src/jalview/gui/Preferences.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.bin.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 import java.awt.event.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class Preferences extends GPreferences\r
  42 {\r
  43     static boolean preferencesLoaded = false;\r
  44 \r
  45     /** DOCUMENT ME!! */\r
  46     public static boolean showFullscreen = false;\r
  47 \r
  48     /** DOCUMENT ME!! */\r
  49     public static boolean showFullId = true;\r
  50 \r
  51     /** DOCUMENT ME!! */\r
  52     public static boolean showAnnotation = true;\r
  53 \r
  54     /** DOCUMENT ME!! */\r
  55     public static boolean showConservation = true;\r
  56 \r
  57     /** DOCUMENT ME!! */\r
  58     public static boolean showQuality = true;\r
  59 \r
  60     /** DOCUMENT ME!! */\r
  61     public static boolean showIdentity = true;\r
  62 \r
  63     /** DOCUMENT ME!! */\r
  64     public static String fontName = "SansSerif";\r
  65 \r
  66     /** DOCUMENT ME!! */\r
  67     public static String fontSize = "10";\r
  68 \r
  69     /** DOCUMENT ME!! */\r
  70     public static String fontStyle = Font.PLAIN + "";\r
  71 \r
  72     /** DOCUMENT ME!! */\r
  73     public static char gapSymbol = '-';\r
  74 \r
  75     /** DOCUMENT ME!! */\r
  76     public static String defaultColour = null;\r
  77 \r
  78     /** DOCUMENT ME!! */\r
  79     public static boolean showStartupFile = true;\r
  80 \r
  81     /** DOCUMENT ME!! */\r
  82     public static String startupFile = "http://www.jalview.org/examples/exampleFile.jar";\r
  83     JInternalFrame frame;\r
  84 \r
  85     /**\r
  86      * Creates a new Preferences object.\r
  87      */\r
  88     public Preferences()\r
  89     {\r
  90         initPreferences();\r
  91 \r
  92         frame = new JInternalFrame();\r
  93         frame.setContentPane(this);\r
  94         Desktop.addInternalFrame(frame, "Preferences", 480, 390);\r
  95 \r
  96         fullID.setSelected(showFullId);\r
  97 \r
  98         String string = Cache.getProperty("SHOW_FULLSCREEN");\r
  99         boolean value = false;\r
 100 \r
 101         if (string != null)\r
 102         {\r
 103             value = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 104         }\r
 105 \r
 106         fullScreen.setSelected(value);\r
 107         annotations.setSelected(showAnnotation);\r
 108 \r
 109         conservation.setEnabled(showAnnotation);\r
 110         quality.setEnabled(showAnnotation);\r
 111         identity.setEnabled(showAnnotation);\r
 112 \r
 113         conservation.setSelected(showConservation);\r
 114         quality.setSelected(showQuality);\r
 115         identity.setSelected(showIdentity);\r
 116 \r
 117         for (int i = 0; i < 12; i++)\r
 118         {\r
 119             colour.addItem(ColourSchemeProperty.getColourName(i));\r
 120         }\r
 121 \r
 122         string = Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR");\r
 123 \r
 124         if (string != null)\r
 125         {\r
 126             colour.setSelectedItem(string);\r
 127         }\r
 128         else\r
 129         {\r
 130             colour.setSelectedIndex(11);\r
 131         }\r
 132 \r
 133         String[] fonts = java.awt.GraphicsEnvironment.getLocalGraphicsEnvironment()\r
 134                                                      .getAvailableFontFamilyNames();\r
 135 \r
 136         for (int i = 0; i < fonts.length; i++)\r
 137         {\r
 138             fontNameCB.addItem(fonts[i]);\r
 139         }\r
 140 \r
 141         for (int i = 1; i < 31; i++)\r
 142         {\r
 143             fontSizeCB.addItem(i + "");\r
 144         }\r
 145 \r
 146         fontStyleCB.addItem("plain");\r
 147         fontStyleCB.addItem("bold");\r
 148         fontStyleCB.addItem("italic");\r
 149 \r
 150         fontNameCB.setSelectedItem(fontName);\r
