src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.event.ActionEvent;
  25 import java.awt.event.ActionListener;
  26 import java.util.ArrayList;
  27 import java.util.Arrays;
  28 import java.util.BitSet;
  29 import java.util.Collection;
  30 import java.util.Collections;
  31 import java.util.Hashtable;
  32 import java.util.LinkedHashMap;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Map;
  35 import java.util.Objects;
  36 import java.util.SortedMap;
  37 import java.util.TreeMap;
  38 import java.util.Vector;
  39
  40 import javax.swing.ButtonGroup;
  41 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  42 import javax.swing.JColorChooser;
  43 import javax.swing.JMenu;
  44 import javax.swing.JMenuItem;
  45 import javax.swing.JPopupMenu;
  46 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  47
  48 import jalview.analysis.AAFrequency;
  49 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  50 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  51 import jalview.analysis.Conservation;
  52 import jalview.api.AlignViewportI;
  53 import jalview.bin.Cache;
  54 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  55 import jalview.commands.EditCommand;
  56 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  57 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  58 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  59 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  60 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  61 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  62 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  63 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  64 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  65 import jalview.datamodel.SequenceI;
  66 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  67 import jalview.io.FileFormatI;
  68 import jalview.io.FileFormats;
  69 import jalview.io.FormatAdapter;
  70 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  71 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  72 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  73 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  74 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  75 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  76 import jalview.util.Comparison;
  77 import jalview.util.GroupUrlLink;
  78 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  79 import jalview.util.MessageManager;
  80 import jalview.util.StringUtils;
  81 import jalview.util.UrlLink;
  82 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  83
  84 /**
  85  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  86  * sequence alignment.
  87  */
  88 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  89 {
  90   /*
  91    * maximum length of feature description to include in popup menu item text
  92    */
  93   private static final int FEATURE_DESC_MAX = 40;
  94
  95   /*
  96    * true for ID Panel menu, false for alignment panel menu
  97    */
  98   private final boolean forIdPanel;
  99
 100   private final AlignmentPanel ap;
 101
 102   /*
 103    * the sequence under the cursor when clicked
 104    * (additional sequences may be selected)
 105    */
 106   private final SequenceI sequence;
 107
 108   JMenu groupMenu = new JMenu();
 109
 110   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
 111
 112   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 113
 114   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
 115
 116   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 117
 118   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 119
 120   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 121
 122   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 123
 124   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 125
 126   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 127
 128   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 129
 130   JMenu colourMenu = new JMenu();
 131
 132   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 133
 134   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 135
 136   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 137
 138   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 139
 140   JMenu editMenu = new JMenu();
 141
 142   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 143
 144   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 145
 146   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 147
 148   JMenu outputMenu = new JMenu();
 149
 150   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 151
 152   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 153
 154   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 155           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 156
 157   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 158
 159   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 160
 161   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 162           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 163
 164   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 165
 166   JMenu editGroupMenu = new JMenu();
 167
 168   JMenuItem chooseStructure = new JMenuItem();
 169
 170   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 171
 172   /**
 173    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 174    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 175    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 176    * preferences.
 177    *
 178    * @param seq
 179    * @param features
 180    * @return
 181    */
 182   protected static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 183           List<SequenceFeature> features)
 184   {
 185     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 186
 187     List<String> nlinks = null;
 188     if (seq != null)
 189     {
 190       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 191       UrlLink.sort(nlinks);
 192     }
 193     else
 194     {
 195       nlinks = new ArrayList<>();
 196     }
 197
 198     if (features != null)
 199     {
 200       for (SequenceFeature sf : features)
 201       {
 202         if (sf.links != null)
 203         {
 204           for (String link : sf.links)
 205           {
 206             nlinks.add(link);
 207           }
 208         }
 209       }
 210     }
 211
 212     /*
 213      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 214      * note the order of the templates is preserved in the map
 215      */
 216     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 217     for (String link : nlinks)
 218     {
 219       UrlLink urlLink = null;
 220       try
 221       {
 222         urlLink = new UrlLink(link);
 223       } catch (Exception foo)
 224       {
 225         Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 226         continue;
 227       }
 228
 229       if (!urlLink.isValid())
 230       {
 231         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 232         continue;
 233       }
 234
 235       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 236     }
 237
 238     /*
 239      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 240      * the order of the sorted templates)
 241      */
 242     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 243
 244     return linkMenu;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 249    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 250    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 251    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 252    *
 253    * @param linkMenu
 254    * @param linkset
 255    */
 256   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 257           Collection<List<String>> linkset)
 258   {
 259     for (List<String> linkstrset : linkset)
 260     {
 261       final String url = linkstrset.get(3);
 262       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 263       item.setToolTipText(MessageManager
 264               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 265               { url }));
 266       item.addActionListener(new ActionListener()
 267       {
 268         @Override
 269         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 270         {
 271           new Thread(new Runnable()
 272           {
 273             @Override
 274             public void run()
 275             {
 276               showLink(url);
 277             }
 278           }).start();
 279         }
 280       });
 281       linkMenu.add(item);
 282     }
 283   }
 284
 285   /**
 286    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 287    * message if this fails
 288    *
 289    * @param url
 290    */
 291   static void showLink(String url)
 292   {
 293     try
 294     {
 295       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 296     } catch (Exception ex)
 297     {
 298       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 299               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 300               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 301               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 302
 303       ex.printStackTrace();
 304     }
 305   }
 306
 307   /**
 308    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 309    *
 310    * @param linkMenu
 311    * @param label
 312    *          - menu label string
 313    * @param urlgenerator
 314    *          GroupURLLink used to generate URL
 315    * @param urlstub
 316    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 317    */
 318   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 319           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 320   {
 321     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 322     item.setToolTipText(MessageManager
 323             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 324             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 325                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 326     // TODO: put in info about what is being sent.
