src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Annotation;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  42 import jalview.io.FileFormatI;
  43 import jalview.io.FileFormats;
  44 import jalview.io.FormatAdapter;
  45 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  46 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  49 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  50 import jalview.util.GroupUrlLink;
  51 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53 import jalview.util.UrlLink;
  54
  55 import java.awt.Color;
  56 import java.awt.event.ActionEvent;
  57 import java.awt.event.ActionListener;
  58 import java.util.ArrayList;
  59 import java.util.Arrays;
  60 import java.util.BitSet;
  61 import java.util.Collection;
  62 import java.util.Collections;
  63 import java.util.Hashtable;
  64 import java.util.LinkedHashMap;
  65 import java.util.List;
  66 import java.util.Map;
  67 import java.util.SortedMap;
  68 import java.util.TreeMap;
  69 import java.util.Vector;
  70
  71 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  72 import javax.swing.JColorChooser;
  73 import javax.swing.JMenu;
  74 import javax.swing.JMenuItem;
  75 import javax.swing.JPopupMenu;
  76
  77 /**
  78  * DOCUMENT ME!
  79  *
  80  * @author $author$
  81  * @version $Revision: 1.118 $
  82  */
  83 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  84 {
  85   JMenu groupMenu = new JMenu();
  86
  87   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  88
  89   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  90
  91   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
  92
  93   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  94
  95   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
  96
  97   AlignmentPanel ap;
  98
  99   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 100
 101   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
 102
 103   JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem();
 104
 105   JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 108
 109   JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem();
 110
 111   SequenceI sequence;
 112
 113   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 114
 115   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem outline = new JMenuItem();
 118
 119   JMenu colourMenu = new JMenu();
 120
 121   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 122
 123   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 124
 125   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 126
 127   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 128
 129   JMenu editMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 132
 133   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 134
 135   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 136
 137   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 138
 139   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 140
 141   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 142
 143   JMenu outputMenu = new JMenu();
 144
 145   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 146
 147   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 148
 149   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 151
 152   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 153
 154   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 155
 156   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 157           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 158
 159   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 160
 161   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 162
 163   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 164
 165   JMenuItem pdbStructureDialog = new JMenuItem();
 166
 167   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 168
 169   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 170
 171   JMenu groupLinksMenu;
 172
 173   JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem();
 174
 175   /**
 176    * Creates a new PopupMenu object.
 177    *
 178    * @param ap
 179    *          DOCUMENT ME!
 180    * @param seq
 181    *          DOCUMENT ME!
 182    */
 183   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, List<String> links)
 184   {
 185     this(ap, seq, links, null);
 186   }
 187
 188   /**
 189    *
 190    * @param ap
 191    * @param seq
 192    * @param links
 193    * @param groupLinks
 194    */
 195   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, final SequenceI seq,
 196           List<String> links, List<String> groupLinks)
 197   {
 198     // /////////////////////////////////////////////////////////
 199     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 200     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 201     //
 202     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 203     // ////////////////////////////////////////////////////////
 204     this.ap = ap;
 205     sequence = seq;
 206
 207     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 208     {
 209       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 210
 211       item.addActionListener(new ActionListener()
 212       {
 213         @Override
 214         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 215         {
 216           outputText_actionPerformed(e);
 217         }
 218       });
 219
 220       outputMenu.add(item);
 221     }
 222
 223     /*
 224      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 225      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 226      * currently selected sequence (if there is one):
 227      */
 228     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 229             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 230     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 231             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 232     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 233             selectedSequence);
 234
 235     /*
 236      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 237      */
 238     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 239             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 240             .getSequences());
 241     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 242             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 243     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 244             selectedGroup);
 245
 246     try
 247     {
 248       jbInit();
 249     } catch (Exception e)
 250     {
 251       e.printStackTrace();
 252     }
 253
 254     JMenuItem menuItem;
 255     if (seq != null)
 256     {
 257       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 258       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 259       {
 260         makeReferenceSeq.setText(MessageManager
 261                 .getString("action.unmark_as_reference"));
 262       }
 263       else
 264       {
 265         makeReferenceSeq.setText(MessageManager
 266                 .getString("action.set_as_reference"));
 267       }
 268
 269       if (!ap.av.getAlignment().isNucleotide())
 270       {
 271         remove(rnaStructureMenu);
 272       }
 273       else
 274       {
 275         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 276         /*
 277          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 278          * structure annotation
 279          */
 280         AlignmentAnnotation[] aas = ap.av.getAlignment()
 281                 .getAlignmentAnnotation();
 282         if (aas != null)
 283         {
 284           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 285           {
 286             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 287             {
 288               /*
 289                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 290                */
 291               menuItem = new JMenuItem();
 292               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 293                       "label.2d_rna_structure_line",
 294                       new Object[] { aa.label }));
 295               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 296               {
 297                 @Override
 298                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 299                 {
 300                   new AppVarna(seq, aa, ap);
 301                 }
 302               });
 303               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 304             }
 305           }
 306         }
 307
 308         if (seq.getAnnotation() != null)
 309         {
 310           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 311           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 312           {
 313             if (aa.isValidStruc())
 314             {
 315               /*
 316                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 317                */
