src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Annotation;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  41 import jalview.io.FileFormatI;
  42 import jalview.io.FileFormats;
  43 import jalview.io.FormatAdapter;
  44 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  45 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  46 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  48 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  49 import jalview.util.GroupUrlLink;
  50 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  51 import jalview.util.MessageManager;
  52 import jalview.util.StringUtils;
  53 import jalview.util.UrlLink;
  54
  55 import java.awt.Color;
  56 import java.awt.event.ActionEvent;
  57 import java.awt.event.ActionListener;
  58 import java.util.ArrayList;
  59 import java.util.Arrays;
  60 import java.util.BitSet;
  61 import java.util.Collection;
  62 import java.util.Collections;
  63 import java.util.Hashtable;
  64 import java.util.LinkedHashMap;
  65 import java.util.List;
  66 import java.util.Map;
  67 import java.util.SortedMap;
  68 import java.util.TreeMap;
  69 import java.util.Vector;
  70
  71 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  72 import javax.swing.JColorChooser;
  73 import javax.swing.JMenu;
  74 import javax.swing.JMenuItem;
  75 import javax.swing.JPopupMenu;
  76
  77 /**
  78  * DOCUMENT ME!
  79  *
  80  * @author $author$
  81  * @version $Revision: 1.118 $
  82  */
  83 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  84 {
  85   JMenu groupMenu = new JMenu();
  86
  87   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  88
  89   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  90
  91   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
  92
  93   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
  94
  95   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
  96
  97   AlignmentPanel ap;
  98
  99   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 100
 101   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
 102
 103   JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem();
 104
 105   JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 108
 109   JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem();
 110
 111   SequenceI sequence;
 112
 113   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 114
 115   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem outline = new JMenuItem();
 118
 119   JMenu colourMenu = new JMenu();
 120
 121   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 122
 123   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 124
 125   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 126
 127   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 128
 129   JMenu editMenu = new JMenu();
 130
 131   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 132
 133   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 134
 135   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 136
 137   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 138
 139   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 140
 141   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 142
 143   JMenu outputMenu = new JMenu();
 144
 145   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 146
 147   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 148
 149   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 150           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 151
 152   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 153
 154   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 155
 156   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 157           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 158
 159   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 160
 161   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 162
 163   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 164
 165   JMenuItem pdbStructureDialog = new JMenuItem();
 166
 167   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 168
 169   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 170
 171   JMenu groupLinksMenu;
 172
 173   JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem();
 174
 175   /**
 176    * Creates a new PopupMenu object.
 177    *
 178    * @param ap
 179    * @param seq
 180    * @param features
 181    *          non-positional features (for seq not null), or positional features
 182    *          at residue (for seq equal to null)
 183    */
 184   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq,
 185           List<SequenceFeature> features)
 186   {
 187     this(ap, seq, features, null);
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Constructor
 192    *
 193    * @param alignPanel
 194    * @param seq
 195    *          the sequence under the cursor if in the Id panel, null if in the
 196    *          sequence panel
 197    * @param features
 198    *          non-positional features if in the Id panel, features at the
 199    *          clicked residue if in the sequence panel
 200    * @param groupLinks
 201    */
 202   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 203           List<SequenceFeature> features, List<String> groupLinks)
 204   {
 205     // /////////////////////////////////////////////////////////
 206     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 207     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 208     //
 209     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 210     // ////////////////////////////////////////////////////////
 211     this.ap = alignPanel;
 212     sequence = seq;
 213
 214     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 215     {
 216       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 217
 218       item.addActionListener(new ActionListener()
 219       {
 220         @Override
 221         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 222         {
 223           outputText_actionPerformed(e);
 224         }
 225       });
 226
 227       outputMenu.add(item);
 228     }
 229
 230     /*
 231      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 232      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 233      * currently selected sequence (if there is one):
 234      */
 235     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null
 236             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 237             : Arrays.asList(seq));
 238     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 239             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 240     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 241             selectedSequence);
 242
 243     /*
 244      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 245      */
 246     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av.getSelectionGroup() == null
 247             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 248             : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 249     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 250             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 251     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 252             selectedGroup);
 253
 254     try
 255     {
 256       jbInit();
 257     } catch (Exception e)
 258     {
 259       e.printStackTrace();
 260     }
 261
 262     JMenuItem menuItem;
 263     if (seq != null)
 264     {
 265       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 266       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 267       {
 268         makeReferenceSeq.setText(
 269                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 270       }
 271       else
 272       {
 273         makeReferenceSeq.setText(
 274                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 275       }
 276
 277       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 278       {
 279         remove(rnaStructureMenu);
 280       }
 281       else
 282       {
 283         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 284         /*
 285          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 286          * structure annotation
 287          */
 288         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 289                 .getAlignmentAnnotation();
 290         if (aas != null)
 291         {
 292           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 293           {
 294             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 295             {
 296               /*
 297                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 298                */
 299               menuItem = new JMenuItem();
 300               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 301                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 302                       { aa.label }));
 303               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 304               {
 305                 @Override
 306                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 307                 {
 308                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 309                 }
 310               });
 311               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 312             }
 313           }
 314         }
 315
 316         if (seq.getAnnotation() != null)
 317         {
 318           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 319           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 320           {
 321             if (aa.isValidStruc())
 322             {
 323               /*
 324                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 325                */
 326               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 327               menuItem = new JMenuItem();
