src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Annotation;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  37 import jalview.datamodel.Sequence;
  38 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  39 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  40 import jalview.datamodel.SequenceI;
  41 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  42 import jalview.io.FileFormatI;
  43 import jalview.io.FileFormats;
  44 import jalview.io.FormatAdapter;
  45 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  46 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  49 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  50 import jalview.util.GroupUrlLink;
  51 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  52 import jalview.util.MessageManager;
  53 import jalview.util.UrlLink;
  54
  55 import java.awt.Color;
  56 import java.awt.event.ActionEvent;
  57 import java.awt.event.ActionListener;
  58 import java.util.ArrayList;
  59 import java.util.Arrays;
  60 import java.util.Collection;
  61 import java.util.Collections;
  62 import java.util.Hashtable;
  63 import java.util.LinkedHashMap;
  64 import java.util.List;
  65 import java.util.Map;
  66 import java.util.SortedMap;
  67 import java.util.TreeMap;
  68 import java.util.Vector;
  69
  70 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  71 import javax.swing.JColorChooser;
  72 import javax.swing.JMenu;
  73 import javax.swing.JMenuItem;
  74 import javax.swing.JPopupMenu;
  75
  76 /**
  77  * DOCUMENT ME!
  78  *
  79  * @author $author$
  80  * @version $Revision: 1.118 $
  81  */
  82 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  83 {
  84   JMenu groupMenu = new JMenu();
  85
  86   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  87
  88   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  89
  90   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
  91
  92   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  93
  94   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
  95
  96   AlignmentPanel ap;
  97
  98   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
  99
 100   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
 101
 102   JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem();
 103
 104   JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem();
 105
 106   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 107
 108   JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem();
 109
 110   SequenceI sequence;
 111
 112   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 113
 114   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 115
 116   JMenuItem outline = new JMenuItem();
 117
 118   JMenu colourMenu = new JMenu();
 119
 120   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 121
 122   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 123
 124   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 125
 126   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 127
 128   JMenu editMenu = new JMenu();
 129
 130   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 131
 132   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 133
 134   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 135
 136   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 137
 138   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 139
 140   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 141
 142   JMenu outputMenu = new JMenu();
 143
 144   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 145
 146   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 147
 148   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 149           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 150
 151   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 152
 153   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 154
 155   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 156           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 157
 158   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 159
 160   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 161
 162   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 163
 164   JMenuItem pdbStructureDialog = new JMenuItem();
 165
 166   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 167
 168   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 169
 170   JMenu groupLinksMenu;
 171
 172   JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem();
 173
 174   /**
 175    * Creates a new PopupMenu object.
 176    *
 177    * @param ap
 178    *          DOCUMENT ME!
 179    * @param seq
 180    *          DOCUMENT ME!
 181    */
 182   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, Sequence seq, List<String> links)
 183   {
 184     this(ap, seq, links, null);
 185   }
 186
 187   /**
 188    *
 189    * @param ap
 190    * @param seq
 191    * @param links
 192    * @param groupLinks
 193    */
 194   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, final SequenceI seq,
 195           List<String> links, List<String> groupLinks)
 196   {
 197     // /////////////////////////////////////////////////////////
 198     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 199     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 200     //
 201     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 202     // ////////////////////////////////////////////////////////
 203     this.ap = ap;
 204     sequence = seq;
 205
 206     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 207     {
 208       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 209
 210       item.addActionListener(new ActionListener()
 211       {
 212         @Override
 213         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 214         {
 215           outputText_actionPerformed(e);
 216         }
 217       });
 218
 219       outputMenu.add(item);
 220     }
 221
 222     /*
 223      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 224      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 225      * currently selected sequence (if there is one):
 226      */
 227     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 228             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 229     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 230             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 231     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 232             selectedSequence);
 233
 234     /*
 235      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 236      */
 237     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 238             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 239             .getSequences());
 240     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 241             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 242     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 243             selectedGroup);
 244
 245     try
 246     {
 247       jbInit();
 248     } catch (Exception e)
 249     {
 250       e.printStackTrace();
 251     }
 252
 253     JMenuItem menuItem;
 254     if (seq != null)
 255     {
 256       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 257       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 258       {
 259         makeReferenceSeq.setText(MessageManager
 260                 .getString("action.unmark_as_reference"));
 261       }
 262       else
 263       {
 264         makeReferenceSeq.setText(MessageManager
 265                 .getString("action.set_as_reference"));
 266       }
 267
 268       if (!ap.av.getAlignment().isNucleotide())
 269       {
 270         remove(rnaStructureMenu);
 271       }
 272       else
 273       {
 274         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 275         /*
 276          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 277          * structure annotation
 278          */
 279         AlignmentAnnotation[] aas = ap.av.getAlignment()
 280                 .getAlignmentAnnotation();
 281         if (aas != null)
 282         {
 283           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 284           {
 285             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 286             {
 287               /*
 288                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 289                */
 290               menuItem = new JMenuItem();
 291               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 292                       "label.2d_rna_structure_line",
 293                       new Object[] { aa.label }));
 294               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 295               {
 296                 @Override
 297                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 298                 {
 299                   new AppVarna(seq, aa, ap);
 300                 }
 301               });
 302               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 303             }
 304           }
 305         }
 306
 307         if (seq.getAnnotation() != null)
 308         {
 309           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 310           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 311           {
