src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.gui.Help.HelpId;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27 import jalview.io.BackupFiles;
  28 import jalview.io.FileFormatI;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GPreferences;
  32 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  33 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  34 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  35 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  36 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  37 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  38 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  39 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  40 import jalview.util.BrowserLauncher;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.util.Platform;
  43 import jalview.util.UrlConstants;
  44 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54 import java.io.File;
  55 import java.util.ArrayList;
  56 import java.util.List;
  57
  58 import javax.help.HelpSetException;
  59 import javax.swing.JComboBox;
  60 import javax.swing.JFileChooser;
  61 import javax.swing.JInternalFrame;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.ListSelectionModel;
  64 import javax.swing.RowFilter;
  65 import javax.swing.RowSorter;
  66 import javax.swing.SortOrder;
  67 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  68 import javax.swing.event.DocumentListener;
  69 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  70 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  71 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  72 import javax.swing.table.TableColumn;
  73 import javax.swing.table.TableModel;
  74 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  75
  76 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  77
  78 /**
  79  * DOCUMENT ME!
  80  *
  81  * @author $author$
  82  * @version $Revision$
  83  */
  84 @SuppressWarnings("serial")
  85 public class Preferences extends GPreferences
  86 {
  87   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  88
  89   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  90
  91   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
  92
  93   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
  94
  95   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
  96
  97   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
  98
  99   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 100
 101   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
 102
 103   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
 104
 105   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 106
 107   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 108
 109   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 110
 111   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 112
 113   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 114
 115   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 116
 117   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 118
 119   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 120
 121   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 122
 123   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 124
 125   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 126
 127   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 128
 129   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 130
 131   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 132
 133   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 134
 135   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 136
 137   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 138
 139   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 140
 141   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 142
 143   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 144
 145   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 146
 147   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 148
 149   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 150
 151   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 152
 153   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 154
 155   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 156
 157   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 158
 159   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 160
 161   /**
 162    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 163    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 164    */
 165   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks; // must be nonfinal for test
 166
 167   public final static UrlLinkTableModel dataModel;
 168
 169   /**
 170    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 171    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 172    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 173    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 174    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 175    */
 176
 177   public static final List<String> groupURLLinks; // not implemented
 178
 179   static
 180   {
 181     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 182     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 183     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 184     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 185     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 186             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 187
 188     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 189     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 190     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 191     {
 192       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 193     }
 194     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 195             inMenuString, notInMenuString);
 196     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 197     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 198
 199     /**
 200      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 201      * .properties file as '|' separated strings
 202      */
 203
 204     groupURLLinks = new ArrayList<>(); // not implemented
 205   }
 206
 207   JInternalFrame frame;
 208
 209   private WsPreferences wsPrefs;
 210
 211   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 212           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 213           "Prompt each time");
 214
 215   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 216           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 217
 218   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 219           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 220
 221   /**
 222    * Creates a new Preferences object.
 223    */
 224   public Preferences()
 225   {
 226     super();
 227     frame = new JInternalFrame();
 228     frame.setContentPane(this);
 229     if (!Platform.isJS())
 230     /**
 231      * Java only
 232      *
 233      * @j2sIgnore
 234      */
 235     {
 236       wsPrefs = new WsPreferences();
 237       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 238     }
 239     int width = 500, height = 450;
 240     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 241     {
 242       width = 570;
 243       height = 480;
 244     }
 245
 246     Desktop.addInternalFrame(frame,
 247             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 248     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 249
 250     /*
 251      * Set Visual tab defaults
 252      */
 253     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 254     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 255     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 256     annotations.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 257
 258     conservation.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSERVATION, true));
 259     quality.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_QUALITY, true));
 260     identity.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true));
 261     openoverv.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OVERVIEW, false));
 262     showUnconserved
 263             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_UNCONSERVED, false));
 264     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 265     showGroupConsensus
 266             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSENSUS, false));
 267     showGroupConservation.setSelected(
 268             Cache.getDefault(SHOW_GROUP_CONSERVATION, false));
 269     showConsensHistogram.setSelected(
 270             Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM, true));
 271     showConsensLogo
 272             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_CONSENSUS_LOGO, false));
 273     showNpTooltip
 274             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 275     showDbRefTooltip
 276             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 277
 278     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 279             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 280     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 281     {
 282       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 283     }
 284
 285     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 286     {
