src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.util.ArrayList;
  28 import java.util.Arrays;
  29 import java.util.BitSet;
  30 import java.util.Collection;
  31 import java.util.Collections;
  32 import java.util.Hashtable;
  33 import java.util.LinkedHashMap;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Locale;
  36 import java.util.Map;
  37 import java.util.Objects;
  38 import java.util.SortedMap;
  39 import java.util.TreeMap;
  40 import java.util.Vector;
  41
  42 import javax.swing.ButtonGroup;
  43 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  44 import javax.swing.JInternalFrame;
  45 import javax.swing.JLabel;
  46 import javax.swing.JMenu;
  47 import javax.swing.JMenuItem;
  48 import javax.swing.JPanel;
  49 import javax.swing.JPopupMenu;
  50 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52
  53 import jalview.analysis.AAFrequency;
  54 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  55 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  56 import jalview.analysis.Conservation;
  57 import jalview.api.AlignViewportI;
  58 import jalview.bin.Console;
  59 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  60 import jalview.commands.EditCommand;
  61 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  62 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  63 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  64 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  65 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  66 import jalview.datamodel.MappedFeatures;
  67 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  68 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  69 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  70 import jalview.datamodel.SequenceI;
  71 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  72 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  73 import jalview.io.FileFormatI;
  74 import jalview.io.FileFormats;
  75 import jalview.io.FormatAdapter;
  76 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  77 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  78 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  79 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  80 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  81 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  82 import jalview.util.Comparison;
  83 import jalview.util.GroupUrlLink;
  84 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  85 import jalview.util.MessageManager;
  86 import jalview.util.Platform;
  87 import jalview.util.StringUtils;
  88 import jalview.util.UrlLink;
  89 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel;
  90
  91 /**
  92  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  93  * sequence alignment.
  94  */
  95 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  96 {
  97   /*
  98    * maximum length of feature description to include in popup menu item text
  99    */
 100   private static final int FEATURE_DESC_MAX = 40;
 101
 102   /*
 103    * true for ID Panel menu, false for alignment panel menu
 104    */
 105   private final boolean forIdPanel;
 106
 107   private final AlignmentPanel ap;
 108
 109   /*
 110    * the sequence under the cursor when clicked
 111    * (additional sequences may be selected)
 112    */
 113   private final SequenceI sequence;
 114
 115   JMenu groupMenu = new JMenu();
 116
 117   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
 118
 119   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 120
 121   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
 122
 123   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 124
 125   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 126
 127   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 128
 129   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 132
 133   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 134
 135   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 136
 137   JMenu colourMenu = new JMenu();
 138
 139   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 140
 141   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 142
 143   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 144
 145   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 146
 147   JMenu editMenu = new JMenu();
 148
 149   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 150
 151   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 152
 153   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 154
 155   JMenu outputMenu = new JMenu();
 156
 157   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 158
 159   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 160
 161   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 162           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 163
 164   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 165
 166   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 167
 168   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 169           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 170
 171   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 172
 173   JMenu editGroupMenu = new JMenu();
 174
 175   JMenuItem chooseStructure = new JMenuItem();
 176
 177   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 178
 179   /**
 180    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 181    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 182    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 183    * preferences.
 184    *
 185    * @param seq
 186    * @param features
 187    * @return
 188    */
 189   protected static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 190           List<SequenceFeature> features)
 191   {
 192     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 193
 194     List<String> nlinks = null;
 195     if (seq != null)
 196     {
 197       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 198       UrlLink.sort(nlinks);
 199     }
 200     else
 201     {
 202       nlinks = new ArrayList<>();
 203     }
 204
 205     if (features != null)
 206     {
 207       for (SequenceFeature sf : features)
 208       {
 209         if (sf.links != null)
 210         {
 211           for (String link : sf.links)
 212           {
 213             nlinks.add(link);
 214           }
 215         }
 216       }
 217     }
 218
 219     /*
 220      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 221      * note the order of the templates is preserved in the map
 222      */
 223     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 224     for (String link : nlinks)
 225     {
 226       UrlLink urlLink = null;
 227       try
 228       {
 229         urlLink = new UrlLink(link);
 230       } catch (Exception foo)
 231       {
 232         Console.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 233         continue;
 234       }
 235
 236       if (!urlLink.isValid())
 237       {
 238         Console.error(urlLink.getInvalidMessage());
 239         continue;
 240       }
 241
 242       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 243     }
 244
 245     /*
 246      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 247      * the order of the sorted templates)
 248      */
 249     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 250
 251     return linkMenu;
 252   }
 253
 254   /**
 255    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 256    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 257    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 258    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 259    *
 260    * @param linkMenu
 261    * @param linkset
 262    */
 263   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 264           Collection<List<String>> linkset)
 265   {
 266     for (List<String> linkstrset : linkset)
 267     {
 268       final String url = linkstrset.get(3);
 269       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 270       item.setToolTipText(MessageManager
 271               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 272               { url }));
 273       item.addActionListener(new ActionListener()
 274       {
 275         @Override
 276         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 277         {
 278           new Thread(new Runnable()
 279           {
 280             @Override
 281             public void run()
 282             {
 283               showLink(url);
 284             }
 285           }).start();
 286         }
 287       });
 288       linkMenu.add(item);
 289     }
 290   }
 291
 292   /**
 293    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 294    * message if this fails
 295    *
 296    * @param url
 297    */
 298   static void showLink(String url)
 299   {
 300     try
 301     {
 302       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 303     } catch (Exception ex)
 304     {
 305       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 306               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 307               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 308               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 309
 310       ex.printStackTrace();
 311     }
 312   }
 313
 314   /**
 315    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 316    *
 317    * @param linkMenu
 318    * @param label
 319    *          - menu label string
 320    * @param urlgenerator
 321    *          GroupURLLink used to generate URL
 322    * @param urlstub
 323    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 324    */
 325   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 326           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 327   {
 328     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 329     item.setToolTipText(MessageManager
 330             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 331             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 332                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 333     // TODO: put in info about what is being sent.