 328               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 329                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 330                       { seq.getName() }));
 331               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 332               {
 333                 @Override
 334                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 335                 {
 336                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 337                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 338                 }
 339               });
 340               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 341             }
 342           }
 343         }
 344         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 345         {
 346           remove(rnaStructureMenu);
 347         }
 348       }
 349
 350       menuItem = new JMenuItem(
 351               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 352       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 353       {
 354         @Override
 355         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 356         {
 357           hideSequences(false);
 358         }
 359       });
 360       add(menuItem);
 361
 362       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 363               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 364       {
 365         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 366                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 367                 { seq.getName() }));
 368         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 369         {
 370           @Override
 371           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 372           {
 373             hideSequences(true);
 374           }
 375         });
 376         sequenceMenu.add(menuItem);
 377       }
 378
 379       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 380       {
 381         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 382
 383         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 384                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 385         {
 386           menuItem = new JMenuItem(
 387                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 388           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 389           {
 390             @Override
 391             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 392             {
 393               alignPanel.av.showSequence(index);
 394               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 395               {
 396                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 397               }
 398             }
 399           });
 400           add(menuItem);
 401         }
 402       }
 403     }
 404     // for the case when no sequences are even visible
 405     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 406     {
 407       {
 408         menuItem = new JMenuItem(
 409                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 410         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 411         {
 412           @Override
 413           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 414           {
 415             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 416             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 417             {
 418               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 419             }
 420           }
 421         });
 422
 423         add(menuItem);
 424       }
 425     }
 426
 427     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 428     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 429             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 430             : false;
 431
 432     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 433     {
 434       groupName.setText(MessageManager
 435               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 436
 437       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 438
 439       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 440
 441       if (sg.cs != null)
 442       {
 443         if (sg.cs.conservationApplied())
 444         {
 445           conservationMenuItem.setSelected(true);
 446         }
 447         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 448         {
 449           abovePIDColour.setSelected(true);
 450         }
 451       }
 452       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 453       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 454       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 455       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 456       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 457       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 458       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 459       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 460       {
 461         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 462       }
 463       // Add a 'show all structures' for the current selection
 464       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(), reppdb = new Hashtable<>();
 465
 466       SequenceI sqass = null;
 467       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 468       {
 469         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 470         if (pes != null && pes.size() > 0)
 471         {
 472           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 473           for (PDBEntry pe : pes)
 474           {
 475             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 476             if (sqass == null)
 477             {
 478               sqass = sq;
 479             }
 480           }
 481         }
 482       }
 483       if (pdbe.size() > 0)
 484       {
 485         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 486                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 487                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 488         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 489       }
 490     }
 491     else
 492     {
 493       groupMenu.setVisible(false);
 494       editMenu.setVisible(false);
 495     }
 496
 497     if (!isDefinedGroup)
 498     {
 499       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 500       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 501       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 502     }
 503     else
 504     {
 505       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 506       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 507       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 508     }
 509
 510     if (seq == null)
 511     {
 512       sequenceMenu.setVisible(false);
 513       pdbStructureDialog.setVisible(false);
 514       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 515     }
 516
 517     addLinks(seq, features);
 518
 519     if (seq == null)
 520     {
 521       addFeatureDetails(features);
 522     }
 523   }
 524
 525   /**
 526    * Add a link to show feature details for each sequence feature
 527    *
 528    * @param features
 529    */
 530   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features)
 531   {
 532     if (features == null || features.isEmpty())
 533     {
 534       return;
 535     }
 536     JMenu details = new JMenu(
 537             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 538     add(details);
 539
 540     for (final SequenceFeature sf : features)
 541     {
 542       int start = sf.getBegin();
 543       int end = sf.getEnd();
 544       String desc = null;
 545       if (start == end)
 546       {
 547         desc = String.format("%s %d", sf.getType(), start);
 548       }
 549       else
 550       {
 551         desc = String.format("%s %d-%d", sf.getType(), start, end);
 552       }
 553       String tooltip = desc;
 554       String description = sf.getDescription();
 555       if (description != null)
 556       {
 557         description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 558         if (description.length() > 12)
 559         {
 560           desc = desc + " " + description.substring(0, 12) + "..";
 561         }
 562         else
 563         {
 564           desc = desc + " " + description;
 565         }
 566         tooltip = tooltip + " " + description;
 567       }
 568       if (sf.getFeatureGroup() != null)
 569       {
 570         tooltip = tooltip + (" (" + sf.getFeatureGroup() + ")");
 571       }
 572       JMenuItem item = new JMenuItem(desc);
 573       item.setToolTipText(tooltip);
 574       item.addActionListener(new ActionListener()
 575       {
 576         @Override
 577         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 578         {
 579           showFeatureDetails(sf);
 580         }
 581       });
 582       details.add(item);
 583     }
 584   }
 585
 586   /**
 587    * Opens a panel showing a text report of feature dteails
 588    *
 589    * @param sf
 590    */
 591   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf)
 592   {
 593     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 594     // it appears Java's CSS does not support border-collaps :-(
 595     cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 596     cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 597     cap.setText(sf.getDetailsReport());
 598
 599     Desktop.addInternalFrame(cap,
 600             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 601   }
 602
 603   /**
 604    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 605    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 606    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 607    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 608    * provided features are added.