 312             if (aa.isValidStruc())
 313             {
 314               /*
 315                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 316                */
 317               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 318               menuItem = new JMenuItem();
 319               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 320                       "label.2d_rna_sequence_name",
 321                       new Object[] { seq.getName() }));
 322               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 323               {
 324                 @Override
 325                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 326                 {
 327                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 328                   new AppVarna(seq, aa, ap);
 329                 }
 330               });
 331               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 332             }
 333           }
 334         }
 335         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 336         {
 337           remove(rnaStructureMenu);
 338         }
 339       }
 340
 341       menuItem = new JMenuItem(
 342               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 343       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 344       {
 345         @Override
 346         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 347         {
 348           hideSequences(false);
 349         }
 350       });
 351       add(menuItem);
 352
 353       if (ap.av.getSelectionGroup() != null
 354               && ap.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 355       {
 356         menuItem = new JMenuItem(MessageManager.formatMessage(
 357                 "label.represent_group_with",
 358                 new Object[] { seq.getName() }));
 359         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 360         {
 361           @Override
 362           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 363           {
 364             hideSequences(true);
 365           }
 366         });
 367         sequenceMenu.add(menuItem);
 368       }
 369
 370       if (ap.av.hasHiddenRows())
 371       {
 372         final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 373
 374         if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 375                 - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 376         {
 377           menuItem = new JMenuItem(
 378                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 379           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 380           {
 381             @Override
 382             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 383             {
 384               ap.av.showSequence(index);
 385               if (ap.overviewPanel != null)
 386               {
 387                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 388               }
 389             }
 390           });
 391           add(menuItem);
 392         }
 393       }
 394     }
 395     // for the case when no sequences are even visible
 396     if (ap.av.hasHiddenRows())
 397     {
 398       {
 399         menuItem = new JMenuItem(
 400                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 401         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 402         {
 403           @Override
 404           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 405           {
 406             ap.av.showAllHiddenSeqs();
 407             if (ap.overviewPanel != null)
 408             {
 409               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 410             }
 411           }
 412         });
 413
 414         add(menuItem);
 415       }
 416     }
 417
 418     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 419     boolean isDefinedGroup = (sg != null) ? ap.av.getAlignment()
 420             .getGroups().contains(sg) : false;
 421
 422     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 423     {
 424       groupName.setText(MessageManager
 425               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 426
 427       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 428
 429       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 430
 431       if (sg.cs != null)
 432       {
 433         if (sg.cs.conservationApplied())
 434         {
 435           conservationMenuItem.setSelected(true);
 436         }
 437         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 438         {
 439           abovePIDColour.setSelected(true);
 440         }
 441       }
 442       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 443       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 444       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 445       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 446       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 447       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 448       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 449       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 450       {
 451         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 452       }
 453       // Add a 'show all structures' for the current selection
 454       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<String, PDBEntry>(), reppdb = new Hashtable<String, PDBEntry>();
 455       SequenceI sqass = null;
 456       for (SequenceI sq : ap.av.getSequenceSelection())
 457       {
 458         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 459         if (pes != null && pes.size() > 0)
 460         {
 461           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 462           for (PDBEntry pe : pes)
 463           {
 464             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 465             if (sqass == null)
 466             {
 467               sqass = sq;
 468             }
 469           }
 470         }
 471       }
 472       if (pdbe.size() > 0)
 473       {
 474         final PDBEntry[] pe = pdbe.values().toArray(
 475                 new PDBEntry[pdbe.size()]), pr = reppdb.values().toArray(
 476                 new PDBEntry[reppdb.size()]);
 477         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 478       }
 479     }
 480     else
 481     {
 482       groupMenu.setVisible(false);
 483       editMenu.setVisible(false);
 484     }
 485
 486     if (!isDefinedGroup)
 487     {
 488       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 489       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 490       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 491     }
 492     else
 493     {
 494       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 495       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 496       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 497     }
 498
 499     if (seq == null)
 500     {
 501       sequenceMenu.setVisible(false);
 502       pdbStructureDialog.setVisible(false);
 503       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 504     }
 505
 506     if (links != null && links.size() > 0)
 507     {
 508       addFeatureLinks(seq, links);
 509     }
 510   }
 511
 512   /**
 513    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 514    *
 515    * @param seq
 516    * @param links
 517    */
 518   void addFeatureLinks(final SequenceI seq, List<String> links)
 519   {
 520     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 521     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<String, List<String>>();
 522
 523     for (String link : links)
 524     {
 525       UrlLink urlLink = null;
 526       try
 527       {
 528         urlLink = new UrlLink(link);
 529       } catch (Exception foo)
 530       {
 531         Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 532         continue;
 533       }
 534
 535       if (!urlLink.isValid())
 536       {
 537         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 538         continue;
 539       }
 540
 541       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 542     }
 543
 544     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 545
 546     // disable link menu if there are no valid entries
 547     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 548     {
 549       linkMenu.setEnabled(true);
 550     }
 551     else
 552     {
 553       linkMenu.setEnabled(false);
 554     }
 555
 556     if (sequence != null)
 557     {
 558       sequenceMenu.add(linkMenu);
 559     }
 560     else
 561     {
 562       add(linkMenu);
 563     }
 564
 565   }
 566
 567   /**
 568    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 569    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 570    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 571    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 572    * <p>
 573    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 574    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 575    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 576    * composite type name, e.g.