 318               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 319               menuItem = new JMenuItem();
 320               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 321                       "label.2d_rna_sequence_name",
 322                       new Object[] { seq.getName() }));
 323               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 324               {
 325                 @Override
 326                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 327                 {
 328                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 329                   new AppVarna(seq, aa, ap);
 330                 }
 331               });
 332               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 333             }
 334           }
 335         }
 336         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 337         {
 338           remove(rnaStructureMenu);
 339         }
 340       }
 341
 342       menuItem = new JMenuItem(
 343               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 344       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 345       {
 346         @Override
 347         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 348         {
 349           hideSequences(false);
 350         }
 351       });
 352       add(menuItem);
 353
 354       if (ap.av.getSelectionGroup() != null
 355               && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 356       {
 357         menuItem = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 358                 "label.represent_group_with",
 359                 new Object[] { seq.getName() }));
 360         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 361         {
 362           @Override
 363           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 364           {
 365             hideSequences(true);
 366           }
 367         });
 368         sequenceMenu.add(menuItem);
 369       }
 370
 371       if (ap.av.hasHiddenRows())
 372       {
 373         final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 374
 375         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 376                 - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 377         {
 378           menuItem = new JMenuItem(
 379                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 380           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 381           {
 382             @Override
 383             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 384             {
 385               ap.av.showSequence(index);
 386               if (ap.overviewPanel != null)
 387               {
 388                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 389               }
 390             }
 391           });
 392           add(menuItem);
 393         }
 394       }
 395     }
 396     // for the case when no sequences are even visible
 397     if (ap.av.hasHiddenRows())
 398     {
 399       {
 400         menuItem = new JMenuItem(
 401                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 402         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 403         {
 404           @Override
 405           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 406           {
 407             ap.av.showAllHiddenSeqs();
 408             if (ap.overviewPanel != null)
 409             {
 410               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 411             }
 412           }
 413         });
 414
 415         add(menuItem);
 416       }
 417     }
 418
 419     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 420     boolean isDefinedGroup = (sg != null) ? ap.av.getAlignment()
 421             .getGroups().contains(sg) : false;
 422
 423     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 424     {
 425       groupName.setText(MessageManager
 426               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 427
 428       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 429
 430       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 431
 432       if (sg.cs != null)
 433       {
 434         if (sg.cs.conservationApplied())
 435         {
 436           conservationMenuItem.setSelected(true);
 437         }
 438         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 439         {
 440           abovePIDColour.setSelected(true);
 441         }
 442       }
 443       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 444       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 445       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 446       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 447       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 448       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 449       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 450       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 451       {
 452         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 453       }
 454       // Add a 'show all structures' for the current selection
 455       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<String, PDBEntry>(), reppdb = new Hashtable<String, PDBEntry>();
 456       SequenceI sqass = null;
 457       for (SequenceI sq : ap.av.getSequenceSelection())
 458       {
 459         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 460         if (pes != null && pes.size() > 0)
 461         {
 462           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 463           for (PDBEntry pe : pes)
 464           {
 465             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 466             if (sqass == null)
 467             {
 468               sqass = sq;
 469             }
 470           }
 471         }
 472       }
 473       if (pdbe.size() > 0)
 474       {
 475         final PDBEntry[] pe = pdbe.values().toArray(
 476                 new PDBEntry[pdbe.size()]), pr = reppdb.values().toArray(
 477                 new PDBEntry[reppdb.size()]);
 478         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 479       }
 480     }
 481     else
 482     {
 483       groupMenu.setVisible(false);
 484       editMenu.setVisible(false);
 485     }
 486
 487     if (!isDefinedGroup)
 488     {
 489       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 490       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 491       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 492     }
 493     else
 494     {
 495       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 496       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 497       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 498     }
 499
 500     if (seq == null)
 501     {
 502       sequenceMenu.setVisible(false);
 503       pdbStructureDialog.setVisible(false);
 504       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 505     }
 506
 507     if (links != null && links.size() > 0)
 508     {
 509       addFeatureLinks(seq, links);
 510     }
 511   }
 512
 513   /**
 514    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 515    *
 516    * @param seq
 517    * @param links
 518    */
 519   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 520   {
 521     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 522     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 523
 524     for (String link : links)
 525     {
 526       UrlLink urlLink = null;
 527       try
 528       {
 529         urlLink = new UrlLink(link);
 530       } catch (Exception foo)
 531       {
 532         Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 533         continue;
 534       }
 535
 536       if (!urlLink.isValid())
 537       {
 538         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 539         continue;
 540       }
 541
 542       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 543     }
 544
 545     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 546
 547     // disable link menu if there are no valid entries
 548     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 549     {
 550       linkMenu.setEnabled(true);
 551     }
 552     else
 553     {
 554       linkMenu.setEnabled(false);
 555     }
 556
 557     if (sequence != null)
 558     {
 559       sequenceMenu.add(linkMenu);
 560     }
 561     else
 562     {
 563       add(linkMenu);
 564     }
 565
 566   }
 567
 568   /**
 569    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 570    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 571    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 572    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 573    * <p>
 574    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 575    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 576    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 577    * composite type name, e.g.
