src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.Font;
  28 import java.awt.event.ActionEvent;
  29 import java.awt.event.ActionListener;
  30 import java.awt.event.MouseEvent;
  31 import java.io.File;
  32 import java.util.ArrayList;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import javax.help.HelpSetException;
  36 import javax.swing.JComboBox;
  37 import javax.swing.JFileChooser;
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.ListSelectionModel;
  41 import javax.swing.RowFilter;
  42 import javax.swing.RowSorter;
  43 import javax.swing.SortOrder;
  44 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  45 import javax.swing.event.DocumentListener;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  49 import javax.swing.table.TableColumn;
  50 import javax.swing.table.TableModel;
  51 import javax.swing.table.TableRowSorter;
  52
  53 import ext.edu.ucsf.rbvi.strucviz2.StructureManager;
  54 import jalview.analysis.AnnotationSorter.SequenceAnnotationOrder;
  55 import jalview.bin.Cache;
  56 import jalview.gui.Help.HelpId;
  57 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  58 import jalview.io.BackupFiles;
  59 import jalview.io.BackupFilesPresetEntry;
  60 import jalview.io.FileFormatI;
  61 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  62 import jalview.io.JalviewFileView;
  63 import jalview.jbgui.GPreferences;
  64 import jalview.jbgui.GSequenceLink;
  65 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  66 import jalview.schemes.ColourSchemes;
  67 import jalview.schemes.ResidueColourScheme;
  68 import jalview.urls.UrlLinkTableModel;
  69 import jalview.urls.api.UrlProviderFactoryI;
  70 import jalview.urls.api.UrlProviderI;
  71 import jalview.urls.desktop.DesktopUrlProviderFactory;
  72 import jalview.util.MessageManager;
  73 import jalview.util.Platform;
  74 import jalview.util.UrlConstants;
  75 import jalview.ws.sifts.SiftsSettings;
  76
  77 /**
  78  * DOCUMENT ME!
  79  *
  80  * @author $author$
  81  * @version $Revision$
  82  */
  83 public class Preferences extends GPreferences
  84 {
  85
  86   public static final String ADD_SS_ANN = "ADD_SS_ANN";
  87
  88   public static final String ADD_TEMPFACT_ANN = "ADD_TEMPFACT_ANN";
  89
  90   public static final String ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING = "ALLOW_UNPUBLISHED_PDB_QUERYING";
  91
  92   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MAX = "ANNOTATIONCOLOUR_MAX";
  93
  94   public static final String ANNOTATIONCOLOUR_MIN = "ANNOTATIONCOLOUR_MIN";
  95
  96   public static final String ANTI_ALIAS = "ANTI_ALIAS";
  97
  98   public static final String AUTO_CALC_CONSENSUS = "AUTO_CALC_CONSENSUS";
  99
 100   public static final String AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS = "AUTOASSOCIATE_PDBANDSEQS";
 101
 102   public static final String BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE = "BLOSUM62_PCA_FOR_NUCLEOTIDE";
 103
 104   public static final String CENTRE_COLUMN_LABELS = "CENTRE_COLUMN_LABELS";
 105
 106   public static final String CHIMERA_PATH = "CHIMERA_PATH";
 107
 108   public static final String DBREFFETCH_USEPICR = "DBREFFETCH_USEPICR";
 109
 110   public static final String DEFAULT_COLOUR = "DEFAULT_COLOUR";
 111
 112   public static final String DEFAULT_COLOUR_NUC = "DEFAULT_COLOUR_NUC";
 113
 114   public static final String DEFAULT_COLOUR_PROT = "DEFAULT_COLOUR_PROT";
 115
 116   public static final String ENABLE_SPLIT_FRAME = "ENABLE_SPLIT_FRAME";
 117
 118   public static final String FIGURE_AUTOIDWIDTH = "FIGURE_AUTOIDWIDTH";
 119
 120   public static final String FIGURE_FIXEDIDWIDTH = "FIGURE_FIXEDIDWIDTH";
 121
 122   public static final String FOLLOW_SELECTIONS = "FOLLOW_SELECTIONS";
 123
 124   public static final String FONT_NAME = "FONT_NAME";
 125
 126   public static final String FONT_SIZE = "FONT_SIZE";
 127
 128   public static final String FONT_STYLE = "FONT_STYLE";
 129
 130   public static final String GAP_COLOUR = "GAP_COLOUR";
 131
 132   public static final String GAP_SYMBOL = "GAP_SYMBOL";
 133
 134   public static final String HIDDEN_COLOUR = "HIDDEN_COLOUR";
 135
 136   public static final String HIDE_INTRONS = "HIDE_INTRONS";
 137
 138   public static final String ID_ITALICS = "ID_ITALICS";
 139
 140   public static final String ID_ORG_HOSTURL = "ID_ORG_HOSTURL";
 141
 142   public static final String MAP_WITH_SIFTS = "MAP_WITH_SIFTS";
 143
 144   public static final String NOQUESTIONNAIRES = "NOQUESTIONNAIRES";
 145
 146   public static final String NORMALISE_CONSENSUS_LOGO = "NORMALISE_CONSENSUS_LOGO";
 147
 148   public static final String NORMALISE_LOGO = "NORMALISE_LOGO";
 149
 150   public static final String PAD_GAPS = "PAD_GAPS";
 151
 152   public static final String PDB_DOWNLOAD_FORMAT = "PDB_DOWNLOAD_FORMAT";
 153
 154   public static final String QUESTIONNAIRE = "QUESTIONNAIRE";
 155
 156   public static final String RELAXEDSEQIDMATCHING = "RELAXEDSEQIDMATCHING";
 157
 158   public static final String RIGHT_ALIGN_IDS = "RIGHT_ALIGN_IDS";
 159
 160   public static final String SCALE_PROTEIN_TO_CDNA = "SCALE_PROTEIN_TO_CDNA";
 161
 162   public static final String SHOW_ANNOTATIONS = "SHOW_ANNOTATIONS";
 163
 164   public static final String SHOW_AUTOCALC_ABOVE = "SHOW_AUTOCALC_ABOVE";
 165
 166   public static final String SHOW_CONSENSUS = "SHOW_CONSENSUS";
 167
 168   public static final String SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM = "SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM";
 169
 170   public static final String SHOW_CONSENSUS_LOGO = "SHOW_CONSENSUS_LOGO";
 171
 172   public static final String SHOW_CONSERVATION = "SHOW_CONSERVATION";
 173
 174   public static final String SHOW_DBREFS_TOOLTIP = "SHOW_DBREFS_TOOLTIP";
 175
 176   public static final String SHOW_GROUP_CONSENSUS = "SHOW_GROUP_CONSENSUS";
 177
 178   public static final String SHOW_GROUP_CONSERVATION = "SHOW_GROUP_CONSERVATION";
 179
 180   public static final String SHOW_JVSUFFIX = "SHOW_JVSUFFIX";
 181
 182   public static final String SHOW_NPFEATS_TOOLTIP = "SHOW_NPFEATS_TOOLTIP";
 183
 184   public static final String SHOW_OCCUPANCY = "SHOW_OCCUPANCY";
 185
 186   public static final String SHOW_OV_HIDDEN_AT_START = "SHOW_OV_HIDDEN_AT_START";
 187
 188   public static final String SHOW_OVERVIEW = "SHOW_OVERVIEW";
 189
 190   public static final String SHOW_QUALITY = "SHOW_QUALITY";
 191
 192   public static final String SHOW_UNCONSERVED = "SHOW_UNCONSERVED";
 193
 194   public static final String SORT_ALIGNMENT = "SORT_ALIGNMENT";
 195
 196   public static final String SORT_ANNOTATIONS = "SORT_ANNOTATIONS";
 197
 198   public static final String SORT_BY_TREE = "SORT_BY_TREE";