 151         fontSizeCB.setSelectedItem(fontSize);\r
 152         fontStyleCB.setSelectedItem(fontStyle);\r
 153 \r
 154         gapSymbolCB.addItem("-");\r
 155         gapSymbolCB.addItem(".");\r
 156 \r
 157         gapSymbolCB.setSelectedItem(gapSymbol + "");\r
 158 \r
 159         startupCheckbox.setSelected(showStartupFile);\r
 160         startupFileTextfield.setText(startupFile);\r
 161     }\r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * DOCUMENT ME!\r
 165      */\r
 166     public static void initPreferences()\r
 167     {\r
 168         String string = Cache.getProperty("SHOW_FULL_ID");\r
 169 \r
 170         if (string != null)\r
 171         {\r
 172             showFullId = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 173         }\r
 174 \r
 175         string = Cache.getProperty("SHOW_FULLSCREEN");\r
 176 \r
 177         if (string != null)\r
 178         {\r
 179             showFullscreen = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 180         }\r
 181 \r
 182         string = Cache.getProperty("SHOW_ANNOTATIONS");\r
 183 \r
 184         if (string != null)\r
 185         {\r
 186             showAnnotation = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 187         }\r
 188 \r
 189         string = Cache.getProperty("SHOW_CONSERVATION");\r
 190 \r
 191         if (string != null)\r
 192         {\r
 193             showConservation = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 194         }\r
 195 \r
 196         string = Cache.getProperty("SHOW_QUALITY");\r
 197 \r
 198         if (string != null)\r
 199         {\r
 200             showQuality = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 201         }\r
 202 \r
 203         string = Cache.getProperty("SHOW_IDENTITY");\r
 204 \r
 205         if (string != null)\r
 206         {\r
 207             showIdentity = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 208         }\r
 209 \r
 210         string = Cache.getProperty("GAP_SYMBOL");\r
 211 \r
 212         if (string != null)\r
 213         {\r
 214             gapSymbol = string.charAt(0);\r
 215         }\r
 216 \r
 217         string = Cache.getProperty("SHOW_FULL_ID");\r
 218 \r
 219         if (string != null)\r
 220         {\r
 221             showFullId = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 222         }\r
 223 \r
 224         string = Cache.getProperty("FONT_NAME");\r
 225 \r
 226         if (string != null)\r
 227         {\r
 228             fontName = string;\r
 229         }\r
 230 \r
 231         string = Cache.getProperty("FONT_STYLE");\r
 232 \r
 233         if (string != null)\r
 234         {\r
 235             fontStyle = string;\r
 236         }\r
 237 \r
 238         string = Cache.getProperty("FONT_SIZE");\r
 239 \r
 240         if (string != null)\r
 241         {\r
 242             fontSize = string;\r
 243         }\r
 244 \r
 245         string = Cache.getProperty("DEFAULT_COLOUR");\r
 246 \r
 247         if (string != null)\r
 248         {\r
 249             defaultColour = string;\r
 250         }\r
 251 \r
 252         string = Cache.getProperty("STARTUP_FILE");\r
 253 \r
 254         if (string != null)\r
 255         {\r
 256             startupFile = string;\r
 257         }\r
 258 \r
 259         string = Cache.getProperty("SHOW_STARTUP_FILE");\r
 260 \r
 261         if (string != null)\r
 262         {\r
 263             showStartupFile = Boolean.valueOf(string).booleanValue();\r
 264         }\r
 265 \r
 266         preferencesLoaded = true;\r
 267     }\r
 268 \r
 269     /**\r
 270      * DOCUMENT ME!\r
 271      *\r
 272      * @param e DOCUMENT ME!\r
 273      */\r
 274     public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 275     {\r
 276         showFullId = fullID.isSelected();\r
 277         showFullscreen = fullScreen.isSelected();\r
 278         showAnnotation = annotations.isSelected();\r