 578    * <p>
 579    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 580    *
 581    * @param seq
 582    */
 583   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 584           List<SequenceI> forSequences)
 585   {
 586     showMenu.removeAll();
 587     hideMenu.removeAll();
 588
 589     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
 590             .getString("label.all") });
 591     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
 592     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 593             false);
 594     showMenu.addSeparator();
 595     hideMenu.addSeparator();
 596
 597     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 598             .getAlignmentAnnotation();
 599
 600     /*
 601      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
 602      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
 603      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
 604      * alignment.
 605      */
 606     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
 607     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
 608     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
 609             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
 610
 611     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
 612     {
 613       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
 614       {
 615         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
 616                 false, true);
 617       }
 618     }
 619     // grey out 'show annotations' if none are hidden
 620     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
 621
 622     for (String calcId : shownTypes.keySet())
 623     {
 624       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
 625       {
 626         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
 627                 false, false);
 628       }
 629     }
 630     // grey out 'hide annotations' if none are shown
 631     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
 632   }
 633
 634   /**
 635    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
 636    * is one), else the specified single sequence.
 637    *
 638    * @param seq
 639    * @return
 640    */
 641   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
 642   {
 643     List<SequenceI> forSequences = null;
 644     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
 645     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
 646     {
 647       forSequences = selectionGroup.getSequences();
 648     }
 649     else
 650     {
 651       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 652               : Arrays.asList(seq);
 653     }
 654     return forSequences;
 655   }
 656
 657   /**
 658    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
 659    * menus.
 660    *
 661    * @param showOrHideMenu
 662    *          the menu to add to
 663    * @param forSequences
 664    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
 665    * @param calcId
 666    * @param types
 667    *          the label to add
 668    * @param allTypes
 669    *          if true this is a special label meaning 'All'
 670    * @param actionIsShow
 671    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
 672    *          type, else hide
 673    */
 674   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
 675           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
 676           final List<String> types, final boolean allTypes,
 677           final boolean actionIsShow)
 678   {
 679     String label = types.toString(); // [a, b, c]
 680     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
 681     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 682     item.setToolTipText(calcId);
 683     item.addActionListener(new ActionListener()
 684     {
 685       @Override
 686       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 687       {
 688         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
 689                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
 690         refresh();
 691       }
 692     });
 693     showOrHideMenu.add(item);
 694   }
 695
 696   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
 697   {
 698
 699     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 700     // menu appears asap
 701     // sequence only URLs
 702     // ID/regex match URLs
 703     groupLinksMenu = new JMenu(
 704             MessageManager.getString("action.group_link"));
 705     // three types of url that might be created.
 706     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
 707         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
 708         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
 709         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
 710
 711     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 712     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 713     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<String, Object[]>();
 714     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 715     {
 716
 717       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()), end = seqs[sq]
 718               .findPosition(sg.getEndRes());
 719       // just collect ids from dataset sequence
 720       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 721       // current selection, too
 722       SequenceI sqi = seqs[sq];
 723       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 724       {
 725         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 726       }
 727       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRefs();
 728       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 729       {
 730         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 731         {
 732           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 733           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
 734           if (sarray == null)
 735           {
 736             sarray = new Object[2];
 737             sarray[0] = new int[] { 0 };
 738             sarray[1] = new String[seqs.length];
 739
 740             commonDbrefs.put(src, sarray);
 741           }
 742
 743           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 744           {
 745             if (!dbr[d].hasMap()
 746                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 747             {
 748               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 749               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 750             }
 751           }
 752         }
 753       }
 754     }
 755     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 756     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 757                              // to user
 758     for (String link : groupLinks)
 759     {
 760       GroupUrlLink urlLink = null;
 761       try
 762       {
 763         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 764       } catch (Exception foo)
 765       {
 766         Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
 767         continue;
 768       }
 769       ;
 770       if (!urlLink.isValid())
 771       {
 772         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 773         continue;
 774       }
 775       final String label = urlLink.getLabel();
 776       boolean usingNames = false;
 777       // Now see which parts of the group apply for this URL
 778       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 779       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 780       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 781       if (idset != null)
 782       {
 783         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 784         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 785         seqstr = new String[numinput];
 786         ids = new String[numinput];
 787         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 788         {
 789           if (allids[sq] != null)
 790           {
 791             ids[idcount] = allids[sq];
 792             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 793           }
 794         }
 795       }
 796       else
 797       {
 798         // just use the id/seq set
 799         seqstr = idandseqs[1];
 800         ids = idandseqs[0];
 801         usingNames = true;
 802       }
 803       // and try and make the groupURL!