 327     item.addActionListener(new ActionListener()
 328     {
 329       @Override
 330       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 331       {
 332         new Thread(new Runnable()
 333         {
 334
 335           @Override
 336           public void run()
 337           {
 338             try
 339             {
 340               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 341             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 342             {
 343             }
 344           }
 345
 346         }).start();
 347       }
 348     });
 349
 350     linkMenu.add(item);
 351   }
 352
 353   /**
 354    * Constructor for a PopupMenu for a click in the alignment panel (on a residue)
 355    *
 356    * @param ap
 357    *              the panel in which the mouse is clicked
 358    * @param seq
 359    *              the sequence under the mouse
 360    * @throws NullPointerException
 361    *                                if seq is null
 362    */
 363   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq, int column)
 364   {
 365     this(false, ap, seq, column, null);
 366   }
 367
 368   /**
 369    * Constructor for a PopupMenu for a click in the sequence id panel
 370    *
 371    * @param alignPanel
 372    *                     the panel in which the mouse is clicked
 373    * @param seq
 374    *                     the sequence under the mouse click
 375    * @param groupLinks
 376    *                     templates for sequence external links
 377    * @throws NullPointerException
 378    *                                if seq is null
 379    */
 380   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 381           List<String> groupLinks)
 382   {
 383     this(true, alignPanel, seq, -1, groupLinks);
 384   }
 385
 386   /**
 387    * Private constructor that constructs a popup menu for either sequence ID
 388    * Panel, or alignment context
 389    *
 390    * @param fromIdPanel
 391    * @param alignPanel
 392    * @param seq
 393    * @param column
 394    *                      aligned column position (0...)
 395    * @param groupLinks
 396    */
 397   private PopupMenu(boolean fromIdPanel,
 398           final AlignmentPanel alignPanel,
 399           final SequenceI seq, final int column, List<String> groupLinks)
 400   {
 401     Objects.requireNonNull(seq);
 402     this.forIdPanel = fromIdPanel;
 403     this.ap = alignPanel;
 404     sequence = seq;
 405
 406     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 407     {
 408       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 409
 410       item.addActionListener(new ActionListener()
 411       {
 412         @Override
 413         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 414         {
 415           outputText_actionPerformed(e);
 416         }
 417       });
 418
 419       outputMenu.add(item);
 420     }
 421
 422     /*
 423      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 424      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 425      * currently selected sequence (if there is one):
 426      */
 427     final List<SequenceI> selectedSequence = (forIdPanel && seq != null
 428             ? Arrays.asList(seq)
 429             : Collections.<SequenceI> emptyList());
 430     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 431             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 432     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 433             selectedSequence);
 434
 435     /*
 436      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 437      */
 438     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av.getSelectionGroup() == null
 439             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 440             : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 441     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 442             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 443     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 444             selectedGroup);
 445
 446     try
 447     {
 448       jbInit();
 449     } catch (Exception e)
 450     {
 451       e.printStackTrace();
 452     }
 453
 454     if (forIdPanel)
 455     {
 456       JMenuItem menuItem;
 457       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 458       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 459       {
 460         makeReferenceSeq.setText(
 461                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 462       }
 463       else
 464       {
 465         makeReferenceSeq.setText(
 466                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 467       }
 468
 469       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 470       {
 471         remove(rnaStructureMenu);
 472       }
 473       else
 474       {
 475         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 476         /*
 477          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 478          * structure annotation
 479          */
 480         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 481                 .getAlignmentAnnotation();
 482         if (aas != null)
 483         {
 484           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 485           {
 486             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 487             {
 488               /*
 489                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 490                */
 491               menuItem = new JMenuItem();
 492               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 493                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 494                       { aa.label }));
 495               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 496               {
 497                 @Override
 498                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 499                 {
 500                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 501                 }
 502               });
 503               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 504             }
 505           }
 506         }
 507
 508         if (seq.getAnnotation() != null)
 509         {
 510           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 511           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 512           {
 513             if (aa.isValidStruc())
 514             {
 515               /*
 516                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 517                */
 518               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 519               menuItem = new JMenuItem();
 520               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 521                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 522                       { seq.getName() }));
 523               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 524               {
 525                 @Override
 526                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 527                 {
 528                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 529                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 530                 }
 531               });
 532               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 533             }
 534           }
 535         }
 536         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 537         {
 538           remove(rnaStructureMenu);
 539         }
 540       }
 541
 542       menuItem = new JMenuItem(
 543               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 544       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 545       {
 546         @Override
 547         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 548         {
 549           hideSequences(false);
 550         }
 551       });
 552       add(menuItem);
 553
 554       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 555               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 556       {
 557         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 558                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 559                 { seq.getName() }));
 560         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 561         {
 562           @Override
 563           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 564           {
 565             hideSequences(true);
 566           }
 567         });
 568         sequenceMenu.add(menuItem);
 569       }
 570
 571       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 572       {