 199
 200   public static final String STRUCT_FROM_PDB = "STRUCT_FROM_PDB";
 201
 202   public static final String STRUCTURE_DISPLAY = "STRUCTURE_DISPLAY";
 203
 204   public static final String STRUCTURE_DIMENSIONS = "STRUCTURE_DIMENSIONS";
 205
 206   public static final String UNIPROT_DOMAIN = "UNIPROT_DOMAIN";
 207
 208   public static final String USE_FULL_SO = "USE_FULL_SO";
 209
 210   public static final String USE_LEGACY_GAP = "USE_LEGACY_GAP";
 211
 212   public static final String USE_RNAVIEW = "USE_RNAVIEW";
 213
 214   public static final String USER_DEFINED_COLOURS = "USER_DEFINED_COLOURS";
 215
 216   public static final String WRAP_ALIGNMENT = "WRAP_ALIGNMENT";
 217
 218
 219   private static final int MIN_FONT_SIZE = 1;
 220
 221   private static final int MAX_FONT_SIZE = 30;
 222
 223   /**
 224    * Holds name and link separated with | character. Sequence ID must be
 225    * $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/.possible | chars ./=$
 226    */
 227   public static UrlProviderI sequenceUrlLinks;
 228
 229   public static UrlLinkTableModel dataModel;
 230
 231   /**
 232    * Holds name and link separated with | character. Sequence IDS and Sequences
 233    * must be $SEQUENCEIDS$ or $SEQUENCEIDS=/.possible | chars ./=$ and
 234    * $SEQUENCES$ or $SEQUENCES=/.possible | chars ./=$ and separation character
 235    * for first and second token specified after a pipe character at end |,|.
 236    * (TODO: proper escape for using | to separate ids or sequences
 237    */
 238
 239   public static List<String> groupURLLinks;
 240   static
 241   {
 242     // get links selected to be in the menu (SEQUENCE_LINKS)
 243     // and links entered by the user but not selected (STORED_LINKS)
 244     String inMenuString = Cache.getDefault("SEQUENCE_LINKS", "");
 245     String notInMenuString = Cache.getDefault("STORED_LINKS", "");
 246     String defaultUrl = Cache.getDefault("DEFAULT_URL",
 247             UrlConstants.DEFAULT_LABEL);
 248
 249     // if both links lists are empty, add the DEFAULT_URL link
 250     // otherwise we assume the default link is in one of the lists
 251     if (inMenuString.isEmpty() && notInMenuString.isEmpty())
 252     {
 253       inMenuString = UrlConstants.DEFAULT_STRING;
 254     }
 255     UrlProviderFactoryI factory = new DesktopUrlProviderFactory(defaultUrl,
 256             inMenuString, notInMenuString);
 257     sequenceUrlLinks = factory.createUrlProvider();
 258     dataModel = new UrlLinkTableModel(sequenceUrlLinks);
 259
 260     /**
 261      * TODO: reformulate groupURL encoding so two or more can be stored in the
 262      * .properties file as '|' separated strings
 263      */
 264
 265     groupURLLinks = new ArrayList<>();
 266   }
 267
 268   JInternalFrame frame;
 269
 270   private WsPreferences wsPrefs;
 271
 272   private OptionsParam promptEachTimeOpt = new OptionsParam(
 273           MessageManager.getString("label.prompt_each_time"),
 274           "Prompt each time");
 275
 276   private OptionsParam lineArtOpt = new OptionsParam(
 277           MessageManager.getString("label.lineart"), "Lineart");
 278
 279   private OptionsParam textOpt = new OptionsParam(
 280           MessageManager.getString("action.text"), "Text");
 281
 282   /**
 283    * Creates a new Preferences object.
 284    */
 285   public Preferences()
 286   {
 287     super();
 288     frame = new JInternalFrame();
 289     frame.setContentPane(this);
 290     if (!Platform.isJS())
 291     /**
 292      * Java only
 293      *
 294      * @j2sIgnore
 295      */
 296     {
 297       wsPrefs = new WsPreferences();
 298       wsTab.add(wsPrefs, BorderLayout.CENTER);
 299     }
 300     int width = 500, height = 450;
 301     if (Platform.isAMacAndNotJS())
 302     {
 303       width = 570;
 304       height = 480;
 305     }
 306
 307     Desktop.addInternalFrame(frame,
 308             MessageManager.getString("label.preferences"), width, height);
 309     frame.setMinimumSize(new Dimension(width, height));
 310
 311     /*
 312      * Set Visual tab defaults
 313      */
 314     seqLimit.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_JVSUFFIX", true));
 315     rightAlign.setSelected(Cache.getDefault("RIGHT_ALIGN_IDS", false));
 316     fullScreen.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 317     annotations.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_ANNOTATIONS", true));
 318
 319     conservation.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_CONSERVATION", true));
 320     quality.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_QUALITY", true));
 321     identity.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_IDENTITY", true));
 322     openoverv.setSelected(Cache.getDefault("SHOW_OVERVIEW", false));
 323     showUnconserved
 324             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_UNCONSERVED", false));
 325     showOccupancy.setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OCCUPANCY, false));
 326     showGroupConsensus
 327             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSENSUS", false));
 328     showGroupConservation.setSelected(
 329             Cache.getDefault("SHOW_GROUP_CONSERVATION", false));
 330     showConsensHistogram.setSelected(
 331             Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM", true));
 332     showConsensLogo
 333             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_CONSENSUS_LOGO", false));
 334     showNpTooltip
 335             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP", true));
 336     showDbRefTooltip
 337             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_DBREFS_TOOLTIP", true));
 338
 339     String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment
 340             .getLocalGraphicsEnvironment().getAvailableFontFamilyNames();
 341     for (int i = 0; i < fonts.length; i++)
 342     {
 343       fontNameCB.addItem(fonts[i]);
 344     }
 345
 346     for (int i = MIN_FONT_SIZE; i <= MAX_FONT_SIZE; i++)
 347     {
 348       fontSizeCB.addItem(i + "");
 349     }
 350
 351     fontStyleCB.addItem("plain");
 352     fontStyleCB.addItem("bold");
 353     fontStyleCB.addItem("italic");
 354
 355     fontNameCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_NAME", "SansSerif"));
 356     fontSizeCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("FONT_SIZE", "10"));
 357     fontStyleCB.setSelectedItem(
 358             Cache.getDefault("FONT_STYLE", Font.PLAIN + ""));
 359
 360     smoothFont.setSelected(Cache.getDefault("ANTI_ALIAS", true));
 361     scaleProteinToCdna
