (source == toggle)
1693       {
1694         description = "Toggle Case";
1695         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1696       }
1697       else if (source == upperCase)
1698       {
1699         description = "To Upper Case";
1700         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1701       }
1702       else
1703       {
1704         description = "To Lower Case";
1705         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1706       }
1707
1708       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1709               sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences), startEnd,
1710               caseChange);
1711
1712       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1713
1714       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1715               .getSequences());
1716
1717     }
1718   }
1719
1720   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1721   {
1722     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1723     cap.setForInput(null);
1724     Desktop.addInternalFrame(cap,
1725             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);
1726
1727     String[] omitHidden = null;
1728
1729     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
1730     // or we simply trust the user wants
1731     // wysiwig behaviour
1732     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1733     ColumnSelection csel = new ColumnSelection(ap.av.getColumnSelection());
1734     omitHidden = ap.av.getViewAsString(true);
1735     Alignment oal = new Alignment(ap.av.getSequenceSelection());
1736     AlignmentAnnotation[] nala = ap.av.alignment.getAlignmentAnnotation();
1737     if (nala != null)
1738     {
1739       for (int i = 0; i < nala.length; i++)
1740       {
1741         AlignmentAnnotation na = nala[i];
1742         oal.addAnnotation(na);
1743       }
1744     }
1745     cap.setText(new FormatAdapter().formatSequences(e.getActionCommand(),
1746             oal, omitHidden, csel, sg));
1747     oal = null;
1748   }
1749
1750   public void pdbFromFile_actionPerformed()
1751   {
1752     jalview.io.JalviewFileChooser chooser = new jalview.io.JalviewFileChooser(
1753             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1754     chooser.setFileView(new jalview.io.JalviewFileView());
1755     chooser.setDialogTitle("Select a PDB file for "+sequence.getDisplayId(false));
1756     chooser.setToolTipText("Load a PDB file and associate it with sequence '"+sequence.getDisplayId(false)+"'");
1757
1758     int value = chooser.showOpenDialog(null);
1759
1760     if (value == jalview.io.JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1761     {
1762       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1763       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice);
1764       new AssociatePdbFileWithSeq().associatePdbWithSeq(choice, jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE, sequence, true);
1765     }
1766
1767   }
1768
1769   public void enterPDB_actionPerformed()
1770   {
1771     String id = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
1772             "Enter PDB Id", "Enter PDB Id", JOptionPane.QUESTION_MESSAGE);
1773
1774     if (id != null && id.length() > 0)
1775     {
1776       PDBEntry entry = new PDBEntry();
1777       entry.setId(id.toUpperCase());
1778       sequence.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
1779     }
1780   }
1781
1782   public void discoverPDB_actionPerformed()
1783   {
1784
1785     final SequenceI[] sequences = ((ap.av.selectionGroup == null) ? new Sequence[]
1786     { sequence }
1787             : ap.av.selectionGroup.getSequencesInOrder(ap.av.alignment));
1788     Thread discpdb = new Thread(new Runnable()
1789     {
1790       public void run()
1791       {
1792
1793         new jalview.ws.DBRefFetcher(sequences, ap.alignFrame)
1794                 .fetchDBRefs(false);
1795       }
1796
1797     });
1798     discpdb.start();
1799   }
1800
1801   public void sequenceFeature_actionPerformed()
1802   {
1803     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1804     if (sg == null)
1805     {
1806       return;
1807     }
1808
1809     int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
1810     SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
1811     SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
1812
1813     for (int i = 0; i < gSize; i++)
1814     {
1815       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
1816       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
1817       if (start <= end)
1818       {
1819         seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence();
1820         features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
1821                 "Jalview");
1822         rsize++;
1823       }
1824     }
1825     rseqs = new SequenceI[rsize];
1826     tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
1827     System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
1828     System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
1829     features = tfeatures;
1830     seqs = rseqs;
1831     if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
1832             features, true, ap))
1833     {
1834       ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
1835       ap.highlightSearchResults(null);
1836     }
1837   }
1838
1839   public void textColour_actionPerformed()
1840   {
1841     SequenceGroup sg = getGroup();
1842     if (sg != null)
1843     {
1844       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
1845     }
1846   }
1847
1848   public void colourByStructure(String pdbid)
1849   {
1850     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager().colourSequenceFromStructure(
1851                     sequence, pdbid);
1852
1853     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
1854             "Coloured by " + pdbid, anots);
1855
1856     ap.av.alignment.addAnnotation(an);
1857     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
1858     // an.adjustForAlignment();
1859     ap.av.alignment.setAnnotationIndex(an, 0);
1860
1861     ap.adjustAnnotationHeight();
1862
1863     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
1864
1865   }
1866
1867   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1868   {
1869     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1870
1871     if (sg != null)
1872     {
1873       if (sequence == null)
1874         sequence = (Sequence) sg.getSequenceAt(0);
1875
1876       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
1877               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
1878                       sg.getEndRes() + 1), null, "Edit Sequence ", null,
1879               "Edit Sequence", ap.alignFrame);
1880
1881       if (dialog.accept)
1882       {
1883         EditCommand editCommand = new EditCommand("Edit Sequences",
1884                 EditCommand.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
1885                         ap.av.getGapCharacter()),
1886                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.hiddenRepSequences),
1887                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.alignment);
1888
1889         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
1890
1891         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1892                 .getSequences());
1893       }
1894     }
1895   }
1896
1897 }