 279         showConservation = conservation.isSelected();\r
 280         showQuality = quality.isSelected();\r
 281         showIdentity = identity.isSelected();\r
 282         defaultColour = colour.getSelectedItem().toString();\r
 283         gapSymbol = gapSymbolCB.getSelectedItem().toString().charAt(0);\r
 284         fontName = fontNameCB.getSelectedItem().toString();\r
 285         fontSize = fontSizeCB.getSelectedItem().toString();\r
 286         fontStyle = fontStyleCB.getSelectedItem().toString();\r
 287         startupFile = startupFileTextfield.getText();\r
 288         showStartupFile = startupCheckbox.isSelected();\r
 289 \r
 290         Cache.setProperty("SHOW_FULL_ID", Boolean.toString(showFullId));\r
 291         Cache.setProperty("SHOW_FULLSCREEN", Boolean.toString(showFullscreen));\r
 292 \r
 293         Cache.setProperty("SHOW_ANNOTATIONS", Boolean.toString(showAnnotation));\r
 294         Cache.setProperty("SHOW_CONSERVATION",\r
 295             Boolean.toString(showConservation));\r
 296         Cache.setProperty("SHOW_QUALITY", Boolean.toString(showQuality));\r
 297         Cache.setProperty("SHOW_IDENTITY", Boolean.toString(showIdentity));\r
 298 \r
 299         Cache.setProperty("DEFAULT_COLOUR", defaultColour);\r
 300         Cache.setProperty("GAP_SYMBOL", gapSymbol + "");\r
 301 \r
 302         Cache.setProperty("FONT_NAME", fontName);\r
 303         Cache.setProperty("FONT_STYLE", fontStyle);\r
 304         Cache.setProperty("FONT_SIZE", fontSize);\r
 305 \r
 306         Cache.setProperty("STARTUP_FILE", startupFile);\r
 307         Cache.setProperty("SHOW_STARTUP_FILE", Boolean.toString(showStartupFile));\r
 308 \r
 309         try\r
 310         {\r
 311             frame.setClosed(true);\r
 312         }\r
 313         catch (Exception ex)\r
 314         {\r
 315         }\r
 316     }\r
 317 \r
 318     /**\r
 319      * DOCUMENT ME!\r
 320      */\r
 321     public void startupFileTextfield_mouseClicked()\r
 322     {\r
 323         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 324                     "LAST_DIRECTORY"),\r
 325                 new String[]\r
 326                 {\r
 327                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 328                     "jar"\r
 329                 },\r
 330                 new String[]\r
 331                 {\r
 332                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 333                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 334         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 335         chooser.setDialogTitle("Select startup file");\r
 336 \r
 337         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 338 \r
 339         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 340         {\r
 341             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT",\r
 342                 chooser.getSelectedFormat());\r
 343             startupFileTextfield.setText(chooser.getSelectedFile()\r
 344                                                 .getAbsolutePath());\r
 345         }\r
 346     }\r
 347 \r
 348     /**\r
 349      * DOCUMENT ME!\r
 350      *\r
 351      * @param e DOCUMENT ME!\r
 352      */\r
 353     public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 354     {\r
 355         try\r
 356         {\r
 357             frame.setClosed(true);\r
 358         }\r
 359         catch (Exception ex)\r
 360         {\r
 361         }\r
 362     }\r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * DOCUMENT ME!\r
 366      *\r
 367      * @param e DOCUMENT ME!\r
 368      */\r
 369     public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 370     {\r
 371         conservation.setEnabled(annotations.isSelected());\r
 372         quality.setEnabled(annotations.isSelected());\r
 373         identity.setEnabled(annotations.isSelected());\r
 374     }\r
 375 }\r