src/jalview/gui/PopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.Cache;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.Annotation;
  34 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  35 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  37 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;
  40 import jalview.gui.ColourMenuHelper.ColourChangeListener;
  41 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  42 import jalview.io.FileFormatI;
  43 import jalview.io.FileFormats;
  44 import jalview.io.FormatAdapter;
  45 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  46 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  49 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  50 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  51 import jalview.util.GroupUrlLink;
  52 import jalview.util.GroupUrlLink.UrlStringTooLongException;
  53 import jalview.util.MessageManager;
  54 import jalview.util.Platform;
  55 import jalview.util.StringUtils;
  56 import jalview.util.UrlLink;
  57
  58 import java.awt.BorderLayout;
  59 import java.awt.Color;
  60 import java.awt.event.ActionEvent;
  61 import java.awt.event.ActionListener;
  62 import java.util.ArrayList;
  63 import java.util.Arrays;
  64 import java.util.BitSet;
  65 import java.util.Collection;
  66 import java.util.Collections;
  67 import java.util.Hashtable;
  68 import java.util.LinkedHashMap;
  69 import java.util.List;
  70 import java.util.Map;
  71 import java.util.SortedMap;
  72 import java.util.TreeMap;
  73 import java.util.Vector;
  74
  75 import javax.swing.ButtonGroup;
  76 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  77 import javax.swing.JInternalFrame;
  78 import javax.swing.JLabel;
  79 import javax.swing.JMenu;
  80 import javax.swing.JMenuItem;
  81 import javax.swing.JPanel;
  82 import javax.swing.JPopupMenu;
  83 import javax.swing.JRadioButtonMenuItem;
  84 import javax.swing.JScrollPane;
  85
  86 /**
  87  * The popup menu that is displayed on right-click on a sequence id, or in the
  88  * sequence alignment.
  89  */
  90 public class PopupMenu extends JPopupMenu implements ColourChangeListener
  91 {
  92   JMenu groupMenu = new JMenu();
  93
  94   JMenuItem groupName = new JMenuItem();
  95
  96   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
  97
  98   protected JMenuItem modifyPID = new JMenuItem();
  99
 100   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 101
 102   protected JRadioButtonMenuItem annotationColour;
 103
 104   protected JMenuItem modifyConservation = new JMenuItem();
 105
 106   AlignmentPanel ap;
 107
 108   JMenu sequenceMenu = new JMenu();
 109
 110   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem();
 111
 112   JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem();
 113
 114   JMenuItem sequenceSelDetails = new JMenuItem();
 115
 116   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 117
 118   JMenuItem chooseAnnotations = new JMenuItem();
 119
 120   SequenceI sequence;
 121
 122   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 123
 124   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 125
 126   JMenuItem outline = new JMenuItem();
 127
 128   JMenu colourMenu = new JMenu();
 129
 130   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 131
 132   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 133
 134   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 135
 136   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 137
 138   JMenu editMenu = new JMenu();
 139
 140   JMenuItem cut = new JMenuItem();
 141
 142   JMenuItem copy = new JMenuItem();
 143
 144   JMenuItem upperCase = new JMenuItem();
 145
 146   JMenuItem lowerCase = new JMenuItem();
 147
 148   JMenuItem toggle = new JMenuItem();
 149
 150   JMenu pdbMenu = new JMenu();
 151
 152   JMenu outputMenu = new JMenu();
 153
 154   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 155
 156   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 157
 158   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 159           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 160
 161   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu();
 162
 163   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu();
 164
 165   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 166           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 167
 168   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem();
 169
 170   JMenuItem textColour = new JMenuItem();
 171
 172   JMenu jMenu1 = new JMenu();
 173
 174   JMenuItem pdbStructureDialog = new JMenuItem();
 175
 176   JMenu rnaStructureMenu = new JMenu();
 177
 178   JMenuItem editSequence = new JMenuItem();
 179
 180   JMenu groupLinksMenu;
 181
 182   JMenuItem hideInsertions = new JMenuItem();
 183
 184   /**
 185    * Constructs a menu with sub-menu items for any hyperlinks for the sequence
 186    * and/or features provided. Hyperlinks may include a lookup by sequence id,
 187    * or database cross-references, depending on which links are enabled in user
 188    * preferences.
 189    *
 190    * @param seq
 191    * @param features
 192    * @return
 193    */
 194   static JMenu buildLinkMenu(final SequenceI seq,
 195           List<SequenceFeature> features)
 196   {
 197     JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 198
 199     List<String> nlinks = null;
 200     if (seq != null)
 201     {
 202       nlinks = Preferences.sequenceUrlLinks.getLinksForMenu();
 203       UrlLink.sort(nlinks);
 204     }
 205     else
 206     {
 207       nlinks = new ArrayList<>();
 208     }
 209
 210     if (features != null)
 211     {
 212       for (SequenceFeature sf : features)
 213       {
 214         if (sf.links != null)
 215         {
 216           for (String link : sf.links)
 217           {
 218             nlinks.add(link);
 219           }
 220         }
 221       }
 222     }
 223
 224     /*
 225      * instantiate the hyperlinklink templates from sequence data;
 226      * note the order of the templates is preserved in the map
 227      */
 228     Map<String, List<String>> linkset = new LinkedHashMap<>();
 229     for (String link : nlinks)
 230     {
 231       UrlLink urlLink = null;
 232       try
 233       {
 234         urlLink = new UrlLink(link);
 235       } catch (Exception foo)
 236       {
 237         Cache.log.error("Exception for URLLink '" + link + "'", foo);
 238         continue;
 239       }
 240
 241       if (!urlLink.isValid())
 242       {
 243         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
 244         continue;
 245       }
 246
 247       urlLink.createLinksFromSeq(seq, linkset);
 248     }
 249
 250     /*
 251      * construct menu items for the hyperlinks (still preserving
 252      * the order of the sorted templates)
 253      */
 254     addUrlLinks(linkMenu, linkset.values());
 255
 256     return linkMenu;
 257   }
 258
 259   /**
 260    * A helper method that builds menu items from the given links, with action
 261    * handlers to open the link URL, and adds them to the linkMenu. Each provided
 262    * link should be a list whose second item is the menu text, and whose fourth
 263    * item is the URL to open when the menu item is selected.
 264    *
 265    * @param linkMenu
 266    * @param linkset
 267    */
 268   static private void addUrlLinks(JMenu linkMenu,
 269           Collection<List<String>> linkset)
 270   {
 271     for (List<String> linkstrset : linkset)
 272     {
 273       final String url = linkstrset.get(3);
 274       JMenuItem item = new JMenuItem(linkstrset.get(1));
 275       item.setToolTipText(MessageManager
 276               .formatMessage("label.open_url_param", new Object[]
 277               { url }));
 278       item.addActionListener(new ActionListener()
 279       {
 280         @Override
 281         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 282         {
 283           new Thread(new Runnable()
 284           {
 285             @Override
 286             public void run()
 287             {
 288               showLink(url);
 289             }
 290           }).start();
 291         }
 292       });
 293       linkMenu.add(item);
 294     }
 295   }
 296
 297   /**
 298    * Opens the provided url in the default web browser, or shows an error
 299    * message if this fails
 300    *
 301    * @param url
 302    */
 303   static void showLink(String url)
 304   {
 305     try
 306     {
 307       jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
 308     } catch (Exception ex)
 309     {
 310       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 311               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
 312               MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
 313               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 314
 315       ex.printStackTrace();
 316     }
 317   }
 318
 319   /**
 320    * add a late bound groupURL item to the given linkMenu
 321    *
 322    * @param linkMenu
 323    * @param label
 324    *          - menu label string
 325    * @param urlgenerator
 326    *          GroupURLLink used to generate URL
 327    * @param urlstub
 328    *          Object array returned from the makeUrlStubs function.