 287       fontSizeCB.addItem(i + "");
 288     }
 289
 290     fontStyleCB.addItem("plain");
 291     fontStyleCB.addItem("bold");
 292     fontStyleCB.addItem("italic");
 293
 294     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif"));
 295     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10"));
 296     fontStyleCB.setSelectedItem(
 297             Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + ""));
 298
 299     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", false));
 300     scaleProteinToCdna
 301             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 302
 303     idItalics.setSelected(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 304
 305     wrap.setSelected(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 306
 307     gapSymbolCB.addItem("-");
 308     gapSymbolCB.addItem(".");
 309
 310     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-"));
 311
 312     sortby.addItem("No sort");
 313     sortby.addItem("Id");
 314     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 315     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault(SORT_ALIGNMENT, "No sort"));
 316
 317     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 318     sortAnnBy
 319             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 320     sortAnnBy
 321             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 322     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 323             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 324                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 325     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 326
 327     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 328     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 329     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 330     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 331             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 332     startupCheckbox
 333             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 334     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 335             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 336                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 337
 338     /*
 339      * Set Colours tab defaults
 340      */
 341     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 342     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 343     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 344     {
 345       String name = cs.getSchemeName();
 346       protColour.addItem(name);
 347       nucColour.addItem(name);
 348     }
 349     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 350             ResidueColourScheme.NONE);
 351     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 352     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 353     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 354     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 355     minColour.setBackground(
 356             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MIN, Color.orange));
 357     maxColour.setBackground(
 358             Cache.getDefaultColour(ANNOTATIONCOLOUR_MAX, Color.red));
 359
 360     /*
 361      * Set overview panel defaults
 362      */
 363     gapColour.setBackground(
 364             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 365                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 366     hiddenColour.setBackground(
 367             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 368                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 369     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 370     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 371     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 372     showHiddenAtStart
 373             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 374
 375     /*
 376      * Set Structure tab defaults.
 377      */
 378     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 379     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 380     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 381     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 382     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 383     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 384     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 385     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 386     structViewer.setSelectedItem(
 387             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 388     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 389     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 390     {
 391       @Override
 392       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 393       {
 394         validateChimeraPath();
 395       }
 396     });
 397
 398     if (Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false))
 399     {
 400       siftsMapping.setSelected(true);
 401     }
 402     else
 403     {
 404       nwMapping.setSelected(true);
 405     }
 406
 407     SiftsSettings
 408             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 409
 410     /*
 411      * Set Connections tab defaults
 412      */
 413
 414     // set up sorting
 415     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 416     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 417             linkUrlTable.getModel());
 418     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 419     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 420
 421     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 422     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 423             SortOrder.DESCENDING));
 424     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 425             SortOrder.DESCENDING));
 426     sortKeys.add(
 427             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 428
 429     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 430     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 431     // sorter.sort();
 432
 433     // set up filtering
 434     ActionListener onReset;
 435     onReset = new ActionListener()
 436     {
 437       @Override
 438       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 439       {
 440         filterTB.setText("");
 441         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 442       }
 443
 444     };
 445     doReset.addActionListener(onReset);
 446
 447     // filter to display only custom urls
 448     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 449     {
 450       @Override
 451       public boolean include(
 452               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 453       {
 454         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 455       }
 456     };
 457
 458     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 459             linkUrlTable.getModel());
 460     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 461
 462     ActionListener onCustomOnly;
 463     onCustomOnly = new ActionListener()
 464     {
 465       @Override
 466       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 467       {
 468         filterTB.setText("");
 469         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 470       }
 471     };
 472     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 473
 474     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 475     {
 476       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 477
 478       @Override
 479       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 480       {
 481         sorter.setRowFilter(RowFilter
 482                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 483       }
 484
 485       @Override
 486       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 487       {
 488         sorter.setRowFilter(RowFilter
 489                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 490       }
 491
 492       @Override
 493       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 494       {
 495         sorter.setRowFilter(RowFilter
 496                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 497       }
 498     });
 499
 500     // set up list selection functionality
 501     linkUrlTable.getSelectionModel()
 502             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 503
 504     // set up radio buttons
 505     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 506             .getPrimaryColumn();
 507     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 508     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 509             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 510     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 511             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 512
 513     // get boolean columns and resize those to min possible
 514     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 515     {
 516       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 517               .equals(Boolean.class))
 518       {
 519         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 520                 .getColumn(column);
 521         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 522