 577    * <p>
 578    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 579    *
 580    * @param seq
 581    */
 582   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 583           List<SequenceI> forSequences)
 584   {
 585     showMenu.removeAll();
 586     hideMenu.removeAll();
 587
 588     final List<String> all = Arrays.asList(new String[] { MessageManager
 589             .getString("label.all") });
 590     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
 591     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 592             false);
 593     showMenu.addSeparator();
 594     hideMenu.addSeparator();
 595
 596     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 597             .getAlignmentAnnotation();
 598
 599     /*
 600      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
 601      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
 602      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
 603      * alignment.
 604      */
 605     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
 606     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
 607     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
 608             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
 609
 610     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
 611     {
 612       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
 613       {
 614         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
 615                 false, true);
 616       }
 617     }
 618     // grey out 'show annotations' if none are hidden
 619     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
 620
 621     for (String calcId : shownTypes.keySet())
 622     {
 623       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
 624       {
 625         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
 626                 false, false);
 627       }
 628     }
 629     // grey out 'hide annotations' if none are shown
 630     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
 631   }
 632
 633   /**
 634    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
 635    * is one), else the specified single sequence.
 636    *
 637    * @param seq
 638    * @return
 639    */
 640   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
 641   {
 642     List<SequenceI> forSequences = null;
 643     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
 644     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
 645     {
 646       forSequences = selectionGroup.getSequences();
 647     }
 648     else
 649     {
 650       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 651               : Arrays.asList(seq);
 652     }
 653     return forSequences;
 654   }
 655
 656   /**
 657    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
 658    * menus.
 659    *
 660    * @param showOrHideMenu
 661    *          the menu to add to
 662    * @param forSequences
 663    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
 664    * @param calcId
 665    * @param types
 666    *          the label to add
 667    * @param allTypes
 668    *          if true this is a special label meaning 'All'
 669    * @param actionIsShow
 670    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
 671    *          type, else hide
 672    */
 673   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
 674           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
 675           final List<String> types, final boolean allTypes,
 676           final boolean actionIsShow)
 677   {
 678     String label = types.toString(); // [a, b, c]
 679     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
 680     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 681     item.setToolTipText(calcId);
 682     item.addActionListener(new ActionListener()
 683     {
 684       @Override
 685       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 686       {
 687         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
 688                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
 689         refresh();
 690       }
 691     });
 692     showOrHideMenu.add(item);
 693   }
 694
 695   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
 696   {
 697
 698     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 699     // menu appears asap
 700     // sequence only URLs
 701     // ID/regex match URLs
 702     groupLinksMenu = new JMenu(
 703             MessageManager.getString("action.group_link"));
 704     // three types of url that might be created.
 705     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
 706         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
 707         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
 708         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
 709
 710     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 711     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 712     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<String, Object[]>();
 713     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 714     {
 715
 716       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()), end = seqs[sq]
 717               .findPosition(sg.getEndRes());
 718       // just collect ids from dataset sequence
 719       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 720       // current selection, too
 721       SequenceI sqi = seqs[sq];
 722       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 723       {
 724         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 725       }
 726       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRefs();
 727       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 728       {
 729         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 730         {
 731           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 732           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
 733           if (sarray == null)
 734           {
 735             sarray = new Object[2];
 736             sarray[0] = new int[] { 0 };
 737             sarray[1] = new String[seqs.length];
 738
 739             commonDbrefs.put(src, sarray);
 740           }
 741
 742           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 743           {
 744             if (!dbr[d].hasMap()
 745                     || (dbr[d].getMap().locateMappedRange(start, end) != null))
 746             {
 747               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 748               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 749             }
 750           }
 751         }
 752       }
 753     }
 754     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 755     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 756                              // to user
 757     for (String link : groupLinks)
 758     {
 759       GroupUrlLink urlLink = null;
 760       try
 761       {
 762         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 763       } catch (Exception foo)
 764       {
 765         Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
 766         continue;
 767       }
 768       ;
 769       if (!urlLink.isValid())
 770       {
 771         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 772         continue;
 773       }
 774       final String label = urlLink.getLabel();
 775       boolean usingNames = false;
 776       // Now see which parts of the group apply for this URL
 777       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 778       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 779       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 780       if (idset != null)
 781       {
 782         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 783         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 784         seqstr = new String[numinput];
 785         ids = new String[numinput];
 786         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 787         {
 788           if (allids[sq] != null)
 789           {
 790             ids[idcount] = allids[sq];
 791             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 792           }
 793         }
 794       }
 795       else
 796       {
 797         // just use the id/seq set
 798         seqstr = idandseqs[1];
 799         ids = idandseqs[0];
 800         usingNames = true;
 801       }
 802       // and try and make the groupURL!