 334     item.addActionListener(new ActionListener()
 335     {
 336       @Override
 337       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 338       {
 339         new Thread(new Runnable()
 340         {
 341
 342           @Override
 343           public void run()
 344           {
 345             try
 346             {
 347               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 348             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 349             {
 350             }
 351           }
 352
 353         }).start();
 354       }
 355     });
 356
 357     linkMenu.add(item);
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Constructor for a PopupMenu for a click in the alignment panel (on a
 362    * residue)
 363    *
 364    * @param ap
 365    *          the panel in which the mouse is clicked
 366    * @param seq
 367    *          the sequence under the mouse
 368    * @throws NullPointerException
 369    *           if seq is null
 370    */
 371   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq, int column)
 372   {
 373     this(false, ap, seq, column, null);
 374   }
 375
 376   /**
 377    * Constructor for a PopupMenu for a click in the sequence id panel
 378    *
 379    * @param alignPanel
 380    *          the panel in which the mouse is clicked
 381    * @param seq
 382    *          the sequence under the mouse click
 383    * @param groupLinks
 384    *          templates for sequence external links
 385    * @throws NullPointerException
 386    *           if seq is null
 387    */
 388   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 389           List<String> groupLinks)
 390   {
 391     this(true, alignPanel, seq, -1, groupLinks);
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Private constructor that constructs a popup menu for either sequence ID
 396    * Panel, or alignment context
 397    *
 398    * @param fromIdPanel
 399    * @param alignPanel
 400    * @param seq
 401    * @param column
 402    *          aligned column position (0...)
 403    * @param groupLinks
 404    */
 405   private PopupMenu(boolean fromIdPanel, final AlignmentPanel alignPanel,
 406           final SequenceI seq, final int column, List<String> groupLinks)
 407   {
 408     Objects.requireNonNull(seq);
 409     this.forIdPanel = fromIdPanel;
 410     this.ap = alignPanel;
 411     sequence = seq;
 412
 413     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 414     {
 415       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 416
 417       item.addActionListener(new ActionListener()
 418       {
 419         @Override
 420         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 421         {
 422           outputText_actionPerformed(e);
 423         }
 424       });
 425
 426       outputMenu.add(item);
 427     }
 428
 429     /*
 430      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 431      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 432      * currently selected sequence (if there is one):
 433      */
 434     final List<SequenceI> selectedSequence = (forIdPanel && seq != null
 435             ? Arrays.asList(seq)
 436             : Collections.<SequenceI> emptyList());
 437     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 438             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 439     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 440             selectedSequence);
 441
 442     /*
 443      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 444      */
 445     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av
 446             .getSelectionGroup() == null
 447                     ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 448                     : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 449     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 450             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 451     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 452             selectedGroup);
 453
 454     try
 455     {
 456       jbInit();
 457     } catch (Exception e)
 458     {
 459       e.printStackTrace();
 460     }
 461
 462     if (forIdPanel)
 463     {
 464       JMenuItem menuItem;
 465       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 466       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 467       {
 468         makeReferenceSeq.setText(
 469                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 470       }
 471       else
 472       {
 473         makeReferenceSeq.setText(
 474                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 475       }
 476
 477       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 478       {
 479         remove(rnaStructureMenu);
 480       }
 481       else
 482       {
 483         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 484         /*
 485          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 486          * structure annotation
 487          */
 488         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 489                 .getAlignmentAnnotation();
 490         if (aas != null)
 491         {
 492           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 493           {
 494             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 495             {
 496               /*
 497                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 498                */
 499               menuItem = new JMenuItem();
 500               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 501                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 502                       { aa.label }));
 503               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 504               {
 505                 @Override
 506                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 507                 {
 508                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 509                 }
 510               });
 511               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 512             }
 513           }
 514         }
 515
 516         if (seq.getAnnotation() != null)
 517         {
 518           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 519           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 520           {
 521             if (aa.isValidStruc())
 522             {
 523               /*
 524                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 525                */
 526               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 527               menuItem = new JMenuItem();
 528               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 529                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 530                       { seq.getName() }));
 531               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 532               {
 533                 @Override
 534                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 535                 {
 536                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 537                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 538                 }
 539               });
 540               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 541             }
 542           }
 543         }
 544         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 545         {
 546           remove(rnaStructureMenu);
 547         }
 548       }
 549
 550       menuItem = new JMenuItem(
 551               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 552       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 553       {
 554         @Override
 555         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 556         {
 557           hideSequences(false);
 558         }
 559       });
 560       add(menuItem);
 561
 562       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 563               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 564       {
 565         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 566                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 567                 { seq.getName() }));
 568         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 569         {
 570           @Override
 571           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 572           {
 573             hideSequences(true);
 574           }
 575         });
 576         sequenceMenu.add(menuItem);
 577       }
 578
 579       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 580       {