 362             .setSelected(Cache.getDefault(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA, false));
 363
 364     idItalics.setSelected(Cache.getDefault("ID_ITALICS", true));
 365
 366     wrap.setSelected(Cache.getDefault("WRAP_ALIGNMENT", false));
 367
 368     gapSymbolCB.addItem("-");
 369     gapSymbolCB.addItem(".");
 370
 371     gapSymbolCB.setSelectedItem(Cache.getDefault("GAP_SYMBOL", "-"));
 372
 373     sortby.addItem("No sort");
 374     sortby.addItem("Id");
 375     sortby.addItem("Pairwise Identity");
 376     sortby.setSelectedItem(Cache.getDefault("SORT_ALIGNMENT", "No sort"));
 377
 378     sortAnnBy.addItem(SequenceAnnotationOrder.NONE.toString());
 379     sortAnnBy
 380             .addItem(SequenceAnnotationOrder.SEQUENCE_AND_LABEL.toString());
 381     sortAnnBy
 382             .addItem(SequenceAnnotationOrder.LABEL_AND_SEQUENCE.toString());
 383     SequenceAnnotationOrder savedSort = SequenceAnnotationOrder
 384             .valueOf(Cache.getDefault(SORT_ANNOTATIONS,
 385                     SequenceAnnotationOrder.NONE.name()));
 386     sortAnnBy.setSelectedItem(savedSort.toString());
 387
 388     sortAutocalc.addItem("Autocalculated first");
 389     sortAutocalc.addItem("Autocalculated last");
 390     final boolean showAbove = Cache.getDefault(SHOW_AUTOCALC_ABOVE, true);
 391     sortAutocalc.setSelectedItem(showAbove ? sortAutocalc.getItemAt(0)
 392             : sortAutocalc.getItemAt(1));
 393     startupCheckbox
 394             .setSelected(Cache.getDefault("SHOW_STARTUP_FILE", true));
 395     startupFileTextfield.setText(Cache.getDefault("STARTUP_FILE",
 396             Cache.getDefault("www.jalview.org", "http://www.jalview.org")
 397                     + "/examples/exampleFile_2_3.jar"));
 398
 399     /*
 400      * Set Colours tab defaults
 401      */
 402     protColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 403     nucColour.addItem(ResidueColourScheme.NONE);
 404     for (ColourSchemeI cs : ColourSchemes.getInstance().getColourSchemes())
 405     {
 406       String name = cs.getSchemeName();
 407       protColour.addItem(name);
 408       nucColour.addItem(name);
 409     }
 410     String oldProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR,
 411             ResidueColourScheme.NONE);
 412     String newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_PROT, null);
 413     protColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 414     newProp = Cache.getDefault(DEFAULT_COLOUR_NUC, null);
 415     nucColour.setSelectedItem(newProp != null ? newProp : oldProp);
 416     minColour.setBackground(
 417             Cache.getDefaultColour("ANNOTATIONCOLOUR_MIN", Color.orange));
 418     maxColour.setBackground(
 419             Cache.getDefaultColour("ANNOTATIONCOLOUR_MAX", Color.red));
 420
 421     /*
 422      * Set overview panel defaults
 423      */
 424     gapColour.setBackground(
 425             Cache.getDefaultColour(GAP_COLOUR,
 426                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP));
 427     hiddenColour.setBackground(
 428             Cache.getDefaultColour(HIDDEN_COLOUR,
 429                     jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN));
 430     useLegacyGap.setSelected(Cache.getDefault(USE_LEGACY_GAP, false));
 431     gapLabel.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 432     gapColour.setEnabled(!useLegacyGap.isSelected());
 433     showHiddenAtStart
 434             .setSelected(Cache.getDefault(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START, false));
 435
 436     /*
 437      * Set Structure tab defaults.
 438      */
 439     final boolean structSelected = Cache.getDefault(STRUCT_FROM_PDB, false);
 440     structFromPdb.setSelected(structSelected);
 441     useRnaView.setSelected(Cache.getDefault(USE_RNAVIEW, false));
 442     useRnaView.setEnabled(structSelected);
 443     addSecondaryStructure.setSelected(Cache.getDefault(ADD_SS_ANN, false));
 444     addSecondaryStructure.setEnabled(structSelected);
 445     addTempFactor.setSelected(Cache.getDefault(ADD_TEMPFACT_ANN, false));
 446     addTempFactor.setEnabled(structSelected);
 447     structViewer.setSelectedItem(
 448             Cache.getDefault(STRUCTURE_DISPLAY, ViewerType.JMOL.name()));
 449     chimeraPath.setText(Cache.getDefault(CHIMERA_PATH, ""));
 450     chimeraPath.addActionListener(new ActionListener()
 451     {
 452       @Override
 453       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 454       {
 455         validateChimeraPath();
 456       }
 457     });
 458
 459     if (Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false))
 460     {
 461       siftsMapping.setSelected(true);
 462     }
 463     else
 464     {
 465       nwMapping.setSelected(true);
 466     }
 467
 468     SiftsSettings
 469             .setMapWithSifts(Cache.getDefault("MAP_WITH_SIFTS", false));
 470
 471     /*
 472      * Set Connections tab defaults
 473      */
 474
 475     // set up sorting
 476     linkUrlTable.setModel(dataModel);
 477     final TableRowSorter<TableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 478             linkUrlTable.getModel());
 479     linkUrlTable.setRowSorter(sorter);
 480     List<RowSorter.SortKey> sortKeys = new ArrayList<>();
 481
 482     UrlLinkTableModel m = (UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel();
 483     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getPrimaryColumn(),
 484             SortOrder.DESCENDING));
 485     sortKeys.add(new RowSorter.SortKey(m.getSelectedColumn(),
 486             SortOrder.DESCENDING));
 487     sortKeys.add(
 488             new RowSorter.SortKey(m.getNameColumn(), SortOrder.ASCENDING));
 489
 490     sorter.setSortKeys(sortKeys);
 491     // BH 2018 setSortKeys will do the sort
 492     // sorter.sort();
 493
 494     // set up filtering
 495     ActionListener onReset;
 496     onReset = new ActionListener()
 497     {
 498       @Override
 499       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 500       {
 501         filterTB.setText("");
 502         sorter.setRowFilter(RowFilter.regexFilter(""));
 503       }
 504
 505     };
 506     doReset.addActionListener(onReset);
 507
 508     // filter to display only custom urls
 509     final RowFilter<TableModel, Object> customUrlFilter = new RowFilter<TableModel, Object>()
 510     {
 511       @Override
 512       public boolean include(
 513               Entry<? extends TableModel, ? extends Object> entry)
 514       {
 515         return ((UrlLinkTableModel) entry.getModel()).isUserEntry(entry);
 516       }
 517     };
 518
 519     final TableRowSorter<TableModel> customSorter = new TableRowSorter<>(
 520             linkUrlTable.getModel());