 329    */
 330   static void addshowLink(JMenu linkMenu, String label,
 331           final GroupUrlLink urlgenerator, final Object[] urlstub)
 332   {
 333     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 334     item.setToolTipText(MessageManager
 335             .formatMessage("label.open_url_seqs_param", new Object[]
 336             { urlgenerator.getUrl_prefix(),
 337                 urlgenerator.getNumberInvolved(urlstub) }));
 338     // TODO: put in info about what is being sent.
 339     item.addActionListener(new ActionListener()
 340     {
 341       @Override
 342       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 343       {
 344         new Thread(new Runnable()
 345         {
 346
 347           @Override
 348           public void run()
 349           {
 350             try
 351             {
 352               showLink(urlgenerator.constructFrom(urlstub));
 353             } catch (UrlStringTooLongException e2)
 354             {
 355             }
 356           }
 357
 358         }).start();
 359       }
 360     });
 361
 362     linkMenu.add(item);
 363   }
 364
 365   /**
 366    * Creates a new PopupMenu object.
 367    *
 368    * @param ap
 369    * @param seq
 370    * @param features
 371    *          non-positional features (for seq not null), or positional features
 372    *          at residue (for seq equal to null)
 373    */
 374   public PopupMenu(final AlignmentPanel ap, SequenceI seq,
 375           List<SequenceFeature> features)
 376   {
 377     this(ap, seq, features, null);
 378   }
 379
 380   /**
 381    * Constructor
 382    *
 383    * @param alignPanel
 384    * @param seq
 385    *          the sequence under the cursor if in the Id panel, null if in the
 386    *          sequence panel
 387    * @param features
 388    *          non-positional features if in the Id panel, features at the
 389    *          clicked residue if in the sequence panel
 390    * @param groupLinks
 391    */
 392   public PopupMenu(final AlignmentPanel alignPanel, final SequenceI seq,
 393           List<SequenceFeature> features, List<String> groupLinks)
 394   {
 395     // /////////////////////////////////////////////////////////
 396     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 397     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 398     //
 399     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 400     // ////////////////////////////////////////////////////////
 401     this.ap = alignPanel;
 402     sequence = seq;
 403
 404     for (String ff : FileFormats.getInstance().getWritableFormats(true))
 405     {
 406       JMenuItem item = new JMenuItem(ff);
 407
 408       item.addActionListener(new ActionListener()
 409       {
 410         @Override
 411         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 412         {
 413           outputText_actionPerformed(e);
 414         }
 415       });
 416
 417       outputMenu.add(item);
 418     }
 419
 420     /*
 421      * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 422      * 'reference annotations' that may be added to the alignment. First for the
 423      * currently selected sequence (if there is one):
 424      */
 425     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null
 426             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 427             : Arrays.asList(seq));
 428     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 429             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 430     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 431             selectedSequence);
 432
 433     /*
 434      * And repeat for the current selection group (if there is one):
 435      */
 436     final List<SequenceI> selectedGroup = (alignPanel.av.getSelectionGroup() == null
 437             ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 438             : alignPanel.av.getSelectionGroup().getSequences());
 439     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 440             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 441     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 442             selectedGroup);
 443
 444     try
 445     {
 446       jbInit();
 447     } catch (Exception e)
 448     {
 449       e.printStackTrace();
 450     }
 451
 452     JMenuItem menuItem;
 453     if (seq != null)
 454     {
 455       sequenceMenu.setText(sequence.getName());
 456       if (seq == alignPanel.av.getAlignment().getSeqrep())
 457       {
 458         makeReferenceSeq.setText(
 459                 MessageManager.getString("action.unmark_as_reference"));
 460       }
 461       else
 462       {
 463         makeReferenceSeq.setText(
 464                 MessageManager.getString("action.set_as_reference"));
 465       }
 466
 467       if (!alignPanel.av.getAlignment().isNucleotide())
 468       {
 469         remove(rnaStructureMenu);
 470       }
 471       else
 472       {
 473         int origCount = rnaStructureMenu.getItemCount();
 474         /*
 475          * add menu items to 2D-render any alignment or sequence secondary
 476          * structure annotation
 477          */
 478         AlignmentAnnotation[] aas = alignPanel.av.getAlignment()
 479                 .getAlignmentAnnotation();
 480         if (aas != null)
 481         {
 482           for (final AlignmentAnnotation aa : aas)
 483           {
 484             if (aa.isValidStruc() && aa.sequenceRef == null)
 485             {
 486               /*
 487                * valid alignment RNA secondary structure annotation
 488                */
 489               menuItem = new JMenuItem();
 490               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 491                       "label.2d_rna_structure_line", new Object[]
 492                       { aa.label }));
 493               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 494               {
 495                 @Override
 496                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 497                 {
 498                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 499                 }
 500               });
 501               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 502             }
 503           }
 504         }
 505
 506         if (seq.getAnnotation() != null)
 507         {
 508           AlignmentAnnotation seqAnns[] = seq.getAnnotation();
 509           for (final AlignmentAnnotation aa : seqAnns)
 510           {
 511             if (aa.isValidStruc())
 512             {
 513               /*
 514                * valid sequence RNA secondary structure annotation
 515                */
 516               // TODO: make rnastrucF a bit more nice
 517               menuItem = new JMenuItem();
 518               menuItem.setText(MessageManager.formatMessage(
 519                       "label.2d_rna_sequence_name", new Object[]
 520                       { seq.getName() }));
 521               menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 522               {
 523                 @Override
 524                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 525                 {
 526                   // TODO: VARNA does'nt print gaps in the sequence
 527                   new AppVarna(seq, aa, alignPanel);
 528                 }
 529               });
 530               rnaStructureMenu.add(menuItem);
 531             }
 532           }
 533         }
 534         if (rnaStructureMenu.getItemCount() == origCount)
 535         {
 536           remove(rnaStructureMenu);
 537         }
 538       }
 539
 540       menuItem = new JMenuItem(
 541               MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 542       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 543       {
 544         @Override
 545         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 546         {
 547           hideSequences(false);
 548         }
 549       });
 550       add(menuItem);
 551
 552       if (alignPanel.av.getSelectionGroup() != null
 553               && alignPanel.av.getSelectionGroup().getSize() > 1)
 554       {
 555         menuItem = new JMenuItem(MessageManager
 556                 .formatMessage("label.represent_group_with", new Object[]
 557                 { seq.getName() }));
 558         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 559         {
 560           @Override
 561           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 562           {
 563             hideSequences(true);
 564           }
 565         });
 566         sequenceMenu.add(menuItem);
 567       }
 568
 569       if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 570       {
 571         final int index = alignPanel.av.getAlignment().findIndex(seq);
 572
 573         if (alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 574                 - alignPanel.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 575         {
 576           menuItem = new JMenuItem(
 577                   MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 578           menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 579           {
 580             @Override
 581             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 582             {
 583               alignPanel.av.showSequence(index);
 584               if (alignPanel.overviewPanel != null)
 585               {
 586                 alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 587               }