 803
 804       Object[] urlset = null;
 805       try
 806       {
 807         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 808                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 809       } catch (UrlStringTooLongException e)
 810       {
 811       }
 812       if (urlset != null)
 813       {
 814         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 815         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 816         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 817         addshowLink(linkMenus[type], label
 818                 + (((type & 1) == 1) ? ("("
 819                         + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")") : ""),
 820                 urlLink, urlset);
 821         addMenu = true;
 822       }
 823     }
 824     if (addMenu)
 825     {
 826       groupLinksMenu = new JMenu(
 827               MessageManager.getString("action.group_link"));
 828       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 829       {
 830         if (linkMenus[m] != null
 831                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 832         {
 833           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 834         }
 835       }
 836
 837       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 838     }
 839   }
 840
 841   private void addshowLinks(JMenu linkMenu, Collection<List<String>> linkset)
 842   {
 843     for (List<String> linkstrset : linkset)
 844     {
 845       // split linkstr into label and url
 846       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 847     }
 848   }
 849
 850   /**
 851    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 852    *
 853    * @param linkMenu
 854    * @param label
 855    *          - menu label string
 856    * @param url
 857    *          - url to open
 858    */
 859   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 860   {
 861     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 862     item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 863             "label.open_url_param", new Object[] { url }));
 864     item.addActionListener(new ActionListener()
 865     {
 866       @Override
 867       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 868       {
 869         new Thread(new Runnable()
 870         {
 871
 872           @Override
 873           public void run()
 874           {
 875             showLink(url);
 876           }
 877
 878         }).start();
 879       }
 880     });
 881
 882     linkMenu.add(item);
 883   }
 884
 885   /**
 886    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 887    *
 888    * @param linkMenu
 889    * @param label
 890    *          - menu label string
 891    * @param urlgenerator
 892    *          GroupURLLink used to generate URL
 893    * @param urlstub
 894    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 895    */
 896   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 897           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 898   {
 899     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 900     item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
 901             "label.open_url_seqs_param",
 902             new Object[] { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 903                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 904     // TODO: put in info about what is being sent.
 905     item.addActionListener(new ActionListener()
 906     {
 907       @Override
 908       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 909       {
 910         new Thread(new Runnable()
 911         {
 912
 913           @Override
 914           public void run()
 915           {
 916             try
 917             {
 918               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 919             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 920             {
 921             }
 922           }
 923
 924         }).start();
 925       }
 926     });
 927
 928     linkMenu.add(item);
 929   }
 930
 931   /**
 932    * DOCUMENT ME!
 933    *
 934    * @throws Exception
 935    *           DOCUMENT ME!
 936    */
 937   private void jbInit() throws Exception
 938   {
 939     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
 940     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
 941     groupName.addActionListener(new ActionListener()
 942     {
 943       @Override
 944       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 945       {
 946         groupName_actionPerformed();
 947       }
 948     });
 949     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
 950     sequenceName.setText(MessageManager
 951             .getString("label.edit_name_description"));
 952     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
 953     {
 954       @Override
 955       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 956       {
 957         sequenceName_actionPerformed();
 958       }
 959     });
 960     chooseAnnotations.setText(MessageManager
 961             .getString("action.choose_annotations"));
 962     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
 963     {
 964       @Override
 965       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 966       {
 967         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
 968       }
 969     });
 970     sequenceDetails.setText(MessageManager
 971             .getString("label.sequence_details"));
 972     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
 973     {
 974       @Override
 975       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 976       {
 977         sequenceDetails_actionPerformed();
 978       }
 979     });
 980     sequenceSelDetails.setText(MessageManager
 981             .getString("label.sequence_details"));
 982     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
 983     {
 984       @Override
 985       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 986       {
 987         sequenceSelectionDetails_actionPerformed();
 988       }
 989     });
 990
 991     unGroupMenuItem
 992             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
 993     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
 994     {
 995       @Override
 996       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 997       {
 998         unGroupMenuItem_actionPerformed();
 999       }
1000     });
1001     createGroupMenuItem.setText(MessageManager
1002             .getString("action.create_group"));
1003     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1004     {
1005       @Override
1006       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1007       {
1008         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1009       }
1010     });
1011
1012     outline.setText(MessageManager.getString("action.border_colour"));
1013     outline.addActionListener(new ActionListener()
1014     {
1015       @Override
1016       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1017       {
1018         outline_actionPerformed();
1019       }
1020     });
1021     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1022     showBoxes.setState(true);
1023     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1024     {
1025       @Override
1026       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1027       {
1028         showBoxes_actionPerformed();
1029       }
1030     });
1031     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1032     showText.setState(true);
1033     showText.addActionListener(new ActionListener()
1034     {
1035       @Override
1036       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1037       {
1038         showText_actionPerformed();
1039       }
1040     });
1041     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1042     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1043     {
1044       @Override
1045       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1046       {
1047         showColourText_actionPerformed();
1048       }
1049     });
1050     displayNonconserved.setText(MessageManager
1051             .getString("label.show_non_conserved"));
1052     displayNonconserved.setState(true);
1053     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1054     {
1055       @Override