 521     customSorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 522
 523     ActionListener onCustomOnly;
 524     onCustomOnly = new ActionListener()
 525     {
 526       @Override
 527       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 528       {
 529         filterTB.setText("");
 530         sorter.setRowFilter(customUrlFilter);
 531       }
 532     };
 533     userOnly.addActionListener(onCustomOnly);
 534
 535     filterTB.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 536     {
 537       String caseInsensitiveFlag = "(?i)";
 538
 539       @Override
 540       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 541       {
 542         sorter.setRowFilter(RowFilter
 543                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 544       }
 545
 546       @Override
 547       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 548       {
 549         sorter.setRowFilter(RowFilter
 550                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 551       }
 552
 553       @Override
 554       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 555       {
 556         sorter.setRowFilter(RowFilter
 557                 .regexFilter(caseInsensitiveFlag + filterTB.getText()));
 558       }
 559     });
 560
 561     // set up list selection functionality
 562     linkUrlTable.getSelectionModel()
 563             .addListSelectionListener(new UrlListSelectionHandler());
 564
 565     // set up radio buttons
 566     int onClickCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
 567             .getPrimaryColumn();
 568     String onClickName = linkUrlTable.getColumnName(onClickCol);
 569     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 570             .setCellRenderer(new RadioButtonRenderer());
 571     linkUrlTable.getColumn(onClickName)
 572             .setCellEditor(new RadioButtonEditor());
 573
 574     // get boolean columns and resize those to min possible
 575     for (int column = 0; column < linkUrlTable.getColumnCount(); column++)
 576     {
 577       if (linkUrlTable.getModel().getColumnClass(column)
 578               .equals(Boolean.class))
 579       {
 580         TableColumn tableColumn = linkUrlTable.getColumnModel()
 581                 .getColumn(column);
 582         int preferredWidth = tableColumn.getMinWidth();
 583
 584         TableCellRenderer cellRenderer = linkUrlTable.getCellRenderer(0,
 585                 column);
 586         Component c = linkUrlTable.prepareRenderer(cellRenderer, 0, column);
 587         int cwidth = c.getPreferredSize().width
 588                 + linkUrlTable.getIntercellSpacing().width;
 589         preferredWidth = Math.max(preferredWidth, cwidth);
 590
 591         tableColumn.setPreferredWidth(preferredWidth);
 592       }
 593     }
 594
 595     useProxy.setSelected(Cache.getDefault("USE_PROXY", false));
 596     useProxy_actionPerformed(); // make sure useProxy is correctly initialised
 597     proxyServerTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_SERVER", ""));
 598     proxyPortTB.setText(Cache.getDefault("PROXY_PORT", ""));
 599
 600     defaultBrowser.setText(Cache.getDefault("DEFAULT_BROWSER", ""));
 601
 602     usagestats.setSelected(Cache.getDefault("USAGESTATS", false));
 603     // note antisense here: default is true
 604     questionnaire
 605             .setSelected(Cache.getProperty("NOQUESTIONNAIRES") == null);
 606     versioncheck.setSelected(Cache.getDefault("VERSION_CHECK", true));
 607
 608     /*
 609      * Set Output tab defaults
 610      */
 611     setupOutputCombo(epsRendering, "EPS_RENDERING");
 612     setupOutputCombo(htmlRendering, "HTML_RENDERING");
 613     setupOutputCombo(svgRendering, "SVG_RENDERING");
 614     autoIdWidth.setSelected(Cache.getDefault("FIGURE_AUTOIDWIDTH", false));
 615     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 616     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
 617     Integer wi = Cache.getIntegerProperty("FIGURE_FIXEDIDWIDTH");
 618     userIdWidth.setText(wi == null ? "" : wi.toString());
 619     // TODO: refactor to use common enum via FormatAdapter and allow extension
 620     // for new flat file formats
 621     blcjv.setSelected(Cache.getDefault("BLC_JVSUFFIX", true));
 622     clustaljv.setSelected(Cache.getDefault("CLUSTAL_JVSUFFIX", true));
 623     fastajv.setSelected(Cache.getDefault("FASTA_JVSUFFIX", true));
 624     msfjv.setSelected(Cache.getDefault("MSF_JVSUFFIX", true));
 625     pfamjv.setSelected(Cache.getDefault("PFAM_JVSUFFIX", true));
 626     pileupjv.setSelected(Cache.getDefault("PILEUP_JVSUFFIX", true));
 627     pirjv.setSelected(Cache.getDefault("PIR_JVSUFFIX", true));
 628     modellerOutput.setSelected(Cache.getDefault("PIR_MODELLER", false));
 629     embbedBioJSON
 630             .setSelected(Cache.getDefault("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", true));
 631
 632     /*
 633      * Set Editing tab defaults
 634      */
 635     autoCalculateConsCheck
 636             .setSelected(Cache.getDefault("AUTO_CALC_CONSENSUS", true));
 637     padGaps.setSelected(Cache.getDefault("PAD_GAPS", false));
 638     sortByTree.setSelected(Cache.getDefault("SORT_BY_TREE", false));
 639
 640     annotations_actionPerformed(null); // update the display of the annotation
 641                                        // settings
 642
 643
 644     /*
 645      * Set Backups tab defaults
 646      */
 647     loadLastSavedBackupsOptions();
 648   }
 649
 650   /**
 651    * A helper method that sets the items and initial selection in a character
 652    * rendering option list (Prompt each time/Lineart/Text)
 653    *
 654    * @param comboBox
 655    * @param propertyKey
 656    */
 657   protected void setupOutputCombo(JComboBox<Object> comboBox,
 658           String propertyKey)
 659   {
 660     comboBox.addItem(promptEachTimeOpt);
 661     comboBox.addItem(lineArtOpt);
 662     comboBox.addItem(textOpt);
 663
 664     /*
 665      * JalviewJS doesn't support Lineart so force it to Text
 666      */
 667     String defaultOption = Platform.isJS() ? "Text"
 668             : Cache.getDefault(propertyKey, "Prompt each time");
 669     if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Text"))
 670     {
 671       comboBox.setSelectedItem(textOpt);
 672     }
 673     else if (defaultOption.equalsIgnoreCase("Lineart"))
 674     {
 675       comboBox.setSelectedItem(lineArtOpt);
 676     }
 677     else
 678     {
 679       comboBox.setSelectedItem(promptEachTimeOpt);
 680     }
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Save user selections on the Preferences tabs to the Cache and write out to
 685    * file.