 573         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 574
 575         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 576                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 577         {
 578           menuItem = new JMenuItem(
 579                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 580           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 581           {
 582             @Override
 583             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 584             {
 585               alignPanel.av.showSequence(index);
 586               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 587               {
 588                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 589               }
 590             }
 591           });
 592           add(menuItem);
 593         }
 594       }
 595     }
 596
 597     /*
 598      * offer 'Reveal All'
 599      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 600      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 601      */
 602     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 603     {
 604       boolean addOption = seq != null;
 605       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 606       {
 607         addOption = true;
 608       }
 609       if (addOption)
 610       {
 611         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 612                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 613         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 614         {
 615           @Override
 616           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 617           {
 618             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 619             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 620             {
 621               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 622             }
 623           }
 624         });
 625         add(menuItem);
 626       }
 627     }
 628
 629     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 630     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 631             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 632             : false;
 633
 634     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 635     {
 636       groupName.setText(MessageManager
 637               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 638
 639       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 640
 641       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 642
 643       if (sg.cs != null)
 644       {
 645         if (sg.cs.conservationApplied())
 646         {
 647           conservationMenuItem.setSelected(true);
 648         }
 649         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 650         {
 651           abovePIDColour.setSelected(true);
 652         }
 653       }
 654       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 655       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 656       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 657       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 658       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 659       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 660       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 661       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 662       {
 663         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 664       }
 665       // Add a 'show all structures' for the current selection
 666       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(), reppdb = new Hashtable<>();
 667
 668       SequenceI sqass = null;
 669       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 670       {
 671         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 672         if (pes != null && pes.size() > 0)
 673         {
 674           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 675           for (PDBEntry pe : pes)
 676           {
 677             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 678             if (sqass == null)
 679             {
 680               sqass = sq;
 681             }
 682           }
 683         }
 684       }
 685       if (pdbe.size() > 0)
 686       {
 687         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 688                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 689                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 690         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 691       }
 692     }
 693     else
 694     {
 695       groupMenu.setVisible(false);
 696       editMenu.setVisible(false);
 697     }
 698
 699     if (!isDefinedGroup)
 700     {
 701       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 702       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 703       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 704     }
 705     else
 706     {
 707       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 708       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 709       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 710     }
 711
 712     if (!forIdPanel)
 713     {
 714       sequenceMenu.setVisible(false);
 715       chooseStructure.setVisible(false);
 716       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 717     }
 718
 719     addLinksAndFeatures(seq, column);
 720   }
 721
 722   /**
 723    * Adds
 724    * <ul>
 725    * <li>configured sequence database links (ID panel popup menu)</li>
 726    * <li>non-positional feature links (ID panel popup menu)</li>
 727    * <li>positional feature links (alignment panel popup menu)</li>
 728    * <li>feature details links (alignment panel popup menu)</li>
 729    * </ul>
 730    * If this panel is also showed complementary (CDS/protein) features, then links
 731    * to their feature details are also added.
 732    *
 733    * @param seq
 734    * @param column
 735    */
 736   void addLinksAndFeatures(final SequenceI seq, final int column)
 737   {
 738     List<SequenceFeature> features = null;
 739     if (forIdPanel)
 740     {
 741       features = sequence.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 742     }
 743     else
 744     {
 745       features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 746               column + 1);
 747     }
 748
 749     addLinks(seq, features);
 750
 751     if (!forIdPanel)
 752     {
 753       addFeatureDetails(features, seq, column);
 754     }
 755   }
 756
 757   /**
 758    * Add a menu item to show feature details for each sequence feature. Any
 759    * linked 'virtual' features (CDS/protein) are also optionally found and
 760    * included.
 761    *
 762    * @param features
 763    * @param seq
 764    * @param column
 765    */
 766   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features,
 767           final SequenceI seq, final int column)
 768   {
 769     /*
 770      * add features in CDS/protein complement at the corresponding
 771      * position if configured to do so
 772      */
 773     MappedFeatures mf = null;
 774     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 775     {
 776       if (!Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column)))
 777       {
 778         AlignViewportI complement = ap.getAlignViewport()
 779                 .getCodingComplement();
 780         AlignFrame af = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
 781         FeatureRendererModel fr2 = af.getFeatureRenderer();
 782         int seqPos = sequence.findPosition(column);
 783         mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(sequence, seqPos);
 784       }
 785     }
 786
 787     if (features.isEmpty() && mf == null)
 788     {
 789       /*
 790        * no features to show at this position
 791        */
 792       return;
 793     }
 794
 795     JMenu details = new JMenu(
 796             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 797     add(details);
 798
 799     String name = seq.getName();
 800     for (final SequenceFeature sf : features)
 801     {
 802       addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, null);
 803     }
 804
 805     if (mf != null)
 806     {
 807       for (final SequenceFeature sf : mf.features)
 808       {
 809         addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, mf);
 810       }
 811     }
 812   }
 813
 814   /**
 815    * A helper method to add one menu item whose action is to show details for
 816    * one feature. The menu text includes feature description, but this may be
 817    * truncated.