 609    *
 610    * @param seq
 611    * @param features
 612    */
 613   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 614   {
 615     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 616
 617     List<String> nlinks = null;
 618     if (seq != null)
 619     {
 620       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 621       UrlLink.sort(nlinks);
 622     }
 623     else
 624     {
 625       nlinks = new ArrayList<>();
 626     }
 627
 628     if (features != null)
 629     {
 630       for (SequenceFeature sf : features)
 631       {
 632         if (sf.links != null)
 633         {
 634           for (String link : sf.links)
 635           {
 636             nlinks.add(link);
 637           }
 638         }
 639       }
 640     }
 641
 642     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 643
 644     for (String link : nlinks)
 645     {
 646       UrlLink urlLink = null;
 647       try
 648       {
 649         urlLink = new UrlLink(link);
 650       } catch (Exception foo)
 651       {
 652         Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 653         continue;
 654       }
 655
 656       if (!urlLink.isValid())
 657       {
 658         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 659         continue;
 660       }
 661
 662       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 663     }
 664
 665     addshowLinks(linkMenu, linkset.values());
 666
 667     // only add link menu if it has entries
 668     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 669     {
 670       if (sequence != null)
 671       {
 672         sequenceMenu.add(linkMenu);
 673       }
 674       else
 675       {
 676         add(linkMenu);
 677       }
 678     }
 679   }
 680
 681   /**
 682    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 683    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 684    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 685    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 686    * <p>
 687    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 688    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 689    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 690    * composite type name, e.g.
 691    * <p>
 692    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 693    *
 694    * @param seq
 695    */
 696   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 697           List<SequenceI> forSequences)
 698   {
 699     showMenu.removeAll();
 700     hideMenu.removeAll();
 701
 702     final List<String> all = Arrays
 703             .asList(new String[]
 704             { MessageManager.getString("label.all") });
 705     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 706             true);
 707     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 708             false);
 709     showMenu.addSeparator();
 710     hideMenu.addSeparator();
 711
 712     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 713             .getAlignmentAnnotation();
 714
 715     /*
 716      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
 717      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
 718      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
 719      * alignment.
 720      */
 721     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
 722     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
 723     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
 724             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
 725
 726     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
 727     {
 728       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
 729       {
 730         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
 731                 false, true);
 732       }
 733     }
 734     // grey out 'show annotations' if none are hidden
 735     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
 736
 737     for (String calcId : shownTypes.keySet())
 738     {
 739       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
 740       {
 741         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
 742                 false, false);
 743       }
 744     }
 745     // grey out 'hide annotations' if none are shown
 746     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
 747   }
 748
 749   /**
 750    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
 751    * is one), else the specified single sequence.
 752    *
 753    * @param seq
 754    * @return
 755    */
 756   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
 757   {
 758     List<SequenceI> forSequences = null;
 759     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
 760     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
 761     {
 762       forSequences = selectionGroup.getSequences();
 763     }
 764     else
 765     {
 766       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 767               : Arrays.asList(seq);
 768     }
 769     return forSequences;
 770   }
 771
 772   /**
 773    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
 774    * menus.
 775    *
 776    * @param showOrHideMenu
 777    *          the menu to add to
 778    * @param forSequences
 779    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
 780    * @param calcId
 781    * @param types
 782    *          the label to add
 783    * @param allTypes
 784    *          if true this is a special label meaning 'All'
 785    * @param actionIsShow
 786    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
 787    *          type, else hide
 788    */
 789   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
 790           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
 791           final List<String> types, final boolean allTypes,
 792           final boolean actionIsShow)
 793   {
 794     String label = types.toString(); // [a, b, c]
 795     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
 796     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 797     item.setToolTipText(calcId);
 798     item.addActionListener(new ActionListener()
 799     {
 800       @Override
 801       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 802       {
 803         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
 804                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
 805         refresh();
 806       }
 807     });
 808     showOrHideMenu.add(item);
 809   }
 810
 811   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
 812   {
 813
 814     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 815     // menu appears asap
 816     // sequence only URLs
 817     // ID/regex match URLs
 818     groupLinksMenu = new JMenu(
 819             MessageManager.getString("action.group_link"));
 820     // three types of url that might be created.