 686    *
 687    * @param e
 688    */
 689   @Override
 690   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 691   {
 692     if (!validateSettings())
 693     {
 694       return;
 695     }
 696
 697     /*
 698      * Save Visual settings
 699      */
 700     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_JVSUFFIX",
 701             Boolean.toString(seqLimit.isSelected()));
 702     Cache.setPropertyNoSave("RIGHT_ALIGN_IDS",
 703             Boolean.toString(rightAlign.isSelected()));
 704     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_FULLSCREEN",
 705             Boolean.toString(fullScreen.isSelected()));
 706     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_OVERVIEW",
 707             Boolean.toString(openoverv.isSelected()));
 708     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_ANNOTATIONS",
 709             Boolean.toString(annotations.isSelected()));
 710     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSERVATION",
 711             Boolean.toString(conservation.isSelected()));
 712     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_QUALITY",
 713             Boolean.toString(quality.isSelected()));
 714     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_IDENTITY",
 715             Boolean.toString(identity.isSelected()));
 716
 717     Cache.setPropertyNoSave("GAP_SYMBOL",
 718             gapSymbolCB.getSelectedItem().toString());
 719
 720     Cache.setPropertyNoSave("FONT_NAME",
 721             fontNameCB.getSelectedItem().toString());
 722     Cache.setPropertyNoSave("FONT_STYLE",
 723             fontStyleCB.getSelectedItem().toString());
 724     Cache.setPropertyNoSave("FONT_SIZE",
 725             fontSizeCB.getSelectedItem().toString());
 726
 727     Cache.setPropertyNoSave("ID_ITALICS",
 728             Boolean.toString(idItalics.isSelected()));
 729     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_UNCONSERVED",
 730             Boolean.toString(showUnconserved.isSelected()));
 731     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OCCUPANCY,
 732             Boolean.toString(showOccupancy.isSelected()));
 733     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONSENSUS",
 734             Boolean.toString(showGroupConsensus.isSelected()));
 735     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_GROUP_CONSERVATION",
 736             Boolean.toString(showGroupConservation.isSelected()));
 737     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSENSUS_HISTOGRAM",
 738             Boolean.toString(showConsensHistogram.isSelected()));
 739     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_CONSENSUS_LOGO",
 740             Boolean.toString(showConsensLogo.isSelected()));
 741     Cache.setPropertyNoSave("ANTI_ALIAS",
 742             Boolean.toString(smoothFont.isSelected()));
 743     Cache.setPropertyNoSave(SCALE_PROTEIN_TO_CDNA,
 744             Boolean.toString(scaleProteinToCdna.isSelected()));
 745     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_NPFEATS_TOOLTIP",
 746             Boolean.toString(showNpTooltip.isSelected()));
 747     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_DBREFS_TOOLTIP",
 748             Boolean.toString(showDbRefTooltip.isSelected()));
 749
 750     Cache.setPropertyNoSave("WRAP_ALIGNMENT",
 751             Boolean.toString(wrap.isSelected()));
 752
 753     Cache.setPropertyNoSave("STARTUP_FILE",
 754             startupFileTextfield.getText());
 755     Cache.setPropertyNoSave("SHOW_STARTUP_FILE",
 756             Boolean.toString(startupCheckbox.isSelected()));
 757
 758     Cache.setPropertyNoSave("SORT_ALIGNMENT",
 759             sortby.getSelectedItem().toString());
 760
 761     // convert description of sort order to enum name for save
 762     SequenceAnnotationOrder annSortOrder = SequenceAnnotationOrder
 763             .forDescription(sortAnnBy.getSelectedItem().toString());
 764     if (annSortOrder != null)
 765     {
 766       Cache.setPropertyNoSave(SORT_ANNOTATIONS,
 767               annSortOrder.name());
 768     }
 769
 770     final boolean showAutocalcFirst = sortAutocalc.getSelectedIndex() == 0;
 771     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_AUTOCALC_ABOVE,
 772             Boolean.valueOf(showAutocalcFirst).toString());
 773
 774     /*
 775      * Save Colours settings
 776      */
 777     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_PROT,
 778             protColour.getSelectedItem().toString());
 779     Cache.setPropertyNoSave(DEFAULT_COLOUR_NUC,
 780             nucColour.getSelectedItem().toString());
 781     Cache.setColourProperty("ANNOTATIONCOLOUR_MIN",
 782             minColour.getBackground());
 783     Cache.setColourProperty("ANNOTATIONCOLOUR_MAX",
 784             maxColour.getBackground());
 785
 786     /*
 787      * Save Overview settings
 788      */
 789     Cache.setColourProperty(GAP_COLOUR, gapColour.getBackground());
 790     Cache.setColourProperty(HIDDEN_COLOUR, hiddenColour.getBackground());
 791     Cache.setPropertyNoSave(USE_LEGACY_GAP,
 792             Boolean.toString(useLegacyGap.isSelected()));
 793     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_OV_HIDDEN_AT_START,
 794             Boolean.toString(showHiddenAtStart.isSelected()));
 795
 796     /*
 797      * Save Structure settings
 798      */
 799     Cache.setPropertyNoSave(ADD_TEMPFACT_ANN,
 800             Boolean.toString(addTempFactor.isSelected()));
 801     Cache.setPropertyNoSave(ADD_SS_ANN,
 802             Boolean.toString(addSecondaryStructure.isSelected()));
 803     Cache.setPropertyNoSave(USE_RNAVIEW,
 804             Boolean.toString(useRnaView.isSelected()));
 805     Cache.setPropertyNoSave(STRUCT_FROM_PDB,
 806             Boolean.toString(structFromPdb.isSelected()));
 807     Cache.setPropertyNoSave(STRUCTURE_DISPLAY,
 808             structViewer.getSelectedItem().toString());
 809     Cache.setOrRemove(CHIMERA_PATH, chimeraPath.getText());
 810     Cache.setPropertyNoSave("MAP_WITH_SIFTS",
 811             Boolean.toString(siftsMapping.isSelected()));
 812     SiftsSettings.setMapWithSifts(siftsMapping.isSelected());
 813
 814     /*
 815      * Save Output settings
 816      */
 817     Cache.setPropertyNoSave("EPS_RENDERING",