1056       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1057       {
1058         showNonconserved_actionPerformed();
1059       }
1060     });
1061     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1062     cut.setText(MessageManager.getString("action.cut"));
1063     cut.addActionListener(new ActionListener()
1064     {
1065       @Override
1066       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1067       {
1068         cut_actionPerformed();
1069       }
1070     });
1071     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1072     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1073     {
1074       @Override
1075       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1076       {
1077         changeCase(e);
1078       }
1079     });
1080     copy.setText(MessageManager.getString("action.copy"));
1081     copy.addActionListener(new ActionListener()
1082     {
1083       @Override
1084       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1085       {
1086         copy_actionPerformed();
1087       }
1088     });
1089     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1090     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1091     {
1092       @Override
1093       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1094       {
1095         changeCase(e);
1096       }
1097     });
1098     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1099     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1100     {
1101       @Override
1102       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1103       {
1104         changeCase(e);
1105       }
1106     });
1107     outputMenu.setText(MessageManager.getString("label.out_to_textbox")
1108             + "...");
1109     seqShowAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1110             .getString("label.show_annotations"));
1111     seqHideAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1112             .getString("label.hide_annotations"));
1113     groupShowAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1114             .getString("label.show_annotations"));
1115     groupHideAnnotationsMenu.setText(MessageManager
1116             .getString("label.hide_annotations"));
1117     sequenceFeature.setText(MessageManager
1118             .getString("label.create_sequence_feature"));
1119     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1120     {
1121       @Override
1122       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1123       {
1124         sequenceFeature_actionPerformed();
1125       }
1126     });
1127     jMenu1.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1128     pdbStructureDialog.setText(MessageManager
1129             .getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1130     pdbStructureDialog.addActionListener(new ActionListener()
1131     {
1132       @Override
1133       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1134       {
1135         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1136         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1137         {
1138           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1139         }
1140         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1141       }
1142     });
1143
1144     rnaStructureMenu.setText(MessageManager
1145             .getString("label.view_rna_structure"));
1146
1147     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1148     editSequence.setText(MessageManager.getString("label.edit_sequence")
1149             + "...");
1150     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1151     {
1152       @Override
1153       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1154       {
1155         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
1156       }
1157     });
1158     makeReferenceSeq.setText(MessageManager
1159             .getString("label.mark_as_representative"));
1160     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1161     {
1162
1163       @Override
1164       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1165       {
1166         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1167
1168       }
1169     });
1170     hideInsertions.setText(MessageManager
1171             .getString("label.hide_insertions"));
1172     hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1173     {
1174
1175       @Override
1176       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1177       {
1178         hideInsertions_actionPerformed(e);
1179       }
1180     });
1181
1182     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1183     add(groupMenu);
1184     add(sequenceMenu);
1185     add(rnaStructureMenu);
1186     add(pdbStructureDialog);
1187     if (sequence != null)
1188     {
1189       add(hideInsertions);
1190     }
1191     // annotations configuration panel suppressed for now
1192     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1193
1194     /*
1195      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1196      * (if a selection group is in force).
1197      */
1198     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1199     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1200     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1201     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1202     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1203     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1204     groupMenu.add(editMenu);
1205     groupMenu.add(outputMenu);
1206     groupMenu.add(sequenceFeature);
1207     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1208     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1209     groupMenu.add(jMenu1);
1210     sequenceMenu.add(sequenceName);
1211     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1212     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1213
1214     initColourMenu();
1215     buildColourMenu();
1216
1217     editMenu.add(copy);
1218     editMenu.add(cut);
1219     editMenu.add(editSequence);
1220     editMenu.add(upperCase);
1221     editMenu.add(lowerCase);
1222     editMenu.add(toggle);
1223     // JBPNote: These shouldn't be added here - should appear in a generic
1224     // 'apply web service to this sequence menu'
1225     // pdbMenu.add(RNAFold);
1226     // pdbMenu.add(ContraFold);
1227     jMenu1.add(groupName);
1228     jMenu1.add(colourMenu);
1229     jMenu1.add(showBoxes);
1230     jMenu1.add(showText);
1231     jMenu1.add(showColourText);
1232     jMenu1.add(outline);
1233     jMenu1.add(displayNonconserved);
1234   }
1235
1236   /**
1237    * Constructs the entries for the colour menu
1238    */
1239   protected void initColourMenu()
1240   {
1241     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1242     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1243     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1244     {
1245       @Override
1246       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1247       {
1248         textColour_actionPerformed();
1249       }
1250     });
1251
1252     abovePIDColour.setText(MessageManager
1253             .getString("label.above_identity_threshold"));
1254     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1255     {
1256       @Override
1257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1258       {
1259         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1260       }
1261     });
1262
1263     modifyPID.setText(MessageManager
1264             .getString("label.modify_identity_threshold"));
1265     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1266     {
1267       @Override
1268       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1269       {
1270         modifyPID_actionPerformed();
1271       }
1272     });
1273
1274     conservationMenuItem.setText(MessageManager
1275             .getString("action.by_conservation"));
1276     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1277     {
1278       @Override
1279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1280       {
1281         conservationMenuItem_actionPerformed(conservationMenuItem
1282                 .isSelected());
1283       }
1284     });
1285
1286     modifyConservation.setText(MessageManager
