src/jalview/gui/RNAHelicesColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21 import java.awt.event.*;
  22
  23 import jalview.datamodel.*;
  24 import jalview.schemes.*;
  25
  26 /**
  27  * Helps generate the colors for RNA secondary structure. Future: add option to
  28  * change colors based on covariation.
  29  *
  30  * @author Lauren Michelle Lui
  31  *
  32  */
  33 public class RNAHelicesColourChooser
  34 {
  35
  36   AlignViewport av;
  37
  38   AlignmentPanel ap;
  39
  40   ColourSchemeI oldcs;
  41
  42   Hashtable oldgroupColours;
  43
  44   jalview.datamodel.AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  45
  46   boolean adjusting = false;
  47
  48   public RNAHelicesColourChooser(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  49   {
  50     oldcs = av.getGlobalColourScheme();
  51     if (av.alignment.getGroups() != null)
  52     {
  53       oldgroupColours = new Hashtable();
  54       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
  55       SequenceGroup sg;
  56       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
  57       {
  58         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);
  59         if (sg.cs != null)
  60         {
  61           oldgroupColours.put(sg, sg.cs);
  62         }
  63       }
  64     }
  65     this.av = av;
  66     this.ap = ap;
  67
  68     if (oldcs instanceof RNAHelicesColour)
  69     {
  70       RNAHelicesColour rhc = (RNAHelicesColour) oldcs;
  71
  72     }
  73
  74     adjusting = true;
  75     Vector list = new Vector();
  76     int index = 1;
  77     for (int i = 0; i < av.alignment.getAlignmentAnnotation().length; i++)
  78     {
  79       String label = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[i].label;
  80       if (!list.contains(label))
  81         list.addElement(label);
  82       else
  83         list.addElement(label + "_" + (index++));
  84     }
  85
  86     adjusting = false;
  87
  88     changeColour();
  89
  90   }
  91
  92   void changeColour()
  93   {
  94     // Check if combobox is still adjusting
  95     if (adjusting)
  96     {
  97       return;
  98     }
  99
 100     currentAnnotation = av.alignment.getAlignmentAnnotation()[0];// annotations.getSelectedIndex()];
 101
 102     RNAHelicesColour rhc = null;
 103
 104     rhc = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 105
 106     av.setGlobalColourScheme(rhc);
 107
 108     if (av.alignment.getGroups() != null)
 109     {
 110       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 111       SequenceGroup sg;
 112       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
 113       {
 114         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);
 115
 116         if (sg.cs == null)
 117         {
 118           continue;
 119         }
 120
 121         sg.cs = new RNAHelicesColour(currentAnnotation);
 122
 123       }
 124     }
 125
 126     ap.paintAlignment(false);
 127   }
 128
 129   void reset()
 130   {
 131     av.setGlobalColourScheme(oldcs);
 132     if (av.alignment.getGroups() != null)
 133     {
 134       Vector allGroups = ap.av.alignment.getGroups();
 135       SequenceGroup sg;
 136       for (int g = 0; g < allGroups.size(); g++)
 137       {
 138         sg = (SequenceGroup) allGroups.get(g);
 139         sg.cs = (ColourSchemeI) oldgroupColours.get(sg);
 140       }
 141     }
 142   }
 143
 144   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 145   {
 146     changeColour();
 147   }
 148
 149 }