 523         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 524                 column);
 525         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 526         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 527                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 528         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 529
 530         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 531       }
 532     }
 533
 534     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 535     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 536     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 537     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 538
 539     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 540
 541     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 542     // note antisense here: default is true
 543     questionnaire
 544             .setSelected(Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null);
 545     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 546
 547     /*
 548      * Set Output tab defaults
 549      */
 550     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 551     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 552     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 553     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false));
 554     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 555     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 556     Integer wi = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
 557     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 558     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 559     // for new flat file formats
 560     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 561     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 562     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 563     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 564     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 565     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 566     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 567     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 568     embbedBioJSON
 569             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 570
 571     /*
 572      * Set Editing tab defaults
 573      */
 574     autoCalculateConsCheck
 575             .setSelected(Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true));
 576     padGaps.setSelected(Cache.getDefault("PAD_GAPS", false));
 577     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault(SORT_BY_TREE, false));
 578
 579     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 580                                        // settings
 581
 582
 583     /*
 584      * Set Backups tab defaults
 585      */
 586     loadLastSavedBackupsOptions();
 587   }
 588
 589   /**
 590    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 591    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 592    *
 593    * @param comboBox
 594    * @param propertyKey
 595    */
 596   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 597           String propertyKey)
 598   {
 599     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 600     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 601     comboBox.addItem(textOpt);
 602
 603     /*
 604      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 605      */
 606     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 607             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 608     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 609     {
 610       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 611     }
 612     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 613     {
 614       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 615     }
 616     else
 617     {
 618       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 619     }
 620   }
 621
 622   /**
 623    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 624    * file.
 625    *
 626    * @param e
 627    */
 628   @Override
 629   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 630   {
 631     if (!validateSettings())
 632     {
 633       return;
 634     }
 635
 636     /*
 637      * Save Visual settings
 638      */
 639     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_JVSUFFIX",
 640             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 641     Cache.setPropertyNoSave("RIGHT_ALIGN_IDS",
 642             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 643     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_FULLSCREEN",
 644             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 645     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_OVERVIEW",
 646             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 647     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS",
 648             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 649     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION,
 650             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 651     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY,
 652             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 653     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
 654             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 655
 656     Cache.setPropertyNoSave("GAP_SYMBOL",
 657             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 658
 659     Cache.setPropertyNoSave("FONT_NAME",
 660             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 661     Cache.setPropertyNoSave("FONT_STYLE",
 662             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 663     Cache.setPropertyNoSave("FONT_SIZE",
 664             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 665
 666     Cache.setPropertyNoSave("ID_ITALICS",
 667             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 668     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_UNCONSERVED",
 669             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 670     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 671             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 672     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS,
 673             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 674     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION,
 675             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 676     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM,
 677             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 678     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS_LOGO,
 679             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 680     Cache.setPropertyNoSave("ANTI_ALIAS",
 681             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 682     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 683             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 684     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP",
 685             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 686     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_DBREFS_TOOLTIP",
 687             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 688
 689     Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT",
 690             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 691
 692     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE",
 693             startupFileTextfield.getText());
 694     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 695             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 696
 697     Cache.setPropertyNoSave(SORT_ALIGNMENT,
 698             sortby.getSelectedItem().toString());
 699
 700     // convert description of sort order to enum name for save
 701     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 702             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 703     if (annSortOrder != null)
 704     {
 705       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS,
 706               annSortOrder.name());
 707     }
 708
 709     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 710     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 711             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 712
 713     /*
 714      * Save Colours settings
 715      */
 716     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 717             protColour.getSelectedItem().toString());
 718     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 719             nucColour.getSelectedItem().toString());
 720     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MIN,
 721             minColour.getBackground());
 722     Cache.setColourProperty(ANNOTATIONCOLOUR_MAX,
 723             maxColour.getBackground());
 724
 725     /*
 726      * Save Overview settings
 727      */
 728     Cache.setColourProperty(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 729     Cache.setColourProperty(HIDDEN_COLOUR, hiddenColour.getBackground());
 730     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 731             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 732     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 733             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 734