1287             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1288     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1289     {
1290       @Override
1291       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1292       {
1293         modifyConservation_actionPerformed();
1294       }
1295     });
1296   }
1297
1298   /**
1299    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1300    * were loaded at startup or during the Jalview session
1301    */
1302   protected void buildColourMenu()
1303   {
1304     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1305     if (sg == null)
1306     {
1307       /*
1308        * popup menu with no sequence group scope
1309        */
1310       return;
1311     }
1312     colourMenu.removeAll();
1313     colourMenu.add(textColour);
1314     colourMenu.addSeparator();
1315
1316     ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg, false);
1317
1318     colourMenu.addSeparator();
1319     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1320     colourMenu.add(modifyConservation);
1321     colourMenu.add(abovePIDColour);
1322     colourMenu.add(modifyPID);
1323   }
1324
1325   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1326   {
1327     SequenceGroup sg = getGroup();
1328     if (sg.cs != null)
1329     {
1330       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1331       SliderPanel.showConservationSlider();
1332     }
1333   }
1334
1335   protected void modifyPID_actionPerformed()
1336   {
1337     SequenceGroup sg = getGroup();
1338     if (sg.cs != null)
1339     {
1340       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1341       // .getName());
1342       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1343       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1344               .getName());
1345       SliderPanel.showPIDSlider();
1346     }
1347   }
1348
1349   /**
1350    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1351    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1352    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1353    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1354    * calcId, label and sequenceRef.
1355    *
1356    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1357    * (label) of the annotations that can be added.
1358    *
1359    * @param menuItem
1360    * @param forSequences
1361    */
1362   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1363           List<SequenceI> forSequences)
1364   {
1365     menuItem.setEnabled(false);
1366
1367     /*
1368      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1369      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1370      */
1371     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
1372     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
1373     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1374     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
1375             tipEntries, candidates, al);
1376     if (!candidates.isEmpty())
1377     {
1378       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1379       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1380
1381       /*
1382        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1383        * configure its tooltip and action.
1384        */
1385       menuItem.setEnabled(true);
1386       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1387       {
1388         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1389       }
1390       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1391               tooltip.toString());
1392       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1393
1394       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1395       {
1396         @Override
1397         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1398         {
1399           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1400         }
1401       });
1402     }
1403   }
1404
1405   /**
1406    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1407    *
1408    * @param candidates
1409    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1410    *          of annotations to add to each sequence
1411    */
1412   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1413           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1414   {
1415     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1416     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1417     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1418             selectionGroup);
1419     refresh();
1420   }
1421
1422   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1423   {
1424     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1425     {
1426       // initialise the display flags so the user sees something happen
1427       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1428       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1429       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1430     }
1431     else
1432     {
1433       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1434       {
1435         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1436       }
1437       else
1438       {
1439         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1440       }
1441     }
1442     refresh();
1443   }
1444
1445   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1446   {
1447     if (sequence != null)
1448     {
1449       /* ColumnSelection cs = ap.av.getColumnSelection();
1450        if (cs == null)
1451        {
1452          cs = new ColumnSelection();
1453        }
1454        cs.hideInsertionsFor(sequence);
1455        ap.av.setColumnSelection(cs);*/
1456
1457       HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1458       if (hidden == null)
1459       {
1460         hidden = new HiddenColumns();
1461       }
1462       hidden.hideInsertionsFor(sequence);
1463       ap.av.getAlignment().setHiddenColumns(hidden);
1464     }
1465     refresh();
1466   }
1467
1468   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1469   {
1470     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1471   }
1472
1473   protected void sequenceDetails_actionPerformed()
1474   {
1475     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1476   }
1477
1478   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1479   {
1480     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1481     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1482     for (SequenceI seq : sequences)
1483     {
1484       contents.append("<p><h2>"
1485               + MessageManager
1486                       .formatMessage(
1487                               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1488                               new Object[] { seq.getDisplayId(true) })
1489               + "</h2></p><p>");
1490       new SequenceAnnotationReport(null)
1491               .createSequenceAnnotationReport(
1492                       contents,
1493                       seq,
1494                       true,
1495                       true,
1496                       (ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr != null) ? ap
1497                               .getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax()
1498                               : null);
1499       contents.append("</p>");
1500     }
1501     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
1502
1503     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
1504             "label.sequence_details_for",
1505             (sequences.length == 1 ? new Object[] { sequences[0]
1506                     .getDisplayId(true) } : new Object[] { MessageManager
1507                     .getString("label.selection") })), 500, 400);
1508
1509   }
1510
1511   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1512   {
1513     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1514     refresh();
1515   }
1516
1517   /**
1518    * call to refresh view after settings change
1519    */
1520   void refresh()
1521   {
1522     ap.updateAnnotation();
1523     ap.paintAlignment(true);
1524
1525     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1526   }
1527
1528   /*
1529    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1530    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1531    */
1532   /**
1533    * DOCUMENT ME!