 818    *
 819    * @param details
 820    * @param seqName
 821    * @param sf
 822    * @param mf
 823    */
 824   void addFeatureDetailsMenuItem(JMenu details, final String seqName,
 825           final SequenceFeature sf, MappedFeatures mf)
 826   {
 827     int start = sf.getBegin();
 828     int end = sf.getEnd();
 829     if (mf != null)
 830     {
 831       /*
 832        * show local rather than linked feature coordinates
 833        */
 834       int[] localRange = mf.getMappedPositions(start, end);
 835       start = localRange[0];
 836       end = localRange[localRange.length - 1];
 837     }
 838     StringBuilder desc = new StringBuilder();
 839     desc.append(sf.getType()).append(" ").append(String.valueOf(start));
 840     if (start != end)
 841     {
 842       desc.append(sf.isContactFeature() ? ":" : "-");
 843       desc.append(String.valueOf(end));
 844     }
 845     String description = sf.getDescription();
 846     if (description != null)
 847     {
 848       desc.append(" ");
 849       description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 850
 851       /*
 852        * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 853        * (as truncation could leave corrupted html)
 854        */
 855       boolean hasLink = description.indexOf("a href") > -1;
 856       if (description.length() > FEATURE_DESC_MAX && !hasLink)
 857       {
 858         description = description.substring(0, FEATURE_DESC_MAX) + "...";
 859       }
 860       desc.append(description);
 861     }
 862     String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 863     if (featureGroup != null)
 864     {
 865       desc.append(" (").append(featureGroup).append(")");
 866     }
 867     String htmlText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, desc.toString());
 868     JMenuItem item = new JMenuItem(htmlText);
 869     item.addActionListener(new ActionListener()
 870     {
 871       @Override
 872       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 873       {
 874         showFeatureDetails(sf, seqName, mf);
 875       }
 876     });
 877     details.add(item);
 878   }
 879
 880   /**
 881    * Opens a panel showing a text report of feature details
 882    *
 883    * @param sf
 884    * @param seqName
 885    * @param mf
 886    */
 887   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf, String seqName,
 888           MappedFeatures mf)
 889   {
 890     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 891     // it appears Java's CSS does not support border-collapse :-(
 892     cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 893     cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 894     cap.setText(sf.getDetailsReport(seqName, mf));
 895
 896     Desktop.addInternalFrame(cap,
 897             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 898   }
 899
 900   /**
 901    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 902    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 903    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 904    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 905    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 906    *
 907    * @param seq
 908    * @param features
 909    */
 910   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 911   {
 912     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(forIdPanel ? seq : null, features);
 913
 914     // only add link menu if it has entries
 915     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 916     {
 917       if (forIdPanel)
 918       {
 919         sequenceMenu.add(linkMenu);
 920       }
 921       else
 922       {
 923         add(linkMenu);
 924       }
 925     }
 926   }
 927
 928   /**
 929    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 930    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 931    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 932    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 933    * <p>
 934    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 935    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 936    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 937    * composite type name, e.g.
 938    * <p>
 939    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 940    *
 941    * @param seq
 942    */
 943   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 944           List<SequenceI> forSequences)
 945   {
 946     showMenu.removeAll();
 947     hideMenu.removeAll();
 948
 949     final List<String> all = Arrays
 950             .asList(new String[]
 951             { MessageManager.getString("label.all") });
 952     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 953             true);
 954     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 955             false);
 956     showMenu.addSeparator();
 957     hideMenu.addSeparator();
 958
 959     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 960             .getAlignmentAnnotation();
 961
 962     /*
 963      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
 964      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
 965      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
 966      * alignment.
 967      */
 968     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
 969     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
 970     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
 971             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
 972
 973     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
 974     {
 975       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
 976       {
 977         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
 978                 false, true);
 979       }
 980     }
 981     // grey out 'show annotations' if none are hidden
 982     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
 983
 984     for (String calcId : shownTypes.keySet())
 985     {
 986       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
 987       {
 988         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
 989                 false, false);
 990       }
 991     }
 992     // grey out 'hide annotations' if none are shown
 993     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
 994   }
 995
 996   /**
 997    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
 998    * is one), else the specified single sequence.
 999    *
1000    * @param seq
1001    * @return
1002    */
1003   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
1004   {
1005     List<SequenceI> forSequences = null;
1006     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
1007     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
1008     {
1009       forSequences = selectionGroup.getSequences();
1010     }
1011     else
1012     {
1013       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
1014               : Arrays.asList(seq);
1015     }
1016     return forSequences;
1017   }
1018
1019   /**
1020    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1021    * menus.
1022    *
1023    * @param showOrHideMenu
1024    *          the menu to add to
1025    * @param forSequences
1026    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1027    * @param calcId
1028    * @param types
1029    *          the label to add
1030    * @param allTypes
1031    *          if true this is a special label meaning 'All'
1032    * @param actionIsShow
1033    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1034    *          type, else hide
1035    */
1036   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1037           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1038           final List<String> types, final boolean allTypes,
1039           final boolean actionIsShow)
1040   {
1041     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1042     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
1043     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1044     item.setToolTipText(calcId);
1045     item.addActionListener(new ActionListener()
1046     {
1047       @Override
1048       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1049       {
1050         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1051                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1052         refresh();
1053       }
1054     });
1055     showOrHideMenu.add(item);
1056   }
1057
1058   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
1059   {
1060
1061     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
1062     // menu appears asap
1063     // sequence only URLs
1064     // ID/regex match URLs
1065     JMenu groupLinksMenu = new JMenu(
1066             MessageManager.getString("action.group_link"));
1067     // three types of url that might be created.