 588             }
 589           });
 590           add(menuItem);
 591         }
 592       }
 593     }
 594
 595     /*
 596      * offer 'Reveal All'
 597      * - in the IdPanel (seq not null) if any sequence is hidden
 598      * - in the IdPanel or SeqPanel if all sequences are hidden (seq is null)
 599      */
 600     if (alignPanel.av.hasHiddenRows())
 601     {
 602       boolean addOption = seq != null;
 603       if (!addOption && alignPanel.av.getAlignment().getHeight() == 0)
 604       {
 605         addOption = true;
 606       }
 607       if (addOption)
 608       {
 609         menuItem = new JMenuItem(
 610                 MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 611         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 612         {
 613           @Override
 614           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 615           {
 616             alignPanel.av.showAllHiddenSeqs();
 617             if (alignPanel.overviewPanel != null)
 618             {
 619               alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();
 620             }
 621           }
 622         });
 623         add(menuItem);
 624       }
 625     }
 626
 627     SequenceGroup sg = alignPanel.av.getSelectionGroup();
 628     boolean isDefinedGroup = (sg != null)
 629             ? alignPanel.av.getAlignment().getGroups().contains(sg)
 630             : false;
 631
 632     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 633     {
 634       groupName.setText(MessageManager
 635               .getString("label.edit_name_and_description_current_group"));
 636
 637       ColourMenuHelper.setColourSelected(colourMenu, sg.getColourScheme());
 638
 639       conservationMenuItem.setEnabled(!sg.isNucleotide());
 640
 641       if (sg.cs != null)
 642       {
 643         if (sg.cs.conservationApplied())
 644         {
 645           conservationMenuItem.setSelected(true);
 646         }
 647         if (sg.cs.getThreshold() > 0)
 648         {
 649           abovePIDColour.setSelected(true);
 650         }
 651       }
 652       modifyConservation.setEnabled(conservationMenuItem.isSelected());
 653       modifyPID.setEnabled(abovePIDColour.isSelected());
 654       displayNonconserved.setSelected(sg.getShowNonconserved());
 655       showText.setSelected(sg.getDisplayText());
 656       showColourText.setSelected(sg.getColourText());
 657       showBoxes.setSelected(sg.getDisplayBoxes());
 658       // add any groupURLs to the groupURL submenu and make it visible
 659       if (groupLinks != null && groupLinks.size() > 0)
 660       {
 661         buildGroupURLMenu(sg, groupLinks);
 662       }
 663       // Add a 'show all structures' for the current selection
 664       Hashtable<String, PDBEntry> pdbe = new Hashtable<>(), reppdb = new Hashtable<>();
 665
 666       SequenceI sqass = null;
 667       for (SequenceI sq : alignPanel.av.getSequenceSelection())
 668       {
 669         Vector<PDBEntry> pes = sq.getDatasetSequence().getAllPDBEntries();
 670         if (pes != null && pes.size() > 0)
 671         {
 672           reppdb.put(pes.get(0).getId(), pes.get(0));
 673           for (PDBEntry pe : pes)
 674           {
 675             pdbe.put(pe.getId(), pe);
 676             if (sqass == null)
 677             {
 678               sqass = sq;
 679             }
 680           }
 681         }
 682       }
 683       if (pdbe.size() > 0)
 684       {
 685         final PDBEntry[] pe = pdbe.values()
 686                 .toArray(new PDBEntry[pdbe.size()]),
 687                 pr = reppdb.values().toArray(new PDBEntry[reppdb.size()]);
 688         final JMenuItem gpdbview, rpdbview;
 689       }
 690     }
 691     else
 692     {
 693       groupMenu.setVisible(false);
 694       editMenu.setVisible(false);
 695     }
 696
 697     if (!isDefinedGroup)
 698     {
 699       createGroupMenuItem.setVisible(true);
 700       unGroupMenuItem.setVisible(false);
 701       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 702     }
 703     else
 704     {
 705       createGroupMenuItem.setVisible(false);
 706       unGroupMenuItem.setVisible(true);
 707       jMenu1.setText(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 708     }
 709
 710     if (seq == null)
 711     {
 712       sequenceMenu.setVisible(false);
 713       pdbStructureDialog.setVisible(false);
 714       rnaStructureMenu.setVisible(false);
 715     }
 716
 717     addLinks(seq, features);
 718
 719     if (seq == null)
 720     {
 721       addFeatureDetails(features);
 722     }
 723   }
 724
 725   /**
 726    * Add a link to show feature details for each sequence feature
 727    *
 728    * @param features
 729    */
 730   protected void addFeatureDetails(List<SequenceFeature> features)
 731   {
 732     if (features == null || features.isEmpty())
 733     {
 734       return;
 735     }
 736     JMenu details = new JMenu(
 737             MessageManager.getString("label.feature_details"));
 738     add(details);
 739
 740     for (final SequenceFeature sf : features)
 741     {
 742       int start = sf.getBegin();
 743       int end = sf.getEnd();
 744       String desc = null;
 745       if (start == end)
 746       {
 747         desc = String.format("%s %d", sf.getType(), start);
 748       }
 749       else
 750       {
 751         desc = String.format("%s %d-%d", sf.getType(), start, end);
 752       }
 753       String tooltip = desc;
 754       String description = sf.getDescription();
 755       if (description != null)
 756       {
 757         description = StringUtils.stripHtmlTags(description);
 758         if (description.length() > 12)
 759         {
 760           desc = desc + " " + description.substring(0, 12) + "..";
 761         }
 762         else
 763         {
 764           desc = desc + " " + description;
 765         }
 766         tooltip = tooltip + " " + description;
 767       }
 768       if (sf.getFeatureGroup() != null)
 769       {
 770         tooltip = tooltip + (" (" + sf.getFeatureGroup() + ")");
 771       }
 772       JMenuItem item = new JMenuItem(desc);
 773       item.setToolTipText(tooltip);
 774       item.addActionListener(new ActionListener()
 775       {
 776         @Override
 777         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 778         {
 779           showFeatureDetails(sf);
 780         }
 781       });
 782       details.add(item);
 783     }
 784   }
 785
 786   /**
 787    * Opens a panel showing a text report of feature dteails
 788    *
 789    * @param sf
 790    */
 791   protected void showFeatureDetails(SequenceFeature sf)
 792   {
 793     JInternalFrame details;
 794     if (Platform.isJS())// ** @j2sNative true || */ false)
 795     {
 796       details = new JInternalFrame();
 797       JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 798       panel.setOpaque(true);
 799       panel.setBackground(Color.white);
 800       // TODO JAL-3026 set style of table correctly for feature details
 801       JLabel reprt = new JLabel(MessageManager
 802               .formatMessage("label.html_content", new Object[]
 803               { sf.getDetailsReport() }));
 804       reprt.setBackground(Color.WHITE);
 805       reprt.setOpaque(true);
 806       panel.add(reprt, BorderLayout.CENTER);
 807       details.setContentPane(panel);
 808       details.pack();
 809     }
 810     else
 811     /**
 812      * Java only
 813      *
 814      * @j2sNative
 815      */
 816     {
 817       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
 818       // it appears Java's CSS does not support border-collaps :-(
 819       cap.addStylesheetRule("table { border-collapse: collapse;}");
 820       cap.addStylesheetRule("table, td, th {border: 1px solid black;}");
 821       cap.setText(sf.getDetailsReport());
 822       details = cap;
 823     }
 824     Desktop.addInternalFrame(details,
 825             MessageManager.getString("label.feature_details"), 500, 500);
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Adds a 'Link' menu item with a sub-menu item for each hyperlink provided.
 830    * When seq is not null, these are links for the sequence id, which may be to
 831    * external web sites for the sequence accession, and/or links embedded in
 832    * non-positional features. When seq is null, only links embedded in the
 833    * provided features are added. If no links are found, the menu is not added.
 834    *
 835    * @param seq
 836    * @param features
 837    */
 838   void addLinks(final SequenceI seq, List<SequenceFeature> features)
 839   {
 840     JMenu linkMenu = buildLinkMenu(seq, features);
 841
 842     // only add link menu if it has entries
 843     if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 844     {
 845       if (sequence != null)
 846       {
 847         sequenceMenu.add(linkMenu);
 848       }
 849       else
 850       {
 851         add(linkMenu);
 852       }
 853     }
 854   }
 855
 856   /**
 857    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
 858    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
 859    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
 860    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
 861    * <p>
 862    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
 863    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
 864    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
 865    * composite type name, e.g.