1534    *
1535    * @param selected
1536    *
1537    * @param e
1538    *          DOCUMENT ME!
1539    */
1540   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1541   {
1542     SequenceGroup sg = getGroup();
1543     if (sg.cs == null)
1544     {
1545       return;
1546     }
1547
1548     if (selected)
1549     {
1550       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1551               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1552               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1553
1554       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1555               sg.getGroupColourScheme(), getGroup()
1556               .getName());
1557
1558       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1559
1560       SliderPanel.showPIDSlider();
1561     }
1562     else
1563     // remove PIDColouring
1564     {
1565       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1566       SliderPanel.hidePIDSlider();
1567     }
1568     modifyPID.setEnabled(selected);
1569
1570     refresh();
1571   }
1572
1573   /**
1574    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1575    * to show or hide.
1576    *
1577    * @param e
1578    */
1579   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1580   {
1581     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1582     new AnnotationChooser(ap);
1583   }
1584
1585   /**
1586    * DOCUMENT ME!
1587    *
1588    * @param e
1589    *          DOCUMENT ME!
1590    */
1591   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1592   {
1593     SequenceGroup sg = getGroup();
1594     if (sg.cs == null)
1595     {
1596       return;
1597     }
1598
1599     if (selected)
1600     {
1601       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1602       Conservation c = new Conservation("Group", sg.getSequences(ap.av
1603               .getHiddenRepSequences()), sg.getStartRes(),
1604               sg.getEndRes() + 1);
1605
1606       c.calculate();
1607       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1608       sg.cs.setConservation(c);
1609
1610       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1611               sg.getName());
1612       SliderPanel.showConservationSlider();
1613     }
1614     else
1615     // remove ConservationColouring
1616     {
1617       sg.cs.setConservation(null);
1618       SliderPanel.hideConservationSlider();
1619     }
1620     modifyConservation.setEnabled(selected);
1621
1622     refresh();
1623   }
1624
1625   /**
1626    * DOCUMENT ME!
1627    *
1628    * @param e
1629    *          DOCUMENT ME!
1630    */
1631   protected void groupName_actionPerformed()
1632   {
1633
1634     SequenceGroup sg = getGroup();
1635     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1636             sg.getDescription(), "       "
1637                     + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",
1638             MessageManager.getString("label.group_description") + " ",
1639             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1640             ap.alignFrame);
1641
1642     if (!dialog.accept)
1643     {
1644       return;
1645     }
1646
1647     sg.setName(dialog.getName());
1648     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1649     refresh();
1650   }
1651
1652   /**
1653    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1654    *
1655    * @return sequence group to operate on
1656    */
1657   SequenceGroup getGroup()
1658   {
1659     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1660     // this method won't add a new group if it already exists
1661     if (sg != null)
1662     {
1663       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1664     }
1665
1666     return sg;
1667   }
1668
1669   /**
1670    * DOCUMENT ME!
1671    *
1672    * @param e
1673    *          DOCUMENT ME!
1674    */
1675   void sequenceName_actionPerformed()
1676   {
1677     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1678             sequence.getDescription(),
1679             "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name")
1680                     + " ",
1681             MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ",
1682             MessageManager
1683                     .getString("label.edit_sequence_name_description"),
1684             ap.alignFrame);
1685
1686     if (!dialog.accept)
1687     {
1688       return;
1689     }
1690
1691     if (dialog.getName() != null)
1692     {
1693       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1694       {
1695         JvOptionPane
1696                 .showMessageDialog(
1697                         ap,
1698                         MessageManager
1699                                 .getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),
1700                         MessageManager
1701                                 .getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
1702                         JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1703       }
1704
1705       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1706       ap.paintAlignment(false);
1707     }
1708
1709     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1710
1711     ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1712             .getSequences());
1713
1714   }
1715
1716   /**
1717    * DOCUMENT ME!
1718    *
1719    * @param e
1720    *          DOCUMENT ME!
1721    */
1722   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1723   {
1724     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1725     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1726     ap.av.setSelectionGroup(null);
1727     refresh();
1728   }
1729
1730   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1731   {
1732     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
1733                 // standard alignment window logic for this
1734     refresh();
1735   }
1736
1737   /**
1738    * DOCUMENT ME!
1739    *
1740    * @param e
1741    *          DOCUMENT ME!