 581         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 582
 583         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 584                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 585         {
 586           menuItem = new JMenuItem(
 587                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 588           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 589           {
 590             @Override
 591             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 592             {
 593               alignPanel.av.showSequence(index);
 594               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 595               {
 596                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 597               }
 598             }
 599           });
 600           add(menuItem);
 601         }
 602       }
 603     }
 604
 605     /*
 606      * offer 'Reveal All'
 607      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 608      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 609      */
 610     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 611     {
 612       boolean addOption = seq != null;
 613       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 614       {
 615         addOption = true;
 616       }
 617       if (addOption)
 618       {
 619         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(
 620                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 621         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 622         {
 623           @Override
 624           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 625           {
 626             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 627             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 628             {
 629               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 630             }
 631           }
 632         });
 633         add(menuItem);
 634       }
 635     }
 636
 637     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 638     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 639             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 640             : false;
 641
 642     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 643     {
 644       groupName.setText(MessageManager
 645               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 646
 647       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 648
 649       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 650
 651       if (sg.cs != null)
 652       {
 653         if (sg.cs.conservationApplied())
 654         {
 655           conservationMenuItem.setSelected(true);
 656         }
 657         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 658         {
 659           abovePIDColour.setSelected(true);
 660         }
 661       }
 662       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 663       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 664       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 665       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 666       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 667       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 668       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 669       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 670       {
 671         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 672       }
 673       // Add a 'show all structures' for the current selection
 674       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(),
 675               reppdb = new Hashtable<>();
 676
 677       SequenceI sqass = null;
 678       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 679       {
 680         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 681         if (pes != null && pes.size() > 0)
 682         {
 683           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 684           for (PDBEntry pe : pes)
 685           {
 686             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 687             if (sqass == null)
 688             {
 689               sqass = sq;
 690             }
 691           }
 692         }
 693       }
 694       if (pdbe.size() > 0)
 695       {
 696         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 697                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 698                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 699         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 700       }
 701     }
 702     else
 703     {
 704       groupMenu.setVisible(false);
 705       editMenu.setVisible(false);
 706     }
 707
 708     if (!isDefinedGroup)
 709     {
 710       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 711       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 712       editGroupMenu
 713               .setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 714     }
 715     else
 716     {
 717       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 718       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 719       editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 720     }
 721
 722     if (!forIdPanel)
 723     {
 724       sequenceMenu.setVisible(false);
 725       chooseStructure.setVisible(false);
 726       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 727     }
 728
 729     addLinksAndFeatures(seq, column);
 730   }
 731
 732   /**
 733    * Adds
 734    * <ul>
 735    * <li>configured sequence database links (ID panel popup menu)</li>
 736    * <li>non-positional feature links (ID panel popup menu)</li>
 737    * <li>positional feature links (alignment panel popup menu)</li>
 738    * <li>feature details links (alignment panel popup menu)</li>
 739    * </ul>
 740    * If this panel is also showed complementary (CDS/protein) features, then
 741    * links to their feature details are also added.
 742    *
 743    * @param seq
 744    * @param column
 745    */
 746   void addLinksAndFeatures(final SequenceI seq, final int column)
 747   {
 748     List<SequenceFeature> features = null;
 749     if (forIdPanel)
 750     {
 751       features = sequence.getFeatures().getNonPositionalFeatures();
 752     }
 753     else
 754     {
 755       features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtColumn(sequence,
 756               column + 1);
 757     }
 758
 759     addLinks(seq, features);
 760
 761     if (!forIdPanel)
 762     {
 763       addFeatureDetails(features, seq, column);
 764     }
 765   }
 766
 767   /**
 768    * Add a menu item to show feature details for each sequence feature. Any
 769    * linked 'virtual' features (CDS/protein) are also optionally found and
 770    * included.
 771    *
 772    * @param features
 773    * @param seq
 774    * @param column
 775    */
 776   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features,
 777           final SequenceI seq, final int column)
 778   {
 779     /*
 780      * add features in CDS/protein complement at the corresponding
 781      * position if configured to do so
 782      */
 783     MappedFeatures mf = null;
 784     if (ap.av.isShowComplementFeatures())
 785     {
 786       if (!Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column)))
 787       {
 788         AlignViewportI complement = ap.getAlignViewport()
 789                 .getCodingComplement();
 790         AlignFrame af = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
 791         FeatureRendererModel fr2 = af.getFeatureRenderer();
 792         int seqPos = sequence.findPosition(column);
 793         mf = fr2.findComplementFeaturesAtResidue(sequence, seqPos);
 794       }
 795     }
 796
 797     if (features.isEmpty() && mf == null)
 798     {
 799       /*
 800        * no features to show at this position
 801        */
 802       return;
 803     }
 804
 805     JMenu details = new JMenu(
 806             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 807     add(details);
 808
 809     String name = seq.getName();
 810     for (final SequenceFeature sf : features)
 811     {
 812       addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, null);
 813     }
 814
 815     if (mf != null)
 816     {
 817       for (final SequenceFeature sf : mf.features)
 818       {
 819         addFeatureDetailsMenuItem(details, name, sf, mf);
 820       }
 821     }
 822   }
 823
 824   /**
 825    * A helper method to add one menu item whose action is to show details for
 826    * one feature. The menu text includes feature description, but this may be
 827    * truncated.