 866    * <p>
 867    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
 868    *
 869    * @param seq
 870    */
 871   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
 872           List<SequenceI> forSequences)
 873   {
 874     showMenu.removeAll();
 875     hideMenu.removeAll();
 876
 877     final List<String> all = Arrays
 878             .asList(new String[]
 879             { MessageManager.getString("label.all") });
 880     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true,
 881             true);
 882     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
 883             false);
 884     showMenu.addSeparator();
 885     hideMenu.addSeparator();
 886
 887     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
 888             .getAlignmentAnnotation();
 889
 890     /*
 891      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
 892      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
 893      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
 894      * alignment.
 895      */
 896     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<>();
 897     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<>();
 898     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes, hiddenTypes,
 899             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations), forSequences);
 900
 901     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
 902     {
 903       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
 904       {
 905         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, calcId, type,
 906                 false, true);
 907       }
 908     }
 909     // grey out 'show annotations' if none are hidden
 910     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
 911
 912     for (String calcId : shownTypes.keySet())
 913     {
 914       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
 915       {
 916         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, calcId, type,
 917                 false, false);
 918       }
 919     }
 920     // grey out 'hide annotations' if none are shown
 921     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
 922   }
 923
 924   /**
 925    * Returns a list of sequences - either the current selection group (if there
 926    * is one), else the specified single sequence.
 927    *
 928    * @param seq
 929    * @return
 930    */
 931   protected List<SequenceI> getSequenceScope(SequenceI seq)
 932   {
 933     List<SequenceI> forSequences = null;
 934     final SequenceGroup selectionGroup = ap.av.getSelectionGroup();
 935     if (selectionGroup != null && selectionGroup.getSize() > 0)
 936     {
 937       forSequences = selectionGroup.getSequences();
 938     }
 939     else
 940     {
 941       forSequences = seq == null ? Collections.<SequenceI> emptyList()
 942               : Arrays.asList(seq);
 943     }
 944     return forSequences;
 945   }
 946
 947   /**
 948    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
 949    * menus.
 950    *
 951    * @param showOrHideMenu
 952    *          the menu to add to
 953    * @param forSequences
 954    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
 955    * @param calcId
 956    * @param types
 957    *          the label to add
 958    * @param allTypes
 959    *          if true this is a special label meaning 'All'
 960    * @param actionIsShow
 961    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
 962    *          type, else hide
 963    */
 964   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
 965           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
 966           final List<String> types, final boolean allTypes,
 967           final boolean actionIsShow)
 968   {
 969     String label = types.toString(); // [a, b, c]
 970     label = label.substring(1, label.length() - 1); // a, b, c
 971     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 972     item.setToolTipText(calcId);
 973     item.addActionListener(new ActionListener()
 974     {
 975       @Override
 976       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 977       {
 978         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(),
 979                 types, forSequences, allTypes, actionIsShow);
 980         refresh();
 981       }
 982     });
 983     showOrHideMenu.add(item);
 984   }
 985
 986   private void buildGroupURLMenu(SequenceGroup sg, List<String> groupLinks)
 987   {
 988
 989     // TODO: usability: thread off the generation of group url content so root
 990     // menu appears asap
 991     // sequence only URLs
 992     // ID/regex match URLs
 993     groupLinksMenu = new JMenu(
 994             MessageManager.getString("action.group_link"));
 995     // three types of url that might be created.
 996     JMenu[] linkMenus = new JMenu[] { null,
 997         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids")),
 998         new JMenu(MessageManager.getString("action.sequences")),
 999         new JMenu(MessageManager.getString("action.ids_sequences")) };
1000
1001     SequenceI[] seqs = ap.av.getSelectionAsNewSequence();
1002     String[][] idandseqs = GroupUrlLink.formStrings(seqs);
1003     Hashtable<String, Object[]> commonDbrefs = new Hashtable<>();
1004     for (int sq = 0; sq < seqs.length; sq++)
1005     {
1006
1007       int start = seqs[sq].findPosition(sg.getStartRes()),
1008               end = seqs[sq].findPosition(sg.getEndRes());
1009       // just collect ids from dataset sequence
1010       // TODO: check if IDs collected from selecton group intersects with the
1011       // current selection, too
1012       SequenceI sqi = seqs[sq];
1013       while (sqi.getDatasetSequence() != null)
1014       {
1015         sqi = sqi.getDatasetSequence();
1016       }
1017       List<DBRefEntry> dbr = sqi.getDBRefs();
1018       int nd;
1019       if (dbr != null && (nd = dbr.size()) > 0)
1020       {
1021         for (int d = 0; d < nd; d++)
1022         {
1023           DBRefEntry e = dbr.get(d);
1024           String src = e.getSource(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(dbr[d].getSource()).toUpperCase();
1025           Object[] sarray = commonDbrefs.get(src);
1026           if (sarray == null)
1027           {
1028             sarray = new Object[2];
1029             sarray[0] = new int[] { 0 };
1030             sarray[1] = new String[seqs.length];
1031
1032             commonDbrefs.put(src, sarray);
1033           }
1034
1035           if (((String[]) sarray[1])[sq] == null)
1036           {
1037             if (!e.hasMap() || (e.getMap()
1038                     .locateMappedRange(start, end) != null))
1039             {
1040               ((String[]) sarray[1])[sq] = e.getAccessionId();
1041               ((int[]) sarray[0])[0]++;
1042             }
1043           }
1044         }
1045       }
1046     }
1047     // now create group links for all distinct ID/sequence sets.
1048     boolean addMenu = false; // indicates if there are any group links to give
1049                              // to user
1050     for (String link : groupLinks)
1051     {
1052       GroupUrlLink urlLink = null;
1053       try
1054       {
1055         urlLink = new GroupUrlLink(link);
1056       } catch (Exception foo)
1057       {
1058         Cache.log.error("Exception for GroupURLLink '" + link + "'", foo);
1059         continue;
1060       }
1061       ;
1062       if (!urlLink.isValid())
1063       {
1064         Cache.log.error(urlLink.getInvalidMessage());
1065         continue;
1066       }
1067       final String label = urlLink.getLabel();
1068       boolean usingNames = false;
1069       // Now see which parts of the group apply for this URL
1070       String ltarget = urlLink.getTarget(); // jalview.util.DBRefUtils.getCanonicalName(urlLink.getTarget());
1071       Object[] idset = commonDbrefs.get(ltarget.toUpperCase());
1072       String[] seqstr, ids; // input to makeUrl
1073       if (idset != null)
1074       {
1075         int numinput = ((int[]) idset[0])[0];
1076         String[] allids = ((String[]) idset[1]);
1077         seqstr = new String[numinput];
1078         ids = new String[numinput];
1079         for (int sq = 0, idcount = 0; sq < seqs.length; sq++)
1080         {
1081           if (allids[sq] != null)
1082           {
1083             ids[idcount] = allids[sq];
1084             seqstr[idcount++] = idandseqs[1][sq];
1085           }
1086         }
1087       }
1088       else
1089       {
1090         // just use the id/seq set
1091         seqstr = idandseqs[1];
1092         ids = idandseqs[0];
1093         usingNames = true;
1094       }
1095       // and try and make the groupURL!