1068     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
1069         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
1070         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
1071         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1072
1073     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1074     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1075     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1076     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1077     {
1078
1079       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1080               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1081       // just collect ids from dataset sequence
1082       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1083       // current selection, too
1084       SequenceI sqi = seqs[sq];
1085       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1086       {
1087         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1088       }
1089       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRefs();
1090       if (dbr != null && dbr.length > 0)
1091       {
1092         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
1093         {
1094           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
1095           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1096           if (sarray == null)
1097           {
1098             sarray = new Object[2];
1099             sarray[0] = new int[] { 0 };
1100             sarray[1] = new String[seqs.length];
1101
1102             commonDbrefs.put(src, sarray);
1103           }
1104
1105           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1106           {
1107             if (!dbr[d].hasMap() || (dbr[d].getMap()
1108                     .locateMappedRange(start, end) != null))
1109             {
1110               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
1111               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1112             }
1113           }
1114         }
1115       }
1116     }
1117     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1118     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1119                              // to user
1120     for (String link : groupLinks)
1121     {
1122       GroupUrlLink urlLink = null;
1123       try
1124       {
1125         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1126       } catch (Exception foo)
1127       {
1128         Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1129         continue;
1130       }
1131       ;
1132       if (!urlLink.isValid())
1133       {
1134         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
1135         continue;
1136       }
1137       final String label = urlLink.getLabel();
1138       boolean usingNames = false;
1139       // Now see which parts of the group apply for this URL
1140       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1141       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
1142       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1143       if (idset != null)
1144       {
1145         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1146         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1147         seqstr = new String[numinput];
1148         ids = new String[numinput];
1149         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1150         {
1151           if (allids[sq] != null)
1152           {
1153             ids[idcount] = allids[sq];
1154             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1155           }
1156         }
1157       }
1158       else
1159       {
1160         // just use the id/seq set
1161         seqstr = idandseqs[1];
1162         ids = idandseqs[0];
1163         usingNames = true;
1164       }
1165       // and try and make the groupURL!
1166
1167       Object[] urlset = null;
1168       try
1169       {
1170         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1171                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1172       } catch (UrlStringTooLongException e)
1173       {
1174       }
1175       if (urlset != null)
1176       {
1177         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1178         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1179         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1180         addshowLink(linkMenus[type],
1181                 label + (((type & 1) == 1)
1182                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1183                         : ""),
1184                 urlLink, urlset);
1185         addMenu = true;
1186       }
1187     }
1188     if (addMenu)
1189     {
1190       groupLinksMenu = new JMenu(
1191               MessageManager.getString("action.group_link"));
1192       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1193       {
1194         if (linkMenus[m] != null
1195                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1196         {
1197           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1198         }
1199       }
1200
1201       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1202     }
1203   }
1204
1205   /**
1206    * DOCUMENT ME!
1207    *
1208    * @throws Exception
1209    *           DOCUMENT ME!
1210    */
1211   private void jbInit() throws Exception
1212   {
1213     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1214     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1215     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1216     {
1217       @Override
1218       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1219       {
1220         groupName_actionPerformed();
1221       }
1222     });
1223     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1224
1225     JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
1226             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1227     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1228     {
1229       @Override
1230       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1231       {
1232         sequenceName_actionPerformed();
1233       }
1234     });
1235     JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem(
1236             MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1237     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1238     {
1239       @Override
1240       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1241       {
1242         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1243       }
1244     });
1245     JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
1246             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1247     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1248     {
1249       @Override
1250       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1251       {
1252         createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1253       }
1254     });
1255     JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem(
1256             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1257     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1258     {
1259       @Override
1260       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1261       {
1262         createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1263       }
1264     });
1265
1266     unGroupMenuItem
1267             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1268     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1269     {
1270       @Override
1271       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1272       {
1273         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1274       }
1275     });
1276     createGroupMenuItem
1277             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1278     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1279     {
1280       @Override
1281       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1282       {
1283         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1284       }
1285     });
1286
1287     JMenuItem outline = new JMenuItem(
1288             MessageManager.getString("action.border_colour"));
1289     outline.addActionListener(new ActionListener()
1290     {
1291       @Override
1292       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1293       {
1294         outline_actionPerformed();
1295       }
1296     });
1297     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1298     showBoxes.setState(true);
1299     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1300     {
1301       @Override
1302       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1303       {
1304         showBoxes_actionPerformed();
1305       }
1306     });
1307     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1308     showText.setState(true);
1309     showText.addActionListener(new ActionListener()
1310     {
1311       @Override
1312       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1313       {
1314         showText_actionPerformed();
1315       }
1316     });
1317     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1318     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1319     {
1320       @Override
1321       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1322       {
1323         showColourText_actionPerformed();
1324       }
1325     });
1326     displayNonconserved
1327             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1328     displayNonconserved.setState(true);
1329     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1330     {
1331       @Override
1332       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1333       {
1334         showNonconserved_actionPerformed();
1335       }
1336     });
1337     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1338     JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
1339     cut.addActionListener(new ActionListener()
1340     {
1341       @Override
1342       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1343       {
1344         cut_actionPerformed();
1345       }
1346     });
1347     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1348     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1349     {
1350       @Override
1351       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1352       {
1353         changeCase(e);
1354       }
1355     });
1356     JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
1357     copy.addActionListener(new ActionListener()
1358     {
1359       @Override
1360       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1361       {
1362         copy_actionPerformed();
1363       }
1364     });
1365     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1366     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1367     {
1368       @Override
1369       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1370       {
1371         changeCase(e);
1372       }
1373     });
1374     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1375     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1376     {
1377       @Override
1378       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1379       {
1380         changeCase(e);
1381       }
1382     });
1383     outputMenu.setText(
1384             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1385     seqShowAnnotationsMenu
1386             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1387     seqHideAnnotationsMenu
1388             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1389     groupShowAnnotationsMenu
1390             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1391     groupHideAnnotationsMenu
1392             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1393     JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
1394             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1395     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1396     {
1397       @Override
1398       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1399       {
1400         sequenceFeature_actionPerformed();
1401       }
1402     });
1403     editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1404     chooseStructure.setText(
1405             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1406     chooseStructure.addActionListener(new ActionListener()
1407     {
1408       @Override
1409       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1410       {
1411         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1412         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1413         {
1414           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1415         }
1416         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1417       }
1418     });
1419
1420     rnaStructureMenu
1421             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1422
1423     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1424     JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
1425             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1426     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1427     {
1428       @Override
1429       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1430       {
1431         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
1432       }
1433     });
1434     makeReferenceSeq.setText(
1435             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1436     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1437     {
1438
1439       @Override
1440       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1441       {
1442         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1443
1444       }
1445     });
1446
1447     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1448     add(groupMenu);
1449     add(sequenceMenu);
1450     add(rnaStructureMenu);
1451     add(chooseStructure);
1452     if (forIdPanel)
1453     {
1454       JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem(
1455               MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1456       hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1457       {
1458
1459         @Override
1460         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1461         {
1462           hideInsertions_actionPerformed(e);
1463         }
1464       });
1465       add(hideInsertions);
1466     }
1467     // annotations configuration panel suppressed for now
1468     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1469
1470     /*
1471      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1472      * (if a selection group is in force).