 828    *
 829    * @param details
 830    * @param seqName
 831    * @param sf
 832    * @param mf
 833    */
 834   void addFeatureDetailsMenuItem(JMenu details, final String seqName,
 835           final SequenceFeature sf, MappedFeatures mf)
 836   {
 837     int start = sf.getBegin();
 838     int end = sf.getEnd();
 839     if (mf != null)
 840     {
 841       /*
 842        * show local rather than linked feature coordinates
 843        */
 844       int[] localRange = mf.getMappedPositions(start, end);
 845       if (localRange == null)
 846       {
 847         // e.g. variant extending to stop codon so not mappable
 848         return;
 849       }
 850       start = localRange[0];
 851       end = localRange[localRange.length - 1];
 852     }
 853     StringBuilder desc = new StringBuilder();
 854     desc.append(sf.getType()).append(" ").append(String.valueOf(start));
 855     if (start != end)
 856     {
 857       desc.append(sf.isContactFeature() ? ":" : "-");
 858       desc.append(String.valueOf(end));
 859     }
 860     String description = sf.getDescription();
 861     if (description != null)
 862     {
 863       desc.append(" ");
 864       description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 865
 866       /*
 867        * truncate overlong descriptions unless they contain an href
 868        * (as truncation could leave corrupted html)
 869        */
 870       boolean hasLink = description.indexOf("a href") > -1;
 871       if (description.length() > FEATURE_DESC_MAX && !hasLink)
 872       {
 873         description = description.substring(0, FEATURE_DESC_MAX) + "...";
 874       }
 875       desc.append(description);
 876     }
 877     String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 878     if (featureGroup != null)
 879     {
 880       desc.append(" (").append(featureGroup).append(")");
 881     }
 882     String htmlText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, desc.toString());
 883     JMenuItem item = new JMenuItem(htmlText);
 884     item.addActionListener(new ActionListener()
 885     {
 886       @Override
 887       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 888       {
 889         showFeatureDetails(sf, seqName, mf);
 890       }
 891     });
 892     details.add(item);
 893   }
 894
 895   /**
 896    * Opens a panel showing a text report of feature details
 897    *
 898    * @param sf
 899    * @param seqName
 900    * @param mf
 901    */
 902   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf, String seqName,
 903           MappedFeatures mf)
 904   {
 905     JInternalFrame details;
 906     if (Platform.isJS())
 907     {
 908       details = new JInternalFrame();
 909       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 910       panel.setOpaque(true);
 911       panel.setBackground(Color.white);
 912       // TODO JAL-3026 set style of table correctly for feature details
 913       JLabel reprt = new JLabel(MessageManager
 914               .formatMessage("label.html_content", new Object[]
 915               { sf.getDetailsReport(seqName, mf) }));
 916       reprt.setBackground(Color.WHITE);
 917       reprt.setOpaque(true);
 918       panel.add(reprt, BorderLayout.CENTER);
 919       details.setContentPane(panel);
 920       details.pack();
 921     }
 922     else
 923     /**
 924      * Java only
 925      *
 926      * @j2sIgnore
 927      */
 928     {
 929       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 930       // it appears Java's CSS does not support border-collapse :-(
 931       cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 932       cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 933       cap.setText(sf.getDetailsReport(seqName, mf));
 934       details = cap;
 935     }
 936     Desktop.addInternalFrame(details,
 937             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 938   }
 939
 940   /**
 941    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 942    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 943    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 944    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 945    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 946    *
 947    * @param seq
 948    * @param features
 949    */
 950   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 951   {
 952     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(forIdPanel ? seq : null, features);
 953
 954     // only add link menu if it has entries
 955     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 956     {
 957       if (forIdPanel)
 958       {
 959         sequenceMenu.add(linkMenu);
 960       }
 961       else
 962       {
 963         add(linkMenu);
 964       }
 965     }
 966   }
 967
 968   /**
 969    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 970    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 971    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 972    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 973    * <p>
 974    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 975    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 976    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 977    * composite type name, e.g.
 978    * <p>
 979    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 980    *
 981    * @param seq
 982    */
 983   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 984           List<SequenceI> forSequences)
 985   {
 986     showMenu.removeAll();
 987     hideMenu.removeAll();
 988
 989     final List<String> all = Arrays
 990             .asList(new String[]
 991             { MessageManager.getString("label.all") });
 992     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 993             true);
 994     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 995             false);
 996     showMenu.addSeparator();
 997     hideMenu.addSeparator();
 998
 999     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1000             .getAlignmentAnnotation();
1001
1002     /*
1003      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1004      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1005      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1006      * alignment.
1007      */
1008     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
1009     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
1010     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
1011             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
1012
1013     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1014     {
1015       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1016       {
1017         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
1018                 false, true);
1019       }
1020     }
1021     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1022     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1023
1024     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1025     {
1026       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1027       {
1028         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
1029                 false, false);
1030       }
1031     }
1032     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1033     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1034   }
1035
1036   /**
1037    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
1038    * is one), else the specified single sequence.
1039    *
1040    * @param seq
1041    * @return
1042    */
1043   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
1044   {
1045     List<SequenceI> forSequences = null;
1046     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
1047     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
1048     {
1049       forSequences = selectionGroup.getSequences();
1050     }
1051     else
1052     {
1053       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
1054               : Arrays.asList(seq);
1055     }
1056     return forSequences;
1057   }
1058
1059   /**
1060    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1061    * menus.
1062    *
1063    * @param showOrHideMenu
1064    *          the menu to add to
1065    * @param forSequences
1066    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1067    * @param calcId
1068    * @param types
1069    *          the label to add
1070    * @param allTypes
1071    *          if true this is a special label meaning 'All'
1072    * @param actionIsShow
1073    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1074    *          type, else hide
1075    */
1076   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1077           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1078           final List<String> types, final boolean allTypes,
1079           final boolean actionIsShow)
1080   {
1081     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1082     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
1083     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1084     item.setToolTipText(calcId);
1085     item.addActionListener(new ActionListener()
1086     {
1087       @Override
1088       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1089       {
1090         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
1091                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
1092         refresh();
1093       }
1094     });
1095     showOrHideMenu.add(item);
1096   }
1097
1098   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
1099   {
1100
1101     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
1102     // menu appears asap
1103     // sequence only URLs
1104     // ID/regex match URLs
1105     JMenu groupLinksMenu = new JMenu(
1106             MessageManager.getString("action.group_link"));
1107     // three types of url that might be created.