 804
 805       Object[] urlset = null;
 806       try
 807       {
 808         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 809                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 810       } catch (UrlStringTooLongException e)
 811       {
 812       }
 813       if (urlset != null)
 814       {
 815         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 816         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 817         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 818         addshowLink(linkMenus[type], label
 819                 + (((type & 1) == 1) ? ("("
 820                         + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")") : ""),
 821                 urlLink, urlset);
 822         addMenu = true;
 823       }
 824     }
 825     if (addMenu)
 826     {
 827       groupLinksMenu = new JMenu(
 828               MessageManager.getString("action.group_link"));
 829       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 830       {
 831         if (linkMenus[m] != null
 832                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 833         {
 834           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 835         }
 836       }
 837
 838       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 839     }
 840   }
 841
 842   private void addshowLinks(JMenu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 843   {
 844     for (List<String> linkstrset : linkset)
 845     {
 846       // split linkstr into label and url
 847       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 848     }
 849   }
 850
 851   /**
 852    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 853    *
 854    * @param linkMenu
 855    * @param label
 856    *          - menu label string
 857    * @param url
 858    *          - url to open
 859    */
 860   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 861   {
 862     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 863     item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 864             "label.open_url_param", new Object[] { url }));
 865     item.addActionListener(new ActionListener()
 866     {
 867       @Override
 868       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 869       {
 870         new Thread(new Runnable()
 871         {
 872
 873           @Override
 874           public void run()
 875           {
 876             showLink(url);
 877           }
 878
 879         }).start();
 880       }
 881     });
 882
 883     linkMenu.add(item);
 884   }
 885
 886   /**
 887    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 888    *
 889    * @param linkMenu
 890    * @param label
 891    *          - menu label string
 892    * @param urlgenerator
 893    *          GroupURLLink used to generate URL
 894    * @param urlstub
 895    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 896    */
 897   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 898           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 899   {
 900     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 901     item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 902             "label.open_url_seqs_param",
 903             new Object[] { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 904                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 905     // TODO: put in info about what is being sent.
 906     item.addActionListener(new ActionListener()
 907     {
 908       @Override
 909       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 910       {
 911         new Thread(new Runnable()
 912         {
 913
 914           @Override
 915           public void run()
 916           {
 917             try
 918             {
 919               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 920             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 921             {
 922             }
 923           }
 924
 925         }).start();
 926       }
 927     });
 928
 929     linkMenu.add(item);
 930   }
 931
 932   /**
 933    * DOCUMENT ME!
 934    *
 935    * @throws Exception
 936    *           DOCUMENT ME!
 937    */
 938   private void jbInit() throws Exception
 939   {
 940     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
 941     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
 942     groupName.addActionListener(new ActionListener()
 943     {
 944       @Override
 945       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 946       {
 947         groupName_actionPerformed();
 948       }
 949     });
 950     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
 951     sequenceName.setText(MessageManager
 952             .getString("label.edit_name_description"));
 953     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
 954     {
 955       @Override
 956       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 957       {
 958         sequenceName_actionPerformed();
 959       }
 960     });
 961     chooseAnnotations.setText(MessageManager
 962             .getString("action.choose_annotations"));
 963     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
 964     {
 965       @Override
 966       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 967       {
 968         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
 969       }
 970     });
 971     sequenceDetails.setText(MessageManager
 972             .getString("label.sequence_details"));
 973     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
 974     {
 975       @Override
 976       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 977       {
 978         sequenceDetails_actionPerformed();
 979       }
 980     });
 981     sequenceSelDetails.setText(MessageManager
 982             .getString("label.sequence_details"));
 983     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
 984     {
 985       @Override
 986       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 987       {
 988         sequenceSelectionDetails_actionPerformed();
 989       }
 990     });
 991
 992     unGroupMenuItem
 993             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 994     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
 995     {
 996       @Override
 997       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 998       {
 999         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1000       }
1001     });
1002     createGroupMenuItem.setText(MessageManager
1003             .getString("action.create_group"));
1004     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1005     {
1006       @Override
1007       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1008       {
1009         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1010       }
1011     });
1012
1013     outline.setText(MessageManager.getString("action.border_colour"));
1014     outline.addActionListener(new ActionListener()
1015     {
1016       @Override
1017       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1018       {
1019         outline_actionPerformed();
1020       }
1021     });
1022     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1023     showBoxes.setState(true);
1024     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1025     {
1026       @Override
1027       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1028       {
1029         showBoxes_actionPerformed();
1030       }
1031     });
1032     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1033     showText.setState(true);
1034     showText.addActionListener(new ActionListener()
1035     {
1036       @Override
1037       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1038       {
1039         showText_actionPerformed();
1040       }
1041     });
1042     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1043     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1044     {
1045       @Override
1046       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1047       {
1048         showColourText_actionPerformed();
1049       }
1050     });
1051     displayNonconserved.setText(MessageManager
1052             .getString("label.show_non_conserved"));
1053     displayNonconserved.setState(true);
1054     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1055     {
1056       @Override
1057       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1058       {
1059         showNonconserved_actionPerformed();
1060       }
1061     });
1062     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1063     cut.setText(MessageManager.getString("action.cut"));
1064     cut.addActionListener(new ActionListener()
1065     {
1066       @Override
1067       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1068       {
1069         cut_actionPerformed();
1070       }
1071     });
1072     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1073     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1074     {
1075       @Override
1076       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1077       {
1078         changeCase(e);
1079       }
1080     });
1081     copy.setText(MessageManager.getString("action.copy"));
1082     copy.addActionListener(new ActionListener()
1083     {
1084       @Override
1085       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1086       {
1087         copy_actionPerformed();
1088       }
1089     });