1473      */
1474     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1475     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1476     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1477     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1478     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1479     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1480     groupMenu.add(editMenu);
1481     groupMenu.add(outputMenu);
1482     groupMenu.add(sequenceFeature);
1483     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1484     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1485     groupMenu.add(editGroupMenu);
1486     sequenceMenu.add(sequenceName);
1487     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1488     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1489
1490     initColourMenu();
1491     buildColourMenu();
1492
1493     editMenu.add(copy);
1494     editMenu.add(cut);
1495     editMenu.add(editSequence);
1496     editMenu.add(upperCase);
1497     editMenu.add(lowerCase);
1498     editMenu.add(toggle);
1499     editGroupMenu.add(groupName);
1500     editGroupMenu.add(colourMenu);
1501     editGroupMenu.add(showBoxes);
1502     editGroupMenu.add(showText);
1503     editGroupMenu.add(showColourText);
1504     editGroupMenu.add(outline);
1505     editGroupMenu.add(displayNonconserved);
1506   }
1507
1508   /**
1509    * Constructs the entries for the colour menu
1510    */
1511   protected void initColourMenu()
1512   {
1513     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1514     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1515     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1516     {
1517       @Override
1518       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1519       {
1520         textColour_actionPerformed();
1521       }
1522     });
1523
1524     abovePIDColour.setText(
1525             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1526     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1527     {
1528       @Override
1529       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1530       {
1531         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1532       }
1533     });
1534
1535     modifyPID.setText(
1536             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1537     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1538     {
1539       @Override
1540       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1541       {
1542         modifyPID_actionPerformed();
1543       }
1544     });
1545
1546     conservationMenuItem
1547             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1548     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1549     {
1550       @Override
1551       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1552       {
1553         conservationMenuItem_actionPerformed(
1554                 conservationMenuItem.isSelected());
1555       }
1556     });
1557
1558     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1559             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1560     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1561     annotationColour.setEnabled(false);
1562     annotationColour.setToolTipText(
1563             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1564
1565     modifyConservation.setText(MessageManager
1566             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1567     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1568     {
1569       @Override
1570       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1571       {
1572         modifyConservation_actionPerformed();
1573       }
1574     });
1575   }
1576
1577   /**
1578    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1579    * were loaded at startup or during the Jalview session
1580    */
1581   protected void buildColourMenu()
1582   {
1583     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1584     if (sg == null)
1585     {
1586       /*
1587        * popup menu with no sequence group scope
1588        */
1589       return;
1590     }
1591     colourMenu.removeAll();
1592     colourMenu.add(textColour);
1593     colourMenu.addSeparator();
1594
1595     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1596             false);
1597     bg.add(annotationColour);
1598     colourMenu.add(annotationColour);
1599
1600     colourMenu.addSeparator();
1601     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1602     colourMenu.add(modifyConservation);
1603     colourMenu.add(abovePIDColour);
1604     colourMenu.add(modifyPID);
1605   }
1606
1607   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1608   {
1609     SequenceGroup sg = getGroup();
1610     if (sg.cs != null)
1611     {
1612       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1613       SliderPanel.showConservationSlider();
1614     }
1615   }
1616
1617   protected void modifyPID_actionPerformed()
1618   {
1619     SequenceGroup sg = getGroup();
1620     if (sg.cs != null)
1621     {
1622       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1623       // .getName());
1624       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1625       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1626       SliderPanel.showPIDSlider();
1627     }
1628   }
1629
1630   /**
1631    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1632    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1633    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1634    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1635    * calcId, label and sequenceRef.
1636    *
1637    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1638    * (label) of the annotations that can be added.
1639    *
1640    * @param menuItem
1641    * @param forSequences
1642    */
1643   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1644           List<SequenceI> forSequences)
1645   {
1646     menuItem.setEnabled(false);
1647
1648     /*
1649      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1650      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1651      */
1652     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1653     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1654     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1655     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1656             candidates, al);
1657     if (!candidates.isEmpty())
1658     {
1659       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1660       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1661
1662       /*
1663        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1664        * configure its tooltip and action.