1108     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
1109         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
1110         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
1111         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1112
1113     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1114     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1115     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1116     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1117     {
1118
1119       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1120               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1121       // just collect ids from dataset sequence
1122       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1123       // current selection, too
1124       SequenceI sqi = seqs[sq];
1125       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1126       {
1127         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1128       }
1129       List<DBRefEntry> dbr = sqi.getDBRefs();
1130       int nd;
1131       if (dbr != null && (nd = dbr.size()) > 0)
1132       {
1133         for (int d = 0; d < nd; d++)
1134         {
1135           DBRefEntry e = dbr.get(d);
1136           String src = e.getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase(Locale.ROOT);
1137           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1138           if (sarray == null)
1139           {
1140             sarray = new Object[2];
1141             sarray[0] = new int[] { 0 };
1142             sarray[1] = new String[seqs.length];
1143
1144             commonDbrefs.put(src, sarray);
1145           }
1146
1147           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1148           {
1149             if (!e.hasMap()
1150                     || (e.getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
1151             {
1152               ((String[]) sarray[1])[sq] = e.getAccessionId();
1153               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1154             }
1155           }
1156         }
1157       }
1158     }
1159     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1160     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1161                              // to user
1162     for (String link : groupLinks)
1163     {
1164       GroupUrlLink urlLink = null;
1165       try
1166       {
1167         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1168       } catch (Exception foo)
1169       {
1170         Console.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1171         continue;
1172       }
1173       if (!urlLink.isValid())
1174       {
1175         Console.error(urlLink.getInvalidMessage());
1176         continue;
1177       }
1178       final String label = urlLink.getLabel();
1179       boolean usingNames = false;
1180       // Now see which parts of the group apply for this URL
1181       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1182       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase(Locale.ROOT));
1183       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1184       if (idset != null)
1185       {
1186         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1187         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1188         seqstr = new String[numinput];
1189         ids = new String[numinput];
1190         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1191         {
1192           if (allids[sq] != null)
1193           {
1194             ids[idcount] = allids[sq];
1195             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1196           }
1197         }
1198       }
1199       else
1200       {
1201         // just use the id/seq set
1202         seqstr = idandseqs[1];
1203         ids = idandseqs[0];
1204         usingNames = true;
1205       }
1206       // and try and make the groupURL!
1207
1208       Object[] urlset = null;
1209       try
1210       {
1211         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1212                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1213       } catch (UrlStringTooLongException e)
1214       {
1215       }
1216       if (urlset != null)
1217       {
1218         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1219         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1220         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1221         addshowLink(linkMenus[type],
1222                 label + (((type & 1) == 1)
1223                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1224                         : ""),
1225                 urlLink, urlset);
1226         addMenu = true;
1227       }
1228     }
1229     if (addMenu)
1230     {
1231       groupLinksMenu = new JMenu(
1232               MessageManager.getString("action.group_link"));
1233       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1234       {
1235         if (linkMenus[m] != null
1236                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1237         {
1238           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1239         }
1240       }
1241
1242       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1243     }
1244   }
1245
1246   /**
1247    * DOCUMENT ME!
1248    *
1249    * @throws Exception
1250    *           DOCUMENT ME!
1251    */
1252   private void jbInit() throws Exception
1253   {
1254     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1255     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1256     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1257     {
1258       @Override
1259       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1260       {
1261         groupName_actionPerformed();
1262       }
1263     });
1264     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1265
1266     JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
1267             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1268     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1269     {
1270       @Override
1271       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1272       {
1273         sequenceName_actionPerformed();
1274       }
1275     });
1276     JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem(
1277             MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1278     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1279     {
1280       @Override
1281       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1282       {
1283         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1284       }
1285     });
1286     JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
1287             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1288     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1289     {
1290       @Override
1291       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1292       {
1293         createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1294       }
1295     });
1296     JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem(
1297             MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1298     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1299     {
1300       @Override
1301       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1302       {
1303         createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1304       }
1305     });
1306
1307     unGroupMenuItem
1308             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1309     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1310     {
1311       @Override
1312       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1313       {
1314         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1315       }
1316     });
1317     createGroupMenuItem
1318             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1319     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1320     {
1321       @Override
1322       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1323       {
1324         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1325       }
1326     });
1327
1328     JMenuItem outline = new JMenuItem(
1329             MessageManager.getString("action.border_colour"));
1330     outline.addActionListener(new ActionListener()
1331     {
1332       @Override
1333       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1334       {
1335         outline_actionPerformed();
1336       }
1337     });
1338     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1339     showBoxes.setState(true);
1340     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1341     {
1342       @Override
1343       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1344       {
1345         showBoxes_actionPerformed();
1346       }
1347     });
1348     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1349     showText.setState(true);
1350     showText.addActionListener(new ActionListener()
1351     {
1352       @Override
1353       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1354       {
1355         showText_actionPerformed();
1356       }
1357     });
1358     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1359     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1360     {
1361       @Override
1362       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1363       {
1364         showColourText_actionPerformed();
1365       }
1366     });
1367     displayNonconserved
1368             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1369     displayNonconserved.setState(true);
1370     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1371     {
1372       @Override
1373       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1374       {
1375         showNonconserved_actionPerformed();
1376       }
1377     });
1378     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1379     JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
1380     cut.addActionListener(new ActionListener()
1381     {
1382       @Override
1383       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1384       {
1385         cut_actionPerformed();
1386       }
1387     });
1388     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1389     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1390     {
1391       @Override
1392       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1393       {
1394         changeCase(e);
1395       }
1396     });
1397     JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
1398     copy.addActionListener(new ActionListener()
1399     {
1400       @Override
1401       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1402       {
1403         copy_actionPerformed();
1404       }
1405     });
1406     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1407     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1408     {
1409       @Override
1410       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1411       {
1412         changeCase(e);
1413       }
1414     });
1415     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1416     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1417     {
1418       @Override
1419       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1420       {
1421         changeCase(e);
1422       }
1423     });
1424     outputMenu.setText(
1425             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1426     seqShowAnnotationsMenu
1427             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1428     seqHideAnnotationsMenu
1429             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1430     groupShowAnnotationsMenu
1431             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1432     groupHideAnnotationsMenu
1433             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1434     JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
1435             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1436     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1437     {
1438       @Override
1439       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1440       {
1441         sequenceFeature_actionPerformed();
1442       }
1443     });
1444     editGroupMenu.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1445     chooseStructure.setText(
1446             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1447     chooseStructure.addActionListener(new ActionListener()
1448     {
1449       @Override
1450       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1451       {
1452         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1453         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1454         {
1455           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1456         }
1457         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1458       }
1459     });
1460
1461     rnaStructureMenu
1462             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1463
1464     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1465     JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
1466             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1467     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1468     {
1469       @Override
1470       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1471       {
1472         editSequence_actionPerformed();
1473       }
1474     });
1475     makeReferenceSeq.setText(
1476             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1477     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1478     {
1479
1480       @Override
1481       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1482       {
1483         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1484
1485       }
1486     });
1487
1488     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1489     add(groupMenu);
1490     add(sequenceMenu);
1491     add(rnaStructureMenu);
1492     add(chooseStructure);
1493     if (forIdPanel)
1494     {
1495       JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem(
1496               MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1497       hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1498       {
1499
1500         @Override
1501         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1502         {
1503           hideInsertions_actionPerformed(e);
1504         }
1505       });
1506       add(hideInsertions);
1507     }
1508     // annotations configuration panel suppressed for now
1509     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1510
1511     /*
1512      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1513      * (if a selection group is in force).