1096
1097       Object[] urlset = null;
1098       try
1099       {
1100         urlset = urlLink.makeUrlStubs(ids, seqstr,
1101                 "FromJalview" + System.currentTimeMillis(), false);
1102       } catch (UrlStringTooLongException e)
1103       {
1104       }
1105       if (urlset != null)
1106       {
1107         int type = urlLink.getGroupURLType() & 3;
1108         // first two bits ofurlLink type bitfield are sequenceids and sequences
1109         // TODO: FUTURE: ensure the groupURL menu structure can be generalised
1110         addshowLink(linkMenus[type],
1111                 label + (((type & 1) == 1)
1112                         ? ("(" + (usingNames ? "Names" : ltarget) + ")")
1113                         : ""),
1114                 urlLink, urlset);
1115         addMenu = true;
1116       }
1117     }
1118     if (addMenu)
1119     {
1120       groupLinksMenu = new JMenu(
1121               MessageManager.getString("action.group_link"));
1122       for (int m = 0; m < linkMenus.length; m++)
1123       {
1124         if (linkMenus[m] != null
1125                 && linkMenus[m].getMenuComponentCount() > 0)
1126         {
1127           groupLinksMenu.add(linkMenus[m]);
1128         }
1129       }
1130
1131       groupMenu.add(groupLinksMenu);
1132     }
1133   }
1134
1135   /**
1136    * DOCUMENT ME!
1137    *
1138    * @throws Exception
1139    *           DOCUMENT ME!
1140    */
1141   private void jbInit() throws Exception
1142   {
1143     groupMenu.setText(MessageManager.getString("label.selection"));
1144     groupName.setText(MessageManager.getString("label.name"));
1145     groupName.addActionListener(new ActionListener()
1146     {
1147       @Override
1148       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1149       {
1150         groupName_actionPerformed();
1151       }
1152     });
1153     sequenceMenu.setText(MessageManager.getString("label.sequence"));
1154     sequenceName.setText(
1155             MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
1156     sequenceName.addActionListener(new ActionListener()
1157     {
1158       @Override
1159       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1160       {
1161         sequenceName_actionPerformed();
1162       }
1163     });
1164     chooseAnnotations
1165             .setText(MessageManager.getString("action.choose_annotations"));
1166     chooseAnnotations.addActionListener(new ActionListener()
1167     {
1168       @Override
1169       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1170       {
1171         chooseAnnotations_actionPerformed(e);
1172       }
1173     });
1174     sequenceDetails
1175             .setText(MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1176     sequenceDetails.addActionListener(new ActionListener()
1177     {
1178       @Override
1179       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1180       {
1181         sequenceDetails_actionPerformed();
1182       }
1183     });
1184     sequenceSelDetails
1185             .setText(MessageManager.getString("label.sequence_details"));
1186     sequenceSelDetails.addActionListener(new ActionListener()
1187     {
1188       @Override
1189       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1190       {
1191         sequenceSelectionDetails_actionPerformed();
1192       }
1193     });
1194
1195     unGroupMenuItem
1196             .setText(MessageManager.getString("action.remove_group"));
1197     unGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1198     {
1199       @Override
1200       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1201       {
1202         unGroupMenuItem_actionPerformed();
1203       }
1204     });
1205     createGroupMenuItem
1206             .setText(MessageManager.getString("action.create_group"));
1207     createGroupMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1208     {
1209       @Override
1210       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1211       {
1212         createGroupMenuItem_actionPerformed();
1213       }
1214     });
1215
1216     outline.setText(MessageManager.getString("action.border_colour"));
1217     outline.addActionListener(new ActionListener()
1218     {
1219       @Override
1220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1221       {
1222         outline_actionPerformed();
1223       }
1224     });
1225     showBoxes.setText(MessageManager.getString("action.boxes"));
1226     showBoxes.setState(true);
1227     showBoxes.addActionListener(new ActionListener()
1228     {
1229       @Override
1230       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1231       {
1232         showBoxes_actionPerformed();
1233       }
1234     });
1235     showText.setText(MessageManager.getString("action.text"));
1236     showText.setState(true);
1237     showText.addActionListener(new ActionListener()
1238     {
1239       @Override
1240       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1241       {
1242         showText_actionPerformed();
1243       }
1244     });
1245     showColourText.setText(MessageManager.getString("label.colour_text"));
1246     showColourText.addActionListener(new ActionListener()
1247     {
1248       @Override
1249       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1250       {
1251         showColourText_actionPerformed();
1252       }
1253     });
1254     displayNonconserved
1255             .setText(MessageManager.getString("label.show_non_conserved"));
1256     displayNonconserved.setState(true);
1257     displayNonconserved.addActionListener(new ActionListener()
1258     {
1259       @Override
1260       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1261       {
1262         showNonconserved_actionPerformed();
1263       }
1264     });
1265     editMenu.setText(MessageManager.getString("action.edit"));
1266     cut.setText(MessageManager.getString("action.cut"));
1267     cut.addActionListener(new ActionListener()
1268     {
1269       @Override
1270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1271       {
1272         cut_actionPerformed();
1273       }
1274     });
1275     upperCase.setText(MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
1276     upperCase.addActionListener(new ActionListener()
1277     {
1278       @Override
1279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1280       {
1281         changeCase(e);
1282       }
1283     });
1284     copy.setText(MessageManager.getString("action.copy"));
1285     copy.addActionListener(new ActionListener()
1286     {
1287       @Override
1288       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1289       {
1290         copy_actionPerformed();
1291       }
1292     });
1293     lowerCase.setText(MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
1294     lowerCase.addActionListener(new ActionListener()
1295     {
1296       @Override
1297       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1298       {
1299         changeCase(e);
1300       }
1301     });
1302     toggle.setText(MessageManager.getString("label.toggle_case"));
1303     toggle.addActionListener(new ActionListener()
1304     {
1305       @Override
1306       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1307       {
1308         changeCase(e);
1309       }
1310     });
1311     outputMenu.setText(
1312             MessageManager.getString("label.out_to_textbox") + "...");
1313     seqShowAnnotationsMenu
1314             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1315     seqHideAnnotationsMenu
1316             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1317     groupShowAnnotationsMenu
1318             .setText(MessageManager.getString("label.show_annotations"));
1319     groupHideAnnotationsMenu
1320             .setText(MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
1321     sequenceFeature.setText(
1322             MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
1323     sequenceFeature.addActionListener(new ActionListener()
1324     {
1325       @Override
1326       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1327       {
1328         sequenceFeature_actionPerformed();
1329       }
1330     });
1331     jMenu1.setText(MessageManager.getString("label.group"));
1332     pdbStructureDialog.setText(
1333             MessageManager.getString("label.show_pdbstruct_dialog"));
1334     pdbStructureDialog.addActionListener(new ActionListener()
1335     {
1336       @Override
1337       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1338       {
1339         SequenceI[] selectedSeqs = new SequenceI[] { sequence };
1340         if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1341         {
1342           selectedSeqs = ap.av.getSequenceSelection();
1343         }
1344         new StructureChooser(selectedSeqs, sequence, ap);
1345       }
1346     });
1347
1348     rnaStructureMenu
1349             .setText(MessageManager.getString("label.view_rna_structure"));
1350
1351     // colStructureMenu.setText("Colour By Structure");
1352     editSequence.setText(
1353             MessageManager.getString("label.edit_sequence") + "...");
1354     editSequence.addActionListener(new ActionListener()
1355     {
1356       @Override
1357       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1358       {
1359         editSequence_actionPerformed();
1360       }
1361     });
1362     makeReferenceSeq.setText(
1363             MessageManager.getString("label.mark_as_representative"));
1364     makeReferenceSeq.addActionListener(new ActionListener()
1365     {
1366
1367       @Override
1368       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1369       {
1370         makeReferenceSeq_actionPerformed(actionEvent);
1371
1372       }
1373     });
1374     hideInsertions
1375             .setText(MessageManager.getString("label.hide_insertions"));
1376     hideInsertions.addActionListener(new ActionListener()
1377     {
1378
1379       @Override
1380       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1381       {
1382         hideInsertions_actionPerformed(e);
1383       }
1384     });
1385
1386     groupMenu.add(sequenceSelDetails);
1387     add(groupMenu);
1388     add(sequenceMenu);
1389     add(rnaStructureMenu);
1390     add(pdbStructureDialog);
1391     if (sequence != null)
1392     {
1393       add(hideInsertions);
1394     }
1395     // annotations configuration panel suppressed for now
1396     // groupMenu.add(chooseAnnotations);
1397
1398     /*
1399      * Add show/hide annotations to the Sequence menu, and to the Selection menu
1400      * (if a selection group is in force).