 821     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
 822         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
 823         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
 824         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
 825
 826     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
 827     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
 828     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
 829     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
 830     {
 831
 832       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
 833               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
 834       // just collect ids from dataset sequence
 835       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
 836       // current selection, too
 837       SequenceI sqi = seqs[sq];
 838       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
 839       {
 840         sqi = sqi.getDatasetSequence();
 841       }
 842       DBRefEntry[] dbr = sqi.getDBRefs();
 843       if (dbr != null && dbr.length > 0)
 844       {
 845         for (int d = 0; d < dbr.length; d++)
 846         {
 847           String src = dbr[d].getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
 848           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
 849           if (sarray == null)
 850           {
 851             sarray = new Object[2];
 852             sarray[0] = new int[] { 0 };
 853             sarray[1] = new String[seqs.length];
 854
 855             commonDbrefs.put(src, sarray);
 856           }
 857
 858           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
 859           {
 860             if (!dbr[d].hasMap() || (dbr[d].getMap()
 861                     .locateMappedRange(start, end) != null))
 862             {
 863               ((String[]) sarray[1])[sq] = dbr[d].getAccessionId();
 864               ((int[]) sarray[0])[0]++;
 865             }
 866           }
 867         }
 868       }
 869     }
 870     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
 871     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
 872                              // to user
 873     for (String link : groupLinks)
 874     {
 875       GroupUrlLink urlLink = null;
 876       try
 877       {
 878         urlLink = new GroupUrlLink(link);
 879       } catch (Exception foo)
 880       {
 881         Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
 882         continue;
 883       }
 884       ;
 885       if (!urlLink.isValid())
 886       {
 887         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 888         continue;
 889       }
 890       final String label = urlLink.getLabel();
 891       boolean usingNames = false;
 892       // Now see which parts of the group apply for this URL
 893       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
 894       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
 895       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
 896       if (idset != null)
 897       {
 898         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
 899         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
 900         seqstr = new String[numinput];
 901         ids = new String[numinput];
 902         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
 903         {
 904           if (allids[sq] != null)
 905           {
 906             ids[idcount] = allids[sq];
 907             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
 908           }
 909         }
 910       }
 911       else
 912       {
 913         // just use the id/seq set
 914         seqstr = idandseqs[1];
 915         ids = idandseqs[0];
 916         usingNames = true;
 917       }
 918       // and try and make the groupURL!
 919
 920       Object[] urlset = null;
 921       try
 922       {
 923         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
 924                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
 925       } catch (UrlStringTooLongException e)
 926       {
 927       }
 928       if (urlset != null)
 929       {
 930         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
 931         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
 932         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
 933         addshowLink(linkMenus[type],
 934                 label + (((type & 1) == 1)
 935                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
 936                         : ""),
 937                 urlLink, urlset);
 938         addMenu = true;
 939       }
 940     }
 941     if (addMenu)
 942     {
 943       groupLinksMenu = new JMenu(
 944               MessageManager.getString("action.group_link"));
 945       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
 946       {
 947         if (linkMenus[m] != null
 948                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
 949         {
 950           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
 951         }
 952       }
 953
 954       groupMenu.add(groupLinksMenu);
 955     }
 956   }
 957
 958   private void addshowLinks(JMenu linkMenu,
 959           Collection<List<String>> linkset)
 960   {
 961     for (List<String> linkstrset : linkset)
 962     {
 963       // split linkstr into label and url
 964       addshowLink(linkMenu, linkstrset.get(1), linkstrset.get(3));
 965     }
 966   }
 967
 968   /**
 969    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 970    *
 971    * @param linkMenu
 972    * @param label
 973    *          - menu label string
 974    * @param url
 975    *          - url to open
 976    */
 977   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label, final String url)
 978   {
 979     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 980     item.setToolTipText(MessageManager.formatMessage("label.open_url_param",
 981             new Object[]
 982             { url }));
 983     item.addActionListener(new ActionListener()
 984     {
 985       @Override
 986       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 987       {
 988         new Thread(new Runnable()
 989         {
 990
 991           @Override
 992           public void run()
 993           {
 994             showLink(url);
 995           }
 996
 997         }).start();
 998       }
 999     });
1000
1001     linkMenu.add(item);
1002   }
1003
1004   /**
1005    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
1006    *
1007    * @param linkMenu
1008    * @param label
1009    *          - menu label string
1010    * @param urlgenerator
1011    *          GroupURLLink used to generate URL
1012    * @param urlstub
1013    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
1014    */
1015   private void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
1016           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
1017   {
1018     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1019     item.setToolTipText(MessageManager
1020             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
1021             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
1022                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
1023     // TODO: put in info about what is being sent.
1024     item.addActionListener(new ActionListener()
1025     {
1026       @Override
1027       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1028       {
1029         new Thread(new Runnable()
1030         {
1031
1032           @Override
1033           public void run()
1034           {
1035             try
1036             {
1037               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
1038             } catch (UrlStringTooLongException e2)
1039             {
1040             }
1041           }
1042
1043         }).start();
1044       }
1045     });
1046
1047     linkMenu.add(item);
1048   }
1049
1050   /**
1051    * DOCUMENT ME!
1052    *
1053    * @throws Exception
1054    *           DOCUMENT ME!