1514      */
1515     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1516     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1517     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1518     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1519     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1520     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1521     groupMenu.add(editMenu);
1522     groupMenu.add(outputMenu);
1523     groupMenu.add(sequenceFeature);
1524     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1525     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1526     groupMenu.add(editGroupMenu);
1527     sequenceMenu.add(sequenceName);
1528     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1529     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1530
1531     initColourMenu();
1532     buildColourMenu();
1533
1534     editMenu.add(copy);
1535     editMenu.add(cut);
1536     editMenu.add(editSequence);
1537     editMenu.add(upperCase);
1538     editMenu.add(lowerCase);
1539     editMenu.add(toggle);
1540     editGroupMenu.add(groupName);
1541     editGroupMenu.add(colourMenu);
1542     editGroupMenu.add(showBoxes);
1543     editGroupMenu.add(showText);
1544     editGroupMenu.add(showColourText);
1545     editGroupMenu.add(outline);
1546     editGroupMenu.add(displayNonconserved);
1547   }
1548
1549   /**
1550    * Constructs the entries for the colour menu
1551    */
1552   protected void initColourMenu()
1553   {
1554     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1555     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1556     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1557     {
1558       @Override
1559       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1560       {
1561         textColour_actionPerformed();
1562       }
1563     });
1564
1565     abovePIDColour.setText(
1566             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1567     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1568     {
1569       @Override
1570       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1571       {
1572         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1573       }
1574     });
1575
1576     modifyPID.setText(
1577             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1578     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1579     {
1580       @Override
1581       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1582       {
1583         modifyPID_actionPerformed();
1584       }
1585     });
1586
1587     conservationMenuItem
1588             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1589     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1590     {
1591       @Override
1592       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1593       {
1594         conservationMenuItem_actionPerformed(
1595                 conservationMenuItem.isSelected());
1596       }
1597     });
1598
1599     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1600             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1601     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1602     annotationColour.setEnabled(false);
1603     annotationColour.setToolTipText(
1604             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1605
1606     modifyConservation.setText(MessageManager
1607             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1608     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1609     {
1610       @Override
1611       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1612       {
1613         modifyConservation_actionPerformed();
1614       }
1615     });
1616   }
1617
1618   /**
1619    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1620    * were loaded at startup or during the Jalview session
1621    */
1622   protected void buildColourMenu()
1623   {
1624     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1625     if (sg == null)
1626     {
1627       /*
1628        * popup menu with no sequence group scope
1629        */
1630       return;
1631     }
1632     colourMenu.removeAll();
1633     colourMenu.add(textColour);
1634     colourMenu.addSeparator();
1635
1636     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1637             false);
1638     bg.add(annotationColour);
1639     colourMenu.add(annotationColour);
1640
1641     colourMenu.addSeparator();
1642     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1643     colourMenu.add(modifyConservation);
1644     colourMenu.add(abovePIDColour);
1645     colourMenu.add(modifyPID);
1646   }
1647
1648   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1649   {
1650     SequenceGroup sg = getGroup();
1651     if (sg.cs != null)
1652     {
1653       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1654       SliderPanel.showConservationSlider();
1655     }
1656   }
1657
1658   protected void modifyPID_actionPerformed()
1659   {
1660     SequenceGroup sg = getGroup();
1661     if (sg.cs != null)
1662     {
1663       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1664       // .getName());
1665       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1666       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1667       SliderPanel.showPIDSlider();
1668     }
1669   }
1670
1671   /**
1672    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1673    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1674    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1675    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1676    * calcId, label and sequenceRef.
1677    *
1678    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1679    * (label) of the annotations that can be added.
1680    *
1681    * @param menuItem
1682    * @param forSequences
1683    */
1684   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1685           List<SequenceI> forSequences)
1686   {
1687     menuItem.setEnabled(false);
1688
1689     /*
1690      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1691      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1692      */
1693     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1694     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1695     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1696     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1697             candidates, al);
1698     if (!candidates.isEmpty())
1699     {
1700       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1701       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1702
1703       /*
1704        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1705        * configure its tooltip and action.