 735     /*
 736      * Save Structure settings
 737      */
 738     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 739             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 740     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 741             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 742     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 743             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 744     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 745             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 746     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 747             structViewer.getSelectedItem().toString());
 748     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 749     Cache.setPropertyNoSave("MAP_WITH_SIFTS",
 750             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 751     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 752
 753     /*
 754      * Save Output settings
 755      */
 756     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 757             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 758     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 759             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 760     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 761             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 762
 763     if (!Platform.isJS())
 764     /**
 765      * @j2sNative
 766      */
 767     {
 768       // Java only
 769       // Save Connections settings
 770       Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 771       BrowserLauncher.resetBrowser();
 772     }
 773
 774     // save user-defined and selected links
 775     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 776     if (menuLinks.isEmpty())
 777     {
 778       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 779     }
 780     else
 781     {
 782       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS",
 783               menuLinks.toString());
 784     }
 785
 786     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 787     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 788     {
 789       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 790     }
 791     else
 792     {
 793       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS",
 794               nonMenuLinks.toString());
 795     }
 796
 797     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 798             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 799
 800     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 801             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 802
 803     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 804
 805     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 806
 807     if (useProxy.isSelected())
 808     {
 809       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 810       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 811     }
 812     else
 813     {
 814       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 815       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 816     }
 817     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 818             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 819     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 820     {
 821       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 822       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 823               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 824     }
 825     if (!questionnaire.isSelected())
 826     {
 827       Cache.setProperty("NOQUESTIONNAIRES", "true");
 828     }
 829     else
 830     {
 831       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 832       // by just adding the given line
 833       Cache.removeProperty("NOQUESTIONNAIRES");
 834     }
 835
 836     /*
 837      * Save Output settings
 838      */
 839     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 840             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 841     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 842             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 843     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 844             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 845     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 846             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 847     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 848             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 849     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 850             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 851     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 852             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 853     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 854             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 855     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 856             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 857     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_AUTOIDWIDTH",
 858             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 859     userIdWidth_actionPerformed();
 860     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH",
 861             userIdWidth.getText());
 862
 863     /*
 864      * Save Editing settings
 865      */
 866     Cache.setPropertyNoSave("AUTO_CALC_CONSENSUS",
 867             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 868     Cache.setPropertyNoSave("SORT_BY_TREE",
 869             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 870     Cache.setPropertyNoSave("PAD_GAPS",
 871             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 872
 873     if (!Platform.isJS())
 874     {
 875       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 876     }
 877
 878     /*
 879      * Save Backups settings
 880      */
 881     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.CONFIRM_DELETE_OLD,
 882             Boolean.toString(backupfilesConfirmDelete.isSelected()));
 883     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 884             Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 885     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NO_MAX,
 886             Boolean.toString(backupfilesKeepAll.isSelected()));
 887     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.REVERSE_ORDER,
 888             Boolean.toString(suffixReverse.isSelected()));
 889     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX,
 890             suffixTemplate.getText());
 891     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ROLL_MAX,
 892             Integer.toString(getSpinnerInt(backupfilesRollMaxSpinner, 4)));
 893     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.SUFFIX_DIGITS,
 894             Integer.toString(getSpinnerInt(suffixDigitsSpinner, 3)));
 895     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET",
 896             Integer.toString(getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo)));
 897
 898     Cache.saveProperties();
 899     Desktop.getInstance().doConfigureStructurePrefs();
 900     try
 901     {
 902       frame.setClosed(true);
 903     } catch (Exception ex)
 904     {
 905     }
 906   }
 907
 908   public static void setAppletDefaults()
 909   {
 910
 911     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 912
 913     // showConservation true or false Default is true.
 914     // showQuality true or false Default is true.
 915     // showConsensus true or false Default is true.
 916     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
 917     // startin
 918     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
 919     // bootstraps
 920     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
 921     // lengths
 922     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
 923     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
 924     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
 925     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
 926     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
 927     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
 928     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
 929     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
 930     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
 931     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
 932     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
 933     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
 934
 935     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
 936     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
 937     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
 938     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_UNCONSERVED", "false");
 939     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONSERVATION", "false");
 940     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONCENSUS", "false");
 941
 942     // TODO -- just a start here
 943   }
 944
 945   /**
 946    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
 947    * first tab which fails validation.