 818             ((OptionsParam) epsRendering.getSelectedItem()).getCode());
 819     Cache.setPropertyNoSave("HTML_RENDERING",
 820             ((OptionsParam) htmlRendering.getSelectedItem()).getCode());
 821     Cache.setPropertyNoSave("SVG_RENDERING",
 822             ((OptionsParam) svgRendering.getSelectedItem()).getCode());
 823
 824     /*
 825      * Save Connections settings
 826      */
 827     Cache.setOrRemove("DEFAULT_BROWSER", defaultBrowser.getText());
 828
 829     jalview.util.BrowserLauncher.resetBrowser();
 830
 831     // save user-defined and selected links
 832     String menuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(true);
 833     if (menuLinks.isEmpty())
 834     {
 835       Cache.removePropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS");
 836     }
 837     else
 838     {
 839       Cache.setPropertyNoSave("SEQUENCE_LINKS",
 840               menuLinks.toString());
 841     }
 842
 843     String nonMenuLinks = sequenceUrlLinks.writeUrlsAsString(false);
 844     if (nonMenuLinks.isEmpty())
 845     {
 846       Cache.removePropertyNoSave("STORED_LINKS");
 847     }
 848     else
 849     {
 850       Cache.setPropertyNoSave("STORED_LINKS",
 851               nonMenuLinks.toString());
 852     }
 853
 854     Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_URL",
 855             sequenceUrlLinks.getPrimaryUrlId());
 856
 857     Cache.setPropertyNoSave("USE_PROXY",
 858             Boolean.toString(useProxy.isSelected()));
 859
 860     Cache.setOrRemove("PROXY_SERVER", proxyServerTB.getText());
 861
 862     Cache.setOrRemove("PROXY_PORT", proxyPortTB.getText());
 863
 864     if (useProxy.isSelected())
 865     {
 866       System.setProperty("http.proxyHost", proxyServerTB.getText());
 867       System.setProperty("http.proxyPort", proxyPortTB.getText());
 868     }
 869     else
 870     {
 871       System.setProperty("http.proxyHost", "");
 872       System.setProperty("http.proxyPort", "");
 873     }
 874     Cache.setProperty("VERSION_CHECK",
 875             Boolean.toString(versioncheck.isSelected()));
 876     if (Cache.getProperty("USAGESTATS") != null || usagestats.isSelected())
 877     {
 878       // default is false - we only set this if the user has actively agreed
 879       Cache.setProperty("USAGESTATS",
 880               Boolean.toString(usagestats.isSelected()));
 881     }
 882     if (!questionnaire.isSelected())
 883     {
 884       Cache.setProperty("NOQUESTIONNAIRES", "true");
 885     }
 886     else
 887     {
 888       // special - made easy to edit a property file to disable questionnaires
 889       // by just adding the given line
 890       Cache.removeProperty("NOQUESTIONNAIRES");
 891     }
 892
 893     /*
 894      * Save Output settings
 895      */
 896     Cache.setPropertyNoSave("BLC_JVSUFFIX",
 897             Boolean.toString(blcjv.isSelected()));
 898     Cache.setPropertyNoSave("CLUSTAL_JVSUFFIX",
 899             Boolean.toString(clustaljv.isSelected()));
 900     Cache.setPropertyNoSave("FASTA_JVSUFFIX",
 901             Boolean.toString(fastajv.isSelected()));
 902     Cache.setPropertyNoSave("MSF_JVSUFFIX",
 903             Boolean.toString(msfjv.isSelected()));
 904     Cache.setPropertyNoSave("PFAM_JVSUFFIX",
 905             Boolean.toString(pfamjv.isSelected()));
 906     Cache.setPropertyNoSave("PILEUP_JVSUFFIX",
 907             Boolean.toString(pileupjv.isSelected()));
 908     Cache.setPropertyNoSave("PIR_JVSUFFIX",
 909             Boolean.toString(pirjv.isSelected()));
 910     Cache.setPropertyNoSave("PIR_MODELLER",
 911             Boolean.toString(modellerOutput.isSelected()));
 912     Cache.setPropertyNoSave("EXPORT_EMBBED_BIOJSON",
 913             Boolean.toString(embbedBioJSON.isSelected()));
 914     jalview.io.PIRFile.useModellerOutput = modellerOutput.isSelected();
 915
 916     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_AUTOIDWIDTH",
 917             Boolean.toString(autoIdWidth.isSelected()));
 918     userIdWidth_actionPerformed();
 919     Cache.setPropertyNoSave("FIGURE_FIXEDIDWIDTH",
 920             userIdWidth.getText());
 921
 922     /*
 923      * Save Editing settings
 924      */
 925     Cache.setPropertyNoSave("AUTO_CALC_CONSENSUS",
 926             Boolean.toString(autoCalculateConsCheck.isSelected()));
 927     Cache.setPropertyNoSave("SORT_BY_TREE",
 928             Boolean.toString(sortByTree.isSelected()));
 929     Cache.setPropertyNoSave("PAD_GAPS",
 930             Boolean.toString(padGaps.isSelected()));
 931
 932     if (!Platform.isJS())
 933     {
 934       wsPrefs.updateAndRefreshWsMenuConfig(false);
 935     }
 936
 937     /*
 938      * Save Backups settings
 939      */
 940     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.ENABLED,
 941             Boolean.toString(enableBackupFiles.isSelected()));
 942     int preset = getComboIntStringKey(backupfilesPresetsCombo);
 943     Cache.setPropertyNoSave(BackupFiles.NS + "_PRESET", Integer.toString(preset));
 944
 945     if (preset == BackupFilesPresetEntry.BACKUPFILESSCHEMECUSTOM)
 946     {
 947       BackupFilesPresetEntry customBFPE = getBackupfilesCurrentEntry();
 948       BackupFilesPresetEntry.backupfilesPresetEntriesValues.put(
 949               BackupFilesPresetEntry.BACKUPFILESSCHEMECUSTOM, customBFPE);
 950       Cache.setPropertyNoSave(BackupFilesPresetEntry.CUSTOMCONFIG,
 951                       customBFPE.toString());
 952     }
 953
 954     BackupFilesPresetEntry savedBFPE = BackupFilesPresetEntry.backupfilesPresetEntriesValues
 955             .get(preset);
 956     Cache.setPropertyNoSave(
 957             BackupFilesPresetEntry.SAVEDCONFIG, savedBFPE.toString());
 958
 959     Cache.saveProperties();
 960     Desktop.instance.doConfigureStructurePrefs();
 961     try
 962     {
 963       frame.setClosed(true);
 964     } catch (Exception ex)
 965     {
 966     }
 967   }
 968
 969   public static void setAppletDefaults()
 970   {
 971
 972     // http://www.jalview.org/old/v2_8/examples/appletParameters.html
 973
 974     // showConservation true or false Default is true.
 975     // showQuality true or false Default is true.
 976     // showConsensus true or false Default is true.