1055    */
1056   private void jbInit() throws Exception
1057   {
1058     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1059     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1060     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1061     {
1062       @Override
1063       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1064       {
1065         groupName_actionPerformed();
1066       }
1067     });
1068     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1069     sequenceName.setText(
1070             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1071     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1072     {
1073       @Override
1074       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1075       {
1076         sequenceName_actionPerformed();
1077       }
1078     });
1079     chooseAnnotations
1080             .setText(MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1081     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1082     {
1083       @Override
1084       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1085       {
1086         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1087       }
1088     });
1089     sequenceDetails
1090             .setText(MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1091     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1092     {
1093       @Override
1094       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1095       {
1096         sequenceDetails_actionPerformed();
1097       }
1098     });
1099     sequenceSelDetails
1100             .setText(MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1101     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1102     {
1103       @Override
1104       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1105       {
1106         sequenceSelectionDetails_actionPerformed();
1107       }
1108     });
1109
1110     unGroupMenuItem
1111             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1112     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1113     {
1114       @Override
1115       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1116       {
1117         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1118       }
1119     });
1120     createGroupMenuItem
1121             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1122     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1123     {
1124       @Override
1125       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1126       {
1127         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1128       }
1129     });
1130
1131     outline.setText(MessageManager.getString("action.border_colour"));
1132     outline.addActionListener(new ActionListener()
1133     {
1134       @Override
1135       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1136       {
1137         outline_actionPerformed();
1138       }
1139     });
1140     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1141     showBoxes.setState(true);
1142     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1143     {
1144       @Override
1145       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1146       {
1147         showBoxes_actionPerformed();
1148       }
1149     });
1150     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1151     showText.setState(true);
1152     showText.addActionListener(new ActionListener()
1153     {
1154       @Override
1155       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1156       {
1157         showText_actionPerformed();
1158       }
1159     });
1160     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1161     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1162     {
1163       @Override
1164       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1165       {
1166         showColourText_actionPerformed();
1167       }
1168     });
1169     displayNonconserved
1170             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1171     displayNonconserved.setState(true);
1172     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1173     {
1174       @Override
1175       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1176       {
1177         showNonconserved_actionPerformed();
1178       }
1179     });
1180     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1181     cut.setText(MessageManager.getString("action.cut"));
1182     cut.addActionListener(new ActionListener()
1183     {
1184       @Override
1185       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1186       {
1187         cut_actionPerformed();
1188       }
1189     });
1190     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1191     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1192     {
1193       @Override
1194       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1195       {
1196         changeCase(e);
1197       }
1198     });
1199     copy.setText(MessageManager.getString("action.copy"));
1200     copy.addActionListener(new ActionListener()
1201     {
1202       @Override
1203       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1204       {
1205         copy_actionPerformed();
1206       }
1207     });
1208     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1209     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1210     {
1211       @Override
1212       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1213       {
1214         changeCase(e);
1215       }
1216     });
1217     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1218     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1219     {
1220       @Override
1221       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1222       {
1223         changeCase(e);
1224       }
1225     });
1226     outputMenu.setText(
1227             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1228     seqShowAnnotationsMenu
1229             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1230     seqHideAnnotationsMenu
1231             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1232     groupShowAnnotationsMenu
1233             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1234     groupHideAnnotationsMenu
1235             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1236     sequenceFeature.setText(
1237             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1238     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1239     {
1240       @Override
1241       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1242       {
1243         sequenceFeature_actionPerformed();
1244       }
1245     });
1246     jMenu1.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1247     pdbStructureDialog.setText(
1248             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1249     pdbStructureDialog.addActionListener(new ActionListener()
1250     {
1251       @Override
1252       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1253       {
1254         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1255         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1256         {
1257           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1258         }
1259         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1260       }
1261     });
1262
1263     rnaStructureMenu
1264             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1265
1266     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1267     editSequence.setText(
1268             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1269     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1270     {
1271       @Override
1272       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1273       {
1274         editSequence_actionPerformed(actionEvent);
1275       }
1276     });
1277     makeReferenceSeq.setText(
1278             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1279     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1280     {
1281
1282       @Override
1283       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1284       {
1285         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1286
1287       }
1288     });
1289     hideInsertions
1290             .setText(MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1291     hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1292     {
1293
1294       @Override
1295       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1296       {
1297         hideInsertions_actionPerformed(e);
1298       }
1299     });
1300
1301     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1302     add(groupMenu);
1303     add(sequenceMenu);
1304     add(rnaStructureMenu);
1305     add(pdbStructureDialog);
1306     if (sequence != null)
1307     {
1308       add(hideInsertions);
1309     }
1310     // annotations configuration panel suppressed for now
1311     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1312
1313     /*
1314      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1315      * (if a selection group is in force).