1401      */
1402     sequenceMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1403     sequenceMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1404     sequenceMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1405     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
1406     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
1407     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
1408     groupMenu.add(editMenu);
1409     groupMenu.add(outputMenu);
1410     groupMenu.add(sequenceFeature);
1411     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
1412     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
1413     groupMenu.add(jMenu1);
1414     sequenceMenu.add(sequenceName);
1415     sequenceMenu.add(sequenceDetails);
1416     sequenceMenu.add(makeReferenceSeq);
1417
1418     initColourMenu();
1419     buildColourMenu();
1420
1421     editMenu.add(copy);
1422     editMenu.add(cut);
1423     editMenu.add(editSequence);
1424     editMenu.add(upperCase);
1425     editMenu.add(lowerCase);
1426     editMenu.add(toggle);
1427     // JBPNote: These shouldn't be added here - should appear in a generic
1428     // 'apply web service to this sequence menu'
1429     // pdbMenu.add(RNAFold);
1430     // pdbMenu.add(ContraFold);
1431     jMenu1.add(groupName);
1432     jMenu1.add(colourMenu);
1433     jMenu1.add(showBoxes);
1434     jMenu1.add(showText);
1435     jMenu1.add(showColourText);
1436     jMenu1.add(outline);
1437     jMenu1.add(displayNonconserved);
1438   }
1439
1440   /**
1441    * Constructs the entries for the colour menu
1442    */
1443   protected void initColourMenu()
1444   {
1445     colourMenu.setText(MessageManager.getString("label.group_colour"));
1446     textColour.setText(MessageManager.getString("label.text_colour"));
1447     textColour.addActionListener(new ActionListener()
1448     {
1449       @Override
1450       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1451       {
1452         textColour_actionPerformed();
1453       }
1454     });
1455
1456     abovePIDColour.setText(
1457             MessageManager.getString("label.above_identity_threshold"));
1458     abovePIDColour.addActionListener(new ActionListener()
1459     {
1460       @Override
1461       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1462       {
1463         abovePIDColour_actionPerformed(abovePIDColour.isSelected());
1464       }
1465     });
1466
1467     modifyPID.setText(
1468             MessageManager.getString("label.modify_identity_threshold"));
1469     modifyPID.addActionListener(new ActionListener()
1470     {
1471       @Override
1472       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1473       {
1474         modifyPID_actionPerformed();
1475       }
1476     });
1477
1478     conservationMenuItem
1479             .setText(MessageManager.getString("action.by_conservation"));
1480     conservationMenuItem.addActionListener(new ActionListener()
1481     {
1482       @Override
1483       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1484       {
1485         conservationMenuItem_actionPerformed(
1486                 conservationMenuItem.isSelected());
1487       }
1488     });
1489
1490     annotationColour = new JRadioButtonMenuItem(
1491             MessageManager.getString("action.by_annotation"));
1492     annotationColour.setName(ResidueColourScheme.ANNOTATION_COLOUR);
1493     annotationColour.setEnabled(false);
1494     annotationColour.setToolTipText(
1495             MessageManager.getString("label.by_annotation_tooltip"));
1496
1497     modifyConservation.setText(MessageManager
1498             .getString("label.modify_conservation_threshold"));
1499     modifyConservation.addActionListener(new ActionListener()
1500     {
1501       @Override
1502       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1503       {
1504         modifyConservation_actionPerformed();
1505       }
1506     });
1507   }
1508
1509   /**
1510    * Builds the group colour sub-menu, including any user-defined colours which
1511    * were loaded at startup or during the Jalview session
1512    */
1513   protected void buildColourMenu()
1514   {
1515     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1516     if (sg == null)
1517     {
1518       /*
1519        * popup menu with no sequence group scope
1520        */
1521       return;
1522     }
1523     colourMenu.removeAll();
1524     colourMenu.add(textColour);
1525     colourMenu.addSeparator();
1526
1527     ButtonGroup bg = ColourMenuHelper.addMenuItems(colourMenu, this, sg,
1528             false);
1529     bg.add(annotationColour);
1530     colourMenu.add(annotationColour);
1531
1532     colourMenu.addSeparator();
1533     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1534     colourMenu.add(modifyConservation);
1535     colourMenu.add(abovePIDColour);
1536     colourMenu.add(modifyPID);
1537   }
1538
1539   protected void modifyConservation_actionPerformed()
1540   {
1541     SequenceGroup sg = getGroup();
1542     if (sg.cs != null)
1543     {
1544       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1545       SliderPanel.showConservationSlider();
1546     }
1547   }
1548
1549   protected void modifyPID_actionPerformed()
1550   {
1551     SequenceGroup sg = getGroup();
1552     if (sg.cs != null)
1553     {
1554       // int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1555       // .getName());
1556       // sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1557       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup().getName());
1558       SliderPanel.showPIDSlider();
1559     }
1560   }
1561
1562   /**
1563    * Check for any annotations on the underlying dataset sequences (for the
1564    * current selection group) which are not 'on the alignment'.If any are found,
1565    * enable the option to add them to the alignment. The criteria for 'on the
1566    * alignment' is finding an alignment annotation on the alignment, matched on
1567    * calcId, label and sequenceRef.
1568    *
1569    * A tooltip is also constructed that displays the source (calcId) and type
1570    * (label) of the annotations that can be added.
1571    *
1572    * @param menuItem
1573    * @param forSequences
1574    */
1575   protected void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
1576           List<SequenceI> forSequences)
1577   {
1578     menuItem.setEnabled(false);
1579
1580     /*
1581      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
1582      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
1583      */
1584     SortedMap<String, String> tipEntries = new TreeMap<>();
1585     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<>();
1586     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
1587     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences, tipEntries,
1588             candidates, al);
1589     if (!candidates.isEmpty())
1590     {
1591       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
1592       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
1593
1594       /*
1595        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
1596        * configure its tooltip and action.
1597        */
1598       menuItem.setEnabled(true);
1599       for (String calcId : tipEntries.keySet())
1600       {
1601         tooltip.append("<br/>" + calcId + "/" + tipEntries.get(calcId));
1602       }
1603       String tooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1604               tooltip.toString());
1605       menuItem.setToolTipText(tooltipText);
1606
1607       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1608       {
1609         @Override
1610         public void actionPerformed(ActionEvent e)
1611         {
1612           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
1613         }
1614       });
1615     }
1616   }
1617
1618   /**
1619    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
1620    *
1621    * @param candidates
1622    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
1623    *          of annotations to add to each sequence
1624    */
1625   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
1626           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
1627   {
1628     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
1629     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
1630     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
1631             selectionGroup);
1632     refresh();
1633   }
1634
1635   protected void makeReferenceSeq_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1636   {
1637     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1638     {
1639       // initialise the display flags so the user sees something happen
1640       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1641       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1642       ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1643     }
1644     else
1645     {
1646       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == sequence)
1647       {
1648         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1649       }
1650       else
1651       {
1652         ap.av.getAlignment().setSeqrep(sequence);
1653       }
1654     }
1655     refresh();
1656   }
1657
1658   protected void hideInsertions_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
1659   {
1660     HiddenColumns hidden = ap.av.getAlignment().getHiddenColumns();
1661     BitSet inserts = new BitSet();
1662
1663     boolean markedPopup = false;
1664     // mark inserts in current selection
1665     if (ap.av.getSelectionGroup() != null)
1666     {
1667       // mark just the columns in the selection group to be hidden
1668       inserts.set(ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1669               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes() + 1); // TODO why +1?