1090     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1091     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1092     {
1093       @Override
1094       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1095       {
1096         changeCase(e);
1097       }
1098     });
1099     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1100     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1101     {
1102       @Override
1103       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1104       {
1105         changeCase(e);
1106       }
1107     });
1108     outputMenu.setText(MessageManager.getString("label.out_to_textbox")
1109             + "...");
1110     seqShowAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1111             .getString("label.show_annotations"));
1112     seqHideAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1113             .getString("label.hide_annotations"));
1114     groupShowAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1115             .getString("label.show_annotations"));
1116     groupHideAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1117             .getString("label.hide_annotations"));
1118     sequenceFeature.setText(MessageManager
1119             .getString("label.create_sequence_feature"));
1120     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1121     {
1122       @Override
1123       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1124       {
1125         sequenceFeature_actionPerformed();
1126       }
1127     });
1128     jMenu1.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1129     pdbStructureDialog.setText(MessageManager
1130             .getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1131     pdbStructureDialog.addActionListener(new ActionListener()
1132     {
1133       @Override
1134       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1135       {
1136         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1137         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1138         {
1139           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1140         }
1141         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1142       }
1143     });
1144
1145     rnaStructureMenu.setText(MessageManager
1146             .getString("label.view_rna_structure"));
1147
1148     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1149     editSequence.setText(MessageManager.getString("label.edit_sequence")
1150             + "...");
1151     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1152     {
1153       @Override
1154       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1155       {
1156         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
1157       }
1158     });
1159     makeReferenceSeq.setText(MessageManager
1160             .getString("label.mark_as_representative"));
1161     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1162     {
1163
1164       @Override
1165       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1166       {
1167         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1168
1169       }
1170     });
1171     hideInsertions.setText(MessageManager
1172             .getString("label.hide_insertions"));
1173     hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1174     {
1175
1176       @Override
1177       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1178       {
1179         hideInsertions_actionPerformed(e);
1180       }
1181     });
1182
1183     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1184     add(groupMenu);
1185     add(sequenceMenu);
1186     add(rnaStructureMenu);
1187     add(pdbStructureDialog);
1188     if (sequence != null)
1189     {
1190       add(hideInsertions);
1191     }
1192     // annotations configuration panel suppressed for now
1193     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1194
1195     /*
1196      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1197      * (if a selection group is in force).
1198      */
1199     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1200     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1201     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1202     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1203     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1204     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1205     groupMenu.add(editMenu);
1206     groupMenu.add(outputMenu);
1207     groupMenu.add(sequenceFeature);
1208     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1209     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1210     groupMenu.add(jMenu1);
1211     sequenceMenu.add(sequenceName);
1212     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1213     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1214
1215     initColourMenu();
1216     buildColourMenu();
1217
1218     editMenu.add(copy);
1219     editMenu.add(cut);
1220     editMenu.add(editSequence);
1221     editMenu.add(upperCase);
1222     editMenu.add(lowerCase);
1223     editMenu.add(toggle);
1224     // JBPNote: These shouldn't be added here - should appear in a generic
1225     // 'apply web service to this sequence menu'
1226     // pdbMenu.add(RNAFold);
1227     // pdbMenu.add(ContraFold);
1228     jMenu1.add(groupName);
1229     jMenu1.add(colourMenu);
1230     jMenu1.add(showBoxes);
1231     jMenu1.add(showText);
1232     jMenu1.add(showColourText);
1233     jMenu1.add(outline);
1234     jMenu1.add(displayNonconserved);
1235   }
1236
1237   /**
1238    * Constructs the entries for the colour menu
1239    */
1240   protected void initColourMenu()
1241   {
1242     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1243     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1244     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1245     {
1246       @Override
1247       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1248       {
1249         textColour_actionPerformed();
1250       }
1251     });
1252
1253     abovePIDColour.setText(MessageManager
1254             .getString("label.above_identity_threshold"));
1255     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1256     {
1257       @Override
1258       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1259       {
1260         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1261       }
1262     });
1263
1264     modifyPID.setText(MessageManager
1265             .getString("label.modify_identity_threshold"));
1266     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1267     {
1268       @Override
1269       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1270       {
1271         modifyPID_actionPerformed();
1272       }
1273     });
1274
1275     conservationMenuItem.setText(MessageManager
1276             .getString("action.by_conservation"));
1277     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1278     {
1279       @Override
1280       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1281       {
1282         conservationMenuItem_actionPerformed(conservationMenuItem
1283                 .isSelected());
1284       }
1285     });
1286
1287     modifyConservation.setText(MessageManager
1288             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1289     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1290     {
1291       @Override
1292       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1293       {
1294         modifyConservation_actionPerformed();
1295       }
1296     });
1297   }
1298
1299   /**
1300    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1301    * were loaded at startup or during the Jalview session
1302    */
1303   protected void buildColourMenu()
1304   {
1305     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1306     if (sg == null)
1307     {
1308       /*
1309        * popup menu with no sequence group scope
1310        */
1311       return;
1312     }
1313     colourMenu.removeAll();
1314     colourMenu.add(textColour);
1315     colourMenu.addSeparator();
1316
1317     ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg, false);
1318
1319     colourMenu.addSeparator();
1320     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1321     colourMenu.add(modifyConservation);
1322     colourMenu.add(abovePIDColour);
1323     colourMenu.add(modifyPID);
1324   }
1325
1326   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1327   {
1328     SequenceGroup sg = getGroup();
1329     if (sg.cs != null)
1330     {
1331       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1332       SliderPanel.showConservationSlider();
1333     }
1334   }
1335
1336   protected void modifyPID_actionPerformed()
1337   {
1338     SequenceGroup sg = getGroup();
1339     if (sg.cs != null)
1340     {
1341       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1342       // .getName());
1343       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1344       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1345               .getName());
1346       SliderPanel.showPIDSlider();
1347     }
1348   }
1349
1350   /**
1351    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1352    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1353    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1354    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1355    * calcId, label and sequenceRef.