 948    *
 949    * @return
 950    */
 951   private boolean validateSettings()
 952   {
 953     if (!validateStructure())
 954     {
 955       structureTab.requestFocusInWindow();
 956       return false;
 957     }
 958     return true;
 959   }
 960
 961   @Override
 962   protected boolean validateStructure()
 963   {
 964     return validateChimeraPath();
 965
 966   }
 967
 968   /**
 969    * DOCUMENT ME!
 970    */
 971   @Override
 972   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
 973   {
 974     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
 975     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 976     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
 977             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
 978     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 979     chooser.setDialogTitle(
 980             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
 981
 982     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 983
 984     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 985     {
 986       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
 987       if (format != null)
 988       {
 989         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT",
 990                 format.getName());
 991       }
 992       startupFileTextfield
 993               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
 994     }
 995   }
 996
 997   /**
 998    * DOCUMENT ME!
 999    *
1000    * @param e
1001    *          DOCUMENT ME!
1002    */
1003   @Override
1004   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1005   {
1006     try
1007     {
1008       if (!Platform.isJS())
1009       {
1010         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1011         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1012       }
1013       frame.setClosed(true);
1014     } catch (Exception ex)
1015     {
1016     }
1017   }
1018
1019   /**
1020    * DOCUMENT ME!
1021    *
1022    * @param e
1023    *          DOCUMENT ME!
1024    */
1025   @Override
1026   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1027   {
1028     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1029     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1030     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1031     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1032     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1033     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1034     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1035             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1036     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1037             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1038   }
1039
1040   @Override
1041   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1042   {
1043     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1044     boolean valid = false;
1045     while (!valid)
1046     {
1047       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1048               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1049               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1050               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1051       {
1052         if (link.checkValid())
1053         {
1054           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1055                   .isUniqueName(link.getName()))
1056           {
1057             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1058                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1059             valid = true;
1060           }
1061           else
1062           {
1063             link.notifyDuplicate();
1064             continue;
1065           }
1066         }
1067       }
1068       else
1069       {
1070         break;
1071       }
1072     }
1073   }
1074
1075   @Override
1076   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1077   {
1078     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1079
1080     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1081     if (index == -1)
1082     {
1083       // button no longer enabled if row is not selected
1084       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1085       return;
1086     }
1087
1088     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1089             .getNameColumn();
1090     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1091             .getUrlColumn();
1092     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1093     link.setName(oldName);
1094     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1095
1096     boolean valid = false;
1097     while (!valid)
1098     {
1099       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.getDesktopPane(), link,
1100               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1101               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1102               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1103       {
1104         if (link.checkValid())
1105         {
1106           if ((oldName.equals(link.getName()))
1107                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1108                           .isUniqueName(link.getName())))
1109           {
1110             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1111             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1112             valid = true;
1113           }
1114           else
1115           {
1116             link.notifyDuplicate();
1117             continue;
1118           }
1119         }
1120       }
1121       else
1122       {
1123         break;
1124       }
1125     }
1126   }
1127
1128   @Override
1129   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1130   {
1131     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1132     int modelIndex = -1;
1133     if (index == -1)
1134     {
1135       // button no longer enabled if row is not selected
1136       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1137       return;
1138     }
1139     else
1140     {
1141       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1142     }
1143
1144     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1145     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1146   }
1147
1148   @Override
1149   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1150   {
1151     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1152     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1153     /**
1154      * Java only
1155      *
1156      * @j2sIgnore
1157      */
1158     {
1159       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1160       chooser.setDialogTitle(
1161               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1162
1163       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1164
1165       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1166       {
1167         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1168       }
1169     }
1170   }
1171
1172   /*
1173    * (non-Javadoc)
1174    *
1175    * @see
1176    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1177    * .ActionEvent)
1178    */
1179   @Override
1180   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1181   {
1182     // TODO Auto-generated method stub
1183     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1184   }
1185
1186   /**
1187    * not implemented -- returns empty list
1188    *
1189    * @return
1190    */
1191   public static List<String> getGroupURLLinks()
1192   {
1193     return groupURLLinks;
1194   }
1195