1316      */
1317     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1318     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1319     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1320     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1321     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1322     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1323     groupMenu.add(editMenu);
1324     groupMenu.add(outputMenu);
1325     groupMenu.add(sequenceFeature);
1326     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1327     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1328     groupMenu.add(jMenu1);
1329     sequenceMenu.add(sequenceName);
1330     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1331     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1332
1333     initColourMenu();
1334     buildColourMenu();
1335
1336     editMenu.add(copy);
1337     editMenu.add(cut);
1338     editMenu.add(editSequence);
1339     editMenu.add(upperCase);
1340     editMenu.add(lowerCase);
1341     editMenu.add(toggle);
1342     // JBPNote: These shouldn't be added here - should appear in a generic
1343     // 'apply web service to this sequence menu'
1344     // pdbMenu.add(RNAFold);
1345     // pdbMenu.add(ContraFold);
1346     jMenu1.add(groupName);
1347     jMenu1.add(colourMenu);
1348     jMenu1.add(showBoxes);
1349     jMenu1.add(showText);
1350     jMenu1.add(showColourText);
1351     jMenu1.add(outline);
1352     jMenu1.add(displayNonconserved);
1353   }
1354
1355   /**
1356    * Constructs the entries for the colour menu
1357    */
1358   protected void initColourMenu()
1359   {
1360     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1361     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1362     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1363     {
1364       @Override
1365       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1366       {
1367         textColour_actionPerformed();
1368       }
1369     });
1370
1371     abovePIDColour.setText(
1372             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1373     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1374     {
1375       @Override
1376       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1377       {
1378         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1379       }
1380     });
1381
1382     modifyPID.setText(
1383             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1384     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1385     {
1386       @Override
1387       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1388       {
1389         modifyPID_actionPerformed();
1390       }
1391     });
1392
1393     conservationMenuItem
1394             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1395     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1396     {
1397       @Override
1398       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1399       {
1400         conservationMenuItem_actionPerformed(
1401                 conservationMenuItem.isSelected());
1402       }
1403     });
1404
1405     modifyConservation.setText(MessageManager
1406             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1407     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1408     {
1409       @Override
1410       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1411       {
1412         modifyConservation_actionPerformed();
1413       }
1414     });
1415   }
1416
1417   /**
1418    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1419    * were loaded at startup or during the Jalview session
1420    */
1421   protected void buildColourMenu()
1422   {
1423     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1424     if (sg == null)
1425     {
1426       /*
1427        * popup menu with no sequence group scope
1428        */
1429       return;
1430     }
1431     colourMenu.removeAll();
1432     colourMenu.add(textColour);
1433     colourMenu.addSeparator();
1434
1435     ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg, false);
1436
1437     colourMenu.addSeparator();
1438     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1439     colourMenu.add(modifyConservation);
1440     colourMenu.add(abovePIDColour);
1441     colourMenu.add(modifyPID);
1442   }
1443
1444   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1445   {
1446     SequenceGroup sg = getGroup();
1447     if (sg.cs != null)
1448     {
1449       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1450       SliderPanel.showConservationSlider();
1451     }
1452   }
1453
1454   protected void modifyPID_actionPerformed()
1455   {
1456     SequenceGroup sg = getGroup();
1457     if (sg.cs != null)
1458     {
1459       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1460       // .getName());
1461       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1462       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1463       SliderPanel.showPIDSlider();
1464     }
1465   }
1466
1467   /**
1468    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1469    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1470    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1471    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1472    * calcId, label and sequenceRef.
1473    *
1474    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1475    * (label) of the annotations that can be added.
1476    *
1477    * @param menuItem
1478    * @param forSequences
1479    */
1480   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1481           List<SequenceI> forSequences)
1482   {
1483     menuItem.setEnabled(false);
1484
1485     /*
1486      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1487      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1488      */
1489     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1490     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1491     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1492     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1493             candidates, al);
1494     if (!candidates.isEmpty())
1495     {
1496       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1497       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1498
1499       /*
1500        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1501        * configure its tooltip and action.
1502        */
1503       menuItem.setEnabled(true);
1504       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1505       {
1506         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1507       }
1508       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1509               tooltip.toString());
1510       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1511
1512       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1513       {
1514         @Override
1515         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1516         {
1517           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1518         }
1519       });
1520     }
1521   }
1522
1523   /**
1524    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1525    *
1526    * @param candidates
1527    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1528    *          of annotations to add to each sequence
1529    */
1530   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1531           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1532   {
1533     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1534     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1535     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1536             selectionGroup);
1537     refresh();
1538   }
1539
1540   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1541   {
1542     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1543     {
1544       // initialise the display flags so the user sees something happen
1545       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1546       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1547       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1548     }
1549     else
1550     {
1551       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1552       {
1553         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1554       }
1555       else
1556       {
1557         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1558       }
1559     }
1560     refresh();
1561   }
1562
1563   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1564   {
1565     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1566     BitSet inserts = new BitSet();
1567
1568     boolean markedPopup = false;
1569     // mark inserts in current selection
1570     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1571     {
1572       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1573       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1574               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1575
1576       // now clear columns without gaps
1577       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1578       {
1579         if (sq == sequence)
1580         {
1581           markedPopup = true;
1582         }
1583         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1584       }
1585       hidden.clearAndHideColumns(inserts, ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1586               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1587     }
1588
1589     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1590     else if (!markedPopup && sequence != null)
1591     {
1592       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1593
1594       // and set hidden columns accordingly
1595       hidden.hideColumns(inserts);
1596     }
1597     refresh();
1598   }
1599
1600   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1601   {
1602     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1603   }
1604
1605   protected void sequenceDetails_actionPerformed()
1606   {
1607     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1608   }
1609
1610   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1611   {
1612     CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1613     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1614     for (SequenceI seq : sequences)
1615     {
1616       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1617               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1618               new Object[]
1619               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p><p>");
1620       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
1621               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1622       contents.append("</p>");
1623     }
1624     cap.setText("<html>" + contents.toString() + "</html>");
1625
1626     Desktop.addInternalFrame(cap,
1627             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1628                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1629                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1630                             : new Object[]
1631                             { MessageManager
1632                                     .getString("label.selection") })),
1633             500, 400);
1634
1635   }
1636
1637   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1638   {
1639     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1640     refresh();
1641   }
1642
1643   /**
1644    * call to refresh view after settings change
1645    */
1646   void refresh()
1647   {
1648     ap.updateAnnotation();
1649     // removed paintAlignment(true) here:
1650     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1651     // again
1652
1653     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1654   }
1655
1656   /*
1657    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1658    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1659    */
1660   /**
1661    * DOCUMENT ME!