1706        */
1707       menuItem.setEnabled(true);
1708       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1709       {
1710         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1711       }
1712       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1713               tooltip.toString());
1714       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1715
1716       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1717       {
1718         @Override
1719         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1720         {
1721           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1722         }
1723       });
1724     }
1725   }
1726
1727   /**
1728    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1729    *
1730    * @param candidates
1731    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1732    *          of annotations to add to each sequence
1733    */
1734   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1735           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1736   {
1737     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1738     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1739     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1740             selectionGroup);
1741     refresh();
1742   }
1743
1744   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1745   {
1746     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1747     {
1748       // initialise the display flags so the user sees something happen
1749       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1750       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1751       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1752     }
1753     else
1754     {
1755       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1756       {
1757         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1758       }
1759       else
1760       {
1761         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1762       }
1763     }
1764     refresh();
1765   }
1766
1767   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1768   {
1769     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1770     BitSet inserts = new BitSet();
1771
1772     boolean markedPopup = false;
1773     // mark inserts in current selection
1774     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1775     {
1776       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1777       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1778               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1779
1780       // now clear columns without gaps
1781       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1782       {
1783         if (sq == sequence)
1784         {
1785           markedPopup = true;
1786         }
1787         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1788       }
1789       hidden.clearAndHideColumns(inserts,
1790               ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1791               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1792     }
1793
1794     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1795     else if (!markedPopup && sequence != null)
1796     {
1797       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1798
1799       // and set hidden columns accordingly
1800       hidden.hideColumns(inserts);
1801     }
1802     refresh();
1803   }
1804
1805   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1806   {
1807     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1808   }
1809
1810   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1811   {
1812     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1813     contents.append("<html><body>");
1814     for (SequenceI seq : sequences)
1815     {
1816       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1817               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1818               new Object[]
1819               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p>\n<p>");
1820       new SequenceAnnotationReport(false).createSequenceAnnotationReport(
1821               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1822       contents.append("</p>");
1823     }
1824     contents.append("</body></html>");
1825     String report = contents.toString();
1826
1827     JInternalFrame frame;
1828     if (Platform.isJS())
1829     {
1830       JLabel textLabel = new JLabel();
1831       textLabel.setText(report);
1832       textLabel.setBackground(Color.WHITE);
1833       JPanel pane = new JPanel(new BorderLayout());
1834       pane.setOpaque(true);
1835       pane.setBackground(Color.WHITE);
1836       pane.add(textLabel, BorderLayout.NORTH);
1837       frame = new JInternalFrame();
1838       frame.getContentPane().add(new JScrollPane(pane));
1839     }
1840     else
1841     /**
1842      * Java only
1843      *
1844      * @j2sIgnore
1845      */
1846     {
1847       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1848       cap.setText(report);
1849       frame = cap;
1850     }
1851
1852     Desktop.addInternalFrame(frame,
1853             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1854                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1855                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1856                             : new Object[]
1857                             { MessageManager
1858                                     .getString("label.selection") })),
1859             500, 400);
1860   }
1861
1862   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1863   {
1864     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1865     refresh();
1866   }
1867
1868   /**
1869    * call to refresh view after settings change
1870    */
1871   void refresh()
1872   {
1873     ap.updateAnnotation();
1874     // removed paintAlignment(true) here:
1875     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1876     // again
1877
1878     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1879   }
1880
1881   /*
1882    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1883    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1884    */
1885   /**
1886    * DOCUMENT ME!
1887    *
1888    * @param selected
1889    *
1890    * @param e
1891    *          DOCUMENT ME!
1892    */
1893   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1894   {
1895     SequenceGroup sg = getGroup();
1896     if (sg.cs == null)
1897     {
1898       return;
1899     }
1900
1901     if (selected)
1902     {
1903       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1904               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1905               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1906
1907       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1908               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1909
1910       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1911
1912       SliderPanel.showPIDSlider();
1913     }
1914     else
1915     // remove PIDColouring
1916     {
1917       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1918       SliderPanel.hidePIDSlider();
1919     }
1920     modifyPID.setEnabled(selected);
1921
1922     refresh();
1923   }
1924
1925   /**
1926    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1927    * to show or hide.
1928    *
1929    * @param e
1930    */
1931   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1932   {
1933     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1934     new AnnotationChooser(ap);
1935   }
1936
1937   /**
1938    * DOCUMENT ME!
1939    *
1940    * @param e
1941    *          DOCUMENT ME!
1942    */
1943   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1944   {
1945     SequenceGroup sg = getGroup();
1946     if (sg.cs == null)
1947     {
1948       return;
1949     }
1950
1951     if (selected)
1952     {
1953       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1954       Conservation c = new Conservation("Group",
1955               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1956               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1957
1958       c.calculate();
1959       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1960       sg.cs.setConservation(c);
1961
1962       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1963               sg.getName());
1964       SliderPanel.showConservationSlider();
1965     }
1966     else
1967     // remove ConservationColouring
1968     {
1969       sg.cs.setConservation(null);
1970       SliderPanel.hideConservationSlider();
1971     }
1972     modifyConservation.setEnabled(selected);
1973
1974     refresh();
1975   }
1976
1977   /**
1978    * Shows a dialog where group name and description may be edited
1979    */
1980   protected void groupName_actionPerformed()
1981   {
1982     SequenceGroup sg = getGroup();
1983     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1984             sg.getDescription(),
1985             MessageManager.getString("label.group_name"),
1986             MessageManager.getString("label.group_description"));
1987     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
1988             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1989             new Runnable()
1990             {
1991               @Override
1992               public void run()
1993               {
1994                 sg.setName(dialog.getName());
1995                 sg.setDescription(dialog.getDescription());
1996                 refresh();
1997               }
1998             });
1999   }
2000
2001   /**
2002    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
2003    *
2004    * @return sequence group to operate on
2005    */
2006   SequenceGroup getGroup()
2007   {
2008     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2009     // this method won't add a new group if it already exists
2010     if (sg != null)
2011     {
2012       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
2013     }
2014
2015     return sg;
2016   }
2017
2018   /**
2019    * Shows a dialog where the sequence name and description may be edited. If a
2020    * name containing spaces is entered, these are converted to underscores, with
2021    * a warning message.