1670
1671       // now clear columns without gaps
1672       for (SequenceI sq : ap.av.getSelectionGroup().getSequences())
1673       {
1674         if (sq == sequence)
1675         {
1676           markedPopup = true;
1677         }
1678         inserts.and(sq.getInsertionsAsBits());
1679       }
1680       hidden.clearAndHideColumns(inserts, ap.av.getSelectionGroup().getStartRes(),
1681               ap.av.getSelectionGroup().getEndRes());
1682     }
1683
1684     // now mark for sequence under popup if we haven't already done it
1685     else if (!markedPopup && sequence != null)
1686     {
1687       inserts.or(sequence.getInsertionsAsBits());
1688
1689       // and set hidden columns accordingly
1690       hidden.hideColumns(inserts);
1691     }
1692     refresh();
1693   }
1694
1695   protected void sequenceSelectionDetails_actionPerformed()
1696   {
1697     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
1698   }
1699
1700   protected void sequenceDetails_actionPerformed()
1701   {
1702     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[] { sequence });
1703   }
1704
1705   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
1706   {
1707     StringBuilder contents = new StringBuilder(128);
1708     contents.append("<html><body>");
1709     for (SequenceI seq : sequences)
1710     {
1711       contents.append("<p><h2>" + MessageManager.formatMessage(
1712               "label.create_sequence_details_report_annotation_for",
1713               new Object[]
1714               { seq.getDisplayId(true) }) + "</h2></p><p>");
1715       new SequenceAnnotationReport(null).createSequenceAnnotationReport(
1716               contents, seq, true, true, ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
1717       contents.append("</p>");
1718     }
1719     contents.append("</body></html>");
1720     String report = contents.toString();
1721
1722     JInternalFrame frame;
1723     if (Platform.isJS())
1724     {
1725       JLabel textLabel = new JLabel();
1726       textLabel.setText(report);
1727       textLabel.setBackground(Color.WHITE);
1728       JPanel pane = new JPanel(new BorderLayout());
1729       pane.setOpaque(true);
1730       pane.setBackground(Color.WHITE);
1731       pane.add(textLabel, BorderLayout.NORTH);
1732       frame = new JInternalFrame();
1733       frame.getContentPane().add(new JScrollPane(pane));
1734     }
1735     else
1736     /**
1737      * Java only
1738      *
1739      * @j2sNative
1740      */
1741     {
1742       CutAndPasteHtmlTransfer cap = new CutAndPasteHtmlTransfer();
1743       cap.setText(report);
1744       frame = cap;
1745     }
1746
1747     Desktop.addInternalFrame(frame,
1748             MessageManager.formatMessage("label.sequence_details_for",
1749                     (sequences.length == 1 ? new Object[]
1750                     { sequences[0].getDisplayId(true) }
1751                             : new Object[]
1752                             { MessageManager
1753                                     .getString("label.selection") })),
1754             500, 400);
1755   }
1756
1757   protected void showNonconserved_actionPerformed()
1758   {
1759     getGroup().setShowNonconserved(displayNonconserved.isSelected());
1760     refresh();
1761   }
1762
1763   /**
1764    * call to refresh view after settings change
1765    */
1766   void refresh()
1767   {
1768     ap.updateAnnotation();
1769     // removed paintAlignment(true) here:
1770     // updateAnnotation calls paintAlignment already, so don't need to call
1771     // again
1772
1773     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId());
1774   }
1775
1776   /*
1777    * protected void covariationColour_actionPerformed() { getGroup().cs = new
1778    * CovariationColourScheme(sequence.getAnnotation()[0]); refresh(); }
1779    */
1780   /**
1781    * DOCUMENT ME!
1782    *
1783    * @param selected
1784    *
1785    * @param e
1786    *          DOCUMENT ME!
1787    */
1788   public void abovePIDColour_actionPerformed(boolean selected)
1789   {
1790     SequenceGroup sg = getGroup();
1791     if (sg.cs == null)
1792     {
1793       return;
1794     }
1795
1796     if (selected)
1797     {
1798       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
1799               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1800               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
1801
1802       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap,
1803               sg.getGroupColourScheme(), getGroup().getName());
1804
1805       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1806
1807       SliderPanel.showPIDSlider();
1808     }
1809     else
1810     // remove PIDColouring
1811     {
1812       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1813       SliderPanel.hidePIDSlider();
1814     }
1815     modifyPID.setEnabled(selected);
1816
1817     refresh();
1818   }
1819
1820   /**
1821    * Open a panel where the user can choose which types of sequence annotation
1822    * to show or hide.
1823    *
1824    * @param e
1825    */
1826   protected void chooseAnnotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1827   {
1828     // todo correct way to guard against opening a duplicate panel?
1829     new AnnotationChooser(ap);
1830   }
1831
1832   /**
1833    * DOCUMENT ME!
1834    *
1835    * @param e
1836    *          DOCUMENT ME!
1837    */
1838   public void conservationMenuItem_actionPerformed(boolean selected)
1839   {
1840     SequenceGroup sg = getGroup();
1841     if (sg.cs == null)
1842     {
1843       return;
1844     }
1845
1846     if (selected)
1847     {
1848       // JBPNote: Conservation name shouldn't be i18n translated
1849       Conservation c = new Conservation("Group",
1850               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
1851               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
1852
1853       c.calculate();
1854       c.verdict(false, ap.av.getConsPercGaps());
1855       sg.cs.setConservation(c);
1856
1857       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.getGroupColourScheme(),
1858               sg.getName());
1859       SliderPanel.showConservationSlider();
1860     }
1861     else
1862     // remove ConservationColouring
1863     {
1864       sg.cs.setConservation(null);
1865       SliderPanel.hideConservationSlider();
1866     }
1867     modifyConservation.setEnabled(selected);
1868
1869     refresh();
1870   }
1871
1872   /**
1873    * Shows a dialog where group name and description may be edited
1874    */
1875   protected void groupName_actionPerformed()
1876   {
1877     SequenceGroup sg = getGroup();
1878     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sg.getName(),
1879             sg.getDescription(),
1880             MessageManager.getString("label.group_name"),
1881             MessageManager.getString("label.group_description"));
1882     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
1883             MessageManager.getString("label.edit_group_name_description"),
1884             new Runnable()
1885             {
1886               @Override
1887               public void run()
1888               {
1889                 sg.setName(dialog.getName());
1890                 sg.setDescription(dialog.getDescription());
1891                 refresh();
1892               }
1893             });
1894   }
1895
1896   /**
1897    * Get selection group - adding it to the alignment if necessary.
1898    *
1899    * @return sequence group to operate on
1900    */
1901   SequenceGroup getGroup()
1902   {
1903     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1904     // this method won't add a new group if it already exists
1905     if (sg != null)
1906     {
1907       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1908     }
1909
1910     return sg;
1911   }
1912
1913   /**
1914    * Shows a dialog where sequence name and description may be edited
1915    */
1916   void sequenceName_actionPerformed()
1917   {
1918     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(sequence.getName(),
1919             sequence.getDescription(),
1920             MessageManager.getString("label.sequence_name"),
1921             MessageManager.getString("label.sequence_description"));
1922     dialog.showDialog(ap.alignFrame,
1923             MessageManager.getString(
1924                     "label.edit_sequence_name_description"),
1925             new Runnable()
1926             {
1927               @Override
1928               public void run()
1929               {
1930                 if (dialog.getName() != null)
1931                 {
1932                   if (dialog.getName().indexOf(" ") > -1)
1933                   {
1934                     JvOptionPane.showMessageDialog(ap,
1935                             MessageManager.getString(
1936                                     "label.spaces_converted_to_underscores"),
1937                             MessageManager.getString(
1938                                     "label.no_spaces_allowed_sequence_name"),
1939                             JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1940                   }
1941                   sequence.setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
1942                   ap.paintAlignment(false, false);
1943                 }
1944                 sequence.setDescription(dialog.getDescription());
1945                 ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
1946                         ap.av.getAlignment().getSequences());
1947               }
1948             });
1949   }
1950
1951   /**
1952    * DOCUMENT ME!