1662    *
1663    * @param selected
1664    *
1665    * @param e
1666    *          DOCUMENT ME!
1667    */
1668   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1669   {
1670     SequenceGroup sg = getGroup();
1671     if (sg.cs == null)
1672     {
1673       return;
1674     }
1675
1676     if (selected)
1677     {
1678       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1679               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1680               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1681
1682       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1683               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1684
1685       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1686
1687       SliderPanel.showPIDSlider();
1688     }
1689     else
1690     // remove PIDColouring
1691     {
1692       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1693       SliderPanel.hidePIDSlider();
1694     }
1695     modifyPID.setEnabled(selected);
1696
1697     refresh();
1698   }
1699
1700   /**
1701    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1702    * to show or hide.
1703    *
1704    * @param e
1705    */
1706   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1707   {
1708     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1709     new AnnotationChooser(ap);
1710   }
1711
1712   /**
1713    * DOCUMENT ME!
1714    *
1715    * @param e
1716    *          DOCUMENT ME!
1717    */
1718   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1719   {
1720     SequenceGroup sg = getGroup();
1721     if (sg.cs == null)
1722     {
1723       return;
1724     }
1725
1726     if (selected)
1727     {
1728       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1729       Conservation c = new Conservation("Group",
1730               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1731               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1732
1733       c.calculate();
1734       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1735       sg.cs.setConservation(c);
1736
1737       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1738               sg.getName());
1739       SliderPanel.showConservationSlider();
1740     }
1741     else
1742     // remove ConservationColouring
1743     {
1744       sg.cs.setConservation(null);
1745       SliderPanel.hideConservationSlider();
1746     }
1747     modifyConservation.setEnabled(selected);
1748
1749     refresh();
1750   }
1751
1752   /**
1753    * DOCUMENT ME!
1754    *
1755    * @param e
1756    *          DOCUMENT ME!
1757    */
1758   protected void groupName_actionPerformed()
1759   {
1760
1761     SequenceGroup sg = getGroup();
1762     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1763             sg.getDescription(),
1764             "       " + MessageManager.getString("label.group_name") + " ",
1765             MessageManager.getString("label.group_description") + " ",
1766             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1767             ap.alignFrame);
1768
1769     if (!dialog.accept)
1770     {
1771       return;
1772     }
1773
1774     sg.setName(dialog.getName());
1775     sg.setDescription(dialog.getDescription());
1776     refresh();
1777   }
1778
1779   /**
1780    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1781    *
1782    * @return sequence group to operate on
1783    */
1784   SequenceGroup getGroup()
1785   {
1786     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1787     // this method won't add a new group if it already exists
1788     if (sg != null)
1789     {
1790       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1791     }
1792
1793     return sg;
1794   }
1795
1796   /**
1797    * DOCUMENT ME!
1798    *
1799    * @param e
1800    *          DOCUMENT ME!
1801    */
1802   void sequenceName_actionPerformed()
1803   {
1804     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1805             sequence.getDescription(),
1806             "       " + MessageManager.getString("label.sequence_name")
1807                     + " ",
1808             MessageManager.getString("label.sequence_description") + " ",
1809             MessageManager.getString(
1810                     "label.edit_sequence_name_description"),
1811             ap.alignFrame);
1812
1813     if (!dialog.accept)
1814     {
1815       return;
1816     }
1817
1818     if (dialog.getName() != null)
1819     {
1820       if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1821       {
1822         JvOptionPane.showMessageDialog(ap,
1823                 MessageManager
1824                         .getString("label.spaces_converted_to_backslashes"),
1825                 MessageManager
1826                         .getString("label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
1827                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1828       }
1829
1830       sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1831       ap.paintAlignment(false, false);
1832     }
1833
1834     sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1835
1836     ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
1837             ap.av.getAlignment().getSequences());
1838
1839   }
1840
1841   /**
1842    * DOCUMENT ME!
1843    *
1844    * @param e
1845    *          DOCUMENT ME!
1846    */
1847   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1848   {
1849     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1850     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1851     ap.av.setSelectionGroup(null);
1852     refresh();
1853   }
1854
1855   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1856   {
1857     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
1858                 // standard alignment window logic for this
1859     refresh();
1860   }
1861
1862   /**
1863    * DOCUMENT ME!
1864    *
1865    * @param e
1866    *          DOCUMENT ME!
1867    */
1868   protected void outline_actionPerformed()
1869   {
1870     SequenceGroup sg = getGroup();
1871     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
1872             MessageManager.getString("label.select_outline_colour"),
1873             Color.BLUE);
1874
1875     if (col != null)
1876     {
1877       sg.setOutlineColour(col);
1878     }
1879
1880     refresh();
1881   }
1882
1883   /**
1884    * DOCUMENT ME!