1356    *
1357    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1358    * (label) of the annotations that can be added.
1359    *
1360    * @param menuItem
1361    * @param forSequences
1362    */
1363   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1364           List<SequenceI> forSequences)
1365   {
1366     menuItem.setEnabled(false);
1367
1368     /*
1369      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1370      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1371      */
1372     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
1373     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
1374     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1375     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
1376             tipEntries, candidates, al);
1377     if (!candidates.isEmpty())
1378     {
1379       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1380       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1381
1382       /*
1383        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1384        * configure its tooltip and action.
1385        */
1386       menuItem.setEnabled(true);
1387       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1388       {
1389         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1390       }
1391       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1392               tooltip.toString());
1393       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1394
1395       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1396       {
1397         @Override
1398         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1399         {
1400           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1401         }
1402       });
1403     }
1404   }
1405
1406   /**
1407    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1408    *
1409    * @param candidates
1410    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1411    *          of annotations to add to each sequence
1412    */
1413   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1414           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1415   {
1416     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1417     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1418     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1419             selectionGroup);
1420     refresh();
1421   }
1422
1423   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1424   {
1425     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1426     {
1427       // initialise the display flags so the user sees something happen
1428       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1429       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1430       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1431     }
1432     else
1433     {
1434       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1435       {
1436         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1437       }
1438       else
1439       {
1440         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1441       }
1442     }
1443     refresh();
1444   }
1445
1446   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1447   {
1448
1449     HiddenColumns hidden = new HiddenColumns();
1450     BitSet inserts = new BitSet(), mask = new BitSet();
1451
1452     // set mask to preserve existing hidden columns outside selected group
1453     if (ap.av.hasHiddenColumns())
1454     {
1455       ap.av.getAlignment().getHiddenColumns().markHiddenRegions(mask);
1456     }
1457
1458     boolean markedPopup = false;
1459     // mark inserts in current selection
1460     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1461     {
1462       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1463       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(), ap.av
1464               .getSelectionGroup().getEndRes() + 1);
1465
1466       // and clear that part of the mask
1467       mask.andNot(inserts);
1468
1469       // now clear columns without gaps
1470       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1471       {
1472         if (sq == sequence)
1473         {
1474           markedPopup = true;
1475         }
1476         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1477       }
1478     }
1479     else
1480     {
1481       // initially, mark all columns to be hidden
1482       inserts.set(0, ap.av.getAlignment().getWidth());
1483
1484       // and clear out old hidden regions completely
1485       mask.clear();
1486     }
1487
1488     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1489     if (!markedPopup && sequence != null)
1490     {
1491       inserts.and(sequence.getInsertionsAsBits());
1492     }
1493
1494     // finally, preserve hidden regions outside selection
1495     inserts.or(mask);
1496
1497     // and set hidden columns accordingly
1498     hidden.hideMarkedBits(inserts);
1499
1500     ap.av.getAlignment().setHiddenColumns(hidden);
1501     refresh();
1502   }
1503
1504   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1505   {
1506     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1507   }
1508
1509   protected void sequenceDetails_actionPerformed()
1510   {
1511     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1512   }
1513
1514   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1515   {
1516     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1517     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1518     for (SequenceI seq : sequences)
1519     {
1520       contents.append("<p><h2>"
1521               + MessageManager
1522                       .formatMessage(
1523                               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1524                               new Object[] { seq.getDisplayId(true) })
1525               + "</h2></p><p>");
1526       new SequenceAnnotationReport(null)
1527               .createSequenceAnnotationReport(
1528                       contents,
1529                       seq,
1530                       true,
1531                       true,
1532                       (ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null) ? ap
1533                               .getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax()
1534                               : null);
1535       contents.append("</p>");
1536     }
1537     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
1538
1539     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
1540             "label.sequence_details_for",
1541             (sequences.length == 1 ? new Object[] { sequences[0]
1542                     .getDisplayId(true) } : new Object[] { MessageManager
1543                     .getString("label.selection") })), 500, 400);
1544
1545   }
1546
1547   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1548   {
1549     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1550     refresh();
1551   }
1552
1553   /**
1554    * call to refresh view after settings change
1555    */
1556   void refresh()
1557   {
1558     ap.updateAnnotation();
1559     ap.paintAlignment(true);
1560
1561     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1562   }
1563
1564   /*
1565    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1566    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1567    */
1568   /**
1569    * DOCUMENT ME!