2022    */
2023   void sequenceName_actionPerformed()
2024   {
2025     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
2026             sequence.getDescription(),
2027             MessageManager.getString("label.sequence_name"),
2028             MessageManager.getString("label.sequence_description"));
2029     dialog.showDialog(ap.alignFrame, MessageManager.getString(
2030             "label.edit_sequence_name_description"), new Runnable()
2031             {
2032               @Override
2033               public void run()
2034               {
2035                 if (dialog.getName() != null)
2036                 {
2037                   if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
2038                   {
2039                     JvOptionPane.showMessageDialog(ap,
2040                             MessageManager.getString(
2041                                     "label.spaces_converted_to_underscores"),
2042                             MessageManager.getString(
2043                                     "label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
2044                             JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2045                   }
2046                   sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
2047                   ap.paintAlignment(false, false);
2048                 }
2049                 sequence.setDescription(dialog.getDescription());
2050                 ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2051                         ap.av.getAlignment().getSequences());
2052               }
2053             });
2054   }
2055
2056   /**
2057    * DOCUMENT ME!
2058    *
2059    * @param e
2060    *          DOCUMENT ME!
2061    */
2062   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
2063   {
2064     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2065     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
2066     ap.av.setSelectionGroup(null);
2067     refresh();
2068   }
2069
2070   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
2071   {
2072     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
2073                 // standard alignment window logic for this
2074     refresh();
2075   }
2076
2077   /**
2078    * Offers a colour chooser and sets the selected colour as the group outline
2079    */
2080   protected void outline_actionPerformed()
2081   {
2082     String title = MessageManager.getString("label.select_outline_colour");
2083     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
2084     {
2085       @Override
2086       public void colourSelected(Color c)
2087       {
2088         getGroup().setOutlineColour(c);
2089         refresh();
2090       }
2091     };
2092     JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktop(), title,
2093             Color.BLUE, listener);
2094   }
2095
2096   /**
2097    * DOCUMENT ME!
2098    *
2099    * @param e
2100    *          DOCUMENT ME!
2101    */
2102   public void showBoxes_actionPerformed()
2103   {
2104     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2105     refresh();
2106   }
2107
2108   /**
2109    * DOCUMENT ME!
2110    *
2111    * @param e
2112    *          DOCUMENT ME!
2113    */
2114   public void showText_actionPerformed()
2115   {
2116     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2117     refresh();
2118   }
2119
2120   /**
2121    * DOCUMENT ME!
2122    *
2123    * @param e
2124    *          DOCUMENT ME!
2125    */
2126   public void showColourText_actionPerformed()
2127   {
2128     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2129     refresh();
2130   }
2131
2132   void hideSequences(boolean representGroup)
2133   {
2134     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2135   }
2136
2137   public void copy_actionPerformed()
2138   {
2139     ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
2140   }
2141
2142   public void cut_actionPerformed()
2143   {
2144     ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
2145   }
2146
2147   void changeCase(ActionEvent e)
2148   {
2149     Object source = e.getSource();
2150     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2151
2152     if (sg != null)
2153     {
2154       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2155               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2156
2157       String description;
2158       int caseChange;
2159
2160       if (source == toggle)
2161       {
2162         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2163         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2164       }
2165       else if (source == upperCase)
2166       {
2167         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2168         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2169       }
2170       else
2171       {
2172         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2173         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2174       }
2175
2176       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2177               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2178               startEnd, caseChange);
2179
2180       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2181
2182       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2183               ap.av.getAlignment().getSequences());
2184
2185     }
2186   }
2187
2188   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2189   {
2190     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2191     cap.setForInput(null);
2192     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2193             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2194             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2195
2196     String[] omitHidden = null;
2197
2198     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2199     // or we simply trust the user wants
2200     // wysiwig behaviour
2201
2202     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2203             .forName(e.getActionCommand());
2204     cap.setText(
2205             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2206   }
2207
2208   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2209   {
2210     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2211     if (sg == null)
2212     {
2213       return;
2214     }
2215
2216     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2217     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2218
2219     /*
2220      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2221      * for the amend features dialog
2222      */
2223     int gSize = sg.getSize();
2224     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2225     {
2226       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2227       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2228       if (start <= end)
2229       {
2230         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2231         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2232       }
2233     }
2234
2235     /*
2236      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2237      */
2238     if (!seqs.isEmpty())
2239     {
2240       new FeatureEditor(ap, seqs, features, true).showDialog();
2241     }
2242   }
2243
2244   public void textColour_actionPerformed()
2245   {
2246     SequenceGroup sg = getGroup();
2247     if (sg != null)
2248     {
2249       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2250     }
2251   }
2252
2253   /**
2254    * Shows a dialog where sequence characters may be edited. Any changes are
2255    * applied, and added as an available 'Undo' item in the edit commands
2256    * history.
2257    */
2258   public void editSequence_actionPerformed()
2259   {
2260     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2261
2262     SequenceI seq = sequence;
2263     if (sg != null)
2264     {
2265       if (seq == null)
2266       {
2267         seq = sg.getSequenceAt(0);
2268       }
2269
2270       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2271               seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1),
2272               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null);
2273       dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2274               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2275               new Runnable()
2276               {
2277                 @Override
2278                 public void run()
2279                 {
2280                   EditCommand editCommand = new EditCommand(
2281                           MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2282                           Action.REPLACE,
2283                           dialog.getName().replace(' ',
2284                                   ap.av.getGapCharacter()),
2285                           sg.getSequencesAsArray(
2286                                   ap.av.getHiddenRepSequences()),
2287                           sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
2288                           ap.av.getAlignment());
2289                   ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2290                   ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2291                           ap.av.getAlignment().getSequences());
2292                 }
2293               });
2294     }
2295   }
2296
2297   /**
2298    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2299    * its bespoke action handler)
2300    *
2301    * @return
2302    */
2303   @Override
2304   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2305   {
2306     SequenceGroup sg = getGroup();
2307     /*
2308      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2309      */
2310     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2311             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2312                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2313     sg.setColourScheme(colourScheme);
2314     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2315             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2316     {
2317       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2318               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2319               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2320     }
2321
2322     refresh();
2323   }
2324
2325 }