1196   @Override
1197   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1198   {
1199     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1200             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1201             panel);
1202   }
1203
1204   @Override
1205   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1206   {
1207     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1208             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1209             panel);
1210   }
1211
1212   @Override
1213   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1214   {
1215     if (!useLegacyGap.isSelected())
1216     {
1217       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1218               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1219               gap);
1220     }
1221   }
1222
1223   @Override
1224   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1225   {
1226     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1227             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1228             hidden);
1229   }
1230
1231   @Override
1232   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1233   {
1234     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1235     if (enabled)
1236     {
1237       gapColour.setBackground(
1238               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1239     }
1240     else
1241     {
1242       gapColour.setBackground(
1243               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1244     }
1245     gapColour.setEnabled(!enabled);
1246     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1247   }
1248
1249   @Override
1250   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1251   {
1252     useLegacyGap.setSelected(false);
1253     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1254     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1255     hiddenColour.setBackground(
1256             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1257   }
1258
1259   @Override
1260   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1261   {
1262     try
1263     {
1264       String val = userIdWidth.getText().trim();
1265       if (val.length() > 0)
1266       {
1267         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1268         if (iw.intValue() < 12)
1269         {
1270           throw new NumberFormatException();
1271         }
1272         userIdWidth.setText(iw.toString());
1273       }
1274     } catch (NumberFormatException x)
1275     {
1276       userIdWidth.setText("");
1277       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1278               MessageManager
1279                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1280               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1281               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1282     }
1283   }
1284
1285   @Override
1286   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1287   {
1288     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1289     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1290   }
1291
1292   /**
1293    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1294    * dialog.
1295    */
1296   protected boolean validateChimeraPath()
1297   {
1298     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1299     {
1300       File f = new File(chimeraPath.getText());
1301       if (!f.canExecute())
1302       {
1303         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1304                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1305                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1306                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1307         return false;
1308       }
1309     }
1310     return true;
1311   }
1312
1313   /**
1314    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1315    * path, if not show a warning/help dialog.
1316    */
1317   @Override
1318   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1319   {
1320     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1321     {
1322       return;
1323     }
1324     boolean found = false;
1325
1326     /*
1327      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1328      */
1329     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1330     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1331     for (String path : paths)
1332     {
1333       if (new File(path.trim()).canExecute())
1334       {
1335         found = true;
1336         break;
1337       }
1338     }
1339     if (!found)
1340     {
1341       String[] options = { "OK", "Help" };
1342       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.getDesktopPane(),
1343               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1344                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1345               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1346               null, options, options[0]);
1347       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1348       {
1349         try
1350         {
1351           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1352         } catch (HelpSetException e)
1353         {
1354           e.printStackTrace();
1355         }
1356       }
1357     }
1358   }
1359
1360   public class OptionsParam
1361   {
1362     private String name;
1363
1364     private String code;
1365
1366     public OptionsParam(String name, String code)
1367     {
1368       this.name = name;
1369       this.code = code;
1370     }
1371
1372     public String getName()
1373     {
1374       return name;
1375     }
1376
1377     public void setName(String name)
1378     {
1379       this.name = name;
1380     }
1381
1382     public String getCode()
1383     {
1384       return code;
1385     }
1386
1387     public void setCode(String code)
1388     {
1389       this.code = code;
1390     }
1391
1392     @Override
1393     public String toString()
1394     {
1395       return name;
1396     }
1397
1398     @Override
1399     public boolean equals(Object that)
1400     {
1401       if (!(that instanceof OptionsParam))
1402       {
1403         return false;
1404       }
1405       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1406     }
1407
1408     @Override
1409     public int hashCode()
1410     {
1411       return name.hashCode() + code.hashCode();
1412     }
1413   }
1414
1415   protected class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1416   {
1417
1418     @Override
1419     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1420     {
1421       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1422
1423       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1424       if (index == -1)
1425       {
1426         // no selection, so disable delete/edit buttons
1427         editLink.setEnabled(false);
1428         deleteLink.setEnabled(false);
1429         return;
1430       }
1431       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1432
1433       // enable/disable edit and delete link buttons
1434       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1435               .isRowDeletable(modelIndex))
1436       {
1437         deleteLink.setEnabled(true);
1438       }
1439       else
1440       {
1441         deleteLink.setEnabled(false);
1442       }
1443
1444       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1445               .isRowEditable(modelIndex))
1446       {
1447         editLink.setEnabled(true);
1448       }
1449       else
1450       {
1451         editLink.setEnabled(false);
1452       }
1453     }
1454   }
1455 }