1570    *
1571    * @param selected
1572    *
1573    * @param e
1574    *          DOCUMENT ME!
1575    */
1576   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1577   {
1578     SequenceGroup sg = getGroup();
1579     if (sg.cs == null)
1580     {
1581       return;
1582     }
1583
1584     if (selected)
1585     {
1586       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1587               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1588               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1589
1590       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1591               sg.getGroupColourScheme(), getGroup()
1592               .getName());
1593
1594       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1595
1596       SliderPanel.showPIDSlider();
1597     }
1598     else
1599     // remove PIDColouring
1600     {
1601       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1602       SliderPanel.hidePIDSlider();
1603     }
1604     modifyPID.setEnabled(selected);
1605
1606     refresh();
1607   }
1608
1609   /**
1610    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1611    * to show or hide.
1612    *
1613    * @param e
1614    */
1615   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1616   {
1617     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1618     new AnnotationChooser(ap);
1619   }
1620
1621   /**
1622    * DOCUMENT ME!
1623    *
1624    * @param e
1625    *          DOCUMENT ME!
1626    */
1627   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1628   {
1629     SequenceGroup sg = getGroup();
1630     if (sg.cs == null)
1631     {
1632       return;
1633     }
1634
1635     if (selected)
1636     {
1637       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1638       Conservation c = new Conservation("Group", sg.getSequences(ap.av
1639               .getHiddenRepSequences()), sg.getStartRes(),
1640               sg.getEndRes() + 1);
1641
1642       c.calculate();
1643       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1644       sg.cs.setConservation(c);
1645
1646       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1647               sg.getName());
1648       SliderPanel.showConservationSlider();
1649     }
1650     else
1651     // remove ConservationColouring
1652     {
1653       sg.cs.setConservation(null);
1654       SliderPanel.hideConservationSlider();
1655     }
1656     modifyConservation.setEnabled(selected);
1657
1658     refresh();
1659   }
1660
1661   /**
1662    * DOCUMENT ME!
1663    *
1664    * @param e
1665    *          DOCUMENT ME!
1666    */
1667   protected void groupName_actionPerformed()
1668   {
1669
1670     SequenceGroup sg = getGroup();
1671     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1672             sg.getDescription(), "       "
1673                     + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",
1674             MessageManager.getString("label.group_description") + " ",
1675             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1676             ap.alignFrame);
1677
1678     if (!dialog.accept)
1679     {
1680       return;
1681     }
1682
1683     sg.setName(dialog.getName());
1684     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1685     refresh();
1686   }
1687
1688   /**
1689    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1690    *
1691    * @return sequence group to operate on
1692    */
1693   SequenceGroup getGroup()
1694   {
1695     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1696     // this method won't add a new group if it already exists
1697     if (sg != null)
1698     {
1699       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1700     }
1701
1702     return sg;
1703   }
1704
1705   /**
1706    * DOCUMENT ME!
1707    *
1708    * @param e
1709    *          DOCUMENT ME!
1710    */
1711   void sequenceName_actionPerformed()
1712   {
1713     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1714             sequence.getDescription(),
1715             "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name")
1716                     + " ",
1717             MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ",
1718             MessageManager
1719                     .getString("label.edit_sequence_name_description"),
1720             ap.alignFrame);
1721
1722     if (!dialog.accept)
1723     {
1724       return;
1725     }
1726
1727     if (dialog.getName() != null)
1728     {
1729       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1730       {
1731         JvOptionPane
1732                 .showMessageDialog(
1733                         ap,
1734                         MessageManager
1735                                 .getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),
1736                         MessageManager
1737                                 .getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
1738                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1739       }
1740
1741       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1742       ap.paintAlignment(false);
1743     }
1744
1745     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1746
1747     ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1748             .getSequences());
1749
1750   }
1751
1752   /**
1753    * DOCUMENT ME!
1754    *
1755    * @param e
1756    *          DOCUMENT ME!
1757    */
1758   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1759   {
1760     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1761     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1762     ap.av.setSelectionGroup(null);
1763     refresh();
1764   }
1765
1766   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1767   {
1768     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
1769                 // standard alignment window logic for this
1770     refresh();
1771   }
1772
1773   /**
1774    * DOCUMENT ME!
1775    *
1776    * @param e
1777    *          DOCUMENT ME!