1742    */
1743   protected void outline_actionPerformed()
1744   {
1745     SequenceGroup sg = getGroup();
1746     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
1747             MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),
1748             Color.BLUE);
1749
1750     if (col != null)
1751     {
1752       sg.setOutlineColour(col);
1753     }
1754
1755     refresh();
1756   }
1757
1758   /**
1759    * DOCUMENT ME!
1760    *
1761    * @param e
1762    *          DOCUMENT ME!
1763    */
1764   public void showBoxes_actionPerformed()
1765   {
1766     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1767     refresh();
1768   }
1769
1770   /**
1771    * DOCUMENT ME!
1772    *
1773    * @param e
1774    *          DOCUMENT ME!
1775    */
1776   public void showText_actionPerformed()
1777   {
1778     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1779     refresh();
1780   }
1781
1782   /**
1783    * DOCUMENT ME!
1784    *
1785    * @param e
1786    *          DOCUMENT ME!
1787    */
1788   public void showColourText_actionPerformed()
1789   {
1790     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1791     refresh();
1792   }
1793
1794   public void showLink(String url)
1795   {
1796     try
1797     {
1798       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1799     } catch (Exception ex)
1800     {
1801       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1802               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
1803               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
1804               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1805
1806       ex.printStackTrace();
1807     }
1808   }
1809
1810   void hideSequences(boolean representGroup)
1811   {
1812     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
1813   }
1814
1815   public void copy_actionPerformed()
1816   {
1817     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1818   }
1819
1820   public void cut_actionPerformed()
1821   {
1822     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1823   }
1824
1825   void changeCase(ActionEvent e)
1826   {
1827     Object source = e.getSource();
1828     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1829
1830     if (sg != null)
1831     {
1832       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
1833               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1834
1835       String description;
1836       int caseChange;
1837
1838       if (source == toggle)
1839       {
1840         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
1841         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1842       }
1843       else if (source == upperCase)
1844       {
1845         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
1846         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1847       }
1848       else
1849       {
1850         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
1851         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1852       }
1853
1854       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1855               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1856               startEnd, caseChange);
1857
1858       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1859
1860       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1861               .getSequences());
1862
1863     }
1864   }
1865
1866   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1867   {
1868     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1869     cap.setForInput(null);
1870     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager.formatMessage(
1871             "label.alignment_output_command",
1872             new Object[] { e.getActionCommand() }), 600, 500);
1873
1874     String[] omitHidden = null;
1875
1876     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
1877     // or we simply trust the user wants
1878     // wysiwig behaviour
1879
1880     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance().forName(e.getActionCommand());
1881     cap.setText(new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
1882   }
1883
1884   public void sequenceFeature_actionPerformed()
1885   {
1886     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1887     if (sg == null)
1888     {
1889       return;
1890     }
1891
1892     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
1893     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
1894
1895     /*
1896      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
1897      * for the amend features dialog
1898      */
1899     int gSize = sg.getSize();
1900     for (int i = 0; i < gSize; i++)
1901     {
1902       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
1903       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
1904       if (start <= end)
1905       {
1906         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
1907         features.add(new SequenceFeature(null, null, null, start, end,
1908                 "Jalview"));
1909       }
1910     }
1911
1912     if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
1913             features, true, ap, null))
1914     {
1915       ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
1916       ap.highlightSearchResults(null);
1917     }
1918   }
1919
1920   public void textColour_actionPerformed()
1921   {
1922     SequenceGroup sg = getGroup();
1923     if (sg != null)
1924     {
1925       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
1926     }
1927   }
1928
1929   public void colourByStructure(String pdbid)
1930   {
1931     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager()
1932             .colourSequenceFromStructure(sequence, pdbid);
1933
1934     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
1935             "Coloured by " + pdbid, anots);
1936
1937     ap.av.getAlignment().addAnnotation(an);
1938     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
1939     // an.adjustForAlignment();
1940     ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(an, 0);
1941
1942     ap.adjustAnnotationHeight();
1943
1944     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
1945
1946   }
1947
1948   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1949   {
1950     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1951
1952     if (sg != null)
1953     {
1954       if (sequence == null)
1955       {
1956         sequence = sg.getSequenceAt(0);
1957       }
1958
1959       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
1960               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
1961                       sg.getEndRes() + 1), null,
1962               MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,
1963               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
1964               ap.alignFrame);
1965
1966       if (dialog.accept)
1967       {
1968         EditCommand editCommand = new EditCommand(
1969                 MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
1970                 Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
1971                         ap.av.getGapCharacter()),
1972                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1973                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
1974
1975         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
1976
1977         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
1978                 .getSequences());
1979       }
1980     }
1981   }
1982
1983   /**
1984    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
1985    * its bespoke action handler)
1986    *
1987    * @return
1988    */
1989   @Override
1990   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
1991   {
1992     SequenceGroup sg = getGroup();
1993     /*
1994      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
1995      */
1996     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
1997             .getColourScheme(colourSchemeName, sg,
1998                     ap.av.getHiddenRepSequences());
1999     sg.setColourScheme(colourScheme);
2000     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2001             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2002     {
2003       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2004               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2005               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2006     }
2007
2008     refresh();
2009   }
2010
2011 }