1665        */
1666       menuItem.setEnabled(true);
1667       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1668       {
1669         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1670       }
1671       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1672               tooltip.toString());
1673       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1674
1675       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1676       {
1677         @Override
1678         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1679         {
1680           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1681         }
1682       });
1683     }
1684   }
1685
1686   /**
1687    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1688    *
1689    * @param candidates
1690    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1691    *          of annotations to add to each sequence
1692    */
1693   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1694           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1695   {
1696     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1697     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1698     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1699             selectionGroup);
1700     refresh();
1701   }
1702
1703   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1704   {
1705     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1706     {
1707       // initialise the display flags so the user sees something happen
1708       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1709       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1710       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1711     }
1712     else
1713     {
1714       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1715       {
1716         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1717       }
1718       else
1719       {
1720         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1721       }
1722     }
1723     refresh();
1724   }
1725
1726   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1727   {
1728     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1729     BitSet inserts = new BitSet();
1730
1731     boolean markedPopup = false;
1732     // mark inserts in current selection
1733     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1734     {
1735       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1736       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1737               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1738
1739       // now clear columns without gaps
1740       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1741       {
1742         if (sq == sequence)
1743         {
1744           markedPopup = true;
1745         }
1746         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1747       }
1748       hidden.clearAndHideColumns(inserts, ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1749               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1750     }
1751
1752     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1753     else if (!markedPopup && sequence != null)
1754     {
1755       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1756
1757       // and set hidden columns accordingly
1758       hidden.hideColumns(inserts);
1759     }
1760     refresh();
1761   }
1762
1763   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1764   {
1765     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1766   }
1767
1768   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1769   {
1770     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1771     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1772     for (SequenceI seq : sequences)
1773     {
1774       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1775               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1776               new Object[]
1777               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p><p>");
1778       new SequenceAnnotationReport(false).createSequenceAnnotationReport(
1779               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1780       contents.append("</p>");
1781     }
1782     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
1783
1784     Desktop.addInternalFrame(cap,
1785             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1786                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1787                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1788                             : new Object[]
1789                             { MessageManager
1790                                     .getString("label.selection") })),
1791             500, 400);
1792
1793   }
1794
1795   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1796   {
1797     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1798     refresh();
1799   }
1800
1801   /**
1802    * call to refresh view after settings change
1803    */
1804   void refresh()
1805   {
1806     ap.updateAnnotation();
1807     // removed paintAlignment(true) here:
1808     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1809     // again
1810
1811     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1812   }
1813
1814   /*
1815    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1816    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1817    */
1818   /**
1819    * DOCUMENT ME!
1820    *
1821    * @param selected
1822    *
1823    * @param e
1824    *          DOCUMENT ME!
1825    */
1826   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1827   {
1828     SequenceGroup sg = getGroup();
1829     if (sg.cs == null)
1830     {
1831       return;
1832     }
1833
1834     if (selected)
1835     {
1836       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1837               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1838               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1839
1840       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1841               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1842
1843       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1844
1845       SliderPanel.showPIDSlider();
1846     }
1847     else
1848     // remove PIDColouring
1849     {
1850       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1851       SliderPanel.hidePIDSlider();
1852     }
1853     modifyPID.setEnabled(selected);
1854
1855     refresh();
1856   }
1857
1858   /**
1859    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1860    * to show or hide.
1861    *
1862    * @param e
1863    */
1864   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1865   {
1866     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1867     new AnnotationChooser(ap);
1868   }
1869
1870   /**
1871    * DOCUMENT ME!
1872    *
1873    * @param e
1874    *          DOCUMENT ME!
1875    */
1876   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1877   {
1878     SequenceGroup sg = getGroup();
1879     if (sg.cs == null)
1880     {
1881       return;
1882     }
1883
1884     if (selected)
1885     {
1886       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1887       Conservation c = new Conservation("Group",
1888               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1889               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1890
1891       c.calculate();
1892       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1893       sg.cs.setConservation(c);
1894
1895       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1896               sg.getName());
1897       SliderPanel.showConservationSlider();
1898     }
1899     else
1900     // remove ConservationColouring
1901     {
1902       sg.cs.setConservation(null);
1903       SliderPanel.hideConservationSlider();
1904     }
1905     modifyConservation.setEnabled(selected);
1906
1907     refresh();
1908   }
1909
1910   /**
1911    * DOCUMENT ME!
1912    *
1913    * @param e
1914    *          DOCUMENT ME!
1915    */
1916   protected void groupName_actionPerformed()
1917   {
1918
1919     SequenceGroup sg = getGroup();
1920     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1921             sg.getDescription(),
1922             "       " + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",
1923             MessageManager.getString("label.group_description") + " ",
1924             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1925             ap.alignFrame);
1926
1927     if (!dialog.accept)
1928     {
1929       return;
1930     }
1931
1932     sg.setName(dialog.getName());
1933     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1934     refresh();
1935   }
1936
1937   /**
1938    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1939    *
1940    * @return sequence group to operate on
1941    */
1942   SequenceGroup getGroup()
1943   {
1944     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1945     // this method won't add a new group if it already exists
1946     if (sg != null)
1947     {
1948       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1949     }
1950
1951     return sg;
1952   }
1953
1954   /**
1955    * Shows a dialog where the sequence name and description may be edited. If a
1956    * name containing spaces is entered, these are converted to underscores, with a
1957    * warning message.