1885    *
1886    * @param e
1887    *          DOCUMENT ME!
1888    */
1889   public void showBoxes_actionPerformed()
1890   {
1891     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
1892     refresh();
1893   }
1894
1895   /**
1896    * DOCUMENT ME!
1897    *
1898    * @param e
1899    *          DOCUMENT ME!
1900    */
1901   public void showText_actionPerformed()
1902   {
1903     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
1904     refresh();
1905   }
1906
1907   /**
1908    * DOCUMENT ME!
1909    *
1910    * @param e
1911    *          DOCUMENT ME!
1912    */
1913   public void showColourText_actionPerformed()
1914   {
1915     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
1916     refresh();
1917   }
1918
1919   public void showLink(String url)
1920   {
1921     try
1922     {
1923       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
1924     } catch (Exception ex)
1925     {
1926       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1927               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
1928               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
1929               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1930
1931       ex.printStackTrace();
1932     }
1933   }
1934
1935   void hideSequences(boolean representGroup)
1936   {
1937     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
1938   }
1939
1940   public void copy_actionPerformed()
1941   {
1942     ap.alignFrame.copy_actionPerformed(null);
1943   }
1944
1945   public void cut_actionPerformed()
1946   {
1947     ap.alignFrame.cut_actionPerformed(null);
1948   }
1949
1950   void changeCase(ActionEvent e)
1951   {
1952     Object source = e.getSource();
1953     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1954
1955     if (sg != null)
1956     {
1957       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
1958               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1959
1960       String description;
1961       int caseChange;
1962
1963       if (source == toggle)
1964       {
1965         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
1966         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
1967       }
1968       else if (source == upperCase)
1969       {
1970         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
1971         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
1972       }
1973       else
1974       {
1975         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
1976         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
1977       }
1978
1979       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
1980               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1981               startEnd, caseChange);
1982
1983       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
1984
1985       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
1986               ap.av.getAlignment().getSequences());
1987
1988     }
1989   }
1990
1991   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
1992   {
1993     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1994     cap.setForInput(null);
1995     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
1996             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
1997             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
1998
1999     String[] omitHidden = null;
2000
2001     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2002     // or we simply trust the user wants
2003     // wysiwig behaviour
2004
2005     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2006             .forName(e.getActionCommand());
2007     cap.setText(
2008             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2009   }
2010
2011   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2012   {
2013     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2014     if (sg == null)
2015     {
2016       return;
2017     }
2018
2019     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2020     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2021
2022     /*
2023      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2024      * for the amend features dialog
2025      */
2026     int gSize = sg.getSize();
2027     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2028     {
2029       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2030       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2031       if (start <= end)
2032       {
2033         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2034         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2035       }
2036     }
2037
2038     /*
2039      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2040      */
2041     if (!seqs.isEmpty())
2042     {
2043       if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer()
2044               .amendFeatures(seqs, features, true, ap))
2045       {
2046         ap.alignFrame.setShowSeqFeatures(true);
2047         ap.av.setSearchResults(null); // clear highlighting
2048         ap.repaint(); // draw new/amended features
2049       }
2050     }
2051   }
2052
2053   public void textColour_actionPerformed()
2054   {
2055     SequenceGroup sg = getGroup();
2056     if (sg != null)
2057     {
2058       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2059     }
2060   }
2061
2062   public void colourByStructure(String pdbid)
2063   {
2064     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager()
2065             .colourSequenceFromStructure(sequence, pdbid);
2066
2067     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
2068             "Coloured by " + pdbid, anots);
2069
2070     ap.av.getAlignment().addAnnotation(an);
2071     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
2072     // an.adjustForAlignment();
2073     ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(an, 0);
2074
2075     ap.adjustAnnotationHeight();
2076
2077     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
2078
2079   }
2080
2081   public void editSequence_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
2082   {
2083     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2084
2085     if (sg != null)
2086     {
2087       if (sequence == null)
2088       {
2089         sequence = sg.getSequenceAt(0);
2090       }
2091
2092       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2093               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
2094                       sg.getEndRes() + 1),
2095               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null,
2096               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2097               ap.alignFrame);
2098
2099       if (dialog.accept)
2100       {
2101         EditCommand editCommand = new EditCommand(
2102                 MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2103                 Action.REPLACE,
2104                 dialog.getName().replace(' ', ap.av.getGapCharacter()),
2105                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2106                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1, ap.av.getAlignment());
2107
2108         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2109
2110         ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2111                 ap.av.getAlignment().getSequences());
2112       }
2113     }
2114   }
2115
2116   /**
2117    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2118    * its bespoke action handler)
2119    *
2120    * @return
2121    */
2122   @Override
2123   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2124   {
2125     SequenceGroup sg = getGroup();
2126     /*
2127      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2128      */
2129     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2130             .getColourScheme(colourSchemeName, sg,
2131                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2132     sg.setColourScheme(colourScheme);
2133     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2134             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2135     {
2136       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2137               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2138               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2139     }
2140
2141     refresh();
2142   }
2143
2144 }