1778    */
1779   protected void outline_actionPerformed()
1780   {
1781     SequenceGroup sg = getGroup();
1782     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
1783             MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),
1784             Color.BLUE);
1785
1786     if (col != null)
1787     {
1788       sg.setOutlineColour(col);
1789     }
1790
1791     refresh();
1792   }
1793
1794   /**
1795    * DOCUMENT ME!
1796    *
1797    * @param e
1798    *          DOCUMENT ME!
1799    */
1800   public void showBoxes_actionPerformed()
1801   {
1802     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1803     refresh();
1804   }
1805
1806   /**
1807    * DOCUMENT ME!
1808    *
1809    * @param e
1810    *          DOCUMENT ME!
1811    */
1812   public void showText_actionPerformed()
1813   {
1814     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1815     refresh();
1816   }
1817
1818   /**
1819    * DOCUMENT ME!
1820    *
1821    * @param e
1822    *          DOCUMENT ME!
1823    */
1824   public void showColourText_actionPerformed()
1825   {
1826     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1827     refresh();
1828   }
1829
1830   public void showLink(String url)
1831   {
1832     try
1833     {
1834       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1835     } catch (Exception ex)
1836     {
1837       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1838               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
1839               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
1840               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1841
1842       ex.printStackTrace();
1843     }
1844   }
1845
1846   void hideSequences(boolean representGroup)
1847   {
1848     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
1849   }
1850
1851   public void copy_actionPerformed()
1852   {
1853     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1854   }
1855
1856   public void cut_actionPerformed()
1857   {
1858     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1859   }
1860
1861   void changeCase(ActionEvent e)
1862   {
1863     Object source = e.getSource();
1864     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1865
1866     if (sg != null)
1867     {
1868       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
1869               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1870
1871       String description;
1872       int caseChange;
1873
1874       if (source == toggle)
1875       {
1876         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
1877         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1878       }
1879       else if (source == upperCase)
1880       {
1881         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
1882         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1883       }
1884       else
1885       {
1886         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
1887         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1888       }
1889
1890       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1891               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1892               startEnd, caseChange);
1893
1894       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1895
1896       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1897               .getSequences());
1898
1899     }
1900   }
1901
1902   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1903   {
1904     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1905     cap.setForInput(null);
1906     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
1907             "label.alignment_output_command",
1908             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
1909
1910     String[] omitHidden = null;
1911
1912     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
1913     // or we simply trust the user wants
1914     // wysiwig behaviour
1915
1916     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance().forName(e.getActionCommand());
1917     cap.setText(new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
1918   }
1919
1920   public void sequenceFeature_actionPerformed()
1921   {
1922     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1923     if (sg == null)
1924     {
1925       return;
1926     }
1927
1928     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
1929     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
1930
1931     /*
1932      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
1933      * for the amend features dialog
1934      */
1935     int gSize = sg.getSize();
1936     for (int i = 0; i < gSize; i++)
1937     {
1938       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
1939       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
1940       if (start <= end)
1941       {
1942         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
1943         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
1944       }
1945     }
1946
1947     /*
1948      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
1949      */
1950     if (!seqs.isEmpty())
1951     {
1952       if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
1953               seqs, features, true, ap))
1954       {
1955         ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
1956         ap.av.setSearchResults(null); // clear highlighting
1957         ap.repaint(); // draw new/amended features
1958       }
1959     }
1960   }
1961
1962   public void textColour_actionPerformed()
1963   {
1964     SequenceGroup sg = getGroup();
1965     if (sg != null)
1966     {
1967       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
1968     }
1969   }
1970
1971   public void colourByStructure(String pdbid)
1972   {
1973     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager()
1974             .colourSequenceFromStructure(sequence, pdbid);
1975
1976     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
1977             "Coloured by " + pdbid, anots);
1978
1979     ap.av.getAlignment().addAnnotation(an);
1980     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
1981     // an.adjustForAlignment();
1982     ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(an, 0);
1983
1984     ap.adjustAnnotationHeight();
1985
1986     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
1987
1988   }
1989
1990   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1991   {
1992     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1993
1994     if (sg != null)
1995     {
1996       if (sequence == null)
1997       {
1998         sequence = sg.getSequenceAt(0);
1999       }
2000
2001       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2002               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
2003                       sg.getEndRes() + 1), null,
2004               MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,
2005               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2006               ap.alignFrame);
2007
2008       if (dialog.accept)
2009       {
2010         EditCommand editCommand = new EditCommand(
2011                 MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2012                 Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
2013                         ap.av.getGapCharacter()),
2014                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2015                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
2016
2017         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2018
2019         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
2020                 .getSequences());
2021       }
2022     }
2023   }
2024
2025   /**
2026    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2027    * its bespoke action handler)
2028    *
2029    * @return
2030    */
2031   @Override
2032   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2033   {
2034     SequenceGroup sg = getGroup();
2035     /*
2036      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2037      */
2038     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2039             .getColourScheme(colourSchemeName, sg,
2040                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2041     sg.setColourScheme(colourScheme);
2042     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2043             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2044     {
2045       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2046               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2047               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2048     }
2049
2050     refresh();
2051   }
2052
2053 }