 977     // showFeatureSettings true or false Shows the feature settings window when
 978     // startin
 979     // showTreeBootstraps true or false (default is true) show or hide branch
 980     // bootstraps
 981     // showTreeDistances true or false (default is true) show or hide branch
 982     // lengths
 983     // showUnlinkedTreeNodes true or false (default is false) indicate if
 984     // unassociated nodes should be highlighted in the tree view
 985     // showUnconserved true of false (default is false) When true, only gaps and
 986     // symbols different to the consensus sequence ions of the alignment
 987     // showGroupConsensus true of false (default is false) When true, shows
 988     // consensus annotation row for any groups on the alignment. (since 2.7)
 989     // showGroupConservation true of false (default is false) When true, shows
 990     // amino-acid property conservation annotation row for any groups on the
 991     // showConsensusHistogram true of false (default is true) When true, shows
 992     // the percentage occurence of the consensus symbol for each column as a
 993     // showSequenceLogo true of false (default is false) When true, shows a
 994     // sequence logo above the consensus sequence (overlaid above the Consensus
 995
 996     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSERVATION, "true");
 997     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_QUALITY, "false");
 998     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_CONSENSUS, "true");
 999     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_UNCONSERVED, "false");
1000     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSERVATION, "false");
1001     Cache.setPropertyNoSave(SHOW_GROUP_CONSENSUS, "false");
1002
1003     // TODO -- just a start here
1004   }
1005  /**
1006    * Do any necessary validation before saving settings. Return focus to the
1007    * first tab which fails validation.
1008    *
1009    * @return
1010    */
1011   private boolean validateSettings()
1012   {
1013     if (!validateStructure())
1014     {
1015       structureTab.requestFocusInWindow();
1016       return false;
1017     }
1018     return true;
1019   }
1020
1021   @Override
1022   protected boolean validateStructure()
1023   {
1024     return validateChimeraPath();
1025
1026   }
1027
1028   /**
1029    * DOCUMENT ME!
1030    */
1031   @Override
1032   public void startupFileTextfield_mouseClicked()
1033   {
1034     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS
1035     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1036     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1037             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat);
1038     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1039     chooser.setDialogTitle(
1040             MessageManager.getString("label.select_startup_file"));
1041
1042     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1043
1044     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1045     {
1046       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1047       if (format != null)
1048       {
1049         Cache.setPropertyNoSave("DEFAULT_FILE_FORMAT",
1050                 format.getName());
1051       }
1052       startupFileTextfield
1053               .setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1054     }
1055   }
1056
1057   /**
1058    * DOCUMENT ME!
1059    *
1060    * @param e
1061    *          DOCUMENT ME!
1062    */
1063   @Override
1064   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
1065   {
1066     try
1067     {
1068       if (!Platform.isJS())
1069       {
1070         wsPrefs.updateWsMenuConfig(true);
1071         wsPrefs.refreshWs_actionPerformed(e);
1072       }
1073       frame.setClosed(true);
1074     } catch (Exception ex)
1075     {
1076     }
1077   }
1078
1079   /**
1080    * DOCUMENT ME!
1081    *
1082    * @param e
1083    *          DOCUMENT ME!
1084    */
1085   @Override
1086   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
1087   {
1088     conservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1089     quality.setEnabled(annotations.isSelected());
1090     identity.setEnabled(annotations.isSelected());
1091     showOccupancy.setEnabled(annotations.isSelected());
1092     showGroupConsensus.setEnabled(annotations.isSelected());
1093     showGroupConservation.setEnabled(annotations.isSelected());
1094     showConsensHistogram.setEnabled(annotations.isSelected()
1095             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1096     showConsensLogo.setEnabled(annotations.isSelected()
1097             && (identity.isSelected() || showGroupConsensus.isSelected()));
1098   }
1099
1100   @Override
1101   public void newLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1102   {
1103     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1104     boolean valid = false;
1105     while (!valid)
1106     {
1107       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop, link,
1108               MessageManager.getString("label.new_sequence_url_link"),
1109               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1110               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1111       {
1112         if (link.checkValid())
1113         {
1114           if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1115                   .isUniqueName(link.getName()))
1116           {
1117             ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1118                     .insertRow(link.getName(), link.getURL());
1119             valid = true;
1120           }
1121           else
1122           {
1123             link.notifyDuplicate();
1124             continue;
1125           }
1126         }
1127       }
1128       else
1129       {
1130         break;
1131       }
1132     }
1133   }
1134
1135   @Override
1136   public void editLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1137   {
1138     GSequenceLink link = new GSequenceLink();
1139
1140     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1141     if (index == -1)
1142     {
1143       // button no longer enabled if row is not selected
1144       Cache.log.debug("Edit with no row selected in linkUrlTable");
1145       return;
1146     }
1147
1148     int nameCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1149             .getNameColumn();
1150     int urlCol = ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1151             .getUrlColumn();
1152     String oldName = linkUrlTable.getValueAt(index, nameCol).toString();
1153     link.setName(oldName);
1154     link.setURL(linkUrlTable.getValueAt(index, urlCol).toString());
1155
1156     boolean valid = false;
1157     while (!valid)
1158     {
1159       if (JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop, link,
1160               MessageManager.getString("label.edit_sequence_url_link"),
1161               JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION, -1,
1162               null) == JvOptionPane.OK_OPTION)
1163       {
1164         if (link.checkValid())
1165         {
1166           if ((oldName.equals(link.getName()))
1167                   || (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1168                           .isUniqueName(link.getName())))
1169           {
1170             linkUrlTable.setValueAt(link.getName(), index, nameCol);
1171             linkUrlTable.setValueAt(link.getURL(), index, urlCol);
1172             valid = true;
1173           }
1174           else
1175           {
1176             link.notifyDuplicate();
1177             continue;
1178           }
1179         }
1180       }
1181       else
1182       {
1183         break;
1184       }
1185     }
1186   }
1187
1188   @Override
1189   public void deleteLink_actionPerformed(ActionEvent e)
1190   {
1191     int index = linkUrlTable.getSelectedRow();
1192     int modelIndex = -1;
1193     if (index == -1)
1194     {
1195       // button no longer enabled if row is not selected
1196       Cache.log.debug("Delete with no row selected in linkUrlTable");
1197       return;
1198     }
1199     else
1200     {
1201       modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1202     }
1203
1204     // make sure we use the model index to delete, and not the table index
1205     ((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel()).removeRow(modelIndex);
1206   }
1207
1208   @Override
1209   public void defaultBrowser_mouseClicked(MouseEvent e)
1210   {
1211     // TODO: JAL-3048 not needed for j2s
1212     if (!Platform.isJS()) // BH 2019
1213     /**
1214      * Java only
1215      *
1216      * @j2sIgnore