1958    */
1959   void sequenceName_actionPerformed()
1960   {
1961     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1962             sequence.getDescription(),
1963             "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name")
1964                     + " ",
1965             MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ",
1966             MessageManager.getString(
1967                     "label.edit_sequence_name_description"),
1968             ap.alignFrame);
1969
1970     if (!dialog.accept)
1971     {
1972       return;
1973     }
1974
1975     String name = dialog.getName();
1976     if (name != null)
1977     {
1978       if (name.indexOf(" ") > -1)
1979       {
1980         JvOptionPane.showMessageDialog(ap,
1981                 MessageManager
1982                         .getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),
1983                 MessageManager
1984                         .getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
1985                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1986         name = name.replace(' ', '_');
1987       }
1988
1989       sequence.setName(name);
1990       ap.paintAlignment(false, false);
1991     }
1992
1993     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1994
1995     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
1996             ap.av.getAlignment().getSequences());
1997
1998   }
1999
2000   /**
2001    * DOCUMENT ME!
2002    *
2003    * @param e
2004    *          DOCUMENT ME!
2005    */
2006   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
2007   {
2008     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2009     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
2010     ap.av.setSelectionGroup(null);
2011     refresh();
2012   }
2013
2014   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
2015   {
2016     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
2017                 // standard alignment window logic for this
2018     refresh();
2019   }
2020
2021   /**
2022    * DOCUMENT ME!
2023    *
2024    * @param e
2025    *          DOCUMENT ME!
2026    */
2027   protected void outline_actionPerformed()
2028   {
2029     SequenceGroup sg = getGroup();
2030     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
2031             MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),
2032             Color.BLUE);
2033
2034     if (col != null)
2035     {
2036       sg.setOutlineColour(col);
2037     }
2038
2039     refresh();
2040   }
2041
2042   /**
2043    * DOCUMENT ME!
2044    *
2045    * @param e
2046    *          DOCUMENT ME!
2047    */
2048   public void showBoxes_actionPerformed()
2049   {
2050     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2051     refresh();
2052   }
2053
2054   /**
2055    * DOCUMENT ME!
2056    *
2057    * @param e
2058    *          DOCUMENT ME!
2059    */
2060   public void showText_actionPerformed()
2061   {
2062     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2063     refresh();
2064   }
2065
2066   /**
2067    * DOCUMENT ME!
2068    *
2069    * @param e
2070    *          DOCUMENT ME!
2071    */
2072   public void showColourText_actionPerformed()
2073   {
2074     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2075     refresh();
2076   }
2077
2078   void hideSequences(boolean representGroup)
2079   {
2080     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2081   }
2082
2083   public void copy_actionPerformed()
2084   {
2085     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
2086   }
2087
2088   public void cut_actionPerformed()
2089   {
2090     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
2091   }
2092
2093   void changeCase(ActionEvent e)
2094   {
2095     Object source = e.getSource();
2096     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2097
2098     if (sg != null)
2099     {
2100       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2101               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2102
2103       String description;
2104       int caseChange;
2105
2106       if (source == toggle)
2107       {
2108         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2109         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2110       }
2111       else if (source == upperCase)
2112       {
2113         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2114         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2115       }
2116       else
2117       {
2118         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2119         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2120       }
2121
2122       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2123               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2124               startEnd, caseChange);
2125
2126       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2127
2128       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2129               ap.av.getAlignment().getSequences());
2130
2131     }
2132   }
2133
2134   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2135   {
2136     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2137     cap.setForInput(null);
2138     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2139             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2140             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2141
2142     String[] omitHidden = null;
2143
2144     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2145     // or we simply trust the user wants
2146     // wysiwig behaviour
2147
2148     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2149             .forName(e.getActionCommand());
2150     cap.setText(
2151             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2152   }
2153
2154   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2155   {
2156     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2157     if (sg == null)
2158     {
2159       return;
2160     }
2161
2162     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2163     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2164
2165     /*
2166      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2167      * for the amend features dialog
2168      */
2169     int gSize = sg.getSize();
2170     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2171     {
2172       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2173       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2174       if (start <= end)
2175       {
2176         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2177         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2178       }
2179     }
2180
2181     /*
2182      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2183      */
2184     if (!seqs.isEmpty())
2185     {
2186       if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer()
2187               .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
2188       {
2189         ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
2190         ap.av.setSearchResults(null); // clear highlighting
2191         ap.repaint(); // draw new/amended features
2192       }
2193     }
2194   }
2195
2196   public void textColour_actionPerformed()
2197   {
2198     SequenceGroup sg = getGroup();
2199     if (sg != null)
2200     {
2201       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2202     }
2203   }
2204
2205   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
2206   {
2207     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2208
2209     SequenceI seq = sequence;
2210     if (sg != null)
2211     {
2212       if (seq == null)
2213       {
2214         seq = sg.getSequenceAt(0);
2215       }
2216
2217       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2218               seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
2219                       sg.getEndRes() + 1),
2220               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,
2221               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2222               ap.alignFrame);
2223
2224       if (dialog.accept)
2225       {
2226         EditCommand editCommand = new EditCommand(
2227                 MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2228                 Action.REPLACE,
2229                 dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
2230                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2231                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
2232
2233         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2234
2235         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2236                 ap.av.getAlignment().getSequences());
2237       }
2238     }
2239   }
2240
2241   /**
2242    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2243    * its bespoke action handler)
2244    *
2245    * @return
2246    */
2247   @Override
2248   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2249   {
2250     SequenceGroup sg = getGroup();
2251     /*
2252      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2253      */
2254     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2255             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2256                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2257     sg.setColourScheme(colourScheme);
2258     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2259             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2260     {
2261       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2262               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2263               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2264     }
2265
2266     refresh();
2267   }
2268
2269 }