1953    *
1954    * @param e
1955    *          DOCUMENT ME!
1956    */
1957   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1958   {
1959     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1960     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1961     ap.av.setSelectionGroup(null);
1962     refresh();
1963   }
1964
1965   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1966   {
1967     getGroup(); // implicitly creates group - note - should apply defaults / use
1968                 // standard alignment window logic for this
1969     refresh();
1970   }
1971
1972   /**
1973    * Offers a colour chooser and sets the selected colour as the group outline
1974    */
1975   protected void outline_actionPerformed()
1976   {
1977     String title = MessageManager
1978             .getString("label.select_outline_colour");
1979     ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1980     {
1981       @Override
1982       public void colourSelected(Color c)
1983       {
1984         getGroup().setOutlineColour(c);
1985         refresh();
1986       };
1987     };
1988     JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktop(),
1989             title, Color.BLUE, listener);
1990   }
1991
1992   /**
1993    * DOCUMENT ME!
1994    *
1995    * @param e
1996    *          DOCUMENT ME!
1997    */
1998   public void showBoxes_actionPerformed()
1999   {
2000     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.isSelected());
2001     refresh();
2002   }
2003
2004   /**
2005    * DOCUMENT ME!
2006    *
2007    * @param e
2008    *          DOCUMENT ME!
2009    */
2010   public void showText_actionPerformed()
2011   {
2012     getGroup().setDisplayText(showText.isSelected());
2013     refresh();
2014   }
2015
2016   /**
2017    * DOCUMENT ME!
2018    *
2019    * @param e
2020    *          DOCUMENT ME!
2021    */
2022   public void showColourText_actionPerformed()
2023   {
2024     getGroup().setColourText(showColourText.isSelected());
2025     refresh();
2026   }
2027
2028   void hideSequences(boolean representGroup)
2029   {
2030     ap.av.hideSequences(sequence, representGroup);
2031   }
2032
2033   public void copy_actionPerformed()
2034   {
2035     ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
2036   }
2037
2038   public void cut_actionPerformed()
2039   {
2040     ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
2041   }
2042
2043   void changeCase(ActionEvent e)
2044   {
2045     Object source = e.getSource();
2046     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2047
2048     if (sg != null)
2049     {
2050       List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
2051               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
2052
2053       String description;
2054       int caseChange;
2055
2056       if (source == toggle)
2057       {
2058         description = MessageManager.getString("label.toggle_case");
2059         caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
2060       }
2061       else if (source == upperCase)
2062       {
2063         description = MessageManager.getString("label.to_upper_case");
2064         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
2065       }
2066       else
2067       {
2068         description = MessageManager.getString("label.to_lower_case");
2069         caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
2070       }
2071
2072       ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
2073               sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2074               startEnd, caseChange);
2075
2076       ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
2077
2078       ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2079               ap.av.getAlignment().getSequences());
2080
2081     }
2082   }
2083
2084   public void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)
2085   {
2086     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
2087     cap.setForInput(null);
2088     Desktop.addInternalFrame(cap, MessageManager
2089             .formatMessage("label.alignment_output_command", new Object[]
2090             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
2091
2092     String[] omitHidden = null;
2093
2094     System.out.println("PROMPT USER HERE"); // TODO: decide if a prompt happens
2095     // or we simply trust the user wants
2096     // wysiwig behaviour
2097
2098     FileFormatI fileFormat = FileFormats.getInstance()
2099             .forName(e.getActionCommand());
2100     cap.setText(
2101             new FormatAdapter(ap).formatSequences(fileFormat, ap, true));
2102   }
2103
2104   public void sequenceFeature_actionPerformed()
2105   {
2106     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2107     if (sg == null)
2108     {
2109       return;
2110     }
2111
2112     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
2113     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<>();
2114
2115     /*
2116      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
2117      * for the amend features dialog
2118      */
2119     int gSize = sg.getSize();
2120     for (int i = 0; i < gSize; i++)
2121     {
2122       int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
2123       int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
2124       if (start <= end)
2125       {
2126         seqs.add(sg.getSequenceAt(i).getDatasetSequence());
2127         features.add(new SequenceFeature(null, null, start, end, null));
2128       }
2129     }
2130
2131     /*
2132      * an entirely gapped region will generate empty lists of sequence / features
2133      */
2134     if (!seqs.isEmpty())
2135     {
2136       new FeatureEditor(ap, seqs, features, true).showDialog();
2137     }
2138   }
2139
2140   public void textColour_actionPerformed()
2141   {
2142     SequenceGroup sg = getGroup();
2143     if (sg != null)
2144     {
2145       new TextColourChooser().chooseColour(ap, sg);
2146     }
2147   }
2148
2149   public void colourByStructure(String pdbid)
2150   {
2151     Annotation[] anots = ap.av.getStructureSelectionManager()
2152             .colourSequenceFromStructure(sequence, pdbid);
2153
2154     AlignmentAnnotation an = new AlignmentAnnotation("Structure",
2155             "Coloured by " + pdbid, anots);
2156
2157     ap.av.getAlignment().addAnnotation(an);
2158     an.createSequenceMapping(sequence, 0, true);
2159     // an.adjustForAlignment();
2160     ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(an, 0);
2161
2162     ap.adjustAnnotationHeight();
2163
2164     sequence.addAlignmentAnnotation(an);
2165
2166   }
2167
2168   /**
2169    * Shows a dialog where sequence characters may be edited. Any changes are
2170    * applied, and added as an available 'Undo' item in the edit commands
2171    * history.
2172    */
2173   public void editSequence_actionPerformed()
2174   {
2175     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
2176
2177     if (sg != null)
2178     {
2179       if (sequence == null)
2180       {
2181         sequence = sg.getSequenceAt(0);
2182       }
2183
2184       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(
2185               sequence.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),
2186                       sg.getEndRes() + 1),
2187               null, MessageManager.getString("label.edit_sequence"), null);
2188       dialog.showDialog(ap.alignFrame,
2189               MessageManager.getString("label.edit_sequence"),
2190               new Runnable()
2191               {
2192                 @Override
2193                 public void run()
2194                 {
2195                   EditCommand editCommand = new EditCommand(
2196                           MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
2197                           Action.REPLACE,
2198                           dialog.getName().replace(' ',
2199                                   ap.av.getGapCharacter()),
2200                           sg.getSequencesAsArray(
2201                                   ap.av.getHiddenRepSequences()),
2202                           sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
2203                           ap.av.getAlignment());
2204                   ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
2205                   ap.av.firePropertyChange("alignment", null,
2206                           ap.av.getAlignment().getSequences());
2207                 }
2208               });
2209     }
2210   }
2211
2212   /**
2213    * Action on user selecting an item from the colour menu (that does not have
2214    * its bespoke action handler)
2215    *
2216    * @return
2217    */
2218   @Override
2219   public void changeColour_actionPerformed(String colourSchemeName)
2220   {
2221     SequenceGroup sg = getGroup();
2222     /*
2223      * switch to the chosen colour scheme (or null for None)
2224      */
2225     ColourSchemeI colourScheme = ColourSchemes.getInstance()
2226             .getColourScheme(colourSchemeName, ap.av, sg,
2227                     ap.av.getHiddenRepSequences());
2228     sg.setColourScheme(colourScheme);
2229     if (colourScheme instanceof Blosum62ColourScheme
2230             || colourScheme instanceof PIDColourScheme)
2231     {
2232       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(
2233               sg.getSequences(ap.av.getHiddenRepSequences()),
2234               sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1));
2235     }
2236
2237     refresh();
2238   }
2239
2240 }