1217      */
1218     {
1219       JFileChooser chooser = new JFileChooser(".");
1220       chooser.setDialogTitle(
1221               MessageManager.getString("label.select_default_browser"));
1222
1223       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1224
1225       if (value == JFileChooser.APPROVE_OPTION)
1226       {
1227         defaultBrowser.setText(chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath());
1228       }
1229     }
1230   }
1231
1232   /*
1233    * (non-Javadoc)
1234    *
1235    * @see
1236    * jalview.jbgui.GPreferences#showunconserved_actionPerformed(java.awt.event
1237    * .ActionEvent)
1238    */
1239   @Override
1240   protected void showunconserved_actionPerformed(ActionEvent e)
1241   {
1242     // TODO Auto-generated method stub
1243     super.showunconserved_actionPerformed(e);
1244   }
1245
1246   public static List<String> getGroupURLLinks()
1247   {
1248     return groupURLLinks;
1249   }
1250
1251   @Override
1252   public void minColour_actionPerformed(JPanel panel)
1253   {
1254     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1255             MessageManager.getString("label.select_colour_minimum_value"),
1256             panel);
1257   }
1258
1259   @Override
1260   public void maxColour_actionPerformed(JPanel panel)
1261   {
1262     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1263             MessageManager.getString("label.select_colour_maximum_value"),
1264             panel);
1265   }
1266
1267   @Override
1268   public void gapColour_actionPerformed(JPanel gap)
1269   {
1270     if (!useLegacyGap.isSelected())
1271     {
1272       JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1273               MessageManager.getString("label.select_gap_colour"),
1274               gap);
1275     }
1276   }
1277
1278   @Override
1279   public void hiddenColour_actionPerformed(JPanel hidden)
1280   {
1281     JalviewColourChooser.showColourChooser(this,
1282             MessageManager.getString("label.select_hidden_colour"),
1283             hidden);
1284   }
1285
1286   @Override
1287   protected void useLegacyGaps_actionPerformed(ActionEvent e)
1288   {
1289     boolean enabled = useLegacyGap.isSelected();
1290     if (enabled)
1291     {
1292       gapColour.setBackground(
1293               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_LEGACY_GAP);
1294     }
1295     else
1296     {
1297       gapColour.setBackground(
1298               jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_GAP);
1299     }
1300     gapColour.setEnabled(!enabled);
1301     gapLabel.setEnabled(!enabled);
1302   }
1303
1304   @Override
1305   protected void resetOvDefaults_actionPerformed(ActionEvent e)
1306   {
1307     useLegacyGap.setSelected(false);
1308     useLegacyGaps_actionPerformed(null);
1309     showHiddenAtStart.setSelected(false);
1310     hiddenColour.setBackground(
1311             jalview.renderer.OverviewResColourFinder.OVERVIEW_DEFAULT_HIDDEN);
1312   }
1313
1314   @Override
1315   protected void userIdWidth_actionPerformed()
1316   {
1317     try
1318     {
1319       String val = userIdWidth.getText().trim();
1320       if (val.length() > 0)
1321       {
1322         Integer iw = Integer.parseInt(val);
1323         if (iw.intValue() < 12)
1324         {
1325           throw new NumberFormatException();
1326         }
1327         userIdWidth.setText(iw.toString());
1328       }
1329     } catch (NumberFormatException x)
1330     {
1331       userIdWidth.setText("");
1332       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1333               MessageManager
1334                       .getString("warn.user_defined_width_requirements"),
1335               MessageManager.getString("label.invalid_id_column_width"),
1336               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1337     }
1338   }
1339
1340   @Override
1341   protected void autoIdWidth_actionPerformed()
1342   {
1343     userIdWidth.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1344     userIdWidthlabel.setEnabled(!autoIdWidth.isSelected());
1345   }
1346
1347   /**
1348    * Returns true if chimera path is to a valid executable, else show an error
1349    * dialog.
1350    */
1351   private boolean validateChimeraPath()
1352   {
1353     if (chimeraPath.getText().trim().length() > 0)
1354     {
1355       File f = new File(chimeraPath.getText());
1356       if (!f.canExecute())
1357       {
1358         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1359                 MessageManager.getString("label.invalid_chimera_path"),
1360                 MessageManager.getString("label.invalid_name"),
1361                 JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1362         return false;
1363       }
1364     }
1365     return true;
1366   }
1367
1368   /**
1369    * If Chimera is selected, check it can be found on default or user-specified
1370    * path, if not show a warning/help dialog.
1371    */
1372   @Override
1373   protected void structureViewer_actionPerformed(String selectedItem)
1374   {
1375     if (!selectedItem.equals(ViewerType.CHIMERA.name()))
1376     {
1377       return;
1378     }
1379     boolean found = false;
1380
1381     /*
1382      * Try user-specified and standard paths for Chimera executable.
1383      */
1384     List<String> paths = StructureManager.getChimeraPaths();
1385     paths.add(0, chimeraPath.getText());
1386     for (String path : paths)
1387     {
1388       if (new File(path.trim()).canExecute())
1389       {
1390         found = true;
1391         break;
1392       }
1393     }
1394     if (!found)
1395     {
1396       String[] options = { "OK", "Help" };
1397       int showHelp = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
1398               JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
1399                       MessageManager.getString("label.chimera_missing")),
1400               "", JvOptionPane.YES_NO_OPTION, JvOptionPane.WARNING_MESSAGE,
1401               null, options, options[0]);
1402       if (showHelp == JvOptionPane.NO_OPTION)
1403       {
1404         try
1405         {
1406           Help.showHelpWindow(HelpId.StructureViewer);
1407         } catch (HelpSetException e)
1408         {
1409           e.printStackTrace();
1410         }
1411       }
1412     }
1413   }
1414
1415   public class OptionsParam
1416   {
1417     private String name;
1418
1419     private String code;
1420
1421     public OptionsParam(String name, String code)
1422     {
1423       this.name = name;
1424       this.code = code;
1425     }
1426
1427     public String getName()
1428     {
1429       return name;
1430     }
1431
1432     public void setName(String name)
1433     {
1434       this.name = name;
1435     }
1436
1437     public String getCode()
1438     {
1439       return code;
1440     }
1441
1442     public void setCode(String code)
1443     {
1444       this.code = code;
1445     }
1446
1447     @Override
1448     public String toString()
1449     {
1450       return name;
1451     }
1452
1453     @Override
1454     public boolean equals(Object that)
1455     {
1456       if (!(that instanceof OptionsParam))
1457       {
1458         return false;
1459       }
1460       return this.code.equalsIgnoreCase(((OptionsParam) that).code);
1461     }
1462
1463     @Override
1464     public int hashCode()
1465     {
1466       return name.hashCode() + code.hashCode();
1467     }
1468   }
1469
1470   private class UrlListSelectionHandler implements ListSelectionListener
1471   {
1472
1473     @Override
1474     public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
1475     {
1476       ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
1477
1478       int index = lsm.getMinSelectionIndex();
1479       if (index == -1)
1480       {
1481         // no selection, so disable delete/edit buttons
1482         editLink.setEnabled(false);
1483         deleteLink.setEnabled(false);
1484         return;
1485       }
1486       int modelIndex = linkUrlTable.convertRowIndexToModel(index);
1487
1488       // enable/disable edit and delete link buttons
1489       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1490               .isRowDeletable(modelIndex))
1491       {
1492         deleteLink.setEnabled(true);
1493       }
1494       else
1495       {
1496         deleteLink.setEnabled(false);
1497       }
1498
1499       if (((UrlLinkTableModel) linkUrlTable.getModel())
1500               .isRowEditable(modelIndex))
1501       {
1502         editLink.setEnabled(true);
1503       }
1504       else
1505       {
1506         editLink.setEnabled(false);
1507       }
1508     }
